绍兴三年春天，岳飞应召赴皇帝所在的地方。江西宣谕刘大中上奏说：“岳飞的部队有纪律，百姓依靠他们才得以安定，现在召他前来，恐怕盗贼又会重新起来作乱。”岳飞没有启程。当时，虔州、吉州的盗贼联合兵力进攻抢掠循、梅、广、惠、英、韶、南雄、南安、建昌、汀、邵武等郡，皇帝授岳飞专权平定这些盗贼。岳飞到达虔州，固石洞贼寇彭友率全体人马到雩都迎战，跃马突击，岳飞指挥士兵生擒了他，其余的贼军头目退保固石洞。固石洞地势高峻且有水环绕，只有一条小路可以进入。岳飞把骑兵列队于山下，命令他们弯弓搭箭，黎明，派敢死队员迅速奔驰登山，贼军大乱，弃守山头逃下来，岳飞的骑兵包围了他们。贼众哭喊饶命，岳飞下令不准杀戳，接受了他们投降。岳飞又教给徐庆等人讨贼方略，围捕各郡的残余贼寇，全都击败并降服了他们。当初，因为隆祐太后受震惊的缘故，高宗密令岳飞对虔州进行屠城。岳飞请求诛杀首恶而赦免胁从，皇帝不许；再三再四地请求，皇帝才特令赦免了虔州城。当地百姓感激岳飞的恩德，绘岳飞像供奉。残余的贼寇高聚、张成进犯袁州，岳飞派遣王贵平定了他们。
秋天，岳飞入朝拜见，皇帝手书“精忠报国”四个字，制成旗帜赐给岳飞。任命他为镇南军承宣使、江南西路沿江制置使，又改任神武后军都统制，仍然兼任制置使的职务，李山、吴全、吴锡、李横、牛皋都隶属他节制。
伪齐派遣李成依仗金兵入侵，攻克襄阳、唐、邓、随、郢等州及信阳军，洞庭湖的盗寇杨么也与伪齐通使，打算顺流而下。李成又谋划从江西陆路行军，直趋两浙与杨么会合。皇帝下令岳飞准备。
四年，朝廷任命岳飞兼任荆南、鄂州、岳州制置使。岳飞上奏说：“襄阳等六郡是恢复中原的根本之地，目前应当先攻取这六郡，以解除心背之患。李成远逃之后，然后在湖湘增加兵力，以消灭群盗。”皇帝把岳飞的意见告诉赵鼎，赵鼎说：“深知长江上游的利害，只有岳飞这样的人。”于是任命岳飞为黄州、复州、汉阳军、德安府制置使。岳飞渡到长江中流，回头对僚属们说：“我不生擒贼寇，就不回来。”进抵郢州城下，伪齐将领京超号称“万人敌”，凭城据守，抗拒岳飞。岳飞擂鼓催动士兵登城，京超投崖而死。收复了郢州，派遣张宪、徐庆收复随州。岳飞赶赴襄阳，李成迎战，左翼面向襄江，岳飞笑着说：“步兵适合战于险地，骑兵适宜战于平原。李成把骑兵列于左侧江岸，步兵列于右侧平地，虽拥兵十万又能有什么作为？”他举起马鞭指着王贵说：“你率使长枪的步兵进击李成的骑兵。”指着牛皋说：“你率骑兵进击他的步兵。”一开战，李成军的战马应枪倒毙，后面的骑兵都被挤入江中，步兵死亡的不计其数，李成连夜逃走，收复襄阳。刘豫给李成增派兵力屯驻新野，岳飞与王万两边夹击，连连击败他的部队。
岳飞上奏说：“金贼喜欢女人和金帛，斗志已经骄惰；刘豫超越本分建立伪政权，人心终究不忘大宋朝。如果派精兵20万，直捣中原，恢复原来的疆土，实是容易做到的事。襄阳、随州、郢州土地都十分肥沃，假如实行营田，其利很多。我等到粮秣充足时，立即到江北去剿杀敌兵。”当时正重视深入北上收复中原的各种计划，营田的议论因此也多了起来。
岳飞进军邓州，李成与金将刘合孛堇列置营寨抗拒岳飞。岳飞派遣王贵、张宪突袭，贼众大败而溃，刘合孛堇仅以身免。李成的同党高仲退保邓城，岳飞率领部队一鼓作气拔除此城，活捉高仲，收复邓州。皇帝闻讯，说：“我早就听说过岳飞行军时纪律严明，不知道他能攻城破敌到这种程度。”后又收复唐州、信阳军。
襄汉一带平定，岳飞辞去制置使的职务，请求朝廷委派重臣经营筹治荆襄地区，皇帝不同意。赵鼎上奏说：“湖北鄂州、岳州是长江上流的要害之地，请求命令岳飞屯驻鄂州、岳州，这样不仅江西可以借助他的声势，而且湖、广、江、浙也能获得安定。”于是朝廷将随州、郢州、唐州、邓州、信阳军合并为襄阳府路隶属岳飞，岳飞移驻鄂州，并授任他为清远军节度使、湖北路、荆、襄、潭州制置使，封为武昌县开国子。
兀术、刘豫合兵包围庐州，皇帝亲自写信命令岳飞去解围，岳飞率所部直趋庐州，伪齐已驱使重甲骑兵5000进逼城下。岳飞树起“岳”字旗与“精忠”旗，金兵一接战便溃败，庐州平定。岳飞上奏说：“襄阳等六郡的人家缺乏耕牛、粮种，请求朝廷酌量拨给官钱，免除他们的公私债务，州县官员以招集流散的百姓多少做为考核政绩的标准。”
绍兴五年，岳飞入朝觐见，皇帝封岳飞的母亲为国夫人；任命岳飞为镇宁、崇信军节度使，湖北路、荆襄潭州制置使，进封为武昌郡开国侯；又任命他为荆湖南北、襄阳路制置使，神武后军都统制，命令他招捕杨么。岳飞的部下全是西北人，不习惯水战，岳飞说：“兵家没有常法，看运用得如何罢了。”他先派遣使者招谕杨么。贼军同党黄佐说：“岳节使号令如山，如果与他为敌，绝没有活着的希望，不如前去投降。岳节使是诚信之人，必会优待于我。”于是投降。岳飞表奏朝廷授予黄佐武义大夫，自己单骑巡视黄佐的部队，用手抚在黄佐的背上说：“你是知道逆顺大义的人。果真能立功，封侯还用说吗？我准备派你再次到洞庭湖中去，看杨么军中有机可乘者就擒获他，可以劝降的就招抚他，怎么样？”黄佐感动流泪，发誓以死相报。
当时张俊以都督军事的身份来到潭州，参政席益对张俊说，怀疑岳飞对贼寇掉以轻心，打算把这种怀疑报告朝廷。张俊说：“岳侯，忠孝双全，用兵自有其精深的道理，怎么可以随便议论呢？”席益深感惭愧。黄佐袭击周伦营寨，杀死周伦，活捉了他的统制陈贵等人。岳飞上报黄佐的战功，升黄佐为武功大夫。统制任士安不服从王王燮的命令，所部因而没有立功。岳飞鞭打任士安并命令他前去引诱贼军，说：“三天之内贼军没有被平定，杀你的头。”任士安到处宣扬：“岳太尉的20万大军到了。”贼军看到只有任士安一军，集中兵力进攻他。岳飞设下埋伏，任士安作战危急之时，伏兵四起攻击贼军，贼军逃走。
正逢皇帝召还张俊防备金人秋季进犯，岳飞从袖中取出一幅小图给张俊看，张俊打算能明年再与岳飞商量。岳飞说：“已经有了确定的计划，都督如能稍留几天，不用八天就可以击败贼军。”张俊说：“怎么说得这样容易？”岳飞说：“王四厢率官军攻打水寇就困难，我用水寇进攻水寇就容易。水上作战是我军短处敌军长处，用我之短攻敌所长，这样困难。如果起用敌将使用敌兵，削夺其手足之助，离间其腹心之依托，使贼军首领孤立，而后用官军乘机进攻，8天之内，一定俘获贼军各位首领。”张俊答应。
岳飞于是到鼎州。黄佐招杨钦来投降，岳飞高兴地说：“杨钦骁勇强悍，他投降以后，贼军的腹心崩溃了。”上表朝廷授予杨钦武义大夫，礼遇非常隆重，于是又派他回到湖中。两天后，杨钦劝服了余端、刘诜等人投降，岳飞假装骂杨钦道：“贼人没有全部投降，你为什么回来？”用军杖打了他一顿，命令他重新入湖中。当晚，岳飞部队偷袭贼营，降服了贼众数万人。杨么依恃地势险固不肯屈服，正在湖中行船，他的船用轮子划水，行船如飞，船两旁还设有撞竿，官军的船迎上去就被撞碎。岳飞下令砍伐君山上的树木造成巨筏，堵塞在湖湾港汊，又在湖水上流投下朽木乱草顺流而下，选择水浅之处，派士兵挑逗贼兵，一边走一边骂。贼军大怒来追，因草木淤积，敌船受阻无法行进。岳飞急忙派兵出击，贼兵逃往港湾中，又被巨筏所拦拒。官军乘巨筏，张开牛皮革遮挡箭和石块，举着大木头撞击贼船，全部撞坏了敌船。杨么跳入湖水，被牛皋促住并杀死。岳飞进入贼军营垒，剩下的贼军首领惊呼道：“太神了！”于是尽降岳飞亲自到各个营寨安抚劝慰已降的贼兵，释放年老体弱的人回乡种田，登记年轻力壮的人编入官军，果然8天之内平定贼军。张俊叹服道：“岳侯神机妙算啊。”起初，贼寇依恃其防地险要时说：“要想攻打我的人，除非是从天上飞来”。到此时，人们都把这话当成是应验了岳飞来攻的谶语。缴获了一千余艘贼船，鄂渚水军成为沿江水军中最强大的。诏命岳飞兼任蕲、黄制置使，岳飞以眼睛有病请求辞去军职，皇帝没批准，加任岳飞为检校少保，进封为公。部队返回鄂州，岳飞被任命为荆湖南北、襄阳路招讨使。
绍兴六年，太行山忠义社梁兴等一百余人，倾慕岳飞忠义前来归附。岳飞入朝觐见，面奏皇帝：“襄阳自从收复以后，未设监司，无法按察州县。”皇帝采纳，任命李若虚担任京西南路提举兼转运、提刑，又下令湖北、襄阳府路自知州、通判以下官员由岳飞自行任免。
张俊到长江边会见各位大帅，唯独称赞岳飞和韩世忠可以倚重成就大事，命令岳飞屯驻襄阳，以待图取中原，并说：“这是你历来所抱有的志向啊。”岳飞把部队移往京西，改任武胜、定国军节度使，担任宣抚副使，在襄阳设置宣抚司。命令岳飞前往武昌调发军队。岳飞因母亲去世在家守丧，皇帝降诏要他守丧未满就应召复职，岳飞护送母亲的棺木回到庐山，连着上表请求守满丧期，皇帝不准，几次下诏催促他复职，于是岳飞到军中。又命令他宣抚河东，节制河北路。岳飞首先派遣王贵等人进攻虢州，攻下了它，缴获粮食15万石，降服敌众数万人。张俊说：“岳飞的筹措计划非常庞大，他的命令已达伊水、洛水地区，这样一来，太行山一带的山寨，必然会有响应的人。”岳飞派遣杨再兴进兵至长水县，连战连捷，中原响应。又派人焚烧了蔡州的粮食。
九月，刘豫派遣儿子刘麟、侄子刘猊分道进犯淮西地区，刘光世打算放弃庐州，张俊打算弃守盱眙，一起上奏请求皇帝诏令岳飞率兵东下，想使他来抵挡敌军的兵锋，使自己退守自保。张俊说：“岳飞的部队一开动，那么襄汉如何来控制？”极力阻止。皇帝担心张俊、刘光世不能担此重任，便下令岳飞东下。岳飞自从击败曹成、平定杨么，总共6年时间，都是在盛夏季节行军作战，导致眼睛生病，到此时，更为严重。接到诏令便当天启程，没有到，刘麟战败。岳飞的奏书到达，皇帝对赵鼎说：“刘麟败北不足以高兴，各位将领知道尊重朝廷是可喜的。”于是赐给岳飞书信，说“敌兵已经离开淮河地区，你不必继续前进，或许襄、邓、陈、蔡地区有机可乘，从长计划处置。”岳飞于是回军。当时伪齐屯集兵力窥视唐州，岳飞派遣王贵、董先等人攻破散军，焚烧敌军营寨。上奏请求图取蔡州以攻取中原，皇帝未准。岳飞召王贵等人回返。
绍兴七年，入朝觐见，皇帝安详地问他：“你得到良马没有？”岳飞回答说：“我原有两匹马，一天要吃数斗草料豆子，饮一斛泉水，不要吃不洁之物。披挂上鞍甲奔驰，开始跑得不很快，等到跑了一百里才开始兴奋加速，自午时到酉时，还可以跑200里。卸下鞍甲既不喘息也不流汗，仿佛无事一样。这是它吃得多却不胡乱凑和吃，力气充裕但不求逞于一时，这是能跑得远的良材。不幸相继死亡。现在我所乘坐的马，一天吃的不过数升，而且吃草料时不管有无粮食，饮水时也不选择泉眼，缰绳还没拿稳，踊跃急驰，才跑100百里，力竭汗喘，像要倒毙的样子。这是它吃的少却容易满足，好逞能却容易穷尽气力，这是低下蠢笨的庸材。”皇帝称赞说得好，说：“你今天的议论很有可取之处。”授予他太尉之职，接着任命岳飞为宣抚使兼营田大使。跟随皇帝巡幸建康，把王德、郦琼的部队隶属岳飞部下，下诏通知王德等人说：“听从岳飞的号令，如同我亲自行令。”
岳飞屡次进见皇帝，都谈论到恢复中原失地的方略。又写奏章说：“金人所以在河南立刘豫为帝，是想荼毒中原生灵，用中国人攻打中国人，粘罕因此可以休整部队以坐收渔人之利。我希望陛下给我时间，机会成熟时就带领部队直趋京、洛，占据河阳、陕府、潼关，以此来号召五路的叛将。叛将归降后，再派官军前进，敌人必然放弃汴京而逃向河北、京畿，陕右一带可以全部收复。然后分兵进攻濬州、滑州，经略两河地区，这样一来，一定可以活捉刘豫，金人可以消灭，国家的长久大计，实在是在于这一行动。”皇帝回答说：“有你这样的大臣，还有什么忧虑，你发兵进攻的时机，我不在朝中干预。”又把岳飞召到寝阁中命令他说：“中兴大事，全都委托你了。”下令岳飞节制光州。
岳飞初始计划大举出征，适逢秦桧主张向金人求和，于是不把王德、郦琼的部队拨归岳飞。诏命岳飞到都督府与张俊议事，张俊对岳飞说：“王德为淮西军所钦服，我想任命他为都统，而命令吕祉以都督府参谋的身份统领这支部队，怎么样？”岳飞说：“王德与郦琼本来不相上下，一旦提拔王德，位于郦琼之上，那么两人必然会争执。吕尚书不熟悉军旅之事，怕不足以服众。”张俊说：“张宣抚怎么样？”岳飞说：“暴躁而缺乏智谋，尤其为郦琼所不服。”张俊说：“那么杨沂中总算可以了吧？”岳飞说：“杨沂中看来和王德差不多，怎么能驾御这支部队？”张俊恼怒地说：“我就知道非太尉你不可。”岳飞说：“都督以正事问我的意见，不敢不完全献出我的愚见，哪里有想得到兵权的念头呀？”当天岳飞上书请求解除兵权，回家服满守丧期，让张宪代理指挥军队，自己步行返家，往母亲墓旁搭建小屋居住。张俊十分牛气，上奏皇帝任命张宗元为宣抚判官，监督岳飞。
皇帝几次下诏催促岳飞还军复职，岳飞推辞。皇帝又诏令岳飞的僚属们到岳飞守丧的小屋死力相请，有6天时间，岳飞赶奔入朝等待处分，皇帝安慰一番后把他派回部队。张宗元回来说：“将领团结和睦，士兵锐气正足，人人心怀忠孝之心，这都是岳飞训练教育的结果。”皇帝很高兴。岳飞上奏说：“近来在寝阁下达的命令，都说陛下的决心已下，怎么至今仍未决定？我愿率领部队进讨，顺应天道，符合人心，我军师出有名则部队威武雄壮，敌军师出无名则部队萎靡沮丧，我军顺应天时则强大无比，敌军逆天行事则不堪一击，必会收到万全的效果。”又上奏说：“钱塘地处僻远的海角，不是用武之地。愿陛下在上游建都，效仿汉光武帝的当年做法，亲自统率六军，往来于各地督战。这样就能使将士们知道圣上的意图所向，人人拼死效力。”皇帝没有答复而郦琼反叛，张俊这才感到后悔。岳飞又上奏：“我愿进军屯驻在淮甸，等待有利时机进攻郦琼，按一定期限消灭叛军。”皇帝不同意，诏令岳飞部队进驻江州作为淮、浙地区的援军。