我国专利法目前对动植物品种均不给予保护，并且在我国专利局的《审查指南》（第二部分第一章，3.4）中将动物品种与动物等同，将植物品种与植物等同。这样，我国从目前来讲就无法像欧洲那样，通过解释动植物品种与动植物概念上的不同，对动植物提供专利保护。当然，我们认为像欧洲专利局那样缺乏逻辑地通过动植物分类学的方式，解释动植物品种与动植物的不同，来为动植物专利保护提供法律依据的作法是不足取的。从动植物分类学而言，动植物是上位概念，动植物品种是下位概念，动植物品种应该包含在动植物中。况且，从《欧洲专利公约》的立法者的角度出发，也并没有做这样区分的意图，而是概括性的规定。所以，这样牵强附会的解释不利于为动植物专利保护提供坚实的法律基础，也容易引起不必要的麻烦。
我国是大陆法系国家，成文法占主导地位，没有美国等英美法系适时变化的优势。我国专利法规定了动植物品种不能授予专利，这一条款成为了动植物取得专利权的最大障碍。类似欧洲专利局那样的通过变通解释的方式，在法律明文禁止授予动植物品种专利权的情况下，给予动植物专利权的做法，在我国难以被认同。现在已经有许多动植物专利申请摆在中国专利局面前，采取什么样的态度确实是一个难题。如果坚持不授予专利权，则不但不利于保护我国的农业科技工作者，也会使我国在国际合作上受到限制；如果授予专利权，则一方面发达国家的公司企业必然占得先机，使我国利益受损。另一方面动植物专利毕竟有其特点，立法者必然需要对专利法做一番调整。首先，要加入转基因作物的农民合理使用的条款，否则会使我国本已不堪重负的农民增加额外的负担。其次，在审查动植物专利时应该适应其特点，建立审查授权条件。新颖性、创造性、实用性的三性标准不适合动植物专利的审查。而且，在书面公开方面动植物专利也有其特点，不能照搬专利法原有的制度。
在这情况下，专利制度能否真正适应保护动植物新品种，这些变化是否会冲击现有的专利制度，都让人忧心忡忡。再加上转基因动物所涉及的伦理道德问题，使一些人认为应该以保守的做法，”将转基因植物解释为植物新品种，从而拒绝给予专利保护，进而转基因动物可以照此办理。“但是从转基因技术的发展而言，这种逃避的做法是不可取的。
我们认为，我国应该在法律中明文授予动植物专利权。首先，这种做法并没有法律上的障碍。因为中国专利法2000年修正案中对动植物品种不授予专利权的规定，无论是立法者还是学者都认为是”暂不受专利法保护“，并未将动植物品种的专利之门完全关闭。我国大多数法学专家认为之所以专利法规定动植物品种不受专利法保护，主要是伦理道德、审查程序、授权范围等原因。随着转基因技术的发展，其获得专利保护从技术上已没有大的障碍。
其次，我国不保护动植物专利会阻碍我国转基因技术的发展。在当今社会，投资回报是激励科研投资的最好方式，在社会改制过程中，我国已经有很多民营的生物技术公司。如果不给予他们有效的保护，无异于宣判了他们的死刑，对我国的生物技术发展是不利的。社会在发展，技术在进步，传统的专利制度也应该适应这一变化，不能固步自封、画地为牢。
第三，对动植物的专利保护也是大势所趋。美国、日本、欧洲等主要的发达国家都已经为动植物专利敞开了大门，许多国际公约都正在讨论动植物专利的议题。所以，我国对动植物的专利保护只是迟早的问题，如果不能抢占先机必然会受制于人。
第四，转基因动植物伦理道德的问题在我国并不突出。我国不像欧洲那样受宗教影响颇深，不能接受人对自然生物的改变。而我国人民在新中国建立以来，已经对科学树立了正确的认识，相信对动植物的专利保护不会引起太大的伦理道德障碍。
从具体的保护方式而言，我们主张对转基因植物提供植物新品种权和专利权两种选择。符合我国《植物新品种保护条例》的要求，并且在植物品种保护名录上的植物可以选择申请植物新品种权；而不符合条例要求或者不在保护名录上的植物可以申请专利。但是，对于申请者只能选择其中一种保护方式，不能重合保护，防止出现权利冲突等问题。此外，对于专利制度中的相关规定也应该做一些调整，增加动植物专利的特殊审查标准、修改书面公开专利内容的相关规定等，使专利制度适应对转基因动植物的保护。
二、转基因作物的安全性及管理
（一）什么是转基因作物的安全性
近年来，转基因作物的安全性受到了人们的关注。可以说，自从转基因作物诞生以来，关于它的安全性问题的争论就从未停止过。有一些科学家认为，转基因作物的安全性是不容置疑的，强调”转基因“的现象在传统的动植物培育过程中非常普遍。实际上，作为我们食物的主要农作物，都经过了近万年的人工遗传修饰，修饰的基因数以千计。然而，也有一些科学家认为，传统的基因修饰是通过杂交、优种筛选等方式进行的，一次筛选保留或是导入大量的基因。这与现代生物技术通过将分离出的基因经过拼接后，移植到作物体内的方式不同。真正的转基因动植物毕竟不是自然的产物，是人类控制生物繁衍的结果。而且传统的动植物培育已经经过漫长岁月的考验，人们对它的安全性没有质疑，而转基因动植物的产生也不过二十多年，其安全性还有待证实。
食品的安全性不是一个绝对、抽象的概念，不存在绝对安全的食品，安全也是相对而言的。经合发展组织认为”如果能合理地肯定，在预期的条件下消费某食品不会有害，则该食品就是安全的。“在如何对转基因生物作安全性评价方面，国际上有一个广泛接受和采用的”实质等同“（Substantialequivalence）原则。这一原则强调，评价转基因食品安全性的目的，不是要了解该食品的绝对安全性，而是评价它与非转基因的同类食品比较的相对安全性。在评价时注重”个案分析“，即对转基因食品的安全性不能一概而论。
人们关于转基因安全问题比较关注的主要有以下几个方面：一是抗病虫害作物对人类和环境带来的影响。抗病虫害作物是科学家通过将病毒自身的关键DNA片段植入作物，培育抗病虫害转基因作物。这种病毒的DNA使作物免受感染，起到疫苗的作用。人们担心由于抗病虫害作物含有人为植入的外来基因，这种外来基因可能使转基因作物产生新病毒或新疾病，对自然环境更为不利。此外，抗病虫害作物可能导致害虫迅速对毒性产生抵抗力，从而迫使人类研制和使用新的杀虫剂。另外，抗病虫害作物在有效杀死害虫的同时，也将使赖以生存的鸟类等野生动物的食物短缺，破坏大自然的生物链，并对生态平衡造成损害或潜在的影响。
二是有人担心吃了转基因食物，外源基因进入人体后会造成人体的损害。这种说法也并非子虚乌有。例如，在开发转基因作物时常常使用一种耐抗生素的标记基因，虽然它只在转基因作物的早期研究阶段使用，但是在培育的转基因作物中，可能保留其残余部分。因此，一些人担心，人类食用含有这种转基因成分的食品后，体内可能产生对抗生素的抵抗力，降低抗生素类药物的效力。而且，残存的耐抗生素基因可能转移到引起人类疾病的细菌中，使其产生耐抗生素的能力，从而出现药物无法控制的超级细菌。
三是转基因作物是否会演化为超级杂草。如果转基因作物的基因向杂草转移，那么就会出现蔓延速度极快的抗病虫超级杂草。尤其是对转抗除草剂基因的作物，人们更加担心抗除草剂基因会向杂草转移而使得杂草无法控制。例如，研究人员利用生物技术开发出了对一种或数种除草剂具有抵抗力的转基因作物。除草剂可以大面积地在该作物上喷洒，而对作物本身不会造成伤害。这种抗除草剂作物的基因如果传给其他野生植物，这些杂草可能产生抗除草剂的能力，甚至会变成抗数种除草剂的超级杂草，其亲缘野生种也可能成为杂草或超级杂草。此外，种植抗除草剂作物后，有效除草的同时，可能减少散落在农田中的植物种子，对赖以生存的昆虫和鸟类造成威胁，影响生态环境。丹麦和美国等国家的科学家经过实验得出结论，基因转移会造成一定危害。
四是转基因作物对生态环境是否安全。转基因作物是否会破坏生态环境中的食物链，对生态平衡造成威胁。众所周知，世界的生态环境是漫长的生物进化过程中所形成的，复杂而脆弱的系统。一个物种的消失，一个物种的泛滥都会对生态环境产生影响。打破数亿年以来所建立起来的生态平衡，有可能给人类和其他生物带来灭顶之灾。转基因作物改变了原有自然物种的特性，必然对其他的生物造成影响。如抗病虫害作物对其他野生动植物的影响，抗除草剂作物有可能带来的超级杂草问题等。
五是转基因作物是否会影响生物多样性。人们担心转基因作物替代传统作物品种的结果会减少品种的多样性。生物多样性问题是人类面临的一个重要问题，物种的减少必然导致生态环境的变化，对人类和其他动植物赖以生存的环境造成危害。转基因作物的出现加剧了这种物种单一化的现象，转基因作物使作物的品种减少，这种结果在改变生态环境的同时，也会造成作物整体抵御病虫害的能力降低。作物的多样性使其具备了抵抗各种病虫害的能力，在一种病虫害来袭时总有作物可以抵抗，而单一的作物一旦遭受病虫害的袭击，往往出现集体染病的情况，给农业生产带来灭顶之灾。美国就曾出现过由于作物品种过于单一，导致在遭遇病虫害时该品种大面积减产、绝收的情况。
（二）关于转基因作物安全性的争议
1.国外有关转基因作物安全性的争论。近年来，关于转基因作物安全性的争论首先从英国和欧盟开始，继而扩展到世界各国和地区。这些争议在一定程度上影响了转基因作物的研究、开发和产业化的进程。随着转基因动植物技术的发展和转基因动植物的广泛应用，人们对转基因动植物特别是转基因作物的担心与日俱增。20世纪末爆发的几个事件对这种担心起到了推波助澜的作用。
一个是Pusztai事件。英国苏格兰Rowett研究所的研究人员ArpadPusztai1998年秋在电视台宣称，他用转雪花莲凝集素基因的马铃薯饲喂大鼠，”导致大鼠体重及器官重量严重减轻，免疫系统被损坏“。此事引起轰动，从此引发了国际上对转基因作物安全性的争论。英国皇家学会对此十分重视，组织了专门的同行评议，并于1999年5月公布报告，指出Pusztai的研究从试验设计、方法，到研究结果及数据分析都有严重缺陷。
另一个是巴西坚果事件。美国先锋种子公司的科学家在对大豆做品质改良时发现，巴西坚果中有一种蛋白质富含甲硫氨酸和半胱氨酸，并将这一基因转到大豆中。但他们发现一些人对巴西坚果有过敏反应，而且引起过敏反应的正是这一蛋白。他们随即对带巴西坚果蛋白的转基因大豆也进行检验，发现对巴西坚果过敏的人对这种转基因大豆也过敏。该公司于是取消了这项研究计划。
第三个是帝王蝶（Monarchbutterfly）事件。1999年美国康奈尔大学Losey教授等人报道，在实验室内以拌有转Bt基因抗虫玉米花粉的马利筋草喂养帝王蝶幼虫可导致其死亡。这一结果被解释为转基因威胁非目标昆虫。当年夏天，美国环境保护局（EPA）组织昆虫专家们对帝王蝶问题进行了专题研究，结论是抗虫玉米花粉在田间对帝王蝶并无威胁。此外，英国科学家在1998年曾宣布，老鼠吃了被基因改造过的土豆后，器官生长异常、免疫系统遭到破坏。该实验结果引起了一场关于转基因食品安全性的世界范围内的大辩论。
虽然以上的几个事件最终都得出了转基因作物对人体和其他非目标野生动植物无害的结论，但是它在公众中所造成的影响却是非常深远的。一方面使公众了解到转基因动植物并非想象的那么安全，也促使政府部门制定相应的措施管理转基因动植物的开发应用，防止可能对人类和自然环境造成的损害。
2.各方对转基因作物安全性的看法。如同以上几个事件中一样，科学界和政府部门对于转基因动植物的危害持乐观的态度，认为公众根本没有必要对转基因动植物担心和忧虑。甚至认为这种担心和忧虑会阻碍转基因技术的发展。2000年7月11日，英国皇家学会、巴西、中国、印度、墨西哥、美国科学院及第三世界科学院发表联合声明指出，应改进食品的生产和分配以满足日益增长的世界人口的生活需要，同时减少对环境的不利影响和为低收入地区提供更多的就业机会。声明强调，利用基因改造技术能生产出更有营养、更宜储存和促进健康的食品，对工业化国家和发展中国家的消费者都会带来好处。应该通过有计划地一致行动研究基因改造技术可能给环境带来的正面和负面的影响，但这些影响应与目前使用的常规农业技术所产生的影响相比较而加以评估。
2000年1月由美国Tuskegee大学Prakash教授起草的题为”科学家支持农业生物技术的声明“，已征集到世界上3000多位科学家的签名。该声明表示：“对植物负责任的遗传修饰既不新也不危险。
如抗病虫等诸多性状已通过有性杂交和细胞培养的方法经常性地引入作物中。与传统的方法相比较，通过重组DNA技术引入新的或不同的基因并不一定会有新的或更大的风险，且商品化的产品的安全性则由于目前的安全管理规则而得到了更进一步的保障。遗传新技术为作物改进提供了更大的灵活性和精确性”。