对于动物而言不存在像植物新品种权那样的专门法保护，所以人们更多地把视线集中到专利法的身上。美国是较早授予转基因动物专利的国家之一，1988年4月，美国批准了第一个转基因哺乳动物“致癌老鼠”专利，就是著名的“哈佛鼠”专利。哈佛大学的Philip教授和TimothgA.Steward教授把一种致癌基因重组到非人类的哺乳动物老鼠体内，得到了一种对致癌物质极为敏感的老鼠。
它可以作为药物研究的“药靶”，也可以成为检测致癌物质的实验动物模型。美国在转基因动物专利保护上并没有像欧洲那样的制约，因为美国专利法中并没有对什么不能成为专利的客体做明确的规定，更没有规定动植物品种不能授予专利权。当然，也并不是说美国没有排除在专利法保护之外的客体，而是将这个问题留给了判例中解决。相比而言，美国对转基因动物专利的做法较为宽松，也较为灵活。
美国的“致癌老鼠”——“哈佛鼠”和英国罗斯林研究所（RoslinInstitute）的克隆羊“多莉”（Dolly）等专利申请案引起了世界范围内有关基因、基因技术及转基因动植物专利保护的争论和研究。转基因动植物的专利化进程受到了以下一些阻碍：首先，由于动物和植物是自然界有生命的物种，特别是转基因动物往往会带来伦理问题。自美国授予转基因动物“致癌老鼠”专利权以来，动物保护主义者和环保人士的责难就不绝于耳。其次，动植物新品种很难满足专利法所规定的新颖性、创造性、实用性的三性标准。转基因动植物只是对已有动植物的改造，与传统的专利技术有很大的区别。第三，转基因动植物也难以像其他技术一样充分公开。欧洲对于动植物专利保护的问题，比起美国来较为保守。在欧洲专利公约第五十三条（b）规定：“欧洲专利将不授予植物或者动物品种或者生产植物或者动物的实质上是生物学的方法；该条款不适用于微生物学方法或其产品。”尽管在欧洲专利公约中明文规定了关于动植物品种不授予专利权，但是欧洲专利局对于动植物的专利申请也并非一概拒绝。授予植物专利的相关判例指出，公约排除的植物新品种仅是满足1961年《植物新品种国际保护公约》中区别性、同质性、稳定性要求的植物分支，并不包括化学物处理过的栽培植物。欧洲专利局认为：“植物”不同于“植物品种”，一般植物也不属于植物品种。植物品种是植物分类学上特定的一个分支。比这个分支高的植物类属可能是一般植物，不被欧洲专利公约对“植物品种”的限制性规定所排除。也就是说，植物新品种不能授予专利，但是如果生物技术改变了比“品种‘更高的植物类属的特性，则可以获得专利保护。1998年，《欧盟生物技术指令》对该解释进行了扩张。该指令第四条仍然禁止对植物品种、生产植物的实质性生物方法授予专利权。但是，如果植物发明的技术适用性不局限于某个特定的植物品种，那么该发明可以获得专利权。
动物品种与植物品种从技术本质上来说是没有区别的，然而动物品种却涉及伦理道德的问题，毕竟从广义上说人类也是动物的一种。在转基因动物方面，欧洲专利局也运用同植物一样的理由，认为”动物品种“与”动物“不是一个概念，一个”动物品种“按照欧洲专利公约是不能授予专利权的。但是，在分类上高于”动物品种“的”动物“可以授予专利。欧洲专利局在1989年扩大了专利对象的范围，并于1992年授予”哈佛致癌鼠“专利，但引起了反对。来自欧洲12个国家的25个动物权益群体联盟共同反对该专利。他们宣称该发明是同公众道德背道而驰的。而欧洲专利局则认为，”哈佛鼠“所申请的主题是”非人类哺乳动物和啮齿动物“，该主题从分类上远远高于”动物品种“。欧洲专利公约的原则是只有当法律的其他条款排除某些主题时，才能否认该主题的专利性。因此，该专利申请的客体不在欧洲专利公约第五十三条（b）的”动物品种“之内，可以授予专利权。此后，欧洲专利局开始对一般动物及其方法签发专利。1998年，《欧盟生物技术指令》对动物发明可专利性做了类似的规定。
欧洲专利局对”动物品种“和”动物“的解释引起了很多学者的非议，认为其解释不符合逻辑。但是，欧洲专利局的做法其实是试图在不否定《欧洲专利公约》的基础上，对现代生物技术发展所做出的妥协。欧洲专利局审查部的审查决定中也指出，开发新技术常常会遇到新的危险，正确的作法是认真权衡它所带来的利弊，进而确定是否应使用该新技术。必须审查每一件涉及高级生命形式的发明的道德问题，并在发明所带来的优点和技术进步与其可能产生的不利影响和危险之间仔细权衡。具体到”哈佛鼠“专利的申请，该发明无疑对人类防治肿瘤是有益的。另外，与常规动物试验相比，本发明只使用较小数目的动物，故从总体上对动物的伤害是较小的。再者，本发明的目的是提供试验动物模型，其仅限于在实验室中由合格的技术人员使用，故一般不会释放到普通环境中。不能只因为一项技术有危险性而排除其专利性。最后，应该强调的是，上述考虑只适用于本案例，对其他转基因动物申请案则可能有不同的考虑并得出不同的结论。从以上可见，欧洲专利局在对待动植物专利的问题上采取了实用主义的原则，顺应了生物技术飞速发展的趋势。但是，欧洲专利局在这个问题上所给出的理由过于牵强附会，值得商榷。
3.专门法与专利法保护相结合。有些国家对植物品种采取专门法和专利法相结合的保护方式，美国是其中的代表。早在1930年5月23日，美国就出台了植物专利法，将无性繁殖的植物品种纳入了专利保护范围。但是，1930年的植物专利法案中规定的植物专利与一般的专利并不相同，我们所说的专利在美国称之为实用专利。植物专利在实用专利的基础上做了一定的修改，将实用性、新颖性和非显而易见性变通成了区别性，而且对一般专利所要求的完整、清楚的说明，也变成了合理地尽可能完整的说明。所以，美国对植物新品种的专利保护，实际上是在专利制度的框架内对植物品种获得专利的一种变通规定。
除符合规定的植物新品种可以获得植物专利以外，其他植物在美国可以获得植物新品种权的保护。1970年美国国会颁布了美国植物新品种保护法。现在美国对植物新品种适用两套制度保护，有性繁殖作物的品种通过植物新品种保护法保护，由美国农业部植物新品种保护办公室负责审批；无性繁殖作物和遗传工程方面的品种通过植物专利保护，由美国专利商标局负责审批。
（二）我国对动植物品种的保护
1.我国动植物品种的保护现状。我国《专利法》第二十五条第一款第四项规定，对动物和植物品种不给予专利权保护，但是动物和植物品种的生产方法可以获得专利保护。在我国的专利审查指南中规定，动物和植物品种可以通过专利法以外的其他法律保护。我国是一个农业大国，而且根据世界贸易组织的TRIPS协议的规定，成员国有保护植物新品种的义务，所以保护好植物新品种是我国的一项重要任务。1999年，我国加入了《国际植物新品种保护公约》（UPOVC），1997年10月1日颁布实行《中华人民共和国植物新品种保护条例》。可以说我国对植物新品种采取专门法保护，而对动物新品种则不提供任何保护。植物新品种的保护为促进我国农业科技的发展，激励农业科技工作者的积极性起到了非常大的作用。自从我国的《植物新品种保护条例》颁布以来，植物新品种保护工作取得了长足的发展，建立了相应的组织管理机构，制订了配套的规章制度，完善的植物新品种保护体系已基本形成。目前，农业部植物新品种保护办公室共发布了5批41个种或属的《农业植物新品种保护名录》，组织研制了42种植物新品种《测试指南》。中华人民共和国农业部已经陆续公布了水稻、玉米、大白菜、马铃薯、春兰、菊属、石竹属、草地早熟禾等一批农业植物新品种名录；中华人民共和国林业局公布了毛白杨、泡桐属、杉木、木兰属、牡丹、梅、蔷薇、山茶属、杨属、柳属、桉属、核桃属、枣、柿、杏、银杏等一批林业植物新品种保护名录。
此外，我国农业部还成立了植物新品种测试中心和部分分中心，比如吉林、黑龙江、四川等省的分中心已初步建成，已经对水稻、玉米、大白菜等300多个品种进行了DUS测试（DUS测试指的就是对植物新品种的特异性、一致性和稳定性的检测）。截止2003年上半年，农业部植物新品种保护办公室共受理品种权申请达962件，经审查已授予植物品种权391件。
虽然我国的植物新品种保护方面取得了一定的成绩，但是总体而言，我国在动植物品种保护方面有很大的欠缺。一方面对植物品种的保护不完善。另一方面对动物品种的保护缺失。这些对我国经济、社会、科学的发展都是非常不利的。我国是一个地少人多，急需发展农业高科技的国家，又是一个育种和生物技术比较发达的国家。如果在动植物新品种方面长期得不到有效的保护，必然导致人们开发动植物新品种的积极性降低、投资减少，影响到我国农业和生物技术的发展。所以，应该完善我国的动植物品种保护制度。
2.完善我国动植物品种保护的措施。（1）完善植物新品种保护制度。虽然我国已经制订了专门的《植物新品种保护条例》，用专门法保护植物新品种。但是，其中仍然有很多问题需要解决。首先，植物新品种的申请量还很有限，与我国这个农业大国、育种大国的身份很不相称。据统计，我国有400多个育种研究所，7500多个农作物种子企业，而四年多以来的品种权申请仅仅1000件左右，平均8个单位一个，向国外申请的更是寥寥无几。《植物新品种保护条例》颁布以来，经省级以上品种审定委员会审定通过的主要农作物新品种约5000个，而提出农业植物新品种权申请的新品种数量不到1000件。这说明我国的植物新品种保护不只是科研不足的问题，更重要的是对植物新品种保护宣传不够。人们特别是农业科技工作者的新品种保护意识不强，应该大力宣传保护植物新品种的重要性，建立申请植物新品种保护的机制，激励农业科技工作者和科研院所申请植物新品种权。
其次，植物新品种审批程序亟待改善。我国的植物新品种保护组织管理体制还没有完全理顺，品种权初审、实审、复审、无效等程序还有很多不足。由于资金投入不足造成品种权审查测试体系建设缓慢，虽然我国已经建立了一批测试中心，但还远远不能满足日益增长的申请需要，造成申请者的合法权益不能得到及时有效的保护，影响到农业科技工作者申请品种权的积极性。我们应该增加植物品种测试中心的资金投入，修订目前的植物新品种申请、审查和授予的程序，以加快植物新品种申请的审批速度，使品种权人的合法权益得到更好的保护。此外，还应该建立植物新品种权代理和服务体系，发展植物新品种代理制度，使品种权的申请规范化、专业化。
性，对侵权案件的取证就比较困难。再加上植物新品种保护在我国还是一个新鲜事物，许多人不太了解，在执法中就会遇到很多的问题。此外，一些地方政府为了维护本地的利益，纵容本地企业进行侵权活动，也造成品种权保护难以落实。加强植物新品种权的具体保护，一是要加大宣传，使人们特别是育种企业明确植物新品种权的重要性，侵犯他人的植物新品种权要承担相应的法律责任。二是要制止地方保护主义，建立对地方政府保护品种权的监督和品种权人的申诉制度，防止地方政府为了本地利益破坏植物新品种权的保护制度。三是简化保护程序，增加赔偿金额，使品种权人的权利更快更好地得到保护。必要时可以建立植物新品种权保护基金，帮助品种权人实现自己的权利。
（2）增加对转基因动植物的保护，授予动植物专利权。21世纪将是生物技术的世纪，我国不能再丧失这一次历史机遇。虽然在生物技术领域我国与美国、日本等发达国家之间还有一定的差距，但是我国的生物技术已有一定的基础，并且在发展中国家处于领先的地位。近年来，我国转基因技术研究取得了重大进展。转基因技术的发展使转基因动植物越来越多，并且在农、林、牧、渔以及制药等行业发挥着非常重要的作用。我国是一个农业大国，农业对国民经济的发展起着举足轻重的作用。我国已成功培育出转基因棉花、大豆、马铃薯、烟草、玉米等农作物，并进行了田间试验，其中抗虫棉、抗病毒番茄等4个农作物品种已开始商品化生产。转基因作物田间试验和商品化生产的面积仅次于美国、阿根廷和加拿大，居世界第4位。2002年，我国仅转基因抗虫棉种植面积就达到250多万公顷，其中国产转基因抗虫棉品种的种植面积约95万公顷。国产抗虫棉至今累计的经济效益已经超过40亿元。在转基因动物方面，我国也取得了一定的成绩，已经成功地培育出了转基因鱼和能生产人药用蛋白的转基因羊。转基因技术在动植物上的应用，使传统生物学的繁殖往往难以保持可重复性的问题不复存在，人们可以根据自己的需要创造出各种转基因动植物，这使过去在专利法中所规定的动植物品种不能授予专利的规定不再适应社会的发展。美国现在已经授予了包括”转基因致癌老鼠“——”哈佛鼠“在内的多项动植物专利。虽然欧洲专利公约五十三条（b）款规定不授予”植物或动物品种“专利权，德国专利法中也有类似的规定。但是，在审查实践中已经授予了许多动植物专利，在德国凡是没有列入植物品种保护条例的植物，实际上都可以得到专利保护。