民勤县疾病预防控制中心的前身是县卫生防疫站。1953年10月，县人民卫生院设防疫组。1955年3月，改为卫生防疫股。1956年7月，成立民勤县卫生防疫站，为县属科级事业单位，由县卫生局领导。1961年10月8日，与县妇幼保健站合并。1966年9月25日，撤销县卫生防疫站，并入县人民卫生院。1971年10月29日，恢复县卫生防疫站。1988年，民勤县卫生防疫站被甘肃省卫生厅确认为综合能力较强的县级重点卫生防疫站，由中央、省、县各级财政分担配套资金，先行装备。1997年，其通过一级甲等卫生防疫站初评和复审。
2003年3月25日，民勤县卫生防疫站更名为民勤县疾病预防控制中心，简称疾控中心。内设4科2所1室。近十几年来，先后争取实施了卫生VII、卫生V、卫生X、GAVI、DICA等国际合作项目，在疾病控制、卫生监测、消毒杀灭等工作中取得显着成绩。
5、县妇幼保健站
1953年10月，县人民卫生院设妇幼组。1954年12月，在县人民卫生院妇幼组基础上改设为城关区妇幼保健站，划归县人民卫生院防疫股管理。1956年5月15日，改城关区妇幼保健站为新民乡妇幼保健站。同年7月，组建民勤县妇幼保健站。1961年10月8日，撤销民勤县妇幼保健站，业务及人员归并县卫生防疫站，先后被编设为妇幼股、妇幼组等。1976年2月17日，恢复民勤县妇幼保健站，仍与卫生防疫站合署办理业务。1983年，兴建于县卫生局西侧今址。1988年，县妇幼保健站承担全县婚前健康检查业务。1997年5月通过一级甲等妇幼保健站达标评审。2005年，县妇幼保健站内设3部5科1室共8个职能科室。
6、县卫生职业技术学校
1959年5月，民勤县医院附设民勤县卫生学校。1979年12月1日，县卫生学校单设，为股级事业单位建制，隶属县卫生局。1980年建于西门外镇国塔北侧今址，同年招收第一批学员入校学习。1989年8月11日，县卫生学校纳入中等职业技术教育系列，相当于职业高中，改称民勤县卫生职业技术学校。同年，招收首届3年制中西医结合医士班。1990年6月，升格为科级事业单位。1991年5月，甘肃省卫生厅批准中国乡村医生函授学校在该校设立教学辅导站。
1996年和1998年该校先后挂靠在武威地区卫生学校、兰州市卫生学校开设3年制中专教育。2000年，甘肃电大武威分校在民勤县卫生职业技术学校设教学点。2002年9月，武威市人事局又批准该校为武威市专业技术人员继续教育基地。2004年，该校挂靠在河南省焦作职工医学院，开办医疗、护理两专业大专班。2005年，县卫生局又批准在该校设立乡村医生在岗培训辅导站。
三、基层卫生院
解放初，县人民政府在东湖镇、红柳园、蔡旗三个区，分别成立第一、第四、第三区卫生所。1954年，六坝、西渠、大滩相继成立卫生所。1958年，新民联合诊所改名为城关卫生院。1959年，相继建立公社卫生院12个，其中公办7个，集体5个。是年，全县有各级医务人员284人。1976年，基层卫生院发展到29个（中心卫生院5所，公社卫生院14所，片卫生院10所）。基层医务人员由1965年前的207人，增至897人（含赤脚医生）。1985年，全县有乡镇卫生院28所、中心卫生院5所。1990年，全县有乡镇卫生院25所、中心卫生院5所。
全县农村卫生院有病位186张、医护人员306人。1995年，全县有乡镇卫生院28个、中心卫生院5个，床位229张、卫生技术人员370人。2000年，全县有乡镇卫生院18个、中心卫生院5个、床位252张、卫生技术人员337人。2005年，全县有街道卫生院1个、乡镇卫生院16个、中心卫生院6个、床位353张、卫生技术人员350人。经过多年建设与发展，乡（镇）卫生院的医疗条件有了明显改善，医疗水平有所提高，能开展普通外科手术，临床治愈率在不断提高。
四、个体医疗
明代至民国25年（1936年）间，民间医家极少。他们或半农半医，或半商半医，或私塾先生兼医（儒医）。中华人民共和国成立后，人民政府对民间医药工作者，给予了适当安排。1951年，全县个体中西医医生141人皆开业行医。1951年，经县卫生工作者协会审察合格，允许开业的个体中西医138人。1955年，全县有个体开业医生152人。1956年，个体医生大部分被组织到联合诊所、保健站（室）等集体医疗机构中工作。1958年，对个体开业医生进行限制。1981年后，允许个体行医。到1985年，全县个体开业医生共56人，分布于15个乡镇。
1988年，政府进一步倾向于鼓励和支持个体医务工作者开业行医，全县个体开业医生达76人，由退休和社会医务人员联办诊所2处。1991年，全县有个体开业医生81人，其中中医师3人，医师2人，中医士4人，医士3人，初级卫生技术人员58人，其他未定职称中医11人。1995年，县卫生局成立医疗机构监督管理办公室，协同县卫生工作者协会对全县医疗机构依法进行清理登记，核发《医疗机构执业许可证》。全县先后核发《医疗机构执业许可证》的个体诊所96家，其中县城14家，农村82家；全科医疗个体诊所76家，口腔科诊所16家（县城7家，农村9家），中医诊所2家，皮肤科诊所1家，正骨诊所1家；个体诊所中由退休医务人员开设的诊所5家（县城4家，农村1家）。
1998年以后，退休医务人员中申请个体开业行医者渐增。2000年后，卫生行政主管部门针对个体诊所存在的无序竞争、执业行为不规范、药品进购渠道混乱、医务人员缺乏之间相互监督、不利于乡村卫生服务一体化管理等问题，开始限制其发展。2003年，县卫生主管部门根据有关文件规定对医疗机构实行分类管理（营利性和非营利性两类），个体诊所一律划定为营利性医疗机构。2005年，全县持有《医疗机构执业许可证》的营利性个体诊所共33家，其中中西医疗诊所22家，口腔诊所、镶牙所11家。
五、防疫
中华人民共和国成立前，民勤瘟疫猖獗，危害严重。明永乐十七年（1419年），“饥馑疫疠并臻”。正德四年（1509年）春二月，“瘟疫蔓延，死亡丁口354人”。医士刘毓儒、费瑚珏抢救患者卓有成效，受到陕西行都司嘉奖。清乾隆五十四年（1789年）夏，“瘟疫流行，死亡约千人”，咸丰十一年（1861年），“春荒复兼疫疠，死者阻路，时闻号啕”。同治元年以后，天花、白喉遍及境内，伤寒、麻疹等蔓延各地，加之兵燹、饥馑，百姓弃家外徙，庄田荒废无计。民国年间，天花、白喉、伤寒、麻疹等传染性疫病时有发生，境内6个区102个乡无一幸免。
中华人民共和国成立后，民勤县人民政府逐步建立和健全了卫生防疫组织，对天花、白喉、流行性脑脊髓膜炎、麻疹、百日咳、猩红热、流行性感冒、细菌性痢疾、伤寒、斑疹伤寒、病毒性肝炎、脊髓灰质炎、炭疽、狂犬病、非典型肺炎、禽流感等传染性疫病的防疫工作取得显着成绩。县、乡、村三级卫生防疫网得到健全、完善，人民群众的健康水平得到普遍提高。
六、地方病防治
民勤县是地方病发病较重的县份之一，流行的地方病有三种，即碘缺乏病（含地方性甲状腺肿）、布鲁氏杆菌病、地方性氟中毒。建国前限于当时的国策、国力和医疗科学水平，加上人们对地方病认识不足，几乎没有开展过任何防治活动。1972年，民勤县卫生局制定了《防治地方病“四五”规划》。1973年，民勤县开始地方病普查普治工作。1976年，防治地方病工作进入实质性阶段，制定了《民勤县防治地方病五年规划》，县卫生防疫站设地方病防治股，并建立基层防治组织。自1983年至1992年10年内，国家从“两西”项目建设投资中拨给民勤地方病防治专项经费达10.7万元。“九五”以来各级财政进一步加大了对防治地方病工作的支持力度，每年划拨的专项投入一般都在1万元到1.5万元之间，巩固和发展了防治成果。
2001年后，在民勤实施“碘缺乏病健康教育项目”、“碘盐干预项目”和“地方病防治项目”，地方病防治水平有了突破性提高，发病率逐年下降。千百年来一直危害人民健康的3种地方病已达到国家规定的控制标准。
七、妇幼保健
1、新法接生
中华人民共和国成立后，全县开展了以推广“新法接生”为主的妇幼保健工作。20世纪50年代初期，由国家拨款，培训了妇幼保健员和新法接生员。1954年，对接生员进行了新训和复训，接生用具得到了补充和改善。1956年，有农村接生站（组）122处，接生员达675人，基本达到乡乡有接生站，社社有接生员。1956年7月，民勤县妇幼保健站成立。1958年，各公社配备了妇幼专职干部。1976年时，民勤县初步形成了县妇幼保健站、公社卫生院妇幼保健医生、大队合作医疗站女赤脚医生和生产队接生员的四级妇幼保健体系。
1985年，全县有妇幼医师3人、妇幼医士14人、助产士14人、乡镇卫生院妇幼保健医生20人、村卫生所女医生（卫生员）46人、接生员304人。2001年，全县有能开展产前诊断、施行结扎手术、终止妊娠及孕产期保健、助产技术服务的县属医疗保健机构5家、乡镇（片）卫生院31家。持有“母婴保健技术合格证”的专业技术人员318人。2005年，全县共有妇幼保健机构217个、专（兼）职妇幼保健人员320人，新法接生率达99.2%。
2、幼儿保健
1951年6月，全县组织农忙托儿所23处，训练保育员21人，受托儿童201人。1953年，开始对儿童病进行调查，并对患病者给予治疗。1959年，县福利院收养孤儿500余人；设病院1处，收容病儿130余人，时因饥馑疫疾，死亡甚多。1961年后，对儿童营养不良、蛔虫病进行普查治疗。此后，每年都对儿童疾病进行调查、治疗。1979年（国际儿童和平年）县政府组织对12个公社、135个大队医疗站的儿童防疫保健和建卡情况进行了全面检查。
1985年后，城乡中小学、幼儿园相继建立了卫生保健条例和卫生保健知识学习制度，定期或不定期的给3岁以上、7岁以下儿童“三病”（营养不良性贫血、佝偻病、营养不良）、“四病”（肺炎、腹泻、缺铁性贫血、佝偻病）进行普查、治疗，并对儿童健康五项指标（身高、体重、头围、胸围、牙齿）进行评价，并为他们建立了保健手册。城乡中小学、幼儿园（学前班）儿童体检已逐步规范化。
八、药材
民勤中药材资源比较丰富。乾隆十四年（1749年）所纂《五凉志》中载，民勤县有甘草等中药材21种。道光五年（1825年）所编《镇番县志》和民国8年（1919年）编修的《续修镇番县志》皆有地产中药材记载。1959年所编《民勤医学百年史》中收载品种达144种。1960年组织药源普查时查明，该县出产常用中药材50种，其中家植26种，野生24种。20世纪70年代兴起中草药热，有的社队林场附设种药场，有的社队专辟药场，引种试种新品种。1985年，县政府成立中药资源普查小组进行药源普查，查明全县出产常用中药材43种，总储量约2794万公斤。
其中甘草等8个大宗品种年储量约2119.4公斤，年收购量为1537.6万公斤；蒺藜等三类小宗品种34种，年储量约506.34万公斤，年收购量为2.9万公斤。几经发掘，全县共出产中药材179种（包括试种、引种成功的中药材）。较名贵的药材有甘草、枸杞、锁阳、苁蓉、酸蒡（白刺果）、红枣、小茴香、芒硝等。