在起诉和审判的过程中，一个无法回避的问题是：日本天皇裕仁是否犯有破坏和平罪？他该不该负战争责任？回答是肯定的。无论是从裕仁本人在日本政治、经济、军事以及社会生活各方面中所起的作用来看，还是从他在战争期间的具体表现来看，他都无法逃避追究。远东国际军事法庭的多数法官，特别是韦伯庭长和梅汝璈法官都认为裕仁有罪。国际检察处的检察官们也有认为应该起诉裕仁的。梅汝璈法官在1946年4月8日的日记中写道：
是否起诉天皇裕仁，这是个正当问题；就纯法律观念来说，我实在看不出天皇对于日本侵略战争何以会没有责任。这个问题在法官们私人谈话间迭次讨论过，大多数人与我持同样的观点。
但是，裕仁天皇终于没有被起诉。季南检察长解释说：“日皇之所以未列入起诉之战犯名单中，完全系由联合国各国政治之观点所决定，此项决定即苏联斯大林委员长亦已同意，因为此项决定是政治的决定，故本首席检察官即不考虑将日皇列入战犯之问题。另一理由即为占领执之便利。”实际上，将裕仁排除在起诉对象之外，主要是麦克阿瑟的主张。这一主张代表了美国政府的意图。鉴于国际形势的变化，根据全球战略的需要，美国对日本不但不会把事情做绝，而且还要大力扶持！裕仁本人也曾通过季南检察长转呈杜鲁门总统亲笔信一封，对美国占领军的“宽大”表示感谢，并声称将以立宪君主之地位，竭尽所能，发展美国式民主。
1948年11月30日的《申报》刊载了梅汝璈法官的谈话：
在第二轮的审判过程中，我们得到无数的证据，足以证明他（裕仁）即使不是日本侵略战争阴谋的发起人之一，至少也是一个消极的阴谋的参加者。这一点，即足够构成他从犯的罪名。我们法官，只能审讯与判决名列检察侦诉状中的被告，天皇之名，不在起诉书内，法庭便无法加以裁判。至于为什么他不被起诉，那恐怕是一个政治问题吧。日本天皇与天皇制度是两件事。《波茨坦宣言》中虽给予日本人民以选择政府制度（包含天皇制度）的自由，却并没有给日本人或任何人以包袒日本天皇战争责任的权力。就是麦帅，身为盟军最高统帅，也没有权力或资格宣告日本天皇的无罪。要断定裕仁天皇之有罪与否，从合法的观点来看，是只有在一个国际性的法庭内解决的。远东国际军事法庭并没有任何袒护天皇的企图。
国际检察处的大权由美国人掌握。麦克阿瑟的亲信季南担任检察长，其他国家的检察官被你为“陪席检察官”，与季南不能平起平坐。这与法庭的情况很不一样。11国法官的地位是平等的——至少在形式上是这样。而在国际检察处，起诉谁、不起诉谁基本上是美国人说了算。美国需要天皇，需要在今后借重日本以实现其全球战略意图，既然如此，季南怎么会起诉裕仁呢？实际上，在检察官中，才学、能力远在季南之上者大有人在。英国陪席检察官、皇家大律师科明斯——卡尔气度雍容，口齿犀利，经验丰富，学识超群，在辩论、询诘中的表现极其出色，然而却不得不屈居季南之下。如果说，远东国际军事法庭的审判权并不被美国人完全操纵，那么国际检察处的起诉权基本上由美国人掌握了。
1948年4月，历时近两年的庭审终于结束，法庭的工作进入了起草判决书的阶段。经过梅汝璈的积极争取，法官们推定由中国法官负责起草判决书中有关中国的部分。梅汝璈与几位助手通力合作，在300余页的初稿上倾注了大量心血。他风趣地形容自己的生活说：“我像书虫一样，整日在堆积如山的数万页法庭记录中钻来钻去。”
有的律师在法庭上说，日本关东军首脑、“九·一八”事变的策划者土肥原贤二“深得中国民众的信赖”。然而被盟军缴获的土肥原打回国内的电报上却有他的自吹自擂：凡中国男女老幼听到我的名字，无不谈虎色变。
日本华中派遣司令松井石根应该对南京大屠杀负直接责任，他却在法庭上声称曾派出10余名宪兵维持全城秩序。然而盟军缴获的德国驻南京大使馆打给德国外交部的密电却在概述了日军在南京城内杀人如麻的情景之后下了这样的结论：犯罪的不是这个日本人或者那个日本人，而是整个日本皇军，它是一部正在开动的野兽机器。
事实，不容抵赖也无法抵赖。对盟军缴获的这些密电、档案，梅汝璈法官给予了高度重视。判决书起草至一半，他又在法官会议上慷慨陈词：“由法庭掌握的大量证据，可以看出，日军在南京的暴行，比德军在奥斯维辛集中营单纯用毒气屠杀，更加惨绝人寰。砍头、劈脑、切腹、挖心、水溺、火烧、砍去四肢、割下生殖器、刺穿阴户或肛门等等，举凡一个杀人狂所能想象得出的残酷方法，日军都施用了。南京的许多妇女被强奸后又被杀掉，日军还将她们的尸体斩断。对此种人类文明史上罕见之暴行，我建议，在判决书中应该单设一章予以说明。”
梅汝璈说完这番话，便坐了下来。他刚刚落座，忽然又站起来，压低嗓音补充道：“我的这个请求，务请各位同仁能够予以理解、赞同。”
韦伯庭长同意了。法官同仁们也同意了。
秘密评议（量刑）阶段开始了。远东国际军事法庭的诉讼程序是由法庭宪章规定好了的，被告的罪名也是经国际检察处提交的起诉书和法庭宣布的判决书明确了的。然而，对于被认定犯有罪行的被告应该适用何种刑罚？有无合理、统一的量刑标准？这的确是一个严肃的问题。尽管11位法官经过两年多的共事私交不错，尽管在11位法官中来自英美法系国家的比较多，但是大家的看法并不一致。比较重大的分歧就是要不要适用死刑。
法官们各有各的主张。来自已废除或部分废除了死刑且没有遭受日本侵略者过多荼毒的国家的法官，当然不可能轻易赞成适用死刑；韦伯庭长主张将战争罪犯们流放到荒岛上（如拿破仑战败后那样）；印度法官巴尔则干脆完全不同意判决书的内容，主张宽宏谅解，慈悲为怀，不事报复，无罪开释全体日本战犯；美国法官倒是同意适用死刑，但仅仅坚持对发动太平洋战争和虐待美军俘虏的那些日本战犯判处死刑。总之，力主死刑的人是少数。
“我不是复仇上义者”。多年以后，梅汝璈法官在一篇论述南京人屠杀事件的文章中作如是说。他之所以坚决主张对日本战争元凶适用死刑，不是出于狭隘的复仇心理，而是为了伸张正义，对饱受日本侵略者欺凌的亿万同胞——包括生者与死者——有所交待，否则，他将无颜再见江东父老，惟有蹈海而死以谢国人。
最后的量刑争议，使梅汝璈如同伍子胥过文昭关，把头发都急得花白了。是的，个人之颜面、生死还是小事，千百万同胞的血债必须讨还！整整一个星期，梅汝璈食不甘味，寝不安席，日夜与各国法官磋商。花了许多心血，费了无数口舌，经历了多少次面红耳赤的争论，最后的投票表决日到了。
6票对5票！以1票之微弱多数，远东国际军事法官通过了对东条英机、土肥原贤二、板垣征田郎、松井石根、户田弘毅、武藤章、木村兵太郎等7名首恶分子处以绞刑的严正判决。
然而，梅汝璈法官还没有来得及喘一口气，土肥原、广田二人却通过律师向美国最高法院提起“上诉”，重复所谓“远东国际军事法庭的组织不合法”的论调，要求重新审理。令人大惑不解的是，美国最高法院竟然以5票对4票通过决定，“同意受理”。这无疑是对远东国际军事法庭管辖权乃至整个盟国地位的蔑视。经过数次辩论和投票表决，美国最高法院于1948年12月20日宣布不干涉东京法庭原判，一场不大不小的风波遂告平息。东条英机等7名死刑犯却因此至少多活了半个月。
美国最高法院的“同意受理”之举，既招致了世界舆论的广泛批评，也加剧了一些人的思想混乱。梅汝璈、向哲璈和荷兰法官罗林，以及各盟国驻日代表团的部分官员纷纷表示，美国最高法院无权受理这个“上诉”，更无权审查东京法庭的判决；美国记者史东也撰文抨击美国最高法院不是美国自由的保护人，而是日本军阀的庇荫。梅汝璈对美国记者说：“‘同意受理’的决定犯有极大错误。若一国可单独变更或撤销国际决定，势必开创国际间合作之危险前例。”对于尚未完全摆脱军国主义和侵略扩张思想束搏的一部分日本人民来说，美国最高法院的“同意受理”客观上刺激了他们对盟国的不满情绪，造成了十分恶劣的影响。有人说，既然盟军统帅麦克阿瑟是美国人，那么他的下属及有关机构就都得受美国最高法院管辖，远东国际军事法庭也不例外；有人说，美国最高法院“同意受理”日本战犯的上诉表明美国政府想让这几个“战略家”活下去，日后对苏作战能派上用场，千奇百怪，不一而足。
1948年11月12日，远东国际军事法庭宣判完毕， 28名甲级战犯理应遵照判决书开始服刑。尽管外界对于判决结果有着这样那样的议论（有人说判得轻，有人说判得重），它的法律效力是不容怀疑的。除了上述7人被判处死刑以外，28名甲级战犯中尚有16人被判处无期徒刑，2人被判处有期徒刑，2人已于庭审过程中病死，l人（即前面提到过的大川周明）因患精神病而免于起诉。判决结束的当天，梅汝璈法官在报纸上发表了《告日本人民书》。他说：“经此次审判，日本军界首脑之暴虐行为和虚假宣传已昭然天下今日国际法庭之最后宣判，清除了中日两国间善睦相处的这些绊脚石，对于今后中日间和平合作，相信必有贡献。”
历史的发展，证实了梅汝璈说过的这些话。
远东国际军事法庭的审判规模之大、历时之久，不但超过了纽伦堡国际军事法庭在人类社会数千年的司法史上也属罕见。它的贡献是巨大的。东京法庭，与纽伦堡法庭一起，通过艰巨、复杂的审判实践，在传统国际法关于违反战争法规或惯例的普通战争罪以外，确立了破坏和平罪和违反人道罪，发展了战争罪行和战争罪犯的新概念，而这正标志着国际法——特别是战争法——的新飞跃。
由于受英美法系诉讼程序的影响过深，加上案情复杂和国际形势发生变化等原因，东京法庭的审判进程较为缓慢，其政治意义随之下降，但其历史意义和法律意义是不容低估的。由于麦克阿瑟的操纵，国际检察处根据美国全球战略的需要，释放了大批在押的日本甲级战犯导致了远东国际军事法庭的无案可审和无疾而终。在首批受到起诉的28名甲级战犯里，竟然没有一名财阀，这也是很不正常的现象。当然，这种现象的出现是美国操纵起诉工作的必然结果。
1948年5月3日的《新闻报》刊登了梅汝璈法官的谈话。梅汝璈说：“余确已觉察，鉴于过去二年来世界情势之急剧变化，东京之审判，已失去其政治上大部意义，但余深望其不致失去其在法律及历史上之意义，余相信其不致如此也。”正是东京审判——这场历史上最大的审判，大幅度地体现了人类的正义和理性，而正义和理性对于人类来说，是如布帛菽粟般不可须臾丧失的东西。