2012年在巴西参议院对外关系委员会举办的一次大型研讨会上，外委会主席费尔南多·科洛尔参议员说，世界上不少地缘政治的大玩家早就对巴西亚马逊地区垂涎欲滴了。除了巨大经济潜力外，亚马逊拥有地球1/5的淡水资源和世界最大基因库（地球已知动植物物种的15％）。亚马逊地下已探明的矿藏十分丰富，价值难以估量。
几十年来，围绕对亚马逊的“国际兴趣”，一些外国领导人物的言论和动向让巴西人始终不能释怀。里约热内卢联邦大学的马尔克斯·科英布拉教授专门就外国对亚马逊的觊觎做过研究，并且多年来一直提醒巴西不可轻视亚马逊受到的威胁。他说，早在1850年，美国就曾主张国际占领亚马逊。还有人鼓吹在巴西亚马逊搞“超国家控制”。1930年日本主张将其过多的人口向亚马逊地区大举迁移。总部设在日内瓦的世界宗教委员会1981年发表《亚马逊指导方针》，提出亚马逊“国际化”。文件说：“我们认为，亚马逊是人类的财富。巴西等国对亚马逊的占有仅仅是临时的。”
后来，又出现了以保护环境为名义对亚马逊实行“人道主义干预”的言论。美国前国务卿奥尔布赖特说，当环境处于危险时，“国界就不复存在”。法国前总统密特朗说，有些国家应当为了全球利益放弃其主权。前苏联总统戈尔巴乔夫说，巴西应该将其对亚马逊的部分权力授予国际机构。美国前副总统戈尔说，与巴西人的想法相反，“亚马逊不仅仅是他们的，而且也是我们大家的”。
2001年互联网上传播一则电子邮件说，美国一部教科书把巴西说成是“国际化地区”。美国《纽约时报》2008年刊文质疑巴西管理亚马逊财富的能力，文章题目为《亚马逊到底是谁的？》。时任总统卢拉回应说，亚马逊有主人，他就是巴西人。巴西前司法部长塔尔索·壬罗说，国际社会有些人在发表捍卫亚马逊的观点时，好像把亚马逊当成了人类的而不是巴西的领土，其背后实际掩藏着对亚马逊的经济兴趣和领土控制欲望。
1993年5月，美国武装部队以反贩毒的名义，在距巴西领土不足100公里的地方举行军事演习，同时在巴拉圭修建了一个巨大的空军基地，还训练了一支森林作战特别部队。这使巴西人不能不想起美国入侵巴拿马和格林纳达，也无法忘记美国无数次对南美国家的间接干预和经济制裁。据巴西《阅读》杂志2008年刊登的一项民意调查，82.6％的巴西军人认为亚马逊存在着遭受外国占领的危险，72.2％巴西平民表示担心外国侵犯亚马逊。
生物盗窃
基因资源的争夺正在变成世界范围内国家间，特别是发达国家和发展中国家间新的利益之争。巴西亚马逊热带雨林被认为是全球生物多样性最丰富的地区之一，蕴含着巨大的利益。在这莽莽密林中，巴西打响了一场反制生物盗窃、捍卫国家经济利益的基因战。亚马逊的国际生物盗窃给巴西经济利益造成的损失高达每年60亿美元。
最早最典型的一例生物盗窃就是英国人亨利·威克汉姆盗取亚马逊橡胶树种。1876年，亚马逊橡胶树种受到严格保护，巴西当局规定一旦被发现从巴西带出一粒橡胶树种就会被判处死刑。威克汉姆是英国植物学家，1871年来到亚马逊地区的桑塔林，志大才疏混了多年仍然一事无成，但后来这个喜欢豪赌的冒险家却成功骗过了港口稽查，在亚马逊首开生物盗窃先河，让他名利双收。正是在控制走私风声很紧的1876年，威克汉姆向伦敦皇家植物园邮寄了7万颗亚马逊橡胶树种子，当港口稽查员询问时，他谎称是用作编撰植物标本集的材料，遂得以蒙混过关。运到伦敦后经基因筛选，英国将部分种子带到马来西亚引种。没用多少年，马来西亚成了世界最大的橡胶胶乳出口地。
亚马逊生物盗窃的案例不胜枚举。
1999年，巴西《环球报》揭露了一系列生物盗窃的案例。其中一例是，一个叫阿拉埃希奥的巴西人专为一家美国研究机构采集亚马逊植物标本、种子和抓捕昆虫、毒蛇，他是亚马逊地区一个生物盗窃集团的成员，借助印第安人的传统知识，把大量的亚马逊生物机密卖给外国人。
2002年10月，在国家亚马逊研究所工作的巴西籍荷兰人卢斯马伦遭到生物盗窃指控。他未经批准私自进入原始森林考察，并将血清样本和包括一些新发现但尚未经科学登记的动物DNA偷运到国外。
2003年8月，以摄影家身份进入巴西亚马逊森林雾峰国家自然保护区的德国人若阿金·狄姆，在其从保护区出来时被巴西环境局和联邦警察拘留，警方在他身上搜出21颗从印第安原始部落里偷带出的种子。据证实，其中3颗为剧毒种子，有很高药用价值。
2004年10月，据《环球农业》杂志报道，亚马逊腹地茹鲁亚河谷的珍稀动物坎布蟾蜍的提取物已被美国、以色列和意大利的制药公司注册专利。当地印第安人提取坎布毒汁，用来保健强身和解毒疗伤。罗马大学的一项研究称，坎布毒有高效解毒止痛以及治疗心肌梗和脑溢血的功能。
2004年，日本一家食品企业将亚马逊一种珍贵树种库普亚苏注册为商标，库普亚苏与可可树同属一科，该企业从库普亚苏果中提制保健食品库普力。对此巴西各界强烈反应，一些机构联合把这家企业告上日本法庭，理由是库普亚苏是印第安部落里的植物，库普亚苏果是该植物的果实，因此不能被外国注册为商标。经法庭激辩，最终巴西方面胜诉，日本专利和库普力生产权利均被撤销。
2005年6月，在美国注册的非政府组织“亚马逊护卫团”因涉嫌亚马逊生物盗窃，同时受到巴西检察署、议会调查委员会和全国印第安基金会的调查。该组织在长达3年期间，以每月向辛古印第安人支付100多美元的廉价报酬，换取他们绘制辛古印第安保护区的自然资源图。巴西上述三机构怀疑亚马逊护卫团利用资源图，按照印第安人的传统知识寻找药用植物，然后在国外注册专利。无独有偶，“亚马逊护卫团”在美国的母公司曾分别收受美国化妆品和制药公司的巨额资金，受托充当其在亚马逊森林的“生物探子”。
2013年11月11日，当4个韩国人正准备离开亚马逊地区卡纳拉那市去美国时，被早已跟踪他们的警察逮捕。经搜查，他们身上携带着从辛古印第安国家公园非法盗取的药用植物。这几个韩国人都居住在美国，其中一人在一家化妆品企业工作，而其他3人则被雇来摄影摄像。被搜出的根茎与植株都是辛古印第安人祖祖辈辈用来美容的。好几个村落的印第安人说，这些未经批准非法潜入辛古的韩国人，借口拍片在辛古已经串游好长时间了。他们在辛古密林深处的卡玛伊乌拉部落，从印第安人手里买到多达10公斤的药用植物。
生物盗窃禁而不止，个中原因不难理解。首先是暴利的吸引，比如，一种剧毒蜘蛛的毒液卖价高达每克4万美元。再比如，从亚马逊植物提取物研制的高效药品、高级化妆品、畅销营养品和保健品以及减肥食品等，可以给企业带来亿万美元的丰厚利润。
其次，隐蔽的生物盗窃活动实际上难以管得住。生物盗窃技术日益发达，盗窃手段日益先进。从亚马逊把生物材料非法带出并不需要费多少脑筋，手袋、笔管、香水瓶、化妆包、香烟、手工艺装饰品、衣服边角缝合处等，都可以用来藏匿。还可以由各种技术处理把动植物组织片断、微生物培养物或者种子碎屑等隐藏起来，而并不需要什么显眼的大型包装。在生物技术和基因工程的时代，要复制一个生物物种，所需要的不过仅仅是某些很容易就可以窃取到的细胞组织，却很难被检查机制所侦缉发现。
跨境贩毒与乱砍滥伐
南美是世界毒品生产和消费的一大中心，也是与贩毒有关的犯罪活动最猖獗的地区之一。亚马逊独特的地理位置和气候条件以及人烟稀少、交通不便、难以设防等客观因素，使巴西亚马逊外围边境地带成了跨国制贩毒的重灾区。邻国哥伦比亚是世界可卡因最大的产地，另外两个邻国玻利维亚和秘鲁的古柯种植在迅速增加。鉴于巴西的毒品行业利润更高，且有物流设施的便利，所以，南美毒品大多贩运到巴西，供应当地毒品非法市场，或者经巴西运往欧美。因此，亚马逊地区跨境贩毒犯罪活动更加集中，对巴西的安全形成更大威胁。
亚马逊森林的乱砍滥伐不仅是违法经济活动，而且也是破坏生态平衡的环境犯罪。导致乱砍滥伐的动机主要源于三个方面，一是开垦牧场和大豆田，二是无序修建公路和盖房安置移民，三是非法砍伐贩卖木材，特别是珍贵树种木材。据估计，亚马逊森林至今已被砍伐掉大约50万平方公里。在20世纪80年代，朗多尼亚州每年砍伐的森林达到3.5万平方公里，相当于每5分钟就有一个足球场面积的森林消失。1990年至2003年，是亚马逊森林遭砍伐最严重的时期，年增长率达到历史高峰。在2004年至2012年间乱砍滥伐出现较大幅度的下降。
监控机制
外国对亚马逊的觊觎一直让巴西武装部队警钟长鸣，但苦于巴西长期国势衰微、军力薄弱，偌大亚马逊却无力防卫。可以说，亚马逊始终是巴西军人挥之不去的“心病”。巴西政府早在1980年就开始酝酿在亚马逊设立一个监测项目，到了20世纪90年代中期开始着手立法并筹备项目招标，后决定花14亿美元从美国采购所需设备，成为自1990年以来巴西最大一笔防务和安全投资。亚马逊监测系统终于在2002年正式启用。
亚马逊监测系统是巴西国家防务机构实施的一项安全项目，其目的是对亚马逊上空进行监测。这个军事系统还拥有一个民用部分，即亚马逊保护体系。
亚马逊监测系统拥有庞大的空中监视、预警设施和覆盖亚马逊地区的通讯网络，建设了装有巨型雷达、通讯系统和现代化电子设备的地面基础设施，对亚马逊上空进行严密警戒。此外，还与巴西遥感卫星实现互联，对森林中的毒品生产和非法砍伐等进行监控。亚马逊监测系统实际上分为2个子系统，一是对空中活动进行监测，二是对亚马逊地区进行监测。
而由政府系统操作的亚马逊保护体系用于整合、分析、综合亚马逊监测系统和遥感卫星输送的信息，供巴西政府对亚马逊地区各项行动进行统筹、规划和协调，从而实现亚马逊地区的安全保护和可持续发展。该体系已被证明能够对整个地区实施全面和及时的监控。其职能主要是，边境地区防御，战略矿产资源保护，与生物盗窃作斗争，对土地非法占有和利用以及乱砍滥伐进行监控，对国家自然保护区和印第安人保留地实施监护。
亚马逊保护体系下设巴西利亚总协调中心以及马瑙斯、贝伦和韦柳港3个地区中心，另在9个州设立了700个用户通讯终端。此外，巴西亚马逊地区的所有市政府都与体系实现连接，此举有利于亚马逊最偏远地带与外界的联络。
玛瑙行动
巴西军事和安全联合部队于2013年5月-6月间，在亚马逊地区开展了第七次“玛瑙行动”，也是自实施玛瑙行动以来规模最大的一次，共持续19天，出动2.5万官兵。除军队和联邦警察、军事警察和国家安全部队外，还有1000多名来自巴西情报局、亚马逊保护体系、巴西环境保护局等机构的人员。此次行动涵盖面积达到230万平方公里，遍及1000多公里边界上所有战略据点。
这次行动共缴获25吨大麻和650多公斤可卡因、“快克”可卡因，还与秘鲁警方合作发现并没收了该国境内3万公顷面积的古柯种植。这一带的古柯每年可收获三季，因此此举阻止了犯罪团伙用之提制100吨可卡因的企图。此外，在行动中，还收缴大量炸药、枪支和走私木材。
玛瑙行动堪称在亚马逊边境开展的反有组织犯罪的大规模军事与安全行动，自2011年开始实施，原则上每年举行3次。玛瑙行动实际上是巴西联邦政府边境战略计划的组成部分，该计划旨在防范、打击边境犯罪。计划规定，巴西海陆空三军与联邦各种公共安全部队共同维护巴西边境地区的安全。军事和安全部队组成联合指挥部，由武装部队联合参谋部负责总协调。其宗旨是降低边境犯罪率，打击有组织犯罪，重点针对贩运毒品、武器和人口以及环境犯罪和物品走私等。