我国曾在1949年至1951年间，对北京、天津、上海等地的高校进行过局部调整，调整结果，全国共有高等学校211所。但调整后的高校布局并没有大的改变，仍集中于沿海或接近沿海的大城市，内地和边远地区数量较少;在学校类型上还缺少统筹规划，工、农、医、师范等社会主义建设所急需的院校数量少，规模不大;在系科设置上，偏重文法而忽视理工。例如，全国有100所高校设置政治、法律系科，70所高校设置财经系科。在校学生中，政治、财经、文科学生占总数的5600，而工科学生只占总数的17.4%，农科学生只占总数的6.5写，医科学生只占总数的7.6%,1953年中共中央指出:“党在这个过渡时期的总路线和总任务是要在一个相当长的时期内，逐步实现国家的社会主义工业化。”据此而制订的第一个五年计划的基本任务是集中主要力量建立我国的社会主义工业化的初步基础。
根据上述情况，中央教育部先于1952年制订了全国高等学校院系调整计划(草案)，决定调整重点是整顿与加强综合大学，发展专门学院，首先是工业学院与师范学院。1952年在全国五大行政区先后进行了院系调整。1953年继续进行调整。至1953年底，全国调整后的高等学校共有182所，其中:综合大学14所，工业院校39所，师范院校31所，农林院校29所，医药院校29所，财经院校6所，政治院校4所，语言院校8所，艺术院校15所，体育院校5所，民族学院2所，其他1所。工科院校发展势态很好。
在这样的大背景下，1952年7月26日，南京大学与金陵大学(1951年5月由私立金陵大学与金陵女子文理学院两校合并而成)，两校校务委员会举行联席会议，通过了《南京·金陵两大学合并、调整工作进行办法》,}月30日又公布了南京大学、南京工学院、南京师范学院、南京农学院四校建校筹备机构名单。从那时起直到1953年，原南京大学的院系调整工作基本完成，其新建院校的概况是:南京大学，由原南京大学和金陵大学两校的文、理、法等学院为主体组建而成，共设13个系。校址设在原金陵大学。潘寂任校长，孙叔平任第一副校长，李方训任第二副校长。
南京工学院，以原南京大学工学院为基础独立建院，并人金陵大学的电机、化工两系，江南大学的机械、电机、食品工业三个系，L;I及南大农学院的农化系，武汉大学园艺系的农产品加工组和农化系的农产制品组，浙江大学的农化系和复旦大学的农化系。1953年又并人浙江大学、交通大学、山东工学院的无线电通讯和广播系科，以及厦门大学的机械、电机两系，组建成一所多科性的工业大学。全院共设7个系，10个本科专业，10个专修科专业。校址设在原南京大学四牌楼本部。汪海粟任院长，钱钟韩任副院长。1988年改名东南大学。
南京师范学院，由原南大师范学院和金陵大学有关系科为基础，并人南京师专数理班、上海私立震旦大学托儿专修科、广州私立岭南大学儿童福利组等组建而成。校址设在原金陵女子文理学院所在地。陈鹤琴任院长，昊贻芳任副院长。1984年改名南京师范大学。
南京农学院，以原南大与金陵大学农学院为基础，调人浙江大学农学院部分系科组建而成。校址初设在丁家桥原南大二部，1955年迁至东郊卫岗。金善宝任院长。1984年改名南京农业大学。
华东水利学院，由原南大工学院水利工程系、交通大学水利系、同济大学和浙江大学两校的土木系水利组，以及华东水利专科学校的水工专修科合并组建而成。校址在西康路。严恺任院长。
1985年改名河海大学。
华东航空学院，由原南大工学院航空工程系、交通大学航空系、浙江大学航空系合并组建而成。范绪箕任院长。校址设在南京东郊卫岗，1957年迁西安，更名西安航空学院。1957年10月，与西北工学院合并组建为西北工业大学。
南京林学院，由原南大农学院森林系与金陵大学农学院森林系合并组建而成。1955年又并入了华中农学院的森林系。校址初设在丁家桥，1955年迁至太平门外锁金村。郑万钧任院长，杨致平、干铎任副院长。1985年改名南京林业大学。
南京大学医学院，于1951年改变建制，属华东军政委员会卫生部领导，但仍保留南京大学医学院名称。蔡翘任院长。1952年改名为中国人民解放军第五军医大学。1954年迁西安，并人解放军第四军医大学。
这样，南京大学一分为八，经院系调整衍生和共生了8所高等学校，而且日后都成为教育部、中央其他有关部委和省的直属重点学校，其中每所学校的在校师生和毕业学生，均先后达到和超过原来中央大学的人数，对国家作出了很大的贡献。