种子萌发及植物其他各项生命活动所需要的能量，都储存在细胞内的各种有机物中。有机物中储存的能量是通过呼吸作用释放出来的。
生物体都能够利用氧气将细胞内的有机物分解为二氧化碳和水，同时释放出有机物中储存的能量。生物体的这一过程就是呼吸作用。呼吸作用释放的能量除了满足生物体生命活动需要以外，还有一部分转变成热，释放出来。种子的萌发能够产生大量的热，就是这个原因。
种子萌发时的呼吸作用与吸水过程相似，也可分为三个阶段：
（1）种子吸胀吸水阶段，呼吸作用也迅速增强。此时的呼吸主要是无氧呼吸，由已存在于种子细胞中、在吸水后活化的酶所催化；
（2）吸水停滞阶段，呼吸也停滞；
（3）再次大量吸水阶段呼吸作用又迅速增强。此时胚根突破种皮，进入有氧呼吸阶段。