抗战胜利后，为配合重庆谈判，在朱德等的领导下，对进犯的国民党军坚决还击，并实施“向北发展，向南防御”的方针。内战爆发后，朱德运筹帷幄，取得了解放战争的胜利，迎来了新中国的建立。
1945年8月，经过8年浴血奋战的中国人民，终于迎来了抗日战争的最后胜利。日本政府8月10日要求投降的消息传来，朱德即在两天时间内以延安总部总司令名义连续发布七道命令，命令各解放区人民军队迅速行动，收缴敌人武器，接受日伪军投降。但是，躲在大后方的蒋介石却企图独吞抗战胜利果实，内战的阴云又笼罩了中国大地。
面对严峻的局势，朱德按照中共中央的决策，同国民党反动势力进行了针锋相对的斗争。
8月13日，朱德、彭德怀致电蒋介石，指出他不许解放区军队接受日伪投降的命令“不但不公道，而且违背中华民族的民族利益”，表示坚决拒绝执行这个错误的命令。16日，又致电蒋介石，指出“内战危险空前严重”，制止内战的办法是“凡被解放区军队所包围的敌伪军由解放区军队接受其投降，你的军队则接受被你的军队所包围的敌伪军的投降”。朱德还在8月15日向侵华日军总司令冈村宁次发出命令，要他下令他的被解放区军队所包围的部队向解放区军队投降。同时，还向美、英、苏三国政府发出说帖，概述中国解放区、沦陷区抗日武装力量和广大人民8年抗战的实绩，揭露国民党政府坐待胜利、保存实力、准备内战的阴谋，向三国政府提出解放区武装力量和广大人民在同盟国接受敌国投降中应有的地位和要求。
蒋介石由于内战准备还需时日，便摆出和平谈判姿态，电请毛泽东到重庆谈判。中国共产党为实现国内和平民主，决定以毛泽东、周恩来、王若飞为代表，于8月28日赴重庆同国民党进行和平谈判。同时，中共中央清醒地认识到，内战的危险依然存在，必须准备在必要时进行自卫战争。
在毛泽东等赴重庆谈判期间，朱德和刘少奇等为配合重庆谈判桌上的斗争，指挥解放区军民对进犯的国民党军队给予了坚决还击，其中最着名的是上党战役。这次战役从9月10日到10月12日大获全胜，共歼国民党阎锡山部13个师3.5万多人。
为了巩固和推动革命，朱德和刘少奇征得在重庆的毛泽东、周恩来的同意后，向全党提出“向北发展，向南防御”的重大战略方针。向北发展，关键是争取东北。随着形势的发展，9月14日，中共中央政治局会议决定，以东北为战略重点，把原准备南下的10万部队和两万干部转向挺进东北，并决定建立以彭真为书记的中共中央东北局，加强对东北工作的领导。
9月17日，朱德和刘少奇致电正在重庆谈判的毛泽东、周恩来，明确提出“向北发展，向南防御”的战略方针。在得到毛泽东、周恩来复电同意后，9月19日，中共中央将这一重大战略决策电示中央局。在同日举行的中央局会议上，朱德发言说：“蒋介石对我们的办法是能打就打，不能打就暂时避免打”，“3个月打不起来，要打至少得6个月，我们要争取主动，争取时间”。“只要北方行，南方不巩固甚至丢失一些地方也是需要的。苏北、皖中、长江流域，准备做交换条件，我们要来个主动的行动，形成北面归我们的形势。”
由于全党贯彻实施了“向北发展、向南防御”的战略方针，到1945年11月，进入东北的人民军队达11万人，党政干部2万多人。到年底，东北人民军队总兵力发展到28万多人。
重庆谈判达成“双十协定”后，国民党军队仍继续向华北解放区进行大规模的进攻。朱德和中央军委又指挥华北解放军进行了平汉（邯郸）战役、平绥战役、承德保卫战、津浦路徐济段的自卫作战，相继取得一系列胜利。蒋介石在遭到这些打击后，不得不按照“双十协定”，于1946年初在重庆举行政治协商会议。但是，他根本没有诚意履行政治协商会议通过的有1946年11月，朱德六十寿辰时，党中央为他举行庆寿会，右立者为朱德。利于和平、民主、团结的决议，在依靠美国援助进一步做好战争准备后，于这年6月底，以大举围攻中原解放区为起点，挑起了内战。
在国民党反对派气势汹汹的军事进攻面前，朱德毫无畏惧，他和毛泽东等一起，确定了以运动战对付蒋介石军事进攻的作战方法，不计较一城一地的得失，集中优势兵力，各个歼灭敌人，击溃国民党军的全面进攻。
1946年12月1日是朱德的60岁生日。全党、全军和解放区人民为总司令的60寿辰举行了热烈的庆祝，庆祝活动成为打败国民党反动派军事进攻、争取中国光明前途的一次动员和号召。延安全城悬旗3天，党、政、军、农、工、商、学各界纷纷举行祝寿活动。毛泽东为朱德60大寿题词：“人民的光荣。”刘少奇题词：“朱总司令万岁。”刚刚从南京返回延安的周恩来赶写了一篇情真意切的祝词。
1947年元旦，朱德发表广播词，指出：“今年的一年，将是中国人民斗争形势转变的一年。”
正如朱德所预料的，国民党军队1946年6月开始的对解放区的全面进攻，到1947年初不得不转为重点进攻，把矛头主要指向山东和陕北两个解放区。3月，胡宗南等部以25万兵力大举进犯陕北。3月8日，朱德在延安各界召开保卫陕甘宁边区保卫延安战斗动员大会上号召边区军民动员起来，打垮胡宗南的进攻，并对如何以人民战争打垮敌人作了具体的指示。
3月16日，中央军委决定组成以彭德怀为司令员的西北野战兵团，率2.6万兵力将胡宗南的大部吸引在陕甘宁边区予以打击。同时，朱德和刘少奇、任弼时率中共中央机关部分人员撤离延安，向瓦窑堡、清涧一带转移。不久，同比他们晚两天撤离延安的毛泽东、周恩来会合。29日，中共中央政治局在清涧县枣林沟开会，决定：毛泽东、周恩来、任弼时留在陕北，主持中共中央和中央军委的工作，刘少奇和朱德等组成中央工作委员会，前往华北担负中央委托的工作。
3月31日，朱德和刘少奇从绥德县石嘴驿出发东渡黄河。行前，朱德召集中央警卫团连以上干部开会，叮嘱他们坚决勇敢地保卫好毛主席、党中央的安全，并把身强力壮、战斗经验丰富的指挥员留下来，担负武装侦察、安全保护任务。
朱德一行经过长途跋涉，于4月下旬到达河北阜平县城南庄，这里是晋察冀军区所在地，他们和军区领导人聂荣臻等一起研究了晋察冀解放区的土改和军事工作。朱德充分肯定了晋察冀部队在自卫作战中取得的胜利，也指出：“你们最近打了些胜仗，只是仗打得零碎了一些，如何打大歼灭战，你们还没有十分学会。”“打大歼灭战，是红军的传统战略思想。我们历来是靠歼灭战来壮大自己，你们一定要贯彻打歼灭战的思想。”他提出：“把野战军腾出来专门打歼灭战，决不能叫主力到处去抵抗，分散兵力去保卫地方，相反，应该加强地方部队的建设，从地方部队挤出一部分人来充实野战军。”朱德向军区高级干部阐述集中兵力打大歼灭战的指导思想，分析在平原地区打大歼灭战的有利条件，统一大家的认识，增强斗志和信心。他还要求从组织上加强野战部队，组成以杨得志为司令员，罗瑞卿、杨成武为政委的晋察冀野战军。
从4月到6月，晋察冀主力部队南下正太路，东取青沧县，出击保定以北的徐水、固城，三战皆捷。朱德在6月同野战军司令部一起行动，肯定他们“对于打歼灭战大有进步”，华北作战已转为主动。
这年夏天，人民解放军以刘邓大军千里跃进大别山为起点，由战略防御转入战略进攻。10月10日，朱德和彭德怀联名发表《中国人民解放军宣言》，响亮地提出“打倒蒋介石、解放全中国”的号召，标志着中国的革命战争达到一个新的历史转折点。晋察冀解放军也转入战略进攻，9月发起大清河北战役，10月发起清风店战役，将由石家庄出动的国民党第三军主力1.7万余人全歼，活捉该军军长罗历戎，这是晋察冀军区贯彻“打大歼灭战”指导思想取得的胜利。除平、津、保三角地带和石家庄等几座孤城，晋察冀大部分地区已在人民解放军控制之下。
10月22日，清风店战役获胜。聂荣臻等晋察冀军区领导人即向中央军委和中央工委提出“乘胜夺取石家庄”的建议。朱德完全同意，立刻致电中央军委，建议批准聂荣臻的计划，并于25日赶到驻在河北省安国县的晋察冀野战军司令部，进行战前动员和攻坚准备。
石家庄（石门）是华北战略要地、国民党军队坚固设防的大城市。朱德在战前动员中，强调要做好充分准备，高度重视攻坚战术与技术，特别强调炮兵、步兵和工兵（爆破）的协同作战。
10月31日，朱德在野战军旅以上干部会上强调石家庄战役打的是城市攻坚战，要勇敢加技术，并宣布了攻打石家庄的命令和部署，并把朱德提出的“勇敢加技术”作为口号传达到各部队，坚决贯彻执行。
石家庄战役从11月6日开始，经过6个昼夜的激烈战斗，全歼守军2.5万人。在战斗进行期间，朱德不断通过电话听取战况，给予指导和鼓励。13日攻占石家庄，开创了夺取大城市的范例。
11月中旬和下旬，朱德两次来到野战军，召开各级指战员座谈会，总结石家庄战役的经验。
12月4日，朱德来到刚刚解放的石家庄，视察一些工厂，又详细了解城内的经济、社会生活情况，对有关城市工作等作了指示。
返回中央工委所在地西柏坡后，12月10日，朱德写信给毛泽东转中央，报告他到野司、冀中，再由石家庄回西柏坡的经过及所见，肯定晋察冀部队经过整顿，士气旺盛，经过清风店、石家庄等几个战役“学会了打运动战、防御战、攻坚战”，特别讲到石家庄战役中，发扬了军事民主，发动了士兵群众，上下一致，因而夺取了胜利。报告又说，在河间县、石家庄了解到，工人待遇过高，会使公私工厂大都关门，工人失业，实际上是一种“自杀政策”，现已纠正这种作法。毛泽东对朱德的信十分重视，写了批语转发给各中央局、野战军。
石家庄解放后，蒋介石急忙飞到北平，成立华北“剿匪”总司令部，由傅作义统揽晋察冀热绥五省的指挥大权，实行“以主力对主力”，“以集中对集中”的战法，力图反守为攻，变被动为主动。为了打破华北国民党军队的新战略，朱德和刘少奇于1948年2月向晋察冀野战军提出新的作战方针，要求他们按照中央军委的部署，向平、绥方向运动，学会大踏步进退，在更大的战略范围内调动敌军，力争在运动中歼敌。朱德又致函冀中军区，指出：敌集中了主力，必放弃许多地方，不可错过可乘之机；今后你们南面无顾虑，可一意向北，注意战术、技术，“围点打援”，小部队亦可利用。1948年春夏，华北解放军坚决贯彻这些正确的作战方针，先后在察南、绥东、热西、平北、冀东、保北广大地区与敌周旋，不断进攻，取得一系列胜利，共歼敌5万多人。这就拖住了华北的国民党军队，配合了东北野战军的战略进攻。
1948年4月，在陕北战场取得了决定胜利的形势下，毛泽东、周恩来、任弼时率领中共中央机关东渡黄河，到达河北省阜平县，与朱德、刘少奇会合，中央工委随之撤销。
4月30日至5月7日，中共中央书记处在城南庄开会，研究在全国发展战略进攻问题。会上听取了华东野战军负责人陈毅、粟裕的汇报。朱德赞同粟裕提出的华野3个纵队暂不渡江南下、集中兵力在中原大量歼敌的建议。会后，朱德在陈毅、粟裕陪同下，代表中央前往濮阳去慰问华东野战军并指导工作。
从5月13日到18日，在濮阳城郊的华东野战军司令部，朱德先后听取了叶飞、王必成、陈锐霆等几位纵队司令员的汇报，出席了团以上干部会和连队士兵代表会，代表中共中央和中央军委向华东野战军指战员表示亲切慰问，还到连队视察，对战士们问寒问暖。他在讲话中强调军队建设、遵守纪律、执行政策的重要性。讲到作战问题时，他提出用“钓大鱼”的办法来对付国民党的主力部队，要懂得摆布它,用迂回曲折的战术，把它拖得很疲劳，弹药也消耗得差不多时，再用大部队奔袭歼灭它。又指出：打仗要看清对象，对什么敌人打什么仗，看什么天候打什么仗，在什么地形条件下打什么仗，都是重要的战术原则，提高了广大指战员的思想，鼓舞了斗志，增强了战斗力。
朱德离开不久，华东野战军在粟裕指挥下，在豫东“钓大鱼”，发起开封和睢杞战役，一度攻克河南省会开封，歼敌9.3万余人，创造了解放军在一次战役中歼敌数量最多的新纪录。这次战役改变了华东和中原战场的战略态势，也是全国军事形势发生巨大变化的开始。
这段时间，朱德对东北战场和晋南战场的情况也极为关心，作出许多重要指示。他对徐向前率领晋冀鲁豫部队一部围攻临汾的战役多次给予坚决支持。当临汾攻坚战遇到困难，部队里有的高级干部产生“暂时放弃”的想法时，朱德立刻写信给有关领导，坚定他们的信心，要求给前线指挥员徐向前以一切支持，要知难而进，通过打临汾取得对大城市的攻坚战经验，培养锻炼出能攻坚的部队。临汾战役从1948年3月开始，历时72天。
1948年秋，解放战争进入第三个年头。人民解放军开始对国民党军队进行决定中国命运的战略大决战。在这重要的历史时刻，朱德作为人民解放军总司令，同毛泽东、周恩来等一起运筹帷幄，呕心沥血，指导全国各个战场。他经常参加中央书记处会议、中央军委会议，参予对重大战略决策的研究，还经常到解放军总部作战局听取汇报，根据战争情况作出指示。