此时预演仪式已经推迟了约20分钟，参加的人们已经有点不耐烦了。梅汝璈心中有数，知道没有他的出席，预演是不会举行的，即使草草举行，明天的正式开庭也必定会延期。果真如此。将掀起轩然大波，因为开庭日期早已向全世界宣布过了，而且一切准备工作均已就绪。对于这一点，梅汝璈完全有把握。原来曾由于苏联法官的姗姗来迟，法庭等很长时间才确定开庭日期，而且总部和庭长一再宣称非候全体法官到齐不拟开庭。现在苏联法官虽然到了，但如果中国法官拒绝出席，那么按期开庭则将成为不可能的事情。如果真的发生了不能按期开庭的情况，那必然会在日本和全世界造成惊疑和非难，这个责任无论是庭长还是最高统帅都不愿意负，也都负不了。基于这样的估计，梅汝璈认为现在是向庭长摊牌的最好时机，因此他的态度就更加强硬了。
又过了10分钟，庭长第三次来到中国法官梅汝璈的办公室。他对梅汝璈说：“大家同意你的意见，预演就照受降签字国的次序排列各国法官的座位。今晚我把情况报告最高统帅，看他是否同意。”说完便悻悻而去。梅汝璈于是脱去大衣，又换上法袍，走出自己的办公室。他一回到法官们中间，预演仪式立即开始。这时已经是下午5时了。预演结束之后，法官们还拍了许多照片。
第二天上午9时30分，远东国际军事法庭正式开庭。这是轰动东京的一件大事，法庭内外挤满了新闻记者、摄影记者、盟国来宾和旁听的群众。韦伯庭长在开庭前几分钟来到会议室，对等待在那里的10名法官宣布：“最高统帅已经同意，我们今后的行列和座席顺序就按照昨天预演时的顺序来安排。”至此，法官们大都感到松了一口气，一个争论多日、僵持很久的问题终于得到了解决。加拿大的麦克杜哥法官尤其高兴，他笑着低声对梅汝璈说：“我应该感谢你，要不是你的坚决斗争，我的席位便要排在法国人的后面，这将是很可耻的。我看，原来那个要英美居中的荒廖安排完全是威廉（庭长）个人的意思，他抬出麦克（最高统帅）来不过是想吓唬吓唬我们而已。”至于韦伯庭长原来的主张究竟是他个人的意思还是代表了麦克阿瑟的意见，局外人是不可能知道的，这将永远是一个谜。
从表面上看，法官席次问题似乎不是什么大问题。梅汝璈法官的做法是不是有点“小题大作”？
回答是否定的。在任何国际场合，争席位、争座次的明争暗斗几乎都是不可避免的，它往往关乎国家的荣誉、地位和尊严，不能视为细枝末节而淡然处之。第二次世界大战结束之后，中国虽然一跃而跻身于世界五大强国之列，但是她仍然常常遭到压制和歧视，其权益常常受到侵犯和剥夺，甚至连她在刚刚结束的反法西斯战争中所作出的决定性贡献也往往被某些人有意无意地加以淡化、忽略。在这种情况下，要维护祖国的权益，便需要进行更坚决、更艰苦的斗争。中国法官的座位被安排在什么地方的问题，实际上是中国人民在抗日战争中的贡献能不能得到国际社会承认的问题。梅汝璈法官对于这一点有着清醒的认识。在合理合法的前提下，梅汝璈寸步不让，凭着自己的决心、勇气和智慧，赢得了弥足珍贵的胜利。
在参与审判工作的11国法官中，只有1人比42岁的中国法官年轻。司法界一贯比较注重年资和外表，梅汝璈因此而畜起了上唇胡须，并因此而被各国记者称作“小胡子法官”。除了梅汝璈以外，10位法官也都是学历显赫、经验丰富的出色的法律人才。通过座次争议这件事，大家对梅汝璈格外器重。意志坚定而头脑冷静，推理严谨而逻辑性强，英语娴熟而措辞精当，法律界推崇的就是具备这种素质的人。1947年8月3日，天津出版《益世报》发表了该报驻东京特派员刘浦生所写的一篇题为《介绍东京国际法庭的法官》的文章，文中介绍了法官席位之争的来龙去脉和中国法官梅汝璈的表现。对于那些看不起中国和中国人民、以侵害中国利益为家常便饭的人来说，梅汝璈的所作所为不啻当头棒。
就在法官们为座次问题发生激烈争论的时候，负责起诉被告工作的国际检察处内部也出现了严重分歧。检察官们的分歧主要集中在这样一个问题上，那就是：战争的主要责任者究竟是从什么时候开始犯罪活动的？
事实上，日本的军政首脑们推行侵略扩张政策由来以久。被国际检察处列为起诉对象而应受远东国际军事法庭审判的日本甲级战犯，其犯罪开始时间远远早于纽伦堡法庭审判的纳粹战犯的犯罪开始时间，尽管其罪行的终止都被认为是在1945年德国、日本宣布投降之时。但是，日本甲级战犯的犯罪开始时间究竟应该怎样确定？一种意见是：1941年12月7日，日军偷袭珍珠港事件应该作为被告犯罪日期的起点——因为远东国际军事法庭审理的是第二次世界大战中日本战犯们的罪行，而日本的对外侵略之所以变成世界大战的一部分是由于日军偷袭美国的珍珠港，进而引起了它对一系列国家的战争；另一种意见是：1937年7月7日，日军在芦沟桥发动的全面侵华战争应该作为被告犯罪日期的起点——因为日军之所以偷袭珍珠港并发动对太平洋国家的一系列战争，都是为了要打赢它对中国的战争，前者不过是后者的继续和延长；还有一种意见是：1931年9月18日，日军对沈阳的侵占应该作为被告犯罪日期的起点——因为1937年的芦沟桥事件不过是“九·一八”事变的继续和延长，中日战争从1931年实际上就已经开始。除此之外，一种与事实更为接近、更为合乎逻辑的主张是：1928年日军在皇姑屯炸死张作霖事件应该作为被告犯罪的开始——因为这一事件是1931年“九·一八’事变的导因，中日两国之间实际上的敌对状态在1928年便已经存在。
经过郑重的讨论，国际检察处采取了最后一种主张，它指控被告的犯罪行为是从1928年开始到1945年为止，总共约17年。当然，日本帝国主义的侵华活动至少可以上溯到19世纪后期的甲午战争以前。多年以后，梅汝璈法官在《远东国际军事法庭》一书中写道：“最后的这个主张无疑地是比较正确的，合乎逻辑的。从中国人的观点说来，也还算差强人意的。当然，这个日期还可以推得更久远一点，但是推得太久远了，提证是有困难的。”
同法官座次问题一样，要不要把日本军政首脑们在决定偷袭珍珠港、发动太平洋战争之前对中国和亚洲各国实施侵略战争政策的行为作为犯罪行为予以起诉的问题，实际上是中国人民在世界反法西斯战争中承担的牺牲、遭受的损害和作出的决定性贡献该不该被忽略、被淡忘的问题，是中国作为一个独立国家其合法权益能不能得到国际社会承认的问题。简单地讲，对美国开战是犯罪行为，对中国开战当然也是犯罪行为，其责任者都应该受到起诉和追究，这本来是不成问题的。它之所以会成为问题，只能说明当时国际社会中有些人（特别是一些大国的代表）对中国怀有轻蔑的态度。
从抵达东京到远东国际军事法庭正式开庭的40余天时间里，经历了数次激烈的争论，梅汝璈法官深深地体会到，他和他的同事们所面临的是一场艰苦的斗争。国家的主权和荣誉，并不因为她在战争中取得了胜利就自然而然地会受到维护，而伸张正义、复仇雪耻的责任在这样的情况下就显得格外沉重。
战后的东京，70%以上的房屋都遭到了不同程度的破坏，断井颓垣、枯木焦土处处可见。然而，某些地段、某些建筑物却完好无损，一如沙漠中的绿洲或大海中的孤岛。远东国际军事法庭所占用的大厦便是如此。这座大厦屹立于东京市区，外表颇为状观。法庭的审判大厅、会议室、各位法官和各个职能部门的办公室，以及盟军最高统帅部国际检察处（包括档案资料室）都设在这座大厦里。日本人和一般盟国人士都把这座大厦称为“军部大厦”（M ar M i ni stry Bui l di ng），它在第二次世界大战以前曾经是军国主义分子的摇篮——著名的日本陆军士官学校所在地，远东国际军事法庭所审判的28名主要甲级战犯中有15人毕业于这所学校。这所学校搬走以后，日本陆军省（简称军部）就一直设在这里。1941年，太平洋战争爆发，由日本陆军省，海军省和参谋本部联合组成的所谓大本营也设在这里。曾经担任过关东军参谋长、日军参谋总长、国务总理大臣兼陆军大臣的侵略战争元凶东条英机多年来就在这座大厦里办公，原来属于他的办公室，现在坐进了大名鼎鼎的老法官韦伯庭长，真可谓“盖有深意存焉”。
对于这座大厦的外部环境和归属变迁，当时日发行量达500万份的东京大报《朝日新闻》上曾发表过一段富于诗意的描绘，题为《梦之迹》：
杜鹃之花，或红或白，在土堤青草中放着芬香，而东京法庭即沿此土堤而直上。有钢骨水泥之大厦巍然屹立，其在大门之前，立有英文木牌标记，写着五个大字：
IN TERN ATIO N AL M ILITARY TRIBUN AL，FAR EAST（远东国际军事法庭）。但在木牌附近土丘上之青松，依然独茂。此钢骨水泥之大厦乃旧时陆军士官学校所在地。在太平洋战争发生后，陆军省及参谋部之一部迁入此间办公，正所谓军阀发号施令（亦即痴人说梦）之中枢地点。现在所用于审判战犯之大厅适为该建筑物之大讲堂。换言之，即20世纪毁坏人类文明之日本军阀老巢是矣。时当春夏之交，昭和二十一年（日本投降第二年，即1946年）5月3日，审判开始于市谷台矣。呜呼！杜鹃之芬芳，春色之荡漾，一切的一切，均属过去之梦而已。
1946年4月29日，远东国际军事法庭正式接受了国际检察处起草的对28名日本主要甲级战犯的起诉书。在此之前，盟军统帅部已经根据《波茨坦公告》的规定，拘捕了100多名战时日本政界、军界的重要领导人，搜集了他们的主要犯罪证据，为正式起诉作了较为充分的准备。梅汝璈法官默诵着远东国际军事法庭的《法官誓词》，决心克尽职守，为国增光：“我们郑重保证：我们，远东国际军事法庭的法官，必定秉公执行我们的司法任务，绝无恐惧、偏袒、私爱。”
1946年5月3日，历史记下了这一天——远东国际军事法庭宣布开庭。
审判大厅内响起了司仪宏亮的声音：“静！”全体肃然。韦伯庭长率10国法官鱼贯而入。司仪又高喊一声：“全体起立！”在众多摄影机、照像机的灯光照射下，法官们登上了审判台。大厅左侧是贵宾席，盟国在东京的重要人物几乎都到场了。大厅右侧分成了两层，下层是四五百名各国新闻记者，上层是六七百名听众，旁听票在一个星期之前就分发一空。
28名甲战犯有26名坐在了审判台上，还有两名正处于押解来东京的路途上。前排居中的是东条英机，他佯作镇静，一动不动，仿佛死人一般。在东条英机的身后，坐着吓得犯了精神病的大川周明，两名强壮的美国宪兵站在他的座位旁边，随时准备制止他的疯颠行为。散庭时，大川周明突然跃起，以手掌连连击打东条英机的秃头，口中大喊：“我要杀死东条！我要杀死东条！”上演了一出十分可笑的闹剧。后来，法庭指定医学专家对大川周明的健康状况进行检查，确认他患有精神病，便停止了对他的审讯，也没有判他服刑。1948年12月24日，在法庭宣判之后不到两个月，大川周明便被盟军总部连同在押的最后一批日本甲级战犯一齐释放出狱了，他不但从此逍遥法外，而且后来还一度当选为国会议员——这不能不说是对法律正义的嘲弄。
这时，检察长季南——一个工作能力并不太强却因深受麦克阿瑟信任而颇为刚愎自用的美国人走上了发言台，开始宣读长达42页的起诉书。然后，根据法庭采用的英美法系规定，所有的被告都必须当场表态——对起诉书所指控的罪行是承认还是否认。除了大川周明以外，这些被告全都声称自己无罪，东条英机还多说了一句：“对一切的诉因，我声明无罪。”听到这样无耻的表白，望着被告席上那一张张冥顽不化的脸，梅汝璈不禁怒火中烧，他在当天的日记中写道：“这班战犯，高唱民族优越的论调来毒害日本国民，挑起远东战火，我数百万、数千万同胞曾死于你们之手，如今面对法庭，你们还不认罪。我当郑重执法，决不放松警惕！”
不管怎么说，面对庄严的起诉，被告席上的一群人毕竟失却了往日的威风。梅汝璈法官在5月4日的日记中作了这样的描述：
他们的名字和面目都引起我许多回忆和愤恨，尤其是那坐在前排顶右端，面团团的土肥原。他强作镇静，有时蠕动得很厉害，露出了不安的情形。东条依然是死板板地像泥塑的一样。荒木这70岁老家伙（他尝唱十万竹刀灭俄的谬论，荒谬绝伦！），他的银白色八字胡须长得芜长，绝不似以前照片上的那样整齐。这老家伙眼睛老是睁着，嘴唇蠢动作欲语状，看来很有点倔强的样子。其余的虽然姓名都曾煊赫一时，但是他们此时此地的形容都平凡庸碌得很。怪不得《星条报》今天描写战犯形态“不像当年一个强大帝国的统治者之一群人”。真的，这群家伙今日确实丝毫没有当年的威风和豪气，他们平淡得好像你在东京或上海任何公共汽车里可以碰见的一车搭客一样。最可怜的是那曾在国际间翻云覆雨红极一时的松冈洋右。他在“九·一八”后代表日本退出国联，侮辱中国为“地理上的名词”；他曾制造三国防共协定；他又首创苏日中立条约，还在莫斯科东站与斯大林元帅拥抱过，接吻过。这小子今天面黄肌瘦，形容憔淬，脸上横胡子之中，又是直胡子，其实他的胡须根本就是芜杂一团，未加修整。其次便是南京大屠杀的总凶手松井石根。我的天，这简直是一个驯服得像绵羊似的可怜虫。英文报上说这位当年杀人如麻的大将很像一个失了业或欠薪已久的银行小书记。这话再恰当没有！看见松井大将，使我想起《日出》里的黄省三来。
漫长的审判开始了。
案情极为庞大：被告28人（2人审判期间病死，1人因患精神病免予起诉），开庭818次，法庭记录48000页，判决书1200页，整个审判耗资750万美元；
证人证据众多：检察方与辩护方共提出证据4336件，双方提供证人1194人，其中419人出庭作证；