第三条是“我朝以孝治天下，而遗命在所尤重”。曾国藩举出两个显见的例证，一是孝庄文皇后病逝时留下遗嘱，她谆谆嘱咐康熙皇帝：“我身后之事特嘱你：太宗文皇帝梓宫安奉已久，卑不动尊，此时不便合葬。若别起茔域，未免劳民动众，究非合葬之义。我心恋你们父子，不忍远去，务必于遵化安厝，我心无憾矣。”康熙皇帝一向孝顺祖母，孝庄皇后死后，康熙帝遵照遗嘱，将祖母安葬在了遵化的东陵附近。第二个例子是乾隆皇帝。乾隆帝把大清朝推向全盛，他的功绩大业死后是完全可以称“祖”的。但乾隆帝临终前也留下遗命：“庙号毋庸称祖”。嘉庆帝只好遵从，故庙号“高宗”，并将此载入《会典》，“先后同揆矣”。在举出以上两个例证后，曾国藩说：“此次大行皇帝遗命，唯第一条森严可畏，若不遵行，则与我朝家法不符，且朱谕反复申明，无非自处于卑屈，而处列祖予崇高，此乃大孝大让，亘古未有之盛德。与其以尊崇之微忱属之臣子，孰若以奠大之盛德归之君父，此其不敢违者三也。”
曾国藩的奏疏非常有力量，他最后说：今皇上（指咸丰帝）如果不按大行皇帝之遗命去做，就有“违命之歉”。此时，咸丰皇帝颇感为难：如果按照遗命去做，大行皇帝未能郊配，自己的孝心也“有歉”，考虑到将来又“多一歉”，与其他日成礼时“上顾成命，下顾万世”，左右为难，不如现在慎重考虑，再做决断。曾国藩的奏疏尽管理由是儒家的仪礼，但这是需要万分勇气的。道光皇帝已经死了，他是不是真是那么想的，谁也不敢肯定。也许道光皇帝本人只是做做样子，并不是真心要如此，更何况他的继承人也不会听任自己的父亲自贬自损，想抬高还来不及呢！再者，大臣们已有明确的“公议”，曾国藩如此“不识时务”，是要冒很大风险的。因此上疏的末尾用“不胜惶悚战栗之至”这样的话，也是袒露心情的真话。当时，咸丰皇帝虽然在御批奏折上写的是肯定的词语，但是心里并不痛快，对曾国藩平添了几分厌恶之情。但曾国藩认定的是天下之理，所以奏疏一个接一个地上，批评也逐渐升级，最后连刚继位的皇帝也有“三大缺失了”。
咸丰帝即位之初，颇有一番“振作”。道光三十年二月初八，他发布上谕，令九卿科道凡有言事之责者，就国家用人、行政一切事宜，“皆得据实直陈，封章密奏”。曾国藩时为一品侍郎，立即将久蓄心中的治国大计倾吐出来，乃于三月初二上《应诏陈言疏》。
曾国藩对于清朝开国至咸丰之初的人才问题，提出了中肯的批评。他认为人才“有转移之道，有培养之方，有考察之法，三者不可废一。”
不求有功，但求无过，使清代出现了许多“泥塑木雕”式的官员。康熙末年，顺天府尹余正健不能办事，致使各项事务废弛，康熙帝说他是“木雕草束之人”。有人说，余正健虽然不能办事，但人有正气，康熙帝不以为然，说：“那样的话，不如立一个泥塑木雕之人，不吃不喝，岂不更好！”
曾国藩主张踏实的学风。他认为，如果要让天下的英才辈出，又要他们不做出格的事情，就必须倡导踏实的学风。如果能这样坚持下去，十年之后，朝廷必然会人才济济。
曾国藩上这份奏疏时，他已在京师为官十年之久，此间他从七品小官晋升二品大臣，对于官场风习可以说是每日触及，因此他才能够提出发人深思的问题来。他后来多次说，三四十年来不黑不白的官场，已让英豪短气，让豺狼不敢为非。这确实是个悲哀的时代。
清朝的政治风气，在嘉庆道光以后日见泄沓萎靡，人才亦见寥落。这与皇帝的好尚及执政者之逢迎谄谀，都有密切的关系。《瞑庵杂识》中曾有一条说：
曹振镛晚年恩遇益隆，声名俱泰，做了很长时间的大学士却平安如初。他的一个门生请教做官诀窍，曹答曰：“无他，但多磕头，少说话耳。”当时流传颇广的《一翦梅》四则形容官场积习十分形象：
“仕途钻刺要精工，京信常通，炭敬常丰。莫谈时事逞英雄，一味圆融，一味谦恭。大臣经济在从容，莫显奇功，莫说精忠。万般人事要朦胧，驳也无庸，议也无庸。八方无事岁年丰，国运方隆，官运方通。大家赞襄要和衷，好也弥缝，歹也弥缝。无灾无难到三公，妻受荣封，子荫郎中。流芳身后更无穷，不谥文忠，也谥文恭。”曹振镛死后谥号“文正”，他是道光一朝最得皇帝信任的宰相。曹振镛琐鄙无能，养成了道光一朝政治风气的柔靡泄沓。
上梁不正下梁歪。在君主国中，皇帝的行为在很大程度上影响甚至决定着官员的风气。道光帝经受鸦片战争的打击后，几乎一蹶不振，“恶闻洋务及灾荒盗贼事”，身边的军机大臣也只好报喜不报忧，当时京师有一副联云：“著、著、著，祖宗洪福臣之乐，是、是、是，皇上天恩臣无事。”在这一世风下，曾国藩基于十年京官的经历以及对官场习俗的厌恨，更重要的是要改变现状的决心，因而能反其道而行之。众相柔靡之时，他却敢迎风独立，挺身而出，这为提高他的政治声望以及艰难时挺身而担大任创造了条件。
曾国藩的可贵之处，就在于他不仅敢于提出问题，更为重要的是他还能提出解决问题的具体可行的办法，有理有据，从这一点，足以看出曾国藩对清朝的官僚体制的弊病研究的十分透彻。他从民间走出来，把八大衙门的正副长官（即堂官）比喻为农夫，把皇帝比喻为太阳，而把中下级官员喻为禾苗，既形象生动又十分贴切自然。
这一奏疏也反映了曾国藩不是庸碌之辈。他的思考，他的积累，才能使他形成对当时人才问题的系统认识，而这些也成为指导他日后治军打仗磨砺人才的观念基础。
由于曾国藩上奏时，左副都御史文瑞、大理寺卿倭仁、通政使罗悖衍等也各上奏疏，陈述政事。咸丰帝还将通政副使王庆云、鸿胪寺少卿刘良驹及科道官上的奏折，交有关部门议行。因此，咸丰帝收到曾国藩奏折的时候，也奖许一番，称其“奏陈用人之策，朕详加披览，剀切明辨，切中情事，深湛嘉纳”“折内所请保举人才、广收直言，迭经降旨宣示”，对折中“日讲”的建议，命礼部等衙门讨论切实办法。
当年四月初，曾国藩参照《会典》等书，将他拟定的日讲十四条上奏。随后，在荐举人才时，他举荐李棠阶、吴廷栋、王庆云、严正基、江忠源五人可当重任。
在传统的中国，当王朝更迭时，往往有政策的大调整。而一个王朝老皇帝崩逝、新皇帝即位之初，也有一番政策小调整。这就是说，在专制的统治下，由于皇帝的最高权威性，因此即使他在位期间有什么不适宜的政策，往往也难以纠正，只好等待新旧交替时调整。这也是没有办法的事。尤其是到了中国封建社会的晚期，“自我调整”的机制已很老化，上述情况更加明显。如明朝的嘉靖皇帝十几年不上朝，整天在宫中炼丹，与道士、宫女混迹一起。朝臣上的奏疏大多连看都不看，就“留中”了，也就是不交有关部门讨论执行。这位统治了四十余年的皇帝，给明朝带来了中衰。他的晚年，终于有一位闻名于天下后世的大臣上了一道疏，大骂皇帝一通，其中有一句说：“天下人不直陛下久矣！”意思是说天下人早就认为您不应当皇帝了。这个人就是海瑞。嘉靖皇帝看到这句气得浑身发抖，把奏疏摔在地上。不久，这位皇帝倒真的想辞去皇帝，当太上皇，并举海瑞疏为证。但这种事情是根本不可能的。所以，一切只好等待新君即位。
当年，曾国藩上奏了《应诏陈言折》《条陈日讲事宜疏》《备陈民间疾苦疏》《平银价疏》《议汰兵疏》等。这些折疏所言之事似乎已不太新鲜，但都出自曾国藩对清廷的忠耿之心、妙手之文，恳切、生动，跃然纸上。奏折揭示了人民的种种疾苦，钱贱银贵等情；官场黑暗，官吏无能、腐败、害民扰民之实况；还提出兵伍不精，徒费国用，建议裁汰五万绿营兵，以裕国用；并提出选拔有用之人，制定严格的培养、考察、升黜制度等。还推荐了李棠阶、吴廷栋、王庆云、江忠源、严正基五人，认为此五人堪当大用。
这些奏折没有发生任何实际效果，甚至于皇帝看没看都难说。当时应诏上的折子也太多，咸丰虽值英年，又主动征求言路，但是国家问题太多，上奏提的问题又大致相类。所以，皇帝看得多了也就懈怠，哪能一一回复，大不了的，批个“知道了”，也就算不错了。
然而，当时的政治形势却急剧发展。
1851年1月11日，洪秀全领导的太平天国起义在广西桂平爆发，短短几个月就接连打败清朝钦差大臣李星沅、广西巡抚周天爵的围追堵截，突出重围，扯旗北上，称王封制，成了清政府的心腹大患。同年3月，咸丰任命他的舅舅、首席军机大臣赛尚阿为钦差大臣，担任前线总指挥，任命顺天府尹邹鸣鹤为广西巡抚，协办军务。当时，赛尚阿的职位最高，与咸丰帝的关系也最密切。派他直奔广西前线，在朝野之中，引起极大反响，大家认为这次的形势可不一般了。
曾国藩更是着急，他在给友人的信中发牢骚说，自己的多篇上疏、大臣们的纷纷奏章，皇帝多置于不问，或以“勿庸议”三字了之，或下一旨空文，而后“复高阁束置，若风马牛不相与”，将“书生之血诚，徒供胥吏唾弃之具”，表示不满。
“为国藩篱”的“血诚”，促使曾国藩于1851年5月上了一个锋芒直指咸丰皇帝的《敬陈圣德三端预防流弊》折。他在给家人的信中说，自己是冒着极大风险上的此折，因为曾家受恩深重，自己身为二品大员，诰封三代，此时不尽忠直言，对不起国家黎民。他认为，新君登位，满朝谨小慎微，“唯阿之风”正在刮起，对青年皇帝不是好事，若是滋长了皇帝的“骄矜”，养成“恶直而好谀”的习性，可就是国家的祸事了。因此趁着元年新政，冒死把“骄矜之机关说破”，使皇帝“日就竞业”，使廷臣“趋于骨鲠”，以树立朝廷进取之风气。
出于“济世以匡主德”的大目的，曾国藩进行了这次冒死地犯颜直谏，几乎因此而丢了前程甚至是脑袋。
这次上疏的内容的确也是不比寻常的，他是直接给皇帝提意见，是揭皇帝的短。其宗旨包括三个方面：第一方面是批评咸丰苛求小节，疏于大计，对广西前线的将帅安排不当；第二方面是批评咸丰文过饰非，不求实际；第三方面批评咸丰骄矜，出尔反尔，刚愎自用，骄傲自满，言行不一。
据说，曾国藩的这个疏稿不仅呈给了皇帝，而且他怕又像上几篇奏稿那样，石沉大海。在上朝时曾把要害之处当着文武百官的面，背了出来。
自广西金田起义后，前线的风声越来越紧，咸丰的朝会也就很多，所议内容多也是战争之事。在一次朝会上，曾国藩跪奏了那篇稿子的主要内容。
开始一段，他跪奏了“防琐碎之风”，举的例子是皇帝自继位之后，往往以小节归咎大臣，因小失大。而广西的军事用人，也是因小失大，筹措中皆有失误。
曾国藩操着不易听懂的湖南口音，唯恐皇帝听不真，说得很慢。朝堂上的百官清清楚楚地听到曾国藩句句指责的是皇帝本人，因此鸦雀无声，不知道会如何收场。
咸丰听完了第一段，克制着火气，又往下听。曾国藩第二节讲的是“杜文饰之风”，举的例子是皇帝广开言路，但对群臣所奏，大抵以“知道了”三字了之，“间有特被奖许者，手诏以褒倭仁，未几而疏之以万里之外；优旨以答苏廷魁，未几而斥为乱道之流。是鲜察言之实意，徒饰纳谏之虚文。”
曾国藩先批评皇帝处理广西军务失措，又批评皇帝开言路是做样子。
随后，曾国藩又跪奏了第三节“防骄矜之气”，指责咸丰“饰非拒谏”“娱神淡远”“恭己自怡”“厌薄恒俗而长骄矜之气”。
曾国藩在百官面前如此指责咸丰皇帝“骄矜”“虚文”，而且举出了一大堆例子，至高无上的天子尊严受到了挫辱。于是，龙颜大怒，大喝：“狂悖！”“该当何罪！”马上要令军机拟曾国藩之罪。
幸亏大学士祁隽藻、左都御史季芝昌出班跪求，说他罪该万死，但他冒死直陈，是出于对国家的愚忠，原视皇帝为舜尧，自古“君圣逆直”，望免其罪。咸丰这才没有加罪。
这几次上疏，是曾国藩在咸丰初期的主要作为，表现了他不同于一般官宦的抱负和远见，同时也显示了他直道而行的书生本色。几篇谏疏使他在朝野内外赢得敢于直谏、忠诚为国的政治声望。从清廷到湖南家乡，许多人都称赞曾国藩的这种做法。就在上疏不久，好友胡大任给曾国藩来信，盛赞他不顾个人安危，上疏朝廷，并请曾国藩将他的上书呈转。曾国藩在复信中说：“现今世风日下，而官吏们又狭隘酷烈，内观身世沉浮无有涯期，外观满眼民生日蹙。”实际道出的是他自己的感受。
当曾国藩没有上书指陈咸丰缺失前，他的同乡好友罗泽南去信责怪曾国藩只上言枝叶，不讲求根本，其中有“有所畏而不敢言者，人臣贪位之私心也；不务其本而徒言其末者，后世苟且之学也”四句话，曾国藩读后，感触很深。实际上，当时曾国藩已上书咸丰，但罗泽南还不知此事。当曾国藩接到好友的信后，说“与我上疏的意见相符，万里神交，真是不可思议”，立即将上书抄录全文，请罗泽南阅读并指教，并请同乡老朋友刘蓉、郭嵩焘、江忠源、彭筱房、朱尧阶、欧晓岭等人，一一阅看。
果然，老朋友得知真实情况后，对曾国藩更加敬佩，曾国藩在湖南的威望也就日渐提高，这对他后来组建湘军、吸收人才有很大作用。
曾国藩的“犯颜直谏”虽未成功，但影响极大，他的“鲠声”在清朝官吏中传扬开来。尤其在湖南的知识分子中，如刘蓉、罗泽南、郭嵩焘、江岷樵、彭玉麟、朱尧阶、欧阳兆熊、江忠源等人都一齐夸赞曾之“大疏所陈，动关至计，是固有言人所不能言、不敢言者”，说此举可“慰天下贤豪之望，尽大臣报国之忠！”