清顺治八年，著名学者、明末遗民顾炎武来到孝陵拜谒，在他的后半生中，这样的参拜多达十次。他在《谒孝陵》一诗中这样写道“：旧识中官及老僧，相看多怪往来曾。问君何事三千里，春谒长陵秋孝陵？”他如此虔诚地一次次地长跪在孝陵前，当然不仅仅只是为了怀念，更为重要的是，他是希望通过这样参拜的行为来砥砺自己反清的意志，他心中原先的坚定不移的政治信仰，在不断改善的政治面前受到无形的挑战，渐渐地松动、减弱，这对于讲究人格操守的知识分子来说，是最大的心理威胁。与其说，他是参拜孝陵，倒不如说他是在孝陵面前忏悔。
就在顾炎武去世后的两年，康熙二十三年冬天，大清康熙皇帝南巡到达金陵，在视察过旧日的紫禁城后，驾出朝阳门来到孝陵。当时已经三十岁的玄烨，命令随从诸臣在文武坊外下马，极其恭谦地由旁边的甬道进入，他行了三跪九叩头的大礼，在宝城前还祭祀了三颗猪头。然后又从甬道旁退出，在对孝陵的保护、修缮上，他极为重视，命令地方官员一定要妥善保护好孝陵的一切。
康熙皇帝在执政期间曾六次南巡，五次晋谒明孝陵。当第三次下江南谒祭孝陵时，他给孝陵增添了一块珍贵文物：御笔亲书“治隆唐宋”碑，至今仍立于孝陵前，成为孝陵一景。同时命令江宁织造曹寅和江苏巡抚宋荦会同办理“悬置殿上，并行勒石，以垂永远。”
他对前政权开国皇帝朱元璋的尊重和钦佩进行了一次最真诚的表达，同时也统战了江南汉族地主及其知识分子，把一切不利因素化为积极力量为他的新政权服务。这是一个被其后历史所证明的励精图治、雄才大略的君主，他到一个被取代的政权创始人的墓地去朝拜，会有什么政治反响？
朱元璋是否真有这么大的魅力接管了自己天下的人来这样的崇敬？答案当然是否定的，我们当然不排斥康熙皇帝是有一点真心实意，但他五谒孝陵最根本的目的是做给天下的汉族人看的。他想告诉汉族，满汉是一体的。我尊重你们汉人的皇帝，说明我也是你们其中的一份子，所以你们也应该尊重我和我的江山。并且，他对自己的这种反常行为很自信。
——似乎很少有帝王对前朝皇帝的坟墓如此重视并且下大气力不辞辛苦的膜拜。
一般而言，大多数皇帝都会对前朝政权的人与事斩尽杀绝，害怕他们可能造反，那无疑是一种卑怯、狭隘的心态，康熙公开称颂被取代的前朝皇帝的功绩，只能证明他的圣明。数以上万扈从皇帝谒陵的人，把他的一举一动看在眼里，能不从心眼里臣服新政权的开明、阔大？
从这方面来看，孝陵还是英明帝王表示仁义的参照物。
孝陵是否被盗过
毋庸置疑，皇家陵墓历来都是盗墓贼们觊觎的目标。但奇怪的是，自明朝灭亡以后，明孝陵地面建筑在历次战火中毁坏殆尽，庞大的孝陵地宫却保存完好；难道盗墓贼对朱元璋有好感觉而手下留情了？
回答当然是否定的，盗墓贼只以财宝为亲爹，朱元璋不过是坟墓里的一堆白骨而已，他们无论如何都不会重视这堆白骨。那么，明孝陵为何能在数百年间躲过贼手呢？
据说从明亡后，孝陵被盗墓贼光顾的次数数不胜数，但没有一次能够盗掘成功。孝陵之所以至今保存完好，是明孝陵的特殊防盗措施和地理位置共同决定的。
朱元璋所选取的孝陵地址，是在今天的独龙阜上。许多年前，它是一座坚固的石头山。一般的皇陵建造方式，都是从从山顶往下挖开一个深穴，然后让人在里面施工，施工完毕后，再封起来。但明孝陵却与此不同，它是横向凿入山体，从内部掏空建玄宫。这种横穴式的建造方法肯定是费民费力的，所以，它自然就坚固异常。现在可以猜测，如果不用炸药根本不可能炸开它。但古代的盗墓贼并不知道这一点，他们从顶部向下打盗洞，如你所知的，这种方法根本行不通。
清乾隆十五年，一群盗墓贼从洛阳赶往南京，他们集合了家族所有成员，这一次一定要挖开孝陵。清朝对孝陵的保护从乾隆时期开始就已经不重视了，虽然没有荒草凄凄的悲凉景象，但孝陵的确成了一座孤独苍凉的坟墓。
盗墓贼很轻松地就找到了独龙阜，并且在夜晚开始施工，向下挖掘。这在军队那里都是浩大的工程，更何况是几个盗墓贼呢。
他们足足挖了半年，才挖了山高的五分之二，但他们始终找不到他们想要的。按照他们的理解，孝陵的空间是相当大的，也就是说，到了五分之二的位置，应该能碰到孝陵的外结构了。
而他们不知道，孝陵是采用了横穴式设计。即使他们知道这种设计，也不能挖到孝陵的外壳。因为朱元璋和他设计师们把墓道偏向了一边，这就是后人所定义的侧墓道，这种反常规的设计让许多盗墓贼无功而返。在设计上，孝陵的设计师们完全可以拿一个诺贝尔建筑奖。
除了横穴和侧墓道，建筑者们还在明孝陵宝顶高高的封土堆下还放了厚厚一层圆润的鹅卵石。这种本来应当出现在低洼的山涧中的鹅卵石不大不小，硬度适中，放在这里不仅便于雨水迅速渗透到宝顶排水设施中流出去，更为重要的是防盗。有专家说，“这类似于古代一种流沙防盗法，当盗墓贼挖开一个洞时，鹅卵石就会从四面八方滚落下来把洞填满。”
孝陵有这样的防盗措施，使得小盗墓贼只能望洋兴叹。但是，这一切设计在盗墓军团眼中只是小儿科。“人多力量大”这句话特别适用于盗墓。一支军队能破坏掉人间的一切，包括地下的一切。
但孝陵却没有遭遇过盗墓军团的光顾，原因只有一个：历史机缘保护了他。
孝陵的幸运
明亡后，南京再也没有太平过。当清军南下路过南京时，南京成了地狱。可由于清朝统治者为了收揽人心，对孝陵恭敬有加，不但不破坏，反而很虔诚地顶礼膜拜。清朝晚期，太平天国在南京建立，清朝统治者为了剿杀这一政权，在南京建立了江南江北大营，战火纷飞，在炮火声中，明孝陵的地面建筑销毁殆尽。
但孝陵的地下建筑依旧完好无损，按常理来讲，每当乱世，皇帝陵墓总会被造反军光顾。可太平天国的领袖洪秀全为什么没有挖孝陵呢？
他不但没有挖，反而对孝陵保护倍至。他曾在孝陵前，做了一次深刻的忏悔。全文如下：不肖子孙洪秀全，率领皇汉天国百官谨祭于吾皇之灵曰：“昔以汉族不幸，皇纲覆坠，乱臣贼子皆引虎、引狼以危中国，遂使大地陆沈，中原板荡。朝堂之地，行省之间，非复吾有，异族因得以盘据，灵秀之胄，杂以腥膻，种族沦亡，二百年矣。秀全自惟凉薄，不及早除异类，慰我先灵。今藉吾皇在天之灵，默为呵护，君臣用命，百姓归心，东南各省，次第收复。谨依吾皇遗烈，定鼎金陵。秀全不肖，以体吾皇之心，与天下附托之重，东南既定，指日北征，驱除异族，还我神州。上慰吾皇在天之灵，下解百姓倒悬之急，秀全等不敢不勉也。敢告。
如果洪秀全没有说谎，或者是没有抱着不可告人的目的说的上面那段话，那么，我们有理由相信，他是以大明王朝遗民的身份祭拜开国皇帝朱元璋的。他告诉世人，自己反清的目的不是想享福，而是为了完成朱家后代没有完成的事业，把满族人赶出中原，“驱除异族，还我神州”。
但是，这个人渣的确是不孝子孙，他起事前并没有以“恢复明朝”为旗帜，而是搞了个怪异的“上帝教”。成事后又跑到朱元璋这里献殷勤，你若不认为他是混蛋，你都是混蛋。
一百多年后，孙中山建立中华民国，他以“中华民国临时大总统”的身份去拜见朱元璋时，心情是极为复杂的。当时，他先把总统位置被迫让给袁世凯，以求得中华大统。在孝陵前，他说道：中华民国元年二月十五日辛酉，临时大总统孙文，谨昭告于大明太祖开天行道肇基立极大圣至神仁文义武俊德成功高皇帝之灵曰：“呜呼！国家外患，振古有闻。赵宋末造，代于蒙古，神州陆沈，几及百年。我高皇帝应时崛起，廓清中土，日月重明，河山再造，光复大义，昭示来兹。不幸季世X（“人”旁加“叔”）扰，国力疲敝，满清乘间，入据中夏。嗟我邦人，诸父兄弟，迭起迭踣，至于二百六十有八年。呜呼！时怨时恫，亦二百六十有八年也。岁在辛亥八月，武汉军兴，建立民国。义声所播，天下响应。越八十有七日，既光复十有七省，国民公议，立临时政府于南京。文以薄德，被推为临时大总统。瞻顾西北，未尽昭苏，负疚在躬，尚无以对我高皇帝在天之灵。迩者以全国军人之同心，士大夫之正谊，卒使清室幡然悔悟，于本月十二日宣布退位。从此，中华民国完全统一，邦人诸友享自由之幸福，永永无已。实维我高皇帝光复大义，有以牖启后人，成兹鸿业。文与全国同胞至于今日，始敢告无罪于我高皇帝。敬于文奉身引退之前，代表国民，贡其欢欣鼓舞之公意，惟我高皇帝实鉴临之。敬告。
洪秀全与孙中山都当过南京的主人。但洪秀全祭拜朱元璋的行为是完全可以理解的，他毕竟是封建社会秩序的忠诚维护者，汉人意识很浓，从他自称“不孝子孙”的话里就能看出来。而孙中山，作为中国民主觉醒的先驱，仍要“告于大明太祖开天行道肇基立极大圣至神仁文义武俊德成功高皇帝”，就让人看不懂了。或许，这位无论多么大声叫喊自己反封建的人到了绝望之时，其骨子里也会不自然地流露出自己的出身。他本来就出生在封建社会。
孝陵的幸运就在这里，洪秀全因为要打着他的幌子招揽人心，孙中山是民主革命的带头人，盗墓一事是民主社会所唾弃的。
于是，孝陵虽然经过了这么多年，也经历过中国历史上的乱世，但没有人对他不怀好意。不知是不是真的风水好，老天才保佑它一直就这样安静地呆在那里，似乎永远都不会被挖掘。