武昌陷落的当日，清廷懵然不知，尚命徐广缙、向荣专办两湖军务，另以两江总督陆建瀛为钦差大臣，进防江皖；以琦善为钦差大臣，进防信阳、新野一带。太平军弃武昌东下之日，陆建瀛才抵达九江，而江宁的防务，委之以原广西巡抚邹鸣鹤(以其曾主持桂林城防，有守城经验)，但邹等军政大员虚应故事，直至警报频传，方才略事准备。派到城外布防的兵士，“皆鸦片鬼也”，或“恇弱如妇女，不知何所用也”。而城内所招乡勇，多为“向来失业及无赖游手之徒”。一月十九日，陆建瀛自九江逃回，阖城人心惶惶。水师提督福珠隆阿带兵五百驻防雨花台，而慑于太平军的声势，沿江守军闻风逃遁，郡县空无一人。太平军大队兵临城下后，原来囤积城外御敌的军火尽为所得。太平军合围江宁后，占据城外的制高点，连日以大炮向城内轰击，同时赶造云梯，穴地埋雷。
二月十日拂晓，仪凤门城墙被地雷轰开两丈多宽的缺口，太平军数百人涌入城内，旋即分路扑击内城(即八旗驻守之满城)。仪凤门为江宁将军的防区，闻知失守后，将军祥厚即调派驻守太平门的旗兵百人赶赴仪凤门，以火枪迎击，“连环而进，贼不能当，踉跄却走”，太平军见势不利，吹螺号撤退，由原路退出。清军旋即堵塞缺口，太平军此番突击并未得手。
但是，先期由成贤街经小营突袭满城的太平军，与闻讯而出的两江总督陆建瀛不期而遇，总督的仪从护卫见到太平军进了城，一哄而散，总督遂成刀下之鬼。敌军进城，总督被害的消息，随逃散者传至南门，守城官兵顿觉大势已去，相继遁逃；恐惧如影随形，像传染病一般开始蔓延，水西门、汉西门的兵勇亦闻风溃散。此时已是午后，占据着城外制高点的太平军很快便发觉南门弃守，迅速支起云梯登城，并沿城台绕至水西、汉西两城门，强迫居住于各门附近的百姓搬走堵塞城门的土袋，于是三门洞开。其时天色已晚，占据各城门的太平军即宿于附近的人家。“而中北城人不知三门情形，即东北各门守城兵亦不知也。城上仍复时时开炮，街巷仍复纷纷巡逻。”次日黎明，太平军由三门大举入城，顷刻间，喊杀声枪声震彻街巷，各门得知太平军进城，军无斗志，遂作鸟兽散，旗兵退入满城，除太平门朝阳门继续抵抗了一阵外，各门均弃守。入城的太平军，在追杀城中溃卒的同时，传令居民闭户不出，违令者杀，然后集中兵力攻打满城(内城)。
纵观江宁城的陷落，清军的窳弱、军政大员不谙军事，懈怠无能，各城门守军之间缺乏协调与消息隔膜等等，都是致命伤。而太平军的心理战，则是其制胜的重要因素。首先是人多，人海战术使得城高墙厚的江宁城就像是汪洋中的孤舟，首先在心理上瓦解了城内军民的斗志。据当时身在江宁的汪士铎所言：“或(有人)登三山门望之，自城外至江东门一望无际，横广十余里直望无际，皆红头人(指以红布包头太平军士卒)。虽知其皆胁从，然以悍贼夹其中胁制之，使不乱行，故既众且整，吾人望之气夺。”其次，以小股佯动，疲弊守军，虚耗其弹药。“贼又分数十人东至通济门，距城半里许，三五窥探，守兵遥见，即连续开炮，惊扰不已。少时洪武门亦如此；又少时朝阳门亦如此。”再次，太平军派细作事先混入城内，散布谣言，恐吓民众，致使城内一夕数惊，人心惶惧。如破城前一日，“传说贼于明日破城，官民惶惑。是晚，城北居人笼烛巡街，忽见各家门墙或画红圈，或画白圈，或一或两，或朱书天字，或大字，或刀十字。周环二三里，家家俱遍，先一刻无此也。群相惊疑，知有奸细，巡防彻夜无间。”
江宁陷落的另一重要原因是，受命追击堵截太平军的清军将不用命，打打停停，养寇自重。武昌失陷后，清廷将钦差大臣、署湖广总督徐广缙革职拿问，以在武昌与太平军对峙的署湖北提督向荣为钦差大臣。其时在前敌，能与太平军一战的，只有向荣，而清廷也将遏制太平军势头的厚望寄托在他的身上。在绿营兵中，向部素称劲旅，而且自广西始，与太平军打了数年，对手作战的路数，向荣很清楚。太平军东下后，他率军尾追，若如其声称的是日夜兼程，本不难追及陆路的太平军。但一月十四日到九江后，向借口催饷、裁勇、雇船，二月二日才乘船上路。抵达江宁时，清军已足足落后了二十三天。而此时太平军已攻克江宁十二天，且挥师东进，相继占领了镇江，扬州二城。向荣率所部在孝陵卫结营，是为江南大营；之后另一钦差大臣琦善率部屯住于扬州外围，是为江北大营。此后清军即“晏安苟且，狃文恬武嬉之故习而不改”。曾国藩虽远在湖南，也从亲戚(在江南大营粮台任职)处得知具所为，“据称向营兵勇五万余，自三月至十月并未开仗。此人误尽天下事，遗祸于江、皖、两湖，参之，肉其足食乎？而至今多言其勇者，公道之不明如此，可痛恨山。”
太平军大规模拆散家庭，强制入伍，强制劳役的状况骇人听闻，姑且不论其人道与否，由此裹胁而成的军队战斗力如何，是个令人感兴趣的问题。可以肯定的是，绝大多数老百姓是不会愿意从军作战的，但太平军的领袖们设计出一种屡试不爽的办法，由不得你不从。
首先，编伍者要登录兵册。每营以两司马为单位，从头领到士兵，均要登记番号、军职、姓名、年龄、籍贯、入营时间、地点。每两司马造兵册一本，呈本管卒长；每卒长合四两司马兵册，汇造一本呈本管旅帅；每旅帅合五卒长兵册，汇造一本呈本管师帅；每师帅合五旅帅兵册，汇造一本呈本管军帅；每军帅合五师帅兵册，汇造一样四本，分送本管监军、总制、将军及诏书衙。如有逃走者，则随时添改。每七日，两司马据册开单，赴圣库领一周钱粮。兵册而外，尚有家册，每军自军帅至伍卒，人各一页，亦由两司马造送，层层汇转如兵册之制，经本管总制送存于诏书衙。家册录入每人军伍番号、姓名、年龄、籍贯、入伍时间地点与军功封赏等项外，还要逐一录人父母、兄弟姊妹、妻子儿女姓名及所在。如此，家人形同人质，若发生逃亡、败降等事，则可以按册索骥，连坐家人。这一有组织的恐怖制度从金田团营，分男行女行时即已实行，实践证明，对防止逃亡(用天国的语汇，叫做“变妖”)，这是很有效的一招。另外，太平军不准剃头，被裹胁者一段时间后，头发自会生长变长(故被百姓称做：长毛)，即便逃亡，也很可能被官军、团练认作是“贼”而性命不保。
其用人，“最喜粗鄙无知识人，为其易于愚弄，且皆强有力能耐劳苦，故每抚慰而任用之。”“无恒产力作以谋衣食者，如郴桂挖煤开矿人，沿江纤夫、船户、码头挑(夫)脚(夫)、轿夫、铁木匠作、艰苦手艺(人)皆终岁劳动，未尝温饱。被掳服役，贼必善遇之，数月后，居然老兄弟矣。衣锦食肉，优游自如，遂亦安之。”太平军尤喜收养童子，因其年少可塑性强，随军时间一长，“耳闻目见，无非邪说暴行，遂习而与之俱化，效其杀人放火，无所不至，随贼愈久，残忍愈甚。凡临阵攻城，亦惯用童子为介，以童子皆不畏死，无不以号叫跳跃为乐者。”这恐怕是历史上最早利用儿童作战者，张德坚《贼情汇纂》中与立“童子兵”一节可以参看，于此不赘。
那么又用什么保证士卒的战斗力呢？一是进行拜上帝教育，“令新掳之人，诵习赞美天条书及一切伪书，并极言天父天兄天王东王诸神异，自拜降后可思衣得衣，思食得食。凡打仗，天父必大显权能，助阵杀妖，万无一失。况新兄弟在后助仗，并不用尔等前驱。凡事但遵天令，出力立功，必授美官显爵，死后魂升天堂，享福无穷。一人悔罪，举家升天，不必挂念。”此外，每日早晚还要进行礼拜上帝仪式。“早晚吃饭，鸣锣集众，率念赞美(辞)，念时置桌屋中，列肴馔，茶三盏，饭三碗，点烛而无香。馆人散座于两旁，瞑目扬声，如僧讽诵。”“其词云：赞美上帝，为天圣父；赞美耶稣，为救世真主；赞美圣神风为神灵，赞美三位为合一真神。真道岂与世道相同？能救人灵，享福无穷；智者踊跃，接之为福；愚者省悟，天堂路通。天父宏恩，广大无边，不惜太子，遣降凡间，捐命代赎，吾侪罪孽，人知悔改，魂得升天云云。”“念毕，各向外跪，书手默念：‘小子(女馆自称小女)某某，跪在地下，仰求天父皇上帝老亲爷大开天恩’等语，末句则高呼‘杀尽妖魔’而起，然后吃饭。”上述赞美辞与天条，要求三个礼拜之内背熟，否则斩首不留。且礼拜三次无故不到，也会被处以斩首之刑。
思想灌输而外，则以军法部勒，临阵退后者斩，违令者斩，逃亡者斩。自金田起事时，临战即有督战队，据当时被俘者交待，打仗时“如有退缩回馆者，由各头子指出，即行斩杀。每次打仗回去，总杀有二三十人。是以众匪拼死”。金田时期主动从军的老兄弟，有坚定信仰，且历经土客械斗、官军围剿、攻城略地，皆身经百战，是太平军的军事骨干，且大都升任高级军职；而参加较晚的郴桂会党分子，后多成为中基层军事骨干。这些人太平军自己统称老兄弟，清军则称之为“老贼”。到江宁时，广西过来的老兄弟老姊妹，已经不满三万人，“临阵率多郴桂以下续裹之人，叠受伪封，甘为之死。老贼凭高远眺，作壁上观而已。”或在后督战，新兄弟(清军称之为“新贼”)慑于“退后立斩”之军令，“齐一心志，誓以死斗，我军往往不敌。即遇我之劲旅，是杀毙皆我之人民，与老贼初无所损。或有经数十战犹存者，譬之顽铁百炼亦可成钢。此辈即无伎俩，到此地步亦成能者。”据说，对这种裹胁之术，杨秀清独有心得。时人有笔记说：
(杨)向所亲密(之人)言曰：“吾亦知新收兄弟心不服而怨恨，全在绳以苛法，劫以严令，驱策而挫折之，使之不遑有他志。如有相约变妖(指逃亡)者杀之。虽各有异心，彼此疑惧，谁敢先出诸口？况人人心虽恨我而不能祸我，人人身体精神皆为我役使，是恨我者虚，助我者实也。妖之待人，人人感之，未必妖营办事之人能如我诸兄弟之尽力。是感妖虽有实心，助妖并无实际，此妖之所以屡败，我之所以屡胜欤？”
裹胁成军这个特点，注定了太平军只能胜不能败，且只能以多战少，一旦战败，尤其是主帅与带队的老兄弟阵亡后，很容易崩溃，因为其中相当一部分人只要有机会，注定会逃亡。再有就是必须不断攻城掠地，以补充军资、兵员之消耗，从而不可能建立起可供长久依托的根据地。之前太平军屡战屡胜得益于其朝气，亦得益于清军的暮气。尤其是长期生活于和平环境中的官民，对于突如其来的战争与杀戮，既乏军事准备，亦无心理准备，很容易被太平军的声势所震慑。诚如汪士铎所言：“江宁之祸，无将无兵无外援。城大，在事者皆文人，陆(建瀛)与邹鸣鹤虽经见战而茫然不知守御。殆战时在百里之外。蒙被而卧，又不采访人言也。将军、提督、都统虽武弁，然循格推升者，原不知武为何事也。文臣之佳者以廉名，以干(练)名，皆色取之巧也，夤缘依附之力也。不知掘壕，不知调兵，除八旗兵外，皆市井无赖、手无缚鸡力者，与之同守，岂不殆哉！”
太平军攻克满城，杀“妖”(泛指一切满洲人及汉族官兵)殆尽后，则又开始在武昌实行过的那套程序：搜刮民财充实圣库，打馆，分男行女行，讲道理号召拜上帝，号召纳贡免役，之后强制青壮男子编伍出征，选妃进献天国领袖，等等。在太平军攻占的镇江、扬州等城市，这一幕照样搬演。不同的是，江宁是洪杨认定的小天堂，他们要在这里待下来，建立人间天国。
据李秀成说，洪秀全原本想要进军中原，但杨秀清听了其座船水手的话，决定建都南京。笔者以为李秀成所言乃是传闻，因为李当时还是个中下级军官，不可能参与这种重大决策。定都南京，最晚也是在武昌时做出的决策。不然，湖北河南相邻，武昌距河南不过数百里之遥，若进图中原，何不从武昌直接北上，而要舍近求远，迂回数千里？稍有军事常识者，都不可能犯这种错误。
洪秀全可能确实有去北京坐金銮殿的想头，但太平军的节节胜利，是在杨秀清等的指挥下获得的，他不过是个因人成事的傀儡(在杨秀清眼中，一定是这样的)，说话不硬气，即便坚持，杨秀清来一次“天父下凡”，即足以否决他的主张。而杨秀清自视神圣，也绝不是那种肯听老兵谏言之人。其实，建都金陵早在其计划之中。
洪秀全可能是看到太平军进展太顺，以为清廷不堪一击，起了北进的念头。至于老水手云云，笔者以为，是杨秀清故意放出的流言，为的是贬低洪秀全在太平军中的威望。堂堂天王，其意愿的分量竟赶不上东王座船上一个水手的话，这是何等羞辱！洪秀全当然不甘心，于是下诏诉诸公议，命令御用文人何震川等各抒己见。但杨秀清此时已是一人独大，绝没有人敢于违拗他的意志，“公议”自然清一色大谈建都金陵的正确性。杨秀清在败亡之前，明里暗里，几乎在每件大事上，都故意与洪秀全唱反调，洪自知不敌，于是行韬晦之计，忍辱负重，深居简出，将军政大事一概交给杨秀清打理，等待复出的时机。洪杨之争最终酿成内讧屠杀的血案，会在后面讲到，于此不赘。
江宁甫克，太平军即在天京内外，构筑工事，其城防之坚固严密，令时在南京的汪士铎大感吃惊。他在自己的笔记中记载说：
嗣见贼守城法。于各城(门)外皆为营垒，垒以土垣，不甚高厚，留穿(孔)以置铳炮；中为更楼一，高三层或四层，楼上四面空敝以了望，夜以支(值)更，其下为房以居人。垒内为壕一，外为壕三四道环之，多则有七、八道者。壕深八尺，广六尺八尺不等，中密钉竹签；壕相间约丈，上置虎刺荆棘，巨木槎枒，周密环布。垒门门首皆曲向，壕上往来以吊桥，此壕外又为一大壕环城。城上间(隔)二丈(设)一更房，之更更人每旁五人，直一更柝不许少歇。城内环城亦为壕，并上城坡(道)亦壕之，坡上置栅，闭城上人不许下，每门设城守、巡守二人。士卒不许脱衣而寝，夜不点灯火不闭门，夜不许人行，日落时寂如长夜，惟贼之听令者巡查者行焉。城门砌狭城阙，内置炮二座；城上女墙以筐盛石，置之备抛掷。城门各街皆置更楼，街有他馆，馆又各一更楼，而北极阁覆舟山一带尤众。故全城内外，在目如绘，一闻战，则更楼吹角，各馆人持械疾赴韦昌辉处听指挥，少延则斩。然后知我军(清军)守城真儿戏也。
既要定都南京，原有的战略当然要改变，否则一旦清军实施合围，天京便成了一座全无战略纵深的孤城。其次，掳掠固不失为因粮于敌的好战法，可一旦定都，再多的虏获也不免于坐吃山空。要获得源源不断的资源供给，已不能单靠杀鸡取卵式的掳掠，而是要占据足够多的地盘。这也就是攻占江宁仅七日，杨秀清便派大军分进镇江、扬州的原因。战略一变，原来弃如敝履的武昌、安庆暨沿江各省，对于天朝的生存，便有了至关重要的价值。此时的杨秀清等肯定省悟到，他们已经犯下了严重的战略错误，于是，便有了北伐与西征的作战。北伐的目的，是太平军贾其余勇，直捣幽燕，推翻满清的尝试；西征则为的是控制长江沿岸各省，拓展战略纵深，抢占东南财赋之区。但从军力的配置看，更受重视的是西征。