语言翻译困难：庭上的全部起诉、辩驳、宣判均需以英、日两种语文进行，有时还必须加上中文和俄文。像前清王朝宣统皇帝、伪满洲国“皇帝”溥仪的证词，就得从中文译成英文和日文。他陈述他的“上台”和一切行动均由日本侵略者操纵，发言两天，翻译用了6天。除了配备大量翻译人员外，法庭还设有一个3人语言仲裁小组，以便当庭对于翻译方面的疑难问题作出裁定。
除了上述原因之外，辩护律师所采取的拖延战术也是导致法庭迟迟不能判决的重要因素。与纽伦堡审判不同，东京审判中出现了辩护机构庞大、辩护律师众多的畸型现象。对于辩护律师的人数和国籍，法庭宪章没有作出硬性的规定，这也许是宪章本身的不周密处。每一名被告都有由他自己聘任的两三名甚至五六名日本律师为之辩护，另外被告和日本律师还以美国律师更加熟悉法庭所采用的英美法系诉讼程序为理由，要求美国律师参加辩护，盟军总部和法庭同意了这个要求。一开始，总部打算除了美国律师以外，也邀请一些英联邦国家的律师来参加辩护，以冲淡“美国包办”的气氛，但是英国、澳大利亚、加拿大和新西兰等国的政府都表示不愿意派人为日本战犯辩护，因此出面为日本战犯辩护的所谓英美法系盟国律师实际上却是美国人。日本律师100多名，加上美国律师20多名，辩护者的队伍竟有130人之多。律师盈庭，喧宾夺主，这种现象是纽伦堡国际法庭所没有的，在任何国际法庭上也十分罕见。
不仅如此，参加辩护的美国律师代表科尔曼，还向盟军总部提出了进一步的无理要求。他要求总部和法庭批准设立一个同国际检察处地位相等、平起平坐的“国际辩护处”，以便组织、协调辩护事务。对此，大多数法官认为，检举、起诉日本战犯并给他们以公正的审判，是盟国不可逃避的直接法律责任，但是为战犯们辩护并不属于盟国的责任。法庭之所以允许美国律师参加辩护，纯粹是为了在诉讼程序上协助被告自己选择的日本辩护律师。梅汝璈法官曾在日记中写道，我看了科尔曼的建议，感觉他实在没有什么道理，多数同事也都同意我的看法。辩护，是被告应该依法享有的权利，但它根本不是盟国的义务，在盟军总部之下设立国际辩护处这样的机构完全没有必要。根据法官会议的意见，盟军总部拒绝了科尔曼的请求。
开庭伊始，日本律师代表清濑一郎（兼任东条英机的辩护律师）便在发言中节外生枝，攻击法庭超越管辖范围，称韦伯庭长应该回避，说11国法官的资格都有问题，企图先声夺人。但是，除了重申日本推行军国主义和侵略战争政策的所谓“合理性”，诽谤国际社会对日本战犯的审判“不公平”之处，他实在拿不出什么有力的证据来证明那些被告的“无罪”。清濑是一个老奸巨滑的旧式日本政客，在战前日本法西斯军阀统治时期，他在政治上十分活跃。这样一个人竟被允许在法庭上担任辩护律师，证明了远东国际军事法庭对于辩护律师资格的审查远远不及纽伦堡法庭严格。50年代，清濑一郎在岸信介内阁和池田勇人内阁时期都担任着日本国会众议院议长的职务，并与三文字正平（日本战犯小矶国昭的辩护人）、林逸郎（日本战犯桥本欣五郎的辩护人）一起筹募1500万日元奖金，为被远东国际军事法庭处死的7个大战犯建立了一块庞大的纪念碑。清濑一郎的所作所为，清楚地证明他是一个地地道道的日本法西斯军国主义分子。
美国律师的表现则更加恶劣。本来，美国律师的加入辩护只是为了在诉讼程序等法律技术问题上协助日本律师，他们有的是从美国招募来的，有的是原本就在盟军总部任职的，其薪金全部由盟军总部支付，而不是由被告本人或日本政府支付。从这一点来看，美国律师的“协助”职责是很明显的，其地位与日本律师相比当属次要。但是，随着审判的进展和国际形势的变化，一种主次颠倒的现象便发生了——美国律师反而起了主要作用，日本律师却甘愿退居后台（至少表面上是如此）。梅汝璈法官在《远东国际军事法庭》一书中，以十分气愤的笔调记述了某些美国律师的荒唐行径，对清濑一郎其人也予以严正的批判。
在1946年5月14日的公审庭上，被告辩护方申请取消起诉书中第39项所指控的罪行，即日本军队偷袭珍珠港美国舰队，杀害美国海军上将季德及大批美国海军军官和水手的罪行。美国律师布列克莱强辩说：“如果说海军上将季德在珍珠港被炸死是谋杀案的话，那么我们就得知道在长崎动手投掷原子弹的那个人的名字，我们就得知道制订这一作战计划的参谋总长，我们就得知道对这一切负责的总司令。”这无疑是指美国总统杜鲁门。因为按照美国宪法，总统是负责指挥全国军队的最高司令官，在广岛和长崎投掷原子弹实际上也确实是由杜鲁门决定的。这位美国律师在审判战争罪犯的法庭上竟把自己祖国的总统与被告相提并论，实在令人惊异。
1946年8月2日，远东国际军事法庭应国际检察处的请求传唤了一名日本教育家前田出庭作证，证明日本帝国主义者曾经通过各级学校教育向日本青年灌输对外侵略的思想。证人前田作了正面陈述之后，美国律师克莱曼便开始对他进行反诘。他问前田：“你说各校校长在课程问题上都受着陆军军官的指挥，请你告诉我，难道在小学课程里不教授日本语文吗？”这个问题引起了在场听众的笑声。韦伯庭长说：“真是没有道理！难道在日本学校里能不教授日本语文吗？”克莱曼解释道：“如果对法庭方便的话，我现在倒想竭力求得对早在两个月前便引起法庭注意的那个问题的答案，即：日本学校的课程究竟是些什么？但是，如果对法庭不方便的话，我也可以放弃不提。”庭长回答：“我们不希望听取这个问题。”克莱曼说：“好。那我就改提下面一个问题：学生们上不上算术课呢？”
韦伯庭长发怒了：“你真是岂有此理！这扯得太远了。须知，克莱曼律师，你是站在国际军事法庭的面前，而这个法庭是审判前日本帝国的领导分子对人类所犯下的滔天罪行的！”克莱曼继续辩解。“如果您同意的话，我认为在现阶段弄清楚这样的课程问题是很重要的。”庭长随口说道：“那就请你继续发问吧。”克莱曼便继续向证人发问：“在这些学校里，有音乐、图画、手工、日本历史等课目吗？”这个问题引来了更大的笑声。庭长怒不可遏地向证人说道：“证人，你不必回答这种问题。”克莱曼感觉到他精心准备的一连串所谓“问题”已经无法提出，便垂头丧气地对高坐在审判台上的法官们说：“我再也没有问题了。”
律师的放肆行为虽然经常遭到法庭的制止和申斥，但是毕竟起到了拖延审判的作用。他们敢于这样做当然是有原因的。梅汝璈法官认为，这一则是因为当时美苏两国的关系越来越紧张，“柏林封锁”的危机似乎看不到解决的前景，双方剑拔弩张，各不相让，仿佛第三次世界大战迫在眉睫。在这种情况下，被告与律师抱有幻想，以为国际阵营组合一旦发生变化，日本必然能够受到美国的重视，而战犯们或许还可以受到美军重用。二则是因为法庭采用了英美法系中规定的“国家律师制”，律师在法庭上享有与检察官同等的权利，而检察官也因此被称为“检方律师”。由于律师有权直接质询证人，那些趾高气扬、有恃无恐的美国律师便无孔不入、无隙不乘地信口雌黄，从询问证人是否犯过罪、是否系精神病人，一直问到是否患有性病，目的就在于使检察方面提供的证人名誉扫地，无法正常地向法庭陈述证言。这种做法不仅浪费了时间，拖延了进度，而且给被告们以歪曲事实、颠倒是非，用“慷慨”而冗长的陈述公开宣传日本帝国主义当年推行侵略扩张政策的种种荒谬“理论”的机会。对此，梅汝璈法官认为这是东京审判中最可憾的一件事情。
实际上，为了反击这种拖延战术，远东国际军事法庭采取过一些措施。经法官会议讨论决定，法庭变通了原有程序规则中某些过分烦琐的规定，简化了法官们作出裁决的投票方法，韦伯庭长加强了对某些发言的干涉或制止。此外，法官们还一致通过决议，根据法庭宪章中的有关规定开除两名胡搅蛮缠的美国律师（施密士和肯宁汉）。但是，按照梅汝璈法官的说法，远东国际军事法庭为了维持“公平审判”的外貌，并未充分行使宪章所赋予的保证审判不受干扰的权力。
梅汝璈早年在美国攻读法学4年，熟悉英美法系的程序规定，被告律师的捣乱也是意料之中的事情。但是，对于法庭上发生的情况，梅汝璈仍然愤恨难忍。在法庭休庭的日子里，梅汝璈回国述职，他特意买了一尊瓷质大肚弥勒佛带回日本，为的是在经过了五六个小时的庭审回到帝国饭店时，弥勒佛的笑脸能使自己的怒气稍稍平息。“我就不信，孙悟空能跳出如来佛的手心。天网恢恢，正义永在！”梅汝璈常常这样自言自语。
作为法官，韦伯、梅汝璈和其他9位同事必须耐心地听完所有的指控、辩护、证词，必须平等地对待检察人员、被告及辩护人员，还有双方提出的证人，而不能越阻代庖或有所偏袒。但是，这种规定并不妨碍梅汝璈与中国检察官之间的相互鼓励、相互支持。由于当时的政府对法庭工作重视不够，中国检察官向哲璈（j un）一开始只带去了裘劭恒、刘子健两名秘书。随着审判的进展，经过有关方面的再三请求和呼吁，中国方面又增派了几名顾问，计有倪征璈、吴学义、鄂吕弓、桂公绰等。这几名检察官顾问的到来对中国检察官的工作十分有利。在大家的共同努力下，中方搜集、补充日军侵华证据和反诘被告证人的工作进展甚大，一举扭转了依赖别国检察官提供证据的被动局面。本来，日本侵华时间甚久，情节甚繁，中国方面应该而且能够提出内容最为确凿、数量最为庞大的证据，强有力地证明日本侵略者的罪行。裘劭恒曾经带领两名美国助理检察官回到中国，先后到上海、广州、桂林、衡阳、汉口（武汉）、北平（北京）等地，进行了广泛的实地调查，在地方司法部门的配合下获取了日本军队犯罪的大量证据；吴学义和刘子健在盟军缴获的日本政府秘密档案里查出了关于被告土肥原贤二和板垣征四郎的罪恶活动的大量证据；在被告板垣征四郎亲自登台作证的时候，倪征璈向他作了长时间的、有声有色地反诘。中国检察人员的艰苦努力对于法庭的最后判决起着举足轻重的作用。