这封奏书并没有到达光绪皇帝的手中。军机处的官员认为言辞激烈，文字过火，所以截留了。随后，失意的康有为离开北京，继续著书立说。他于1891年完成了《新学伪经考》。次年，在他的学生陈千秋、梁启超的协助下，完成《孔子改制考》。在这两本书中，康有为把孔子打扮成一个具有平等、博爱等资产阶级思想的“圣人”。
1895年，中日战争结束，李鸿章代表清政府与日本政府签订了臭名昭著的《马关条约》。消息传到北京，正在参加第三次科举考试的康有为十分愤怒，他起草了一份万言书，邀集在京应考的各省举人1000多人，准备联合向朝廷呈递。这就是历史上著名的“公车上书”。亦即康有为的第二次上书。
这次上书并没能够呈递，因为“万言书”写成之时，《马关条约》已经签订，来应考的举人，大抵是为求官而来，以为“成事不说”。不过，这次失败的行动，却产生了巨大的影响，为康有为赢得了很大的声誉。此时的康有为已经不满足光有一个虚名，而是有着狂热的政治雄心。为了实现这个雄心，他以为惟一可行的办法就是争取皇帝的支持，做大官，从而实际参政。因此，在其他举子纷纷散去之时，康有为不顾风险，把万言书略做修改，以个人的名义呈送皇帝。这就是他的第三次上书。
康有为的第三次上书终于到达了光绪皇帝手中。光绪看后十分感动，下令抄送各省督抚，征求意见。这使康有为大为振奋。不过，各省督抚对变法态度暧昧，征求意见便成了不了了之。但康有为没有放弃，他接着给光绪皇帝第四次上书。此时的他已经考取进士，并担任了工部主事。工部主事无权直接上奏皇帝，必须由工部堂官转递。当然，康有为遭到保守堂官的拒绝。
第四次上书失败后，康有为辞去官职，全身心地投入组织强学会的工作，宣传变法主张。由于康有为的几次上书广为刊行，他在上流社会中已经成为知名人士。当时，军机大臣兼户部尚书翁同龢、湖广总督张之洞、两江总督刘坤一、新建陆军督办袁世凯等人都资助强学会，并名列会籍。连李鸿章也表示要加入，因为他当时名声不好，遭到拒绝。
光绪二十三年十月（1897年11月），在德国强占胶州湾后，康有为再一次来到北京，第五次给皇帝上书。他激昂地说——列强瓜分中国，已如箭在弦上，十分危急。如此下去，恐自尔之后，皇上与诸臣虽欲苟安旦夕，歌舞湖山而可不得矣。……天下皆知朝廷之不可侍，人无固志，奸宄生心……乱机四伏，陛下欲求为长安布衣而不可得也……
康有为认为，局势岌岌可危，变法维新势在必行，万万不可延迟。因为言辞激烈，所以，光绪皇帝并没有马上看到这次上书。
由于几次上书，康有为已经得到紫禁城的注意。都察院的一个官员把他引荐给了光绪皇帝，光绪决定亲自召见他。可是，受到恭亲王的阻拦。恭亲王说，按祖宗惯例，非四品以上官员，皇帝不能接见。光绪皇帝只好下令要大臣代为接见问话。
光绪二十四年正月初三（1898年1月24日），康有为被邀请到总理衙门，与李鸿章、翁同龢、荣禄等几个大臣进行了一次关于变法问题的辩论。此时的光绪已经读到康有为的第五次上书。光绪被康有为书中的言辞打动，下令以后康有为如有奏折，即日呈递，不得阻搁。并且要康有为呈送著作。
正月初八，康有为向光绪上了一个《应诏统筹全局折》。这是他的第六次上书。他把自己所著的《日本明治变政考》、《俄罗斯彼得变政考》送呈光绪，意思是希望光绪以上述两人为榜样，变法图强。
接着，康有为又趁热打铁，上了他的第七书。他着重论述了彼得大帝是如何敢于向西方学习的。
四月二十三日（6月11日），光绪皇帝发布《明定国是诏》，百日维新正式开始。五天后，光绪在颐和园接见康有为。接见之所以不在紫禁城，就是为了不违反“祖宗规矩”。光绪皇帝表面上接受了康有为的主张，不过，他只给了康有为一个“总理衙门章京上行走”六品衔的小官，离康有为梦想的“布衣相国”距离非常遥远，这令康有为十分失望：变法的前途迷茫，大业何时才能实现？就好像眼前的这位皇帝，仿佛近在咫尺，却又遥不可及。不过，光绪赋予了康有为专折奏事的权力。这样，康有为就打通了与皇帝直接对话的通道。这就给了康有为无限的希望，正是为了这点希望，康有为和他的同志们，在变法维新的道路上，义无返顾地走了下去……
戊戌六君子血溅菜市口
变法开始后，光绪皇帝想以开设懋勤殿（皇帝读书、研究学问的地方）的名义，选用一批精明强干的维新人士当顾问官。他要维新派骨干谭嗣同为他起草诏书，还把前几代皇帝的遗训也给了谭嗣同，说康熙、乾隆、咸丰三朝都曾经开设过懋勤殿，要他写进诏书中。光绪帝其实是想亲自拿着诏书到颐和园向西太后请示，为自己变法增加一点理由。第二天京城的官员几乎都知道要开设懋勤殿的事了，以为诏书就要下达了，然而诏书终究没下达，这是因为慈禧太后作了干预。于是，大家都知道西太后与光绪帝的矛盾已经难以调和了。
在这件事发生以前，西太后为了削弱光绪帝的势力，找了个借口把他的老师翁同龢赶回老家，光绪帝没有能力阻止。现在光绪帝更感到情况不妙，他秘密召见了维新派官员杨锐，特地写了密诏，要求康有为、梁启超等人设法阻止这种趋势。他将密诏交给杨锐藏在衣带里带出宫。
杨锐出宫后，遵照光绪帝的旨意，把诏书给康有为、谭嗣同、林旭、刘光第看。诏书上写着这样的话：“现在，朕当皇帝的地位几乎也要保不住了。”“你们几个以及维新派的同志，要赶快设法救朕啊。”他们几人捧着诏书失声痛哭。可是手中没有一点权，能做什么呢？这个时候，他们想到了袁世凯。
袁世凯是河南项城人。年轻时他两次参加县试，都没考中，于是他投靠叔父的把兄弟、淮军提督吴长庆，很快得到李鸿章的赏识，步步高升，当上了驻朝鲜通商大臣。1894年，中日甲午战争爆发前夕，他见形势不好，要求调回国。回国后，他把自己装扮成支持变法的人，常常对人说一些中国和外国的事情，他还在荣禄的同意下参加康有为组织的强学会，一些不知底细的维新派居然对他很有好感。
甲午战争之后，清廷想要训练一支新式陆军，袁世凯走了许多门路，终于在1895年获得清廷的委派，到天津附近的小站训练新式陆军，成为直隶总督荣禄的亲信。以后这支陆军成为清军中很有实力的军队，袁世凯的地位也渐渐高起来。
康有为等五人商量了很久，觉得惟一的希望只有动用袁世凯的力量了。谭嗣同秘密地向光绪皇帝提出，请求皇上用优厚的待遇联络袁世凯，希望在情况紧急的时候可以靠袁世凯救助皇上，他说得十分恳切。1898年9月16日，光绪帝召见袁世凯，袁世凯当面向皇上表示支持维新变法。光绪帝很高兴，特地赏给他侍郎的官职。第二天光绪帝又召见他，袁世凯表示一定忠于皇上，报答皇上的恩情。
第三天，谭嗣同直接来到袁世凯居住的法华寺。他问袁世凯：“你认为我们的皇上怎么样？”袁世凯感慨地说：“是一代少有的好皇帝啊！”
谭嗣同紧接着问：“那么西太后他们准备在天津阅兵的时候，逼迫皇上退位的阴谋，你知道吗？”袁世凯说：“是的，我听到过一些。”
谭嗣同就拿出光绪帝的密诏给袁世凯看，然后说：“现在能够救皇上的，只有你了。”他的话语变得激烈了，用手在自己的头颈比划着说：“要是你没有救皇上的打算，那么就请你到颐和园向西太后告发吧，再把我杀了！这样，你肯定能够荣华富贵。”
袁世凯脸色变得严肃，严厉地说：“你把我看成什么人了？皇上是我们共同侍候的主子，我和你都受到皇上不一般的恩情，救护皇上的责任，不只是你的，我也有啊！假如你有什么好的主意，我倒是非常愿意听的。”
谭嗣同听后很满意，说：“荣禄的密谋，全押在天津阅兵这一举措上。你和董福祥、聂士成三支军队都受荣禄指挥，他要靠这三支军队来逼皇上退位。即使这样，董福祥、聂士成的兵力是不能跟你相比的，要论实力，只有你了。要是事变发生，你完全对付得了他们两支军队。保护皇上恢复大权，清除太后身边的反对维新的大臣，整顿朝廷的秩序，这些事，你也完全可以做到从容不迫，这可是你一世无比荣耀的功业啊！”
袁世凯说：“要是皇上在阅兵的时候，能够看准机会迅速地进入我的军营，下令杀奸臣，那么我一定跟着你们干下去！”
谭嗣同说：“不过，荣禄待你一向不错。你怎么对待他呢？”
袁世凯笑了笑说：“他对我不是真心的，你没听说过‘汉人是不可以给以兵权’的说法吗？”
谭嗣同说：“是啊，不过他可不是一般的人啊，你要对付他，可不容易。”
袁世凯愤怒地瞪大眼睛：“要是皇上在我的军队中，我杀荣禄就像杀一条狗一样容易！”
他们商量了好久，谭嗣同才放心地走了。但是，谭嗣同走后，袁世凯立刻就向荣禄告密。荣禄连夜进北京，跑到颐和园去见西太后。第二天，也就是9月21日清晨，西太后和荣禄等发动政变。他们把光绪帝囚禁在中南海瀛台，然后又用光绪帝的名义发布请求西太后垂帘听政的诏书，这就是历史上所称的“戊戌政变”。紧急着，西太后下令搜捕维新派，废除变法法令。康有为、梁启超因为事先得到消息，逃到国外。谭嗣同不愿逃走，他说：“要是变法一定要流血的话，那么就从我开始吧！”
9月28日，谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、康广仁、杨深秀六人在北京菜市口被杀，用鲜血浇洒在变法维新的道路上。他们就是历史上有名的“戊戌六君子”。其他的维新派和大批参与戊戌变法，以及倾向变法的官员，纷纷被罢官，被流放。新政措施除了京师大学堂被保留外，其余全部取消。戊戌变法彻底失败，离变法开始只有一百天，所以这次变法，又叫“百日维新”。
义和团“扶清灭洋”
义和团是从义和拳开始的。义和拳最早在山东兴起，它兴起的直接原因是帝国主义对中国的侵略。
德国在1897年强占胶州湾以后，紧接着又获得了胶州到济南的铁路修筑权。他们在铁路沿线霸占土地、开矿，把整个山东划为德国的势力范围。与此同时，外国传教士也纷纷来到中国，仅在山东就设立了大小教堂一千多个，传教士三百多人，其中德国人最多，教徒有八万多。为了偿还甲午战争的赔款，清廷不顾山东境内黄河连年决口带来的灾荒，加紧对百姓的搜刮。许多洋教士利用高利贷趁火打劫，而清廷的官员只是袒护教会。义和拳就在这样的情况下兴起了。
那时的山东到处都有义和拳，他们在集市相聚比赛，形成与外国教会对抗的组织。山东巡抚张汝梅曾经企图收编义和拳，但是没人理他。清廷把他给撤了，让毓贤当山东巡抚。毓贤的外号叫“屠夫”，他在山东任曹州知府时，就残杀了二千多人。可是面对义和拳强大的势力，“屠夫”也没有办法了。毓贤非常狡猾，他不肯消耗自己的力量，他的如意算盘是，既然义和拳的矛头针对外国侵略者，就让他们闹去，要是再惹出事，就放手杀。
这个时候，正巧慈禧太后要各省办理保甲团练，毓贤就出告示，称义和拳为义和团，承认它是民间团练。于是各地的义和拳都改称义和团，并且都打出“扶清灭洋”或“保清灭洋”的口号。教会见义和团在逐渐壮大，就组织教民袭击义和团。韩庄的教徒用快枪袭击义和团，杀死二十多人；庞庄的义和团在遭到教徒枪击的情况下，被迫还击，烧了一座教堂。帝国主义列强以此强迫清王朝镇压义和团。可是义和团仍然在不断壮大。
1900年春天，北京也有了义和团。这个时候，西方列强把精力放在划分中国的势力范围上，相互之间勾心斗角，对北京出现义和团的事态也没有介意。他们没想到在中国人民心中已经积聚了对列强侵略和压迫的深深仇恨。
义和团的势力迅速扩大，他们沿着铁路线进入北京。凡是官府贴出查禁义和团告示的地方，旁边也一定有义和团的告示。义和团进入北京的人数越来越多。在前门外打磨厂一带的铁匠铺，丁丁当当的，整天在为义和团赶制兵器。义和团头扎红巾，三五成群地走在街市上，很是威风。住在颐和园的西太后听到这个消息，慌忙增加保卫的兵力。到1900年的6月，参加义和团的群众多达十余万，连同进京的义和团总数有二十多万。
端王载漪等朝廷官员看到义和团势力强大，想利用它搞一次政变，把被西太后囚禁的光绪皇帝杀掉，拥立端王的儿子溥隽当皇帝，他们派人到义和团中去，煽动排外情绪。
4月，英、德、美、法等国公使联合照会清政府，要清廷限期剿除义和团。他们又陆续派兵进入天津、北京。西太后听到许多关于义和团的传说，也深感恐惧。于是她一面要清军暂时不要剿义和团，怕惹起事端，她甚至称义和团是“朝廷赤子”；另一面她又秘密地把董福祥的武卫后军调进北京，命令董福祥把北京城里的义和团全杀光。
6月8日，义和团在北京外城举行大示威，崇文门、正阳门和宣武门外喊声冲天，揭开了抗击帝国主义侵略者的序幕。
西太后没料到，董福祥军队本来对义和团的正义斗争很同情，有些士兵也参加了义和团。董福祥以“不能杀老百姓苦娃娃”作为理由，拒绝执行屠杀义和团的命令。他手下的士兵甚至要杀死洋人。
6月11日，日本使馆官员生衫山彬，因为在天津的日本援兵没到，想出永定门探看情况，被董福祥手下的士兵杀死。这一下形势立刻发生变化，侵略者在东交民巷使馆附近构筑工事，西什库的天主教北堂和崇文门内孝顺胡同的基督教亚斯利堂，都有外国兵驻守。孝顺胡同一带甚至还贴出告示：禁止中国人通过，如果不遵守，就枪毙。
6月13日，义和团列队从崇文门进入内城，驻守亚斯利堂的美国兵突然开枪，伤亡多人。义和团愤怒了。下午，义和团派出一千人，直往亚斯利堂而去。美国兵吓得逃进了使馆。义和团将教堂点燃，顿时烈火熊熊。同一天义和团还烧了其他十一所教堂。义和团完全控制了北京城。
为报复义和团的反抗行动，6月10日，英、法、日、俄、美、德、意、奥八国组成二千多人的联军进犯北京。义和团拆毁路轨，沿途给予阻击。17日，在大沽口的各国军队又组成新的联军，对大沽炮台突然袭击，天津的义和团和清军一起投入保卫天津的战斗。6月20日，清廷经过多次争论，终于决心对外宣战，鼓励义和团抵抗外国侵略。
八国联军在7月14日攻陷天津。8月4日，集结二万多人的军队开始向北京推进。由于清廷的腐败无能，8月15日北京被攻破，八国联军到处屠杀义和团，劫掠财物。世界有名的颐和园就被他们劫掠一空，成为废墟。西太后在逃往西安途中命令李鸿章向侵略者求和。谈判一直进行到1901年9月，清王朝被迫签订了屈辱的《辛丑条约》。