四月九日，候援无望的北伐军自阜城突围，向东越过运河，占领东光县的连镇，试图南下与援军会合。但僧格林沁的三万骑兵紧迫不舍，旋即将他们包围在连镇。四月二十三日，南路胜保一军亦回师至连镇。连镇横跨运河，分东西两镇，互为犄角。五月初二日，李、林决定分军作战，林率大部据守连镇待援，李则率两千骑兵突围南下，探查援军所在。率部南下数百里后，李开芳攻占了高唐州城，随即被追踪而来的清军胜保等部合围。而僧格林沁既无法攻克连镇，遂于其外围构筑长垣，打算困死太平军。这样一直相持到年终，林部断粮，清军猛攻西连镇，太平军大批投降，林风翔率二千人收缩至东连镇固守。咸丰五年(1855)正月十九日，僧格林沁兵分四路，对林部发起总攻，林风翔伤重被俘，全军瓦解。林被凌迟处死，其部下诸将被押解到遭太平军屠城的沧州处斩，以慰亡灵。胜保则因无所作为而被革职拿问，所部被遣散，改由僧格林沁主持高唐军事。正月二十九日，清军行欲擒故纵之计，放李开芳突围，行至高唐以南四十多里地的冯官屯，李部再次被围。此时太平军只余数百人，僧格林沁故伎重施，筑高墙围困而外，开渠引水漫灌冯官屯。支撑到三月十二日，太平军二百人出降，次日又有一百余人混在难民中泅水逃生，但全数被清军诛杀。至此穷蹙绝境，三日后李开芳乃率最后八十八人投降。李开芳被押解京师，献俘后凌迟处死，其余八十八人则分别押解到曾遭受兵燹的各州县行刑示众。北伐军转战近两年，纵横七省，其覆灭使太平军损失了大量精锐，洪杨一统天下的努力亦成为泡影，而能否偏安于江南，则取决于西征的成功与否了。
西征大军兵分两路，一路由护天侯、春官正丞相胡以晀为主帅，军指安徽；一路由夏官副丞相赖汉英统率，进取江西。咸丰三年(1853)四月十二日，两军自南京乘船千艘，溯江西上。五月二十七日，又有国宗、提督军务石贞祥、国宗韦俊、石镇崙、石凤魁等率船千余艘，赴援江西。总计兵力在五万以上。
安徽一路，由于省会已转移至庐州，原省会安庆防务空虚，太平军只用了一日，便再克安庆。五月四日，两军分手，赖汉英部继续由水路前往江西。在江西，太平军遇到了一个强硬的对手——江忠源。江忠源随张亮基到湖北后，咸丰三年三月被实授为湖北按察使，随即赴通城、崇阳剿匪。其间朝廷下旨调他赴江南大营帮办军务，三月二十九日，江返抵武昌办交卸，随即带勇一千二百人赴任。五月五日抵达九江后，适值太平军西征，路途受阻。其后，赖汉英部相继占领彭泽、湖口、南康，省城南昌告警，江忠源应江西巡抚张芾请求，于十六日赶到省城，布置防务。他与太平军交过多次手，对太平军的战法相当熟悉。
江屡屡带兵勇出城，与太平军接战，时获小胜，有效地消解了守军的畏惧心理。六月底，石贞祥部舟师二万赶到南昌，会合赖汉英部，猛攻南昌。同时派悍将曾天养，以偏师进击丰城、瑞州、饶州等地，掳粮以济军用。七月二十日，曾国藩调派增援的兵勇三千六百人，在夏廷樾、朱孙诒、罗泽南与江忠淑带领下抵达南昌，几日后便与太平军打了场恶仗。其中曾国藩编练的湘勇尤其勇猛，于短兵相接中格杀太平军二百余人，在追击时中了埋伏，营官谢邦翰、易良幹、罗信南、罗镇南与湘勇八十余名战死。此后，江忠源派夏廷樾、罗泽南、刘长佑分兵增援樟树、吉安，并剿灭了安福与太和两县响应太平军的起事者，稳定住了江西的局面。
太平军久攻南昌不克，于八月二十二日解围而去。次日，西征军大帅石达开也抵达安庆坐镇指挥。西征军事不顺，赖汉英被调回天京，杨秀清“斥其无用，革职删书”。这一路遂改由石贞祥统率，继续溯流而上，连下九江、武穴，进军湖北。九月六日，太平军攻占半壁山，准备对据守田家镇的清军发动总攻。十二日，江忠源率部跟踪而至，次日太平军发起猛攻，清军大败。田家镇一失，湖北门户洞开，太平军遂于十八日直取汉口汉阳，武昌再次告警。此时西征的太平军主力，正以全力经营安徽，无力兼顾湖北，石部兵力不足以围攻武昌，遂于十月六日放弃汉口汉阳，退驻黄州待援。
安徽方面，石达开到安庆后，“张榜安民，择村里桀黠者为乡官，迫民献粮册，按亩输钱米，立榷关于大星桥，以铁索巨筏横截江面阻行舟，征其税”。其所为反映出太平天国组建地方政权，扩展战略纵深，以获取稳定供给的努力。十月，杨秀清派秦日纲取代石达开，十四日，“乘雨直扑集贤关，进攻桐城，陷之。庚子(二十九日)陷舒城，团练大臣吕贤基等死之。”此后太平军兵锋直指省会庐州，安徽告急。
清廷以御敌不力，九月十九日将安徽巡抚李嘉端革职，以江忠源代之。江忠源兵败田家镇，所部兵勇仅千余人，又患病于赴任途中。先是，曾国藩曾有书信告知江忠源，自己有意练勇六千，交给他统带作战。无奈此时尚未练成，只能派江忠濬与刘长佑率募勇一千赴援。江因病滞留六安，原想等此军到后赴任，而庐州知府胡元炜“诡言庐州兵力已厚，饷亦充裕，促公往。公力疾驰至，问守具，元炜以方筹画对。糗粮、军火一无(所)有”。江因相信了胡元炜的话，所部一半留在了六安，十一月十日抵达庐州时，随任兵勇仅数百人，而庐州本地新募之勇全无作战经验。江见庐州城大，于是连夜将城门堵塞，并连日动员上万名百姓参与城守。两日后，太平军西征主力胡以晀、曾天养部十余万人合围庐州，并采用围点打援的战术，于穴地埋雷的同时，连败赴援的清军。相持一个多月后，太平军再次炸开水西门城墙，“公(即江忠源)督勇力堵，贼梯北城入，蜂至。公驻水关桥督战，大呼杀贼。一壮士突前强负公行，公叱令去，已，啮其背乃释。贼飞戟乱刺，身被重创，投桥下古塘死。十二月十七日，天甫曙也。”同死于庐州的，还有曾国藩的京师旧友，时任池州知府的陈源兖。
江忠源死时，42岁，正当壮年。在当时清军中那些养寇自重或望风而逃的将领中，江实为佼佼者，是个做大帅的材料。曾国藩曾说过：
公(即江忠源)每出兵当大敌，横槊马上，了察山川形势，遇坡岭回互，辄举鞭指示营将曰：“若以一营伏此，吾转战至某所，若出为吾应。”虽平地田畴交错，或辄留数骑伏阡陌间，后与贼相持急，往往以伏兵起得全胜。居围城，每夜必环城一巡视，见士卒食苦，或时下马呼匕著，取尝所食，曰：“适巡城饥，与君一共此味耳”。以故士卒感服，无忍背者。
曾国藩极为推重江忠源，“岷樵(即江忠源，岷樵为其号)之为人，孝友肫肫，与士卒同艰苦，临阵长居人先，死生患难，实可仗倚。”吴文镕出任湖广总督，曾(其时他尚不知江已调任安徽巡抚)向老师举荐人才，亟称江忠源是帅才，“璞山(即王錱，璞山为其字)忠勇冠群，驭众严明，然局量较隘，只堪裨将。以视岷樵之智勇兼全，器局闳远，则非其伦矣。”他衡阳练兵的初衷，就是练就一支劲旅，交江忠源统带，自己并无亲自带兵的打算。江忠源开府安徽，他既高兴，又忧心。高兴的是，江任一省之军政最高长官，才干可得施展；忧心的是，安徽已成敌我胶着之战场，而江此时两手空空，并无足恃的资源。在给同事的复信中，他曾流露出内心的焦灼，“岷樵自入皖境，已成糜烂，护身无数百之卒，环围有盈万之贼。弟北望君门，东望师友，恨不得插翅奋飞，一赴水火之援。而船炮两事，实不能仓促立就。”在给江忠源的信中，他也详述了何以不能马上赴援的苦衷：
添勇六千之说，昨因令弟达川(即江忠濬，字达川)带勇一千进省，即令其赶紧赴皖，以备阁下爪牙之需。其余五千须伺炮船办齐，水陆并进，乃可有济。省中诸友及璞山之意，皆欲急急成军以出。国藩思此次由楚省招勇东下，一为四省合防之计，一以助阁下澄清之用，必须选百练之卒，备精坚之械。舟师则船炮并富，陆路则将卒并愤，作三年不归之想，为百战艰难之行，岂可儿戏成军，仓猝一出！人尽乌合，器多苦窳，船不满二百，炮不满五百，如大海簸豆，黑子著面，纵能迅达皖省，究竟于事何补？是以鄙人愚见，总须备战舰二百号，又辅以民船载货者七八百，大小炮千余位，水勇四千，陆勇六千，夹江而下，明春成行，与麾下相遇于九江、小孤(山)之间，方始略成气候。否则名为大兴义旅，实等(于)矮人现场，不值方家一哂耳。明知阁下盼望此勇甚切，然速而无益，不如迟而有备。
次年正月十三，曾国藩得知江忠源的死讯，震惊之余，只能大呼“呜呼痛哉！”曾国藩因做事认真，被朝廷鞭打快牛，压了重担，且有口难言。而江忠源一死，挥师东下，与太平军角逐于长江一线的重任，亦责无旁贷地落在了他的肩头上。在给胡林翼的信中，我们可以看到曾氏此时茫然无归，难以名状之心绪。
阁下治军鄂渚，为甄师(即湖广总督吴文镕，字甄甫；甄师是曾国藩对老师的尊称)喜，为两湖喜。而同时又接庐州失陷，岷樵殉难之信，为天下忧，为吾党忧。国藩自九月来，募练诸勇，造备战船，拟与甄师、岷老(即江忠源，岷老为敬称)合为一气，共商四省合防之策，兼筹以剿为堵之道，意将以甄师为主，而侍与岷老辅之。不谓斯材遽成名以去，而甄师又被群言谤劾。孤立无助，对此茫茫，只堪痛哭！
曾国藩写此信前一日，吴文镕已兵败身死于堵城(在黄州北二十里)，此后局势急转直下。原驻黄州待援的石贞祥部，此时已得到安徽与南京方面的增援，新到者为秋官又正丞相曾天养、春官又副丞相林绍璋、水师统领张子朋等太平军悍将，水陆两军达四万人，遂再次进军武昌。就在曾国藩发布檄文，水陆大军由衡州北上之际，太平军却先发制人，石贞祥、林绍璋于二月一日，先占领了岳州府，之后相继攻占湘阴(二月六日)、靖港(二月九日)、宁乡(二月十三日)。在宁乡，两军打了个遭遇战。
这一战，也是两军精锐的硬碰硬，显示了湘军以寡击众、勇猛敢战的作风。湘军仅五百人，而太平军有三千人；储玫躬(营官)与十八名湘勇战死，却杀毙太平军三百余名。另一支先头部队在王錱、朱孙诒带领下，也赶走了湘阴一带的太平军，随即尾追至岳州。
二月二十三日，湘军水师抵达洞庭湖，与太平军水师略有接触，小胜，随即收复岳州。石贞祥部收缩至蒲圻、崇阳、通城一带，此地与湖南平江县接壤，曾即派林源恩所部平江勇驻防塔市，又调派胡林翼部黔勇六百名增援。二月二十九日，林绍璋自汉阳率太平军三万赴蒲圻，与石贞祥部会合，于三月二日、六日对塔市的清军发起攻击。此役湘军(含胡部黔勇)仍是以少胜多，总计击毙太平军近千人，斩杀太平军副丞相林大旺，缴获了林绍璋的军旗。湘军旋即兵分三路，由胡林翼、塔齐布、王錱率领，进击崇通、蒲圻一带的太平军。其中王錱一路(约一千六百名)剽疾轻进，七日于蒲圻羊楼司遭遇太平军主力，败绩，回撤至岳州。旋即被追踪而来的太平军包围。岳州先已被太平军掳掠一空，无粮秣，难于据守。曾国藩派水师接应突围，救出王錱等九百余官兵。是役，营官钟近衡、钟近濂、刘恪臣战死，士卒死伤近半，王錱部元气大伤。此后便留驻湖南，未能随湘军主力远征。
另外两路(胡林翼、塔齐布)，由平江北进，十二日在通城附近石水塘遭到太平军数千人伏击，胡部沉着应战，击毙太平军三百余人；塔齐布部则于十四日在通城沙坪与太平军万人鏖战，毙敌千人。此役，湘军再次以少胜多，但因王錱之败，太平军大队南下，故曾国藩急调塔齐布一军回保长沙。
在水师方面，三月初七，“北风大作，湖中巨浪如山”，战船毁损数十艘，当地人民已逃亡一空，无工无料，不得不退回长沙修复整编。