进入北京后，多尔衮一直保持着比较清醒的头脑。当时京畿内外，“连经兵火，又值大旱，远近田畴，尽为兵马所蹂躏。城底数百里，野无青草；城中之人，相聚为盗，多有杀越夺掠之患”，人心颇为不稳。京中粮草，大多为农民军运走，所剩多是“积年陈腐之米”，糠土参半，吃了就会腹痛。尽管如此，八旗官兵也不得不以此充饥。多尔衮深知自己的艰难处境。
多尔衮还让前来帮助清军作战的蒙古部落人马暂且回去，等到秋天大举南侵之际再来相会。这样做一方面可以减少粮饷的消费，另一方面则可避免军队对民间的骚扰。十七日，多尔衮专门设立防守燕京内外城门的军队，“禁士卒抢夺”。同时还宣布：“京城内流贼蹂躏之后，必有鳏寡孤独，谋生无计，及乞丐街市者，著一一察出，给予钱粮恩养。”这一切对稳定北京局势也起到了一定作用。
多尔衮必须兑现自己的诺言——替明崇祯帝发丧，因为他打着这个旗号进关，打着这个旗号争取吴三桂，又打着这个旗号使京东一带，包括北京不战而降，这一条是争取汉族地主阶级的重要手段，即使一般汉族百姓也会对此表示满意，因为这至少表明清人对过去的敌人宽宏大量，不念旧恶。此外，在这个幌子下，可以大大激起汉族地主阶级对农民军的仇恨，充当多尔衮剿杀农民军的急先锋。
多尔衮为收买旧臣，下令从初六日开始，“为先帝设立帝王庙，哭临三日，随议谥号，议葬隧”。礼部侍郎杨汝成称典礼浩繁，不能独任，要求增派主持丧礼的官员。多尔衮便问汉官中谁最贤明，沈惟炳等推举那位曾建议崇祯帝南迁的李明睿，多尔衮便彬彬有礼地请李明睿出任礼部左侍郎。李明睿以自己年老多病而推辞不干，多尔衮就对他说：“尔朝皇帝尚未收殓，明日即欲令京城官民人等哭临，无神主，何以哭临？无谥号，何以题神主？”多尔衮的这种姿态，使李明睿“闻言大恸”，感激涕零，叩首接受了这一任命，答应负责安排先帝的葬礼。多尔衮当即下令在朝房中讨论崇祯帝的谥号，并议定朱由检为怀宗端皇帝，周皇后为烈皇后，并安奉神主于帝王庙。
从初六日开始哭临，至初八日三天，多尔衮“命臣民为崇祯帝举哀”。曹溶等五人作为多尔衮肯定下来的五城御史，在帝王庙“监肃诸仪”，其他一些曾投降农民军的官员如熊文举、杨枝起、朱徽等都前来致哀。“洪承畴入京，哭临帝丧，议改葬梓宫。士民乐从，无不哀泣。”其后，众人因田贵妃的坟墓宽大壮观，就决定不再为崇祯帝造陵，将他与周后、田妃一同葬于其中；崇祯帝棺椁居中，周后居左，田妃居右，命名为思陵。十年后，谈迁曾访思陵，见其中“飨殿三楹，奉先帝木主。内殿加峻”。有碑上书“怀宗端皇帝陵”，前头的“大明”二字为金色，殿上匾额有“思陵”二字，亦为金书，只是乱草丛生，十分凄凉。
无论如何，多尔衮此举的效果是显著的，汉族地主阶级无不为此而心怀感激之情。当时就曾有人说，“清兵杀退逆贼，恢复燕京，又发丧安葬先帝，举国感清朝之情，可以垂名书，传不朽矣”。南明大学士史可法在给多尔衮的信中也写道：“殿下入都，为我先帝后发丧成礼，扫清宫殿，抚辑群黎，且免剃发之令，示不亡本朝，此等举动，震古烁今，凡为大明臣子，无不长跪北面，顶礼加额，岂但如明谕所云‘感恩图报’乎？”再加上范文程等加意抚绥，遣官护送抗拒农民军而自杀的大学士倪元璐的家属扶柩南归，凡死难诸臣之棺木，又都“次第给文南还”，更使汉族地主阶级感恩戴德。拉拢汉族上层分子的一系列措施，使多尔衮在北京很快稳住了脚跟。
满族人的风俗习惯之一就是剃发，俗称剃头，就是把脑袋四周的头发皆尽剃光，仅从头顶向后留起，梳成大辫。自从后金努尔哈赤日益扩张土地，剃发与否就成为是否降顺的标志。多尔衮要求占领区的汉人尽行剃发，由此导致满汉关系十分紧张。山海关战役后，吴三桂的属下俱皆剃发；山海关城内平民也被谕令剃发。京东州县迎降之后也都纷纷剃了头，但这时剃发还没有全面展开，只是在占领地区局部实行，因此还没有引起太大波动。进入北京之后，多尔衮仍然沿用这一传统做法，在所有布告谕令中，反复强调，以剃发为归顺的标志。认为“虽称归顺而不剃发者”，是有“狐疑观望之意”，决不允许。要求“凡投诚官吏军民，皆著剃发，衣冠悉遵本朝制度”。当有人向多尔衮请求愿从旧俗，免除剃发时，多尔衮却以一副救命恩人的姿态说：“我存若辈头，若辈乃惜此发耶？”遂使剃发、易衣冠的做法向京畿中原地区强行推广。
在范文程和一些明朝降官的建议下，多尔衮同意为崇祯帝发丧三日，服除后再行剃发。五月初八日，清军开始在北京强行剃发，先官后民。并要求“三日内官发尽剃”。十一日，多尔衮发布谕令说：“近闻土寇蜂起，乌合倡乱，念尔等俱吾赤子，不忍俱加兵革，已往者姑从宽宥。谕到俱即剃发。”“倘有故违，即行诛剿。”
接着，又下令从十一日开始迁城。“凡京城百姓，限十日内俱移南、北两城”，东、西、中三城圈为八旗营地，当时北京高门大宅尽在东、西、中三城，全为清兵居住。左翼为：镶黄旗在安定门内，正白旗在东直门内，镶白旗在朝阳门内，正蓝旗在崇文门内；右翼为：正黄旗在德胜门内，正红旗在西直门内，镶红旗在阜城门内，镶蓝旗在宣武门内。“限期既迫，妇孺惊慌，扶老携幼，无可栖止。前三门城门，皆经烧毁，以木撑闸板，距地三尺许，必偻而后得过。男妇拥集，肩背摩击，失足仆地，践踏立毙。既而人多木倾，闸板下坠，压死又数十人。其得出者，惶惶无归，饥寒交迫，一路米豆抛撒，滑不受步，倾跌接踵，哭声震天。妇女怀抱婴孩，力不能支，辄弃城壕中，伤心惨目，不可俱述。”“不料三日内达兵（指八旗兵）不待迁徙，遽占民房，民之失业者甚众”。许多百姓不愿剃发，便乘迁城之机，纷纷外逃。据当时在北京的朝鲜人说：“剃发之举，民皆愤怒，或见我人泣而言曰，我以何罪独为此剃头乎？”
于是京畿各占领地区，特别是北京城及其他大城市之中，民情骚动，连朝鲜官员都说：“如此等事，虽似决断，非收拾人心之道也。”一些希图幸进之徒，借机率先剃头，向多尔衮取媚讨好。尤其是曾在北京一度投降过李自成的明官，唯恐明朝一旦复辟会治他们的从“逆”之罪，便迅速剃发，归顺清朝。多尔衮在宣布故明各衙门官员照旧视事时，一个先决条件就是剃发。甚至当时的命令中传有“剃发者贼亦非贼，不剃发者非贼亦贼”的说法，于是北京城内遂无完发之人。
从当时的整体形势而言，清兵虽然顺利进占北京，控制了京畿一带的局势，但京东一些地方“土寇蜂起”，威胁着北京到沈阳的交通安全，特别是李自成虽然败走北京，而此时仍然据有山陕，还有相当大的势力，是多尔衮不可轻视的劲敌和最大的心腹之患。东南半壁，尚为明朝残余势力所支撑。鹿死谁手，尚未定局。看到此时自己还立足未稳，申令剃发政策又引起不利反响，并且一些降将建议为了定鼎中原，必须制定收买人心的策略，作为当时的权宜之计，多尔衮便不得不做出适当的让步，五月二十四日，即在进入北京后的20天，遂下令罢除剃发。
清人定都北京之后，它的政权跟过去在盛京时已大不相同，原先不过是满族人或东北一个区域内的政权，自从定都北京后，则成了全国性的政权，虽然当时它还没有统一全国。作为摄政王的多尔衮，在新的形势下，当务之急当然是要竭尽全力来巩固这新政权。为此，多尔衮一方面在政治上进行改革，另一方面继续用武力统一全国，这二者又是相辅相成的。政治改革为军事行动提供了条件，军事上的节节胜利又为其政治改革奠定了基础，这两方面的胜利，使清朝的新政权日渐巩固。
在多尔衮执政期间，他始终注意网罗汉族中的官僚、士大夫。他常说：“古来定天下者，必以网罗贤才为要图”，“故帝王图治，必劳于求贤”。为了充分利用明朝原有的封建国家机器，迅速而有效地治理国家，多尔衮积极拉拢汉族上层人士与满族统治者合作。他规定凡明朝降官，只要实心忠顺清朝，一律加官晋爵，对他们过去的种种不法劣迹，也“不必苛求”。一入关，多尔衮就打出“官仍其职，民复其业，录其贤能，恤其无告”的口号。进入北京后，首先宣布对明朝原有官吏的态度是“凡职衔尊卑，悉以三月十九日为断，各复原职”。五月初九日，也就是多尔衮到北京的第五天，便“令在京内阁、六部、都察院等衙门官员，俱以原官同满官一体办事”。通过这样一些措施，多尔衮急不可待地把明朝封建国家政权的各项职能，迅速地恢复起来，以便形成满汉统治阶级利害与共的局面，尽快联合起来，集中力量镇压李自成以及各地的反抗。
汉官同满官一体办事的命令一下，故明地方官前来投顺的、京官前来报名的，纷至沓来，络绎不绝。如原明朝大学士、著名阉党人物冯铨“闻命即至”，并立刻成为多尔衮的心腹。许多明朝官吏被多尔衮委以原任，或加官提升，使清朝入关后，很轻松地就继承了明朝遗留下来的一整套国家机器。
对归附清朝的汉官，多尔衮还特别注意发挥其中具有丰富经验并有代表性的人物的作用。原任明朝内阁大学士的冯铨，曾因为是魏忠贤阉党的骨干而被崇祯帝罢黜为民。虽然他素以“有才无德”著称，且在故明官僚士大夫中声名狼藉，多尔衮对他却非常器重，顺治元年五月十四日，赐以“所服衣帽”及鞍马、银币，“令以大学士原衔，入内院佐理机务”。六月初一日，多尔衮又正式任命洪承畴“仍以太子太保兵部尚书兼都察院右副都御史，同内院官佐理机务”，为内秘书院大学士。顺治元年（1644年）八月间，又把于崇祯十三年（1640年）四月到崇祯十五年（1641年）四月，曾任内阁大学士的谢升，征召入京，令其入内三院办事。再加上对明朝原来六部及其他中央统治机构官员的起复任用，逐步又把明朝的封建统治机构及其基本制度恢复起来。并把入关前清政权的中央统治机构成员与之混合在一起，组成了以满族成员为核心的新朝统治机构。
入关前清政权的最高决策机构是议政王大臣会议，但多尔衮进占北京以后，议政诸王中的另一辅政王济尔哈朗和代善、豪格等人，尚与幼帝福临留守沈阳，所以多尔衮在北京的实际决策机构是内三院，而内三院又听命于多尔衮，这样，多尔衮就成为清政权当时在北京的最高决策人。多尔衮把原来明朝内阁的成员和主动归顺的得力人员，任命为内三院的大学士。崇祯十七年（1644年）明朝内阁的大学士共有七人，其中在北方仅存的李建泰，于顺治二年（1645年）三月陛见时，多尔衮也复其明朝大学士的旧僚，任命他为内三院大学士。至此，多尔衮就把明朝的内阁和清政权的内三院，从职能到人员完全混合在一起，成为摄政王发号施令的中枢参谋机构，实际在发挥着明朝内阁的作用，洪承畴、冯铨、谢升等人，也以明朝内阁的职能在执行他们的任务。
顺治元年（1644年）六月初二日，也就是洪承畴被多尔衮正式任命为内秘书院大学士的第二天，他和冯铨共同向多尔衮建议：“国家要务，莫大于用人行政。臣等备员内院，凡事皆当与闻，今各部题奏，俱未知悉。所票拟者，不过官民奏闻之事而已，夫内院不得与闻，况六科乎？倘有乖误，臣等凭何指陈，六科凭何摘参，按明时旧例，凡内外文武官民条奏，并各部院覆奏本章，皆下内阁票拟。已经批红者，仍由内阁分下六科，抄发各部院，所以防微杜渐，意至深远。以后用人行政要务，乞发内院票拟，奏请裁定。”多尔衮得其奏言后，连连称是。
这样，清朝便恢复了明朝内阁的票拟制度。