所以，曾国藩如果有什么大的行动，他肯定会让李鸿章参与，听取他的意见。此时，曾国藩留驻武昌，与胡林翼商定了进兵安徽的计划之后，向咸丰帝上奏的进兵的折本就是由李鸿章谋划的。折本内容强调进兵安徽的重大军事意义，他说：金陵之所以久攻不下，是因为陈玉成掌控安徽。陈玉成开辟并护持住金陵与安徽的通道，以安徽为金陵的后方，并在三河、浦口、庐州叠挫清军。因此，要想攻破金陵，必先驻重兵于滁（州）、和（州），阻住金陵与安徽的通途、割断芜湖的粮道，金陵则不攻自危。而要想把重兵驻到滁、和，就得围攻陈玉成的驻军之地安庆，兼攻安徽的首府庐州，迫使陈玉成进行决战。攻陷安庆、庐州，攻克金陵就没有大问题了，而首当其冲的就是要消灭陈玉成的安徽军队。曾国藩采纳李鸿章的这个策略，自然是切中要害的。
当时太平军的战略要地的确在于天京与安徽之间的相互毗连，在于陈玉成往返天京与安徽，以滁、和、安庆为屏蔽，不断阻击湘军与胜保等部的进犯，才保住天京的安全不动摇。曾国藩把进兵安徽，攻陷安庆当作打败太平军的中心战略，到底让他抓到了太平天国的生死关键了。
咸丰九年九月（1859年9月末），曾、胡商定了三路进兵计划：都兴阿、多隆阿、鲍超、杨载福沿江东进，围攻安庆为第一路；曾国藩攻太湖、潜山、桐城为第二路；胡林翼取道英山、舒城、六安为第三路。咸丰帝听了别人的建议，害怕湘军会把安徽的太平军逼向淮北，令曾、胡改变战略计划，而曾、胡并未接受，曾国藩反而亲领围攻安庆的第一路军，第二路军调多隆阿、鲍超担任。
三路军的作战任务是：第一路为主力军，攻占安庆；第二路切断庐州与安庆的联系，阻止太平军援安庆；第三路阻止太平军西进，攻取湘军的后方。咸丰九年十月二十四日（1859年11月18日），曾国藩从巴河出发，率第一路军万余人马经黄梅进驻宿松，派李榕、朱品隆率兵进攻太湖的太平军。此时，第二路军多隆阿、鲍超、唐训方、蒋凝各部二万余人马已进驻太湖城外。
当各路人马会齐，便发起对太湖的进攻，打响了湘军反攻安徽的第一仗。
湘军入皖早为太平军所注目。当战争在太湖发生后，陈玉成于咸丰九年十二月（1860年1月）率大军增援太湖，扎营七十余座，包围进攻太湖的湘军。胡林翼闻讯也迅速由黄州进驻英山，并向曾国藩告急，建议集中兵力打击陈玉成的援军。曾国藩同意了胡林翼的建议，但并没有放弃进攻安庆的计划，他提出让李续宜、曾国荃增援太湖，李、曾二支人马尚远在湖南和江西，无法马上应援。因此，进攻太湖和阻击陈玉成的援军，仍旧只有多隆阿、鲍超率领的第二军，另有曾国藩派去的朱品隆、李榕的少量湘军。
鲍超是带领第二路军的主要将领之一。他在太湖之战中发挥了关键作用，他也因此名声大震。鲍超，四川奉节人，字春霆，是湘军中的一个传奇人物。其父为绿营士兵，在鲍超幼年时即战死军中，其母亦丧。他十余岁时到四川峨眉山清虚观为道士打柴挑水。因他为人爽直、做事卖力，深得道长喜爱。在清虚观几年，竞学来了道长的真传武功。道长欲留他在观里，但鲍超却要凭着自己的一身本事干出轰轰烈烈的事业来，到了成年后便下山投了清军。当时正值太平天国在广西起义，鲍超被发往广西，选人向荣的亲兵营。永安一战，他身负重伤，留在了广西，并在此成家，与一位韦姓女子结了婚。鲍超伤好之后，他想领着妻子到湖南追随向荣，但没有追上，却遇上了曾国藩在招兵。当时，鲍超几乎是陷入了走投无路的地步，他已经身无分文，还带着妻子。曾国藩试了他的武功和谈吐，知此人未识一字，却有一身莽力和武艺，就安排他做了湘勇的一名教练。后来，鲍超进入塔齐布的军营，数战之后，以勇悍闻于湘军。后编练湘军水师，曾国藩让他做了水师哨官，是杨载福长江水师的前锋船。并参加了洞庭、岳州、金口，武昌、田家镇等战役。鲍超每战皆立功，破田家镇拦江大锁，他的功劳尤大。战后，被提拔为营官。
曾国藩家居期间，鲍超留湖北，属胡林翼。多次战斗，功劳卓著，胡林翼对他十分器重，认为“布衣知己，尝以弟呼之。”并改鲍超所部水师为陆师，招长沙勇三千，号“霆军”，转战安徽、湖北等地，屡与陈玉成及捻军作战。在太平军的心目中，他是一个最为凶恶的强敌。这次参加会攻安徽，饱超以参将衔为第二路军主要将领，率众六千余人。
陈玉成领兵援太湖，鲍超主动要求打援。多隆阿让他率本部人马到太湖东北的小池驿驻扎，阻止陈玉成进兵太湖。仗打起来后，鲍超抵挡了陈玉成的全部援军，战斗进行得异常残酷。他离诸军距离很远，成了一支最孤立、最突出的挨打部队。他屡向多隆阿要求增援，多皆置之不问。结果，在没有援兵帮助的情况下，他带领将士们孤军奋战，部队死伤过半，后被陈玉成团团包围。
鲍超坚忍不拔，在包围圈里往往率队主动出击，使陈玉成的数万军队一时战不胜他。一次夜间，他乘太平军连日围攻疲惫之时，率军摸进敌营，发起突袭。太平军在睡梦中突遭袭击，不知是何军杀来，几被其击溃。幸赖陈玉成挥军迎战，才免于溃败。
正在太平军围攻鲍超之时，胡林翼突然派金国琛、余际昌率兵l万多人从太平军背后袭击。鲍超趁机率部从城内杀出，陈玉成腹背受敌，自顾不暇。多隆阿见状，立即派兵烧毁陈玉成的粮库。这样一来，陈玉成于1860年2月16日不得不放弃太湖，连夜撤走。
鲍超的苦战并没有付诸东流，这一苦战有力地阻住了陈玉成的大军，使太湖一战取得胜利。战后，鲍超及其“霆军”声名大振。咸丰闻报，加封提督衔，并赏假回籍养伤、省亲。待他假满之后，曾国藩、胡林翼令其募勇万余人统带，成为湘军中最主要的一支大部队。
太湖是安庆的门户，门户一开，湘军便长驱直人。这时的安庆仅剩下枞阳一线与桐城相通。曾国藩后来利用卑鄙的手段收买了韦俊，这位曾经两次攻克武昌的骁将顿时成了太平天国的罪人。1860年6月，韦俊在湘军水师彭玉麟、杨载福的配合下攻陷枞阳。安庆完全暴露在湘军的眼前。
曾国藩有意要成全曾国荃，命他带领曾家军的嫡系部队进驻集贤关，兵临安庆城下，形成围攻之势。从此，安庆内外隔绝，成为一座孤城，处在了湘军严密的包围之中。
受重用署理两江
正当曾国藩全力围攻安庆的时候，天京战局发生了重大变化。拜上帝会的最早成员之一，洪秀全的族弟洪仁玕从香港辗转来到天京。洪秀全此时正感到身边无人，洪仁玕的到来令他万分高兴，遂封为干王，总理朝政。
1860年初，为解天京之围，忠王李秀成、英王陈玉成等太平军将领策划了一场大的军事行动。李秀成率兵由苏南入浙，大兵猛压杭州。浙江巡抚罗遵殿慌忙向江南大营统帅和春求援。和春派总兵张玉良带兵二万，由江宁赶赴救杭州。张玉良刚走到半路，李秀成突然率兵北上，猛扑江南大营。此时，陈玉成也率兵强渡长江，两军会合。数日之内，连破江南大营外围要地，将江南大营紧紧包围起来。和春、张国梁拼死抵抗。九昼夜的激战过后，江南大营彻底瓦解。和春、张国梁仓皇逃出，太平军乘胜追击，接连攻下苏州、常州。和春自缢，张国粱落水而死，江苏巡抚徐有任自杀，两江总督与其他江苏官员逃往上海，一时形成了树倒猢狲散的局面。江南七万绿营全军覆没，清政府在南方的绿营武装已基本瓦解，再也没有力量组织对天京的包围了。
江南大营的覆灭对清政府来说是个沉重的打击，让湘勇出力，绿营兵坐收渔利的想法彻底破灭。从此，只得一心一意依靠湘军剿灭太平天国了。
这样的消息对清政府来说，几乎要崩溃了，但对曾国藩来说，这无异于上天帮自己出头。他和幕府得知这一消息后，欣喜万状，左宗棠、李鸿章、胡林翼等人无不倍感欢欣鼓舞，认为自己的出头之日已到。
事实证明也是如此，原两江总督何桂清逃走之后，咸丰一怒之下将其革职，后来由肃顺推荐了曾国藩。咸丰皇帝下诏令曾国藩为两江总督，速往江苏署理两江事务。肃顺精明干练，魄力宏大，敢于重用汉人。他认为要想剿灭太平天国，就必须依靠胡曾这帮汉人，所以无论是曾国藩，还是胡林翼、骆秉章等汉人之所以能够得到皇上重用，都与肃顺的极力保荐分不开。
曾国藩第一次墨经出山就曾深得肃顺的推荐。现在又仰仗他，登上两江总督的宝座，这对于苦于得不到抚督大权而苦恼的曾国藩来说，真可谓是莫大的恩典。因此，曾国藩从心底感激肃顺。然而，一向以老成持重著称的曾国藩并没有因一时的冲动与肃顺有任何私下联系。后来慈禧太后发动宫廷政变，处死肃顺时，从肃顺家中搜出许多阿谀追随的信件，其中独独没有曾国藩的，这使慈禧大为感叹。因此，曾国藩在慈禧掌权时期，仍能得以重任。
就在曾国藩总理两江不久，胡林翼又上奏皇上，保奏左宗棠。
左宗棠本来在湖南巡抚骆秉章的幕府中充任幕僚，很得骆秉章的信用，骆秉章对他可以说是言听计从。每次骆秉章的部下向他请示汇报工作时，他总是令其问“左师爷”去。因此，湖南官场对左宗棠是唯命是从，把左宗棠“敬若神明”。左宗棠本来就恃才傲物，狂妄自负，这一来就更加目中无人。有一次，署理湖南提督，永州镇总兵樊燮（xia）找骆秉章议事，向骆秉章行完礼后，见左宗棠也在座，于是就向他行了一揖，问了声“左师爷”好，然后落座。左宗棠见樊燮未向他行跪拜大礼，心中极不高兴，厉声责问樊燮说：“湖南武官，无论大小，见我都要请安，你为何不向我施礼请安。”樊燮也怒了，大声反驳道：“朝廷体制并未规定武官要向师爷请安，武官虽轻，也不比师爷贱。何况樊某乃朝廷任命的正二品总兵，岂有向一个幕僚请安的道理。”左宗棠一时语塞，勃然大怒，破口大骂，从椅子上跳起来，冲过去将樊燮痛打一顿，幸好被骆秉章拉开。打过樊燮之后，左宗棠还气愤不过，又以骄倨的罪名将其革职。樊燮一个堂堂二品武职大员的身份竞被一个举人如此侮辱，如何能忍受？立即上诉于湖广总督官文，添枝加叶地把左宗棠如何无视朝廷命官，骄横跋扈，独断专行的情形向官文诉说了一遍。官文对左宗棠早就不满，便趁机向咸丰帝上了一个折子，将樊燮所说的罪状罗列了几条，又给左宗棠戴了一顶“劣幕”的帽子，说他把持湖南为非作歹。
咸丰看到官文的折子，立即派人前去核查此案，并授权查案人员：倘若真有不法之事，将左宗棠就地处决。胡林翼、骆秉章等人立刻慌了手脚，一边出面保奏，一边在京城活动，请肃顺出头保荐。肃顺说必须有内外大员的保奏，皇上问起时才好说。一时间，保荐左宗棠的奏折雪片般地向咸丰飞来，以至于有了“国家不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠”这样的称赞之辞。肃顺也乘机推荐，左宗棠不仅性命得以保全，而且赏给四品卿衔，帮助曾国藩办理军务。
得到了梦寐已久的两江总督的职位，同时又有了胡林翼、左宗棠、李鸿章等人的支持，曾国藩开始站在与太平军作战最高统帅的高度，思考以后的用兵计划。
首先他清醒地意识到，朝廷从江浙人手，通过苏州、常州包围天京，从天京下游进攻的决策是行不通的，要想攻克天京，必须从长江上游向天京包围。即继续执行自己复出时定下的进军皖中的计划，拿下安庆，消灭陈玉成的部队，步步进逼天京。所以他拒绝了清政府让他率兵攻下苏州、常州的要求。只把大营扎在安徽、江西、浙江三省之间的祁门，一心一意围攻安庆。