三月初，太平天国在封赏功臣的同时，决定了下一步的军事。东王杨秀清为全军统帅，居天京总揽全局；北王韦昌辉主管城防，拱卫天京。在新增置的七位侯爵中，北伐主将李开芳被封为定胡侯，林风翔被封为靖胡侯，吉文元被封为平胡侯，朱锡锟被封为剿胡侯，黄益芸被封为灭胡侯，兵分三路，间道北伐。西征军则以翼王石达开为主帅，护天侯胡以晄、顶天侯秦日纲为辅，溯江西上，经营沿江各省。这个决定表明了战术上精明的太平军，在战略上的无知。有些学者好为人谋，以为当时曾国藩的湘勇还在萌芽之中；而西方列强尚不了解太平天国的异教性质，反而因其崇拜上帝而报之以同情与好感；麇集江宁一带的清军精锐，如江南大营的向荣，江北大营的琦善，总兵力不过数万，太平军本可以压倒性的优势兵力与之决战，消灭这股有生力量；然后举全力北伐，乘清廷惊魂未定之际，直捣黄龙，灭此朝食。群龙无首的各级官府，见大势已去，不难传檄而定。即便有抵抗者，也难于持久。似乎若非战略错误，太平天国注定会统治中国。
西哲黑格尔有言，存在的即是合理的，也只有合理的方能存在。暗喻着事物与社会发展中存在着一种必然。历史之所以没有也根本不会出现上述结果，即出于这种必然。洪杨所以屡屡出现战略失误，学者归咎于他们没有诸葛亮式的好军师、好参谋，却没有深思其所以然。他们那套与中国主流文化异质的歪理邪说非但难以吸引知识分子，反而为士大夫阶层所深恶痛绝，而不能获得社会精英阶层的认同与加入，从源头上就注定了洪杨的事业不会、也不可能成功。百年之下重温那段历史，我们大可不必惋惜，而应该庆幸。
从北伐与西征军统帅的任命上，西征的大帅是王，北伐的统帅是侯；从两军人数上，西征军四五万人，北伐军不过三万人；二者孰重孰轻，不言自明。可以看出，杨秀清还是循着他在道州时的思路：“专意金陵，据为根本，然后遣将四出，分扰南北，即不成事，黄河以南我可有已。”故北伐是个尝试，能成功固然好，不成功也可划江而治，偏安于东南。而西征则不然，这是巩固金陵的根本所在，没有长江沿岸各省作依托，金陵这个根本是没办法保住的。这才是杨秀清头脑中的战略，以他的地位与权威，在关系天国命运的决策上，是不会容任何人置喙的。洪杨都不脱农民小富即安的烙印，所以战术上精明，战略上保守，毋宁说是种必然的选择。太平天国的独裁体制也难于集思广益，杨秀清一拍脑门子，事情就这么定了。所以成也杨秀清，败也杨秀清，这也是所有独裁政体无可逃避的悲剧命运。
在这两大军事行动中，北伐与曾国藩无涉，故于此只对其过程做一简略叙述。咸丰三年(1853)四月一日，李开芳、林风翔率北伐军离开扬州，经仪征西进；六日乘船千艘，自仪征、六合至浦口江面，八日占领浦口。清军西凌阿部溃败，北伐军旋即攻克滁州、凤阳。由朱锡锟、黄益芸率领的北伐军之一部由天京出发，接应李、林所部，自浦口登陆后误入六合县境小河，遭清军堵击，黄战死，朱带余部在滁州清流关与大军会合，继续北上，连克怀远、蒙城、亳州，一路横扫皖北。五月，北伐军绕过在宋家集堵截的清军，间道入河南，出敌不意一举攻陷归德府(今商丘)，获得大量补给。此后一路西进，连下宁陵、睢州，直逼省城开封，因大雨不克攻城，五月十六日撤围西上，二十一日，自氾水开始渡河北上。北伐军一路仍沿袭“打粮括人”的老办法，至渡河时“裹胁之众已有十余万”。“官军遥望，辄开枪炮轰击，而远不能及；贼果开帆来，则溃散而去，屯据温县西关，贼于是从容渡河。”二十九日，北伐军大部过河，随即围攻怀庆府。此时北伐军人数虽多，“然长发仅数百，余皆所裹胁湖南北、江宁、扬州之人及皖、豫捻匪，而捻匪极多。”其时，数省清军“数万官兵观望逡巡，贼不敢出，兵亦不敢进”。而由江南大营奉调北上追击的胜保一军，“从后追赶，相距止一两程，贼行亦行，贼止亦止，任其沿途杀掠，不能救援一处。贼目笑之，以为送行，尝植四大字木牌于其来路，曰：‘胜保免送。’”
当得知太平军渡河北上的奏报后，咸丰备极忧惶，颇有末日将临的感觉。据说他曾对其师傅之子，时任军机大臣的杜翰感叹说：“天启当亡国而弗亡，崇祯不当亡而亡。今豫南北皆残破，贼已渡河，明代事行见矣。设有不幸，朕亦如崇祯不当亡而亡耳。”咸丰这番感叹中所提及的天启，就是明熹宗朱由校，是明末有名的昏君。他性喜木作，“好亲斧锯髹漆之事，积岁不倦”。他所信用的乳母客氏与魏忠贤，狼狈为奸，魏每每趁他做木工活做得兴起时，奏请政事，“帝厌之，谬曰：‘朕已悉矣，汝辈好为之。’忠贤以是恣威福惟己意。”天启在位仅七年，无子，传位于其弟朱由检，是为末代皇帝崇祯。崇祯即位后，贬黜了魏忠贤集团，宵衣旰食，孜孜求治，但终不免于亡国。咸丰感叹明朝不亡于天启这样童癡昏庸的皇帝，却亡于崇祯这样励精图治的皇帝，颇有以崇祯自况，怨艾老天不公的意思。其实，崇祯亡国，一大原因在于其刚愎自用、多疑好杀的个性。而咸丰虽然也很自负，但在用人上有耐心，尚宽容，故能得臣下效力，最终没有亡国。这是个插曲，我们还是来看北伐军。
此时围追堵截的清军，也已赶到开封。五月二十五日，由绥远、黑龙江、陕甘调来的马队赶到氾水，随即直扑巩县，滞留南岸，尚未渡河之太平军四千余人寡不敌众，于是掉头南下，一路转战，经湖北赴安徽，其残部最后在安庆加入太平军的西征大军。
六月八日，诏命大学士、直隶总督讷尔经额为钦差大臣，主持畿辅防务，并开始从各省抽调兵力，拱卫京师。而渡河之太平军，在久攻怀庆不下后，主动撤围西行，转由太行山封门口进入山西，连克晋南多座州县。八月二十七日，北伐军斩关夺路，师次冀南重镇临洺关。其时，讷尔经额所统率的大军也屯驻于此，可见到太平军，尚未接战，“官军仓皇失措，车驰卒奔，万余人溃散略尽。讷相以数十人走入广平府城，尽失其关防、令箭、军资、军书等物，幕友吏仆皆星散。”讷尔经额全无军旅经验，“为承平大吏已数十年，养尊处优，素不知兵，行军既无侦探，又无营垒”，用这么个草包当大帅，临事张皇失措必不可免，讷尔经额旋即被革职拿问，可根子在皇帝用人的失误，故讷氏逃过一死。由此亦可见咸丰的宽厚。
临洺关一失，华北大平原门户洞开，“自八月二十七日起，至九月初七，计仅十一日，竟连失十州县。纵贼匪等势如风卷，而所过各城何至全无关阑，如入无人之境？……城池虚设，武备废弛，探报不先，堵防无策，一州一县之大，而失守于终日之间。”九月初八，北伐军攻占深州，距北京仅有保定一城之隔，京师大震，官民纷纷逃迁。于是次日京师戒严，诏命以惠亲王绵愉为大将军，科尔沁郡王僧格林沁为参赞大臣，总统四将军，会同自江南大营奉调北上的钦差大臣胜保，全力保卫畿辅。此时清廷真的是到了危急关头，一旦京师陷落，不单清廷本身会倾覆，而且肯定会动摇全国官民对朝廷的信心。所以清廷调集了满洲蒙古的老家底，准备背城借一，与太平军做决定命运的一搏。
然而，北伐军此时已是强弩之末。其一路裹胁掳掠的流寇作风，也激起了北方民众的恐惧与恶感。九月二十五日，北伐军攻克沧州，因死伤惨重而报复屠城，杀戮阖城男女万余人。二十六日入静海，二十八日直扑天津，在这里遇到了真正的抵抗。十月一日，天津知县谢子澄率勇丁四千人，于运河稍直门处与北伐军遭遇。其时运河涨水，非乘船不能过。
值得一提的是，天津所以众志成城，士绅用命，与县令是清官，得民众拥戴关系极大。谢子澄，号云舫，四川新都县人。道光壬辰乡试举人，大挑一等，分发直隶，历任青县、静海、邯郸、卢龙、滦州、无极及天津知县。谢沉沦下僚，“恂恂一儒吏耳”，但为政廉明，多善政。“听断(案)明敏，无积案，无私押。每至行刑之际，辄有愀然不乐之状，是以用法得当，邑无冤民。当时有神明父母之称。”谢后于十一月战死于独流，奉旨赏布政使衔，建祠置祀，赐谥忠愍。“灵柩回津，津郡为之罢市，百姓倾城而迎，哭声震地，老妪幼孩无不潜然流涕。民间供奉演剧焚香者，至今不绝。”可见其遗爱之深。他临时募编的兵勇，相当一部分是狱中囚犯，能够跟从他作战而没有临阵反水，其人格感召力之强可见。若换作贪官，又有哪个百姓肯为之卖命呢！
受此重挫，太平军进退维谷，遂分兵占据静海城、杨柳青与独流镇三处，以互为犄角。大批清军随即合围，太平军亦于三处掘壕筑垒，与清军相持，等候援军。十月五日，清军先克杨柳青，太平军退入独流；十一日再战不利，林风翔受伤回静海大营。二十三日一战，清军中伏，副都统佟鉴与谢子澄战死。但坚守一地不是太平军擅长的战法，其兵员、军资日渐消耗，若援军不继，则失败被歼是早晚的事。此后两个月，没有大的战事，清军以围困为主，目的是困死太平军，太平军也自做突围的准备。
咸丰四年(1854)正月初八，北伐军李开芳、林风翔等分别从独流、静海突围，且战且走，僧格林沁率马队紧追不舍，再次将北伐军围困于束城一带的村庄中，北伐军则凭借深沟高垒坚守待援。而杨秀清派来增援的黄生才、许宗扬、陈世保等四军，还远在安徽英山、桐城一带。二月初九日，北伐军乘入雾自束城突围，且战且走，于十一日占据阜城，而僧格林沁、胜保、崇恩等各路追兵亦再次合围。此时北伐军已陷入绝境，据被俘太平军招供，“伪丞相三人，日夜哭泣”。而黄生才等援军，也自丰工渡过黄河(其时黄河河道与今日不同，是经山东南部山江苏入海)。二月二十七日，平胡侯吉文元战死于阜城，六天之后，援军赶到山东临清，僧格林沁则派善禄与胜保二军南下阻截，而新任山东巡抚张亮基亦带所募兵勇数千人，尾追于太平军之后。三月初三日，太平军开始猛攻临清州城，以图获得补给，不克。此后善禄、张亮基、胜保先后赶到，但却相互龃龉，掣肘不前。张亮基劾奏胜保拥兵养寇，纵暴殃民，胜保则参奏张推诿巧诈、冒功陈奏等；清廷迁就胜保，将张革职发往军台效力。十五日，太平军穴地轰城，临清陷落，但城内粮草与火药在破城时尽被焚毁，粮秣不继，而半途加入的新兄弟(相当一部分是捻子)也开始结队私逃。二十五日，太平军弃城南走，清军尾追不舍。且战且退中，对继续北上，还是南下，援军主将意见分歧，黄生才、曾立昌主张继续赴援，许宗扬、陈世保认为军心不稳应南下归队。此后，这支援军屡遭围追堵截，狼奔豕突，黄生才被俘处死，曾立昌溺毙于河中，陈世保死于蒙城，最终只有许宗扬生还金陵。