毛森受命后，于浙北于潜县乐平设立指挥部。此地接近抗日前线，便于指挥敌占区工作。梅乐斯并派皮尔上尉到乐平协助毛森开办爆破人员训练班，广泛深入敌占区搜集情报，狙杀日寇汉奸，炸毁敌伪控制的桥梁等。
在此次东南行程中，戴笠再次绕道江西铅山五都拜会顾祝同，商量成立第三战区长官部调查室事宜，得到顾的支持。戴将调查室设于铅山城内万寿宫，并任命毛万里为第一任主任。其任务除监视第三战区的各级将领、搜集三战区的中共情报外，主要是配合中美所东南办事处、忠义救国军、东南挺进军等军统组织的工作。
地处浙西山区的淳安是军统建成较晚的第三个前沿根据地。由于淳安位于新安江畔，深藏浙西山地，背靠皖南山区和赣东北山地的国民党第三战区，故这里成为杜月笙、戴笠合开的“通济公司”前进办事处的所在地，专营从上海采购走私物资到大后方的中转站与阴阳界口。
戴笠在1944年的东南之行中，突然发现淳安的重要战略地理位置，决定进一步将淳安建成对京、沪、杭进行反攻的前沿基地。指示设立军统淳安站，并将中美所前进指挥所设于此处，军统浙江省缉私处、货运处、贡示特别站、忠救军调查室等军统组织也先后迁至淳安或周围地。1年后，这里更成为戴笠组织指挥大接收的前沿大本营。
军统的三大前沿根据地在抗战胜利前夕成为军统的工作中心，戴笠在后期几乎在这三个地区及重庆之间穿梭往来以指挥军统活动，对军统在抗战胜利时的大接收确是起到了前沿和捷足先登的作用。
随着抗战胜利的即将到来，蒋介石不但在政策上，而且在工作部署上，都做出了重大调整。
一方面，对抗战采取避战观战的方针，以达到保存实力，准备内战的企图；另一方面，则在其反共方面进行具体部署，把注意力和工作重心再次转向西北，从抗战前线的大军中分出兵力调往陕甘宁边区，进行封锁围堵，对各战区的中共武装也都予以严密监视，伺机给予打击。对此，就连美国驻华大使馆二等秘书戴维斯都看出了蒋介石的企图，并向美国政府报告说：“蒋介石与日本有勾结的迹象”、“国民政府囤积租借物资，以备内战”，“美国应要求国民政府解除对共产党的封锁”。
1945年初，戴笠执行蒋介石的反共指示，专程到西安视察，与胡宗南商量抗日战争的形势及胜利后的合作问题，并了解部署军统北方区的策反活动与反共措施等工作。
1944年夏，日军发动中原战役，国民党数十万大军望风披靡，军统局在中原和华北地区的特务组织完全垮台。戴笠下令把原晋陕区改组为北方区，其管辖范围包括山西、陕西、河南、河北、察哈尔5省。并派军统大特务、军统华北办事处主任文强任北方区区长，名义上由北方区统一指挥整个华北的活动，实际上对于华北地区的特务组织根本未做恢复的打算，只是要求华北的特务组织除策反活动外，主要是集中力量配合胡宗南的数十万大军对陕甘宁边区进行更严密的监视、封锁及破坏活动，及时根据胡宗南在军事方面的要求，供应关于陕甘宁边区和进步势力方面的情报，并对各地的中共地下组织进行破坏打击等等。
戴笠在西安期间，召见军统北方区区长文强，在询问了对华北五省的策反工作部署后，说：“西欧战场继北非战场而取得胜利，即将决定第二次世界大战的胜利。不论日本如何顽强，失败的命运是挽救不了的。中国的问题不是对外而是对内。对内是与共产党争天下的问题。好在校长胸有成竹，早有准备，前途是必操胜算的。校长将策反任务交给我。我估计华北、东北的汉奸武装不会少于150万，东南、华中约有百万之多，华南约20多万，共计约300万人，战斗力虽不强，摇旗呐喊，不失为一大力量。本局早已注意策略，执行曲线救国，等于将鱼养在池塘里，当下网的时候就撒网，当吃的时候就吃。我手上掌握的近20万游击部队，受过美式训练和持有美械轻装备的已超过10万人。打算在将来反正的汉奸部队中挑选精锐20万人，练成‘戚家军’，一并奉送给胡宗南来统驭打天下。”
由此可见，戴笠此次西安之行，与胡宗南共同分析抗战形势及胜利后合作的问题，都是围绕反共问题而大作文章的。
在西安期间，戴笠抽出时间视察了中美所牛东训练班。该班也是因1944年夏季的中原战役而由河南临汝县风穴寺迁过来的。戴笠感到这个班是唯一设在反共前线的特训班，因而十分重视，并与梅乐斯来该班视察过，强调要把该班办成西北地区训练反共特工武装的基地。
鉴于美军的进攻势头越来越猛，日军在太平洋上的战略要地一个一个地丢失，其海上交通线日益置于盟军舰队、潜艇和飞机的打击之下，因而在沿海的移动与补给受到越来越大的影响。
为此，日本大本营要求于1944年4月下旬从河南境内的黄河北岸发动攻势，1个半月打通平汉铁路，6月至9月打通粤汉和湘桂铁路。这是日军在中国大陆上发动的最后一次大规模进攻，故又称“最后一跳”。
面对日本最后一跳的苟延残喘，国民党发动了豫湘桂大战役，想一举击败日军，但是却大失所望，遭到惨败。
豫湘桂战役，是抗战以来国民党战场的第二次战略大溃败，其结果是国民党损失兵力六七十万人，丧失大小城市146个、国土20万平方公里，使6000多万人民陷入日军奴役之下，7个航空基地，36个飞机场也陷入敌手。
国民党军队的这场大惨败，从根本上来说是蒋介石推行消极抗战、积极反共政策的恶果，但是，就戴笠来说，也有不可辞咎的责任。首先，戴笠对日军的整个行动，未能在预先有情报提供统帅部决策，当时，军统的主要精力除了策反、反共外，就是搞走私牟利，完全不把对日情报工作放在重要位置。其次，戴笠与处在抗战第一线的汤恩伯虽然有很深的关系，但是，他们不是团结抗战，而是合作反共。就在日军发动“一号攻势”的前1个月，戴笠还在汤部视察，共同密谋成立两个规模很大的党政工作总队，由戴笠派军统大特务主持，任务是在第一战区及四省边区开展反共活动。
汤恩伯本人也在胡宗南召开的中原战役检讨会上承认：“我看中原之败，失陷在日寇之手不足惜，问题是为共产党造成了机会。中条山之失是这样。太行山之败也是这样。我在四省边区苦心经营，主要目的是对付共产党，可惜日寇打碎了我的计划。”汤恩伯在失败之后，仍念念不忘反共，可见他和戴笠在反共问题上勾结之深。日军的“最后一跳”，并没有能使蒋介石、戴笠等人警醒，戴笠继续按他的“既定方针”积极实施在战后争夺天下的准备工作。
为了能在战后取得海军总司令之职，戴笠注意从多方面搜罗培养军事人才，他除了从陆大及胡宗南部引进一些军事专门人材外，又脱离军统特工业务，在军令部二厅的参谋班内成立了一个高级参谋队，为未来的海军司令部培养高级幕僚人材，并保送了一批军统特务进入陆大学习，以便为他们取得军事主官的任职资格。
戴笠深知自己出身特工，又未能在任何一个部队担任过军事主官，如果由自己独力组建海军司令部是难以得到蒋的恩准的。于是，他很早就在考察如何能找一个既有任职资历，又能让蒋放心的高级将领担任自己的副职，一定能增强自己到海军“组阁”的竞争力。
因此，他精心准备了一张“王牌”放在口袋里，准备随时向蒋“摊”出来，这就是当时远在国外“避难”的桂永清。桂永清本是黄埔一期毕业的复兴社高干，1936年“西安事变”前，已官至第七十八师师长、中央军校教导总队队长、首都警备副司令，被授予中将衔，成为蒋的心腹亲信。但在“西安事变”中，因头脑简单，追随何应钦主张讨伐张、杨，一度不讨蒋喜欢。
抗战初期，桂升任第二十七军军长，但在兰封一战中，因作战不力，受革职处分。不久，调任军委会战时工作干部训练团（简称战干团）四川綦江第一团教育长。1940年6月，桂永清以莫须有的所谓“共产党”的罪名，残忍地活埋青年学生200多人，事发后引起社会舆论的公愤，蒋介石为应付舆论，将桂永清免职后派任驻德大使馆武官，1944年又调任驻英大使馆武官兼军事代表团团长。
戴笠平时与桂永清并无深交，但自桂落难出国后，其父仍住在綦江母家湾，戴笠主动派人经常去桂父处送钱送物，给以照应，此举由桂父写信告诉桂永清，桂果然十分感动，戴、桂关系由此步入佳境，双方成为挚友。
戴笠自有了染指海军的打算后，与桂永清一拍即合，桂开始成为戴口袋里的人，战后，桂永清果然涉足海军，先以副总司令的身份主持海军工作，后升任总司令，这虽是戴笠死后的事情，但大概也是蒋当初念戴提携桂永清的一点情份。
这段时间，戴笠与国民党内政敌的斗争方面，因中统头目徐恩曾失势，戴转向重点打击孔祥熙。1944年春，孔祥熙的亲信、苏浙区烟草专卖局局长王巽之，公然利用职务之便，用卡车向内地走私卷烟，结果被军统贵阳三桥统一检查站扣留。
初期，孔祥熙对王巽之极力加以包庇，但戴笠抓住这件案子不肯放松，一直告到监察院处理。监察院初对王提出弹劾，移送“公务员惩戒委员会”，又以犯罪情节确凿有据，将其移送法院。这时孔祥熙在舆论的夹攻下，已交出财政部长一职。不久宋子文代理行政院长，又将孔从行政院挤出来。王巽之失去靠山，终于被撤职查办。
为了防止孔祥熙东山再起，戴笠一不做、二不休，再次从孔的另一心腹亲信、财政部：直接税署署长高秉坊身上开刀。戴选择高秉坊做打击对象，还有一个原因是戴、高的关系一直很僵。戴任缉私署长时，各地的缉私人员往往借直接税名义敲诈勒索，高往往在原件上批注“请雨农兄阅”，或“送戴署长”。其意在给戴难看，并在财政部部务会上指责财政部的名誉是由缉私署弄坏的，主张各地部署机关牌子上只写机关名称，不冠以财政部3字。戴高由此积怨很深。
戴则利用各种机会搜集高的材料，伺机发难。1945年2月，高的所谓贪污被人告发，高当即被军委会命令撤职，并送交法院。高案发后，戴笠一方面派特务到直接税署侦察情况，搜集材料，一方面不断向法院审判人员出示佐证材料。高秉坊终于被判无期徒刑。
高下台后，其职先由税务署副署长李锐过渡一段时间后，很快由军统大特务、原缉私署主任秘书、战时货物运输管理局副局长王抚洲接任。王主事后，发现直接税署因内部制度管理较严，并不像外面所说的是个发财机关，内心倒有些懊悔。这大概也是戴笠向高秉坊进攻时所藏的一份私心吧。
戴笠在抗战期间与CC系的最后一战是发生在1945年4月。
当时，宋子文主持一次行政院会议，CC系的大头自目果夫突然发难，以财政部战时货运局的种种不法情事为由，力主撤销该局。财政部部长俞鸿钧因为是在CC系支持下入主财政部的，所以也附和陈果夫的提案，宋子文抵挡不住，只得通过撤销货运局的决议。事后，宋向戴解释，我们不能中CC系的离间计。因此，货运局撤销，戴笠再次丢失一块领地。这是CC系因徐恩曾一案而对戴笠的一次回击，算是多少出了一口恶气。
1945年5月，国民党在重庆召开第六次全国代表大会。蒋本来圈定戴笠为国民党六届中央执委。但戴笠寻思，多年来自己树敌太多，特别是要谨防二陈犯难作对，与其让他们做手脚，不如自己干脆谦让给郑介民、唐纵2人去当什么中委，既抽身退步，洁身自好，让二陈找不到靶子，又借此笼络了郑介民、唐纵，更主要的是让蒋介石看到自己谦让中委，显示自己没有政治野心。果然，戴笠在这个问题上一箭三雕，深得蒋的好评。
戴笠策反伪军汉奸的行动，在1945年初也进入最后阶段。这一年春节过后不久，戴笠亲自找到张学良，请他亲笔对原东北集团高级军政人员写信，信的内容大体一样，只是开头的名字和称呼不同。写好，就分别用毛笔誊写在一幅长约30公分、宽约40公分的黄色绫子上。
密信一共33封。信的内容主要是指示收信人服从党国的命令，积极团结抗日，效忠国家民族等等。戴笠拿到这些信后，派专人送交安徽界首的军统东北特别站陈昶新，另外给陈发去一份电报，指示陈尽快设法把信分别送交收信人。陈接戴命把张学良的信送交后，在旧东北集团圈子里引起了巨大反响，纷纷表示愿意投效。
陈昶新的利用价值已被戴笠榨尽，陈昶新至此已开始不被戴笠重视，而加以冷淡搁置了。与此同时，戴笠对华东、华南的伪军汉奸策反工作也已进入最后阶段，一切只等胜利到来，撒网捕鱼了。
1945年6月初，蒋介石派军令部次长熊斌为华北宣抚使，进行所谓策动华北汉奸的反正事宜。行前，戴笠告诉熊斌，军统在华北敌后的主要城市早有布置，有电台，要他在汉中和西安与文强联系，必定有所帮助。果然，熊斌依靠军统的力量，得以把任务完成。这是蒋介石派出的最早的一位接收大员。
至此，蒋、戴对各类汉奸的策反工作大致完成。
1945年3月8日，戴笠正式被国民政府授予少将军衔；不久，蒋介石任命戴笠为军统局局长，也达到了他人生的“最后一跳”。这一跳虽然跳得很远，也很有力，也许最令他遗憾的是没有跳出人民的力量，没有跳到海峡的彼岸。先下手为强
二次世界大战进入到1945年，法西斯的全面灭亡之象已有显现。在欧洲战场上苏联红军已是气势如虹，盟军也节节胜利，光复全欧已是指日可待，东方的日本法西斯已是穷家薄业，日子一天天难过起来。这年初，军统经济专家邓葆光通过对日本经济的深入研究，做出了一个惊人的判断，认为日本人对这场战争将支撑不到1945年底。
戴笠对邓葆光的这个大胆论断也是赞赏的，他相信如果没有钢铁、没有石油、没有橡胶、没有粮食、没有棉纱、没有大批战略物资等等，是无法维持一场高消耗的现代战争的。
问题是，推断日军将在1945年之内被打败，戴笠却不敢以此上报蒋介石，万一没有出现这种情况怎么办？多年来，戴笠对付蒋介石的“秘密武器”和“成功之道”就是“留一手”，任何话都不可说得太满，任何事也不可做得太满，凡事进则易，退则难；放则易，收则难；特别是在蒋这样喜怒无常的校长面前，宁可做到说不到，不可说到做不到。
于是，戴笠的方针是立即进行周密计划，抢先一步做好各种接收的准备，迎接抗战胜利的到来。
然而，形势的发展很快证实了邓葆光的判断：
4月，希特勒自杀，苏军攻克柏林；
5月，德国无条件投降；