自秦始皇建立专制主义中央集权制度以来，皇帝的权力与宰相的权力之间的矛盾就产生了。皇帝的权力是至高无上的，但他自己不能亲自去处理那么繁多的政务，他必须依靠辅佐他处理政事的机构来实现他的统治。辅政机构的代表人物就是宰相，所以把辅政制度也叫作宰相制度，把皇帝与宰相的关系叫作君权与相权的关系。就辅政体制来说，在秦汉魏晋南北朝时，实行的是开府施政的宰相辅政制度；隋唐五代宋时期，实行的是参议辅政机构制；明朝实行内阁辅政制；清朝实行内阁、军机处辅政制。
明清两代，君权与相权的矛盾更加尖锐。明太祖朱元璋对秦汉以来的宰相制度持否定态度。他说：“宰相权力过重，曾出现了赵高指鹿为马的现象。自秦朝以来，每一个君临天下的人，都不能借鉴秦朝设置宰相所带来的祸患，按照秦朝的惯例设置了宰相。”于是下令永远废除丞相制度，撤掉中书省，由4个辅官辅佐朝政。在四辅官辅政的形式破产后，朱元璋又采取了内阁大学士辅佐朝政的形式。大学士来自翰林院的学士、编修等五六品官员，官职不高地位轻微，只能做些文书工作。但自明成祖朱棣开始，内阁大学士的职权逐渐变大了。尤其是明英宗朱祁镇以后，实际上，内阁已取代了明初的中书省，大学士“已经和汉朝、唐朝的宰相的权位差不多了，只不过不叫丞相的名称罢了”。夏言、严嵩、徐阶、高拱、张居正等人，就是明朝权相。为了分散内阁职权，皇帝又重用宦官王振、汪直、刘瑾、魏忠贤等人，实行内阁大学士与司礼监宦官平行双轨辅政制。在整个明朝，尽管辅政体制变化不已，影响了政局的稳定，但仍没有找到更为理想的方案。
清朝仍实行双轨辅政制。顺治时，改内三院为内阁，“机要政务的处理都交给内阁办理，军事事务交给议政王大臣商议奏处”。康熙时，臣下奏章的处理由内阁主持，军事、国家的机要事务由议政处负责处理，如果是特别颁发的诏旨，由南书房的翰林起草。雍正创立军机处后，“本章由内阁处理，机要事务和用兵事务都由军机大臣接受旨意办理”。
雍正帝之所以不把军事交给议政处处理，是因为那些议政王大臣既没有什么高明的见解，又经常泄露机密，成事不足，败事有余。雍正帝之所以将机务从内阁中划分出来，是因为“内阁的地点在太和门以外，来来往往的人很多，考虑到会泄漏重要政务的机密”，并且内阁权重而效率低，“如果任用人时偶尔考虑不周，一定会出现专权的大臣”，于皇权不利。“军机处是内阁的一个分支机构，……所处理的机要政务和用兵方面的事务都是由军机大臣当面接受皇帝的指示，皇帝没有一天不与军机大臣们会面，而太监是不能参与的，即使是这些得到皇帝面授机宜的各位大臣也只是传达、转述、缮写皇帝的旨意，不能在这中间夹杂任何自己的意见”。故能使清朝的“各位皇帝互相继接，大权独揽……任用官员处理政事，命令一下就能得到执行，权力从来没有落入别人手中”。
雍正皇帝开始设立了军机处这个机构，并使它渐渐取代了内阁的作用，这是行政制度上的重大改革。军机处架空了议政处，也夺走了内阁的权力，但军机大臣的权力也有限，只是按照皇帝表达的意思去办事，既没有议政处的商讨决定权，也没有内阁的代皇帝起草圣旨的权力，因为这些权力都被皇帝拿走了。这次行政机构的变革是增强了皇权，削弱了原来赋予满洲贵族和满汉大臣的“相权”。军机处设立的与奏折制度的确立相辅相成，雍正皇帝亲自批阅、答复臣下的奏折，向军机大臣当面下达指示，天下的一切事务都由他一个人处理。雍正的专制集权与明朝的朱元璋相同，但是又有不同。朱元璋日理万机，忙不过来，找几个学士给他做顾问，然而不是固定的班子在皇帝指导下处理政事，因此皇权得到加强，行政效率却没有提高。而雍正建立军机处，加强皇权的同时，还提高了行政效率，使得皇权能够真正充分地实现，所以他的权力实际上比朱元璋还要集中，他以前的其他帝王对他的这种集权就更是望尘莫及了。
密折政治
实行密折制度
到了清圣祖康熙当政的中期，天下太平，国力强盛，为了加强对各级官员的控制，及时了解地方情况，康熙帝特别命令他的亲信官员用密折方式奏报情况，开始出现了清代特有的奏折制度。它是由皇帝特别指定的官员，将上奏事件亲手书写密封，直接派人送到御前再由皇帝启封、批示（后来或与军机大臣等批阅）后，再直接发与具奏者执行。这种制度，简化了明代以来繁琐的文书处理制度，提高了清朝政府的行政效率。
中国王朝自古以来，臣工报告的方式很多，如章、奏、表、议、疏、启、书、记、封事等。以奏折为正式公文的名称，始于清代的顺治年间。在康熙朝，密折作为一种实际的政治工具有了进一步的发展。不过，密折形成一套完整的制度运作，还得从雍正朝开始算起。
清代君臣之间的“言路系统”大致是这样的：臣子们上的主要是“题本”和“奏本”，后来又添上了“密折”。
题本：凡是弹劾、钱粮、兵马、捕盗、刑名这些事情，均用题本，上面加盖公印，才算有效。
奏本：凡是到任、升迁、转任、代属官谢恩、讲述本身私事的，都用奏本，上面不盖印。
题本有两个不利于君臣沟通的缺点：
第一，手续很繁琐。
第二，题本要由通政司这个机构来转送内阁，最终才上呈天子，过目的人多，也容易泄密。
奏本比题本稍好些，虽然没有那么繁琐的手续，但也得过通政司浏览这一关，所以保密性还是不强。
密折就不一样了：它不拘格式，可以自由书写，也不用做裱褙、提要、副本这些纯属形式上没有任何实际作用的事情，当然快捷很多。而且它直接交到皇帝那里，不用通过通政司、内阁，由皇帝亲自来拆阅，保密度十分高。这一条君臣互动的快速通道，对中国历经多个朝代形成的形式繁杂的文官言事制度，是一个具有强烈震动性的改革。
康熙处理密折的方式很小心，他曾经说：凡是朱笔批阅的御旨，都是朕亲手所写，没有代笔的人。这次出巡，朕因为右手生了病不能写字，就用左手拿笔写字，绝不会让别人代替写。所以所有一切上奏的事情，只有朕和原上奏的人知道。
不过康熙为人坦诚，他对于经过批阅的密折，在批阅后就发还本人，因此官员们“都有朕亲手写的证据在他们手中，而没有在朕这里”。因此臣子不必担心写给皇帝的密折被曝光，或在某些时候变成挨整引用的材料。
但雍正的作风和他的父亲不同。康熙驾崩第十四天，刚刚继位的雍正就定下上缴朱批的规定。谕文写得十分严厉：“所有先皇康熙爷朱笔批阅的御旨，全部认真恭敬地封起来呈上来。如果有人敢抄写私下留放，收藏起来不交，焚烧丢弃的，以后被发现，一定不会宽恕，一定要从严处置。”
雍正规定，不但前朝的奏折要收回宫中，今后本朝的朱批在本人捧读后，也要缴呈，不能自己私下保留，如果违反就要追究责任。
在康熙统治的61年里，给皇帝写密折的总共只有100多人。而在雍正统治的短短13年中，写密折的人竟有1100多人。雍正对密折政治的热心由此可见一斑。
雍正元年（1723年），雍正就下令各省督抚密上奏折，于是封疆大吏都有了这个权利，只是如果在这些人中有人遭到处分，那么他上密折的权利也就被停止了。
以后，雍正又把上密折的权利扩大到提督、总兵官、布政使和学政等上层官员。
另外，一些小官如知府、同知也得到了雍正的特许，可以直接上密折。
总之，通过对上密折特许权的认可，雍正在从高层到低层的官员间都安插了他的心腹，撒开了一张个人的信息网。而这些耳目除了上奏密折外没有其他特权，也没有特定组织，所以很难为非作歹，也很难形成明代的厂卫那样危害国家的政治毒瘤。
雍正大力实施的这种前所未有的“密折政治”，并不只是一种单纯的控制臣下的手段，虽然这是十分重要的一项内容。从雍正的密折政治里，我们还发现，君臣之间商讨军国大事，仍是其最重要的内容。
在推行一项重大的改革政策之前，在密折里，君臣之间对这些政策进行商讨研究，不草率的贸然行事，这种谨慎地行政做法在历史上也具有进步意义。
往往对待一件具体的政事，决策者和执行者都有各自的顾虑和隐衷，在一般的公文里很难进行说明。这样既不利于保持上级决策行为的正确性，也不利于下级的全力贯彻执行。
密折的上递及批复则使上下两方面都公开观点，经过充分交流再付诸决策实施，使政策出台前有了一定的缓冲。
“密折制度”表面看来是加强君主专制的做法，是历史的退步，但在一定程度上它却推动了君臣间在政务上的交流协商，使出台的措施更符合实际，更具有可操作性，减小了实施中的阻力，提高了行政的效率，推动了雍正初期改革的进行。
密折制度的应用
雍正一朝的许多重大改革，都先通过“密折”讨论过。
如摊丁入亩、改土归流、疏浚运河等重大政策，就是雍正同官员通过密折反复协商斟酌才定下的。
凡推行改革政策，都应该雷厉风行，讲求高效。奏折制度使大臣官员们的奏事很快就送到了皇帝面前，这就省去了中间环节。奏折送到勤于政事的雍正皇帝手中，他马上抓紧时间阅读批示，该执行的立即付诸实施，因此大大提高了行政效率，促进了政治改革的实现。
治水是中国各个朝代存在的最大问题，它甚至成为老百姓鉴别统治者是否符合天命的标志，这就是人们常说的“如果世间出了圣明的君主，黄河水就会变清”。
但河清又是十分难盼来的，所以又有“等河水变清，人的年龄都不知会等到多么大”
的感叹。
对待治水，雍正也曾通过河臣的奏折进行研究。
雍正二年（1724年），大臣李绂曾向雍正当面提出疏通淮扬运河的建议，雍正觉得有道理，就命他与河道总督齐苏勒商议，齐苏勒认为疏通淮扬运河的工程量非常大，不能轻易作决定，他准备先进行实地考察，再提出具体意见。
齐苏勒的奏折上呈后，雍正有这样的一番朱批：“朕命令李绂到你那里传谕旨，只是让你知道有这么一种建议，可以仔仔细细地加以思考，并不是认为他所奏的建议就一定能够实行。一般来说，管理江河的官员都希望有工程上马，可你的下属官员又多数不能让人信服。更何况这种事关系很大，不能草率行事，如果白白地浪费人力物力却没有收到好处，并产生了害处，不但白白地耗费了钱财、粮食，还可能成为历史上流传的笑话。但如果确实对国家百姓的生活有利，也不要因为害怕困难就中途停止，总需要你详细周密地计划妥切，将最终的利益全部搞清楚，准备详细地一件件上报给我。这件事不是眼前急需要办的事情，尤其不是轻举妄动的事。”
这番话通情达理，将事情的正反面、利弊都进行了剖析，指出治水关系非同小可，官员们一方面好大喜功，一方面畏缩怕难，要根本消除这两方面，就要根据实际的整体情况来作决定。
说这一番话的目的并不是为了事成功归自己，事败过属他人做铺垫，而是要求大家谨慎地进行思考论证，他则从中协调。这样就不会让臣下带着成见想问题，为了揣摩迎和上司的意思而妨碍正确的决策，把“治水”搞成了“乱水”，劳民伤财又遗害无穷。这种施政思想才是成熟的政治家处理问题时应把握好的。
雍正四年（1726年），有一位官员上奏折，指出在治水工程中准备材料时所存在的弊病，雍正隐去上折人的姓名，把它下发给了河道总督齐苏勒，让他“尽心尽力地进行准备计划”。
齐苏勒针对皇帝转下的折子中的说法，具体解释了事情的原委。
雍正阅览后，对齐苏勒的解释十分满意，批道：“你所陈述的事实非常恰当，朕本来就不很同意他的说法，但既然有这种议论，其中或许会有些可以汲取的借鉴之处，所以向你打听一下，就是这个意思。现在看了你的汇报，朕彻底明白了。”
河工是十分复杂的事情，一般如果不是专家是承担不了这件任务的。又因为治河工程资金耗费巨大，往往被贪官污吏利用来发财，这使治河工程不但有治水的困难，还兼有了管理官员不贪污的困难。
由此可见雍正对治水的复杂性是看得非常清楚的，所以很少轻易发表先入为主的意见，而是多方考察、多方听取不同说法；而密折正是他进行考虑判断的材料。
由于这些臣下的密折多是个人的意见总结，因此可以反映对一些政策的不同看法，从而了解到一些事情的实际情况，而对这些个人见解加以汇总，就能比较全面地认识到存在的各种矛盾，对事务有一个较全方位的认识。
聪明的决策者之所以聪明，不在于他事先有特别好的主张，而在于他善于倾听多种意见并给出恰如其分的总结。在强制推行“改土归流”这件事上，雍正表现出了一个明智的决策者的风范。开始时他不持用武力解决的主张，他认为“应该慢慢地想办法，教育引导这些人”，但他也没有把这种方式作为不可变更的确定了的大政方针，他要求大臣们“不要勉强地去遵命执行”，应该“慢慢地反复思考，在详细协商后再具体上奏”。这就是说要再协商再考虑。在君臣间商量了几年后，雍正也对苗疆的事务从不熟悉、拿不定主意到逐渐熟悉，掌握了实际情况，形成了完善的政策，这就是一个充分吸收不同意见的结果。
广博的密折内容
雍正年间的天文地理、风土民俗，都在密折中有十分丰富的反映。
雍正帝在宁夏道鄂昌上奏叩谢“允许他上奏折汇报情况”的折子后面写了一段很长的上谕，很详细地讲明了他的目的，这一段话很能表现雍正要独揽天下事的雄心大志。他写道：“现在允许你们这些下级官员也能上密折言事，只不过是想扩大耳目所能得到的消息。
在你的职责之外，一切地方上存在的利与弊，全省官员们是否勤于职守，上司谁公正谁徇私，下属官员谁优秀谁不合格，军备是否整治，雨水是否充足，百姓的生活怎么样，风土人情是否淳朴，即使是邻近的省份，或是京城内外，凡是令人惊奇的事，不必一定有什么深刻的见解，都可以告诉朕。只要在奏折中将有没有确切的根据，或者仅仅是道听途说，将这些地方都加以分析说明，便于朕进一步查访，能够得到实际情况就行。这些事既然不是你们职责所管辖的范围，即使想从中得到真知灼见也不可能得到，所以即使在奏报中有错误不切实际的地方，也不会加以责备。”