还有的说他死于天花。同治帝的授读师傅，弘德殿行走翁同龢在日记中写道：“十一月初二日，入至内务府大臣处，……见御医李德立、庄守和脉按言：‘天花三日，脉细口渴，腰疼耳脓，四日不得大便，项颈稠密色滞干艳，证属重险，不思食，咽痛作呕’。”“初八日，两宫皇太后在御榻上持烛令诸臣上前瞻仰，上舒臂令观，微语日：‘谁来此？’伏见天颜，温醉偃卧向外，花极稠密，目光微露。”翁同龢从同治帝发病到去世，多次奉命前往探视。他亲眼所见，应该是绝对真实可靠的。另外，当月末，慈安太后所生之女，大公主，也因患天花而亡，可见当时宫中流行天花病。天花是一种烈性传染病，在当时的医学条件下，患者生还的可能性极小。因此说，同治患天花不治而亡，是比较可信的。
除上述“病死说”外，还有一说：同治是慈禧害死的。《慈禧传信录·穆宗致命》一节中说：“王庆祺（同治帝师傅，昭仁殿行走）革斥后，辄语人云，穆宗亲政后，太后仍多干涉，乃请修园为颐养计，意在禁隔，使勿再干政耳，竟为太后时觉，遂致奇变。”人们从慈禧太后一生专制独裁，凶狠毒辣，以及她后来造成光绪一生不幸的遭遇来看，这个说法颇有一定道理。但此说并无事实根据，只是臆测。况且按当时宫内情势，她干涉朝政是免不了的，但不致于到非亲手杀死自己亲生儿子不可的地步。看来此说不可信。
同治之死，牵扯宫闱内幕，当朝人讳莫如深，后世人只能按一些蛛丝马迹去考证了。孰是孰非，尚待继续研究。
慈禧太后“对外宣战”之谜
慈禧太后当政期间，腐败昏庸，勾结帝国主义残酷镇压人民，多次签订丧权辱国的不平等条约，是个十足的惧外媚外的历史罪人。然而，在八国联军进北京之前，她竟下了一道“对外宣战”的诏书，难道她当时真的萌生了一点爱国为民之心吗？这事情还得从义和团说起。
光绪二十五年（1899年），山东一带涌现了义和团组织。信奉白莲教的贫苦农民和无业游民纷纷加入义和团，他们利用画符、念咒、请神的“法术”，自称能练成“神拳”，刀枪不伤肉身。到处设立“拳厂”，开坛授徒。好像燎原之火一样，它的组织很快发展起来，数月之间，就蔓延到山东、河北全省所有的州县了。连北京城内外，拳民都不下十数万。从兵民到王公府第，处处皆有。他们焚教堂、杀洋人，与洋教为仇，声势越来越大。
帝国主义列强看到清朝政府已经控制不了局势，决定出动兵力直接镇压中国人民的反帝斗争。他们把兵船开进大沽口，并不断向清廷施加压力，还借口“保护使馆”调兵入京，英、俄、法、美、意、日、德、奥等国军队也由天津开到北京。面对着内患外悔，慈禧太后如坐针毡、万分害怕。当时，在对待义和团的剿抚问题上，尤其是对外国武装干涉的战和问题上，清廷内部存在着严重的分歧。慈禧太后三次召开御前会议，最后采纳了极端守旧派的主张，对侵略中国的各国宣战。
二十五日，慈禧太后以皇帝的名义发出了一个诏书，一个形式上的对外宣战书，曰：“朕今涕泣以告先庙，慷慨以誓师徒，与其苟且图存，贻羞万古，孰若大张挞伐，一决雌雄。连日召见大小臣工，询谋金同。还畿及山东等省义兵，同日不期而集者不下数十万人，下至五尺童子，亦能执干戈以卫社稷。”这里能说的“义民”，就是指的义和团。由此看来，似乎慈禧太后是要与义和团一同向外国侵略者开战了。
其实，这道诏书是很荒唐的。其一，诏书的字里行间没宣布究竟是向哪一国或哪几国宣战；其二，清廷未用任何形式将这道诏书送达各任何外国政府。实际上，这是一纸对内发布的诏书。那么，慈椿太后下此诏书意图何在呢？对此，有以下两种不同说法：
一是保住皇权不落在光绪手中。
虽然经过戊戌政变，实际上已剥夺了光绪皇帝的权力，慈禧太后还想在形式上也废除光绪的皇帝地位，而由于帝国主义列强支持光绪，使她不敢马上实行预谋的废立。当她听说洋人要她把权力交还给光绪的传言时，内心十分惶恐，她担心八国联军进了北京会动摇她的地位，因此才“对外宣战”，其实她并不想与洋人真正决裂。
二是利用帝国主义的力量消灭义和团。
慈禧太后并不像一些朝臣那样迷信义和团的“法术”多么灵验，她后来承认了义和团，义和团也把行动口号由“反清灭洋”改为了“保清灭洋”。这样就把手持刀矛的义和团推到洋人的枪口面前，即使自己躲过了义和团的锋芒，又防止义和团打胜这场“战争”，把人民反帝斗争的情绪和精力化为乌有。最终利用帝国主义的力量消灭义和团。
显然，这道诏书是一个彻头彻尾虚伪的宣战诏书，它是慈禧太后导演的一场闹剧。后来，事态的发展完全证明了这一点。
结果，在八国联军的洋枪洋炮面前，不堪一击的清军节节败退。北京陷落，慈禧太后立即仓皇出逃。后来签订了屈辱的卖国条约——《辛丑条约》，中国陷入了半封建半殖民地社会。义和团被镇压下去了，清帝国也到了崩溃的边缘。
邓世昌牺牲之不同说法
说起中日甲午海战，民族英烈中当首推一代海军名将邓世昌。因其为国捐躯，被称为“邓壮节公”。他的名字和忠勇之举几乎无人不知，无人不晓。
但是后人对邓世昌殉难时的情景说法不一，现有搜集到的史料和民间传说叙述如下：
一曰：在中日海战中，“致远”舰不幸舰体受伤，弹药断绝。管带（舰长）邓世昌沉着镇静，指挥部下“快速”冲向日先锋指挥舰“吉野”，决计同归于尽。“吉野”号见势不妙，慌忙躲避。“致远”舰在日方快炮及鱼雷攻击中，不幸又中鱼雷，致使舰身破裂，大量进水，“顷刻沉没”。邓世昌与全舰官兵壮烈殉国。
二曰：“致远”舰不幸被鱼雷击中，锅炉迸裂，舰体下沉，全舰250名将士落海。随从刘忠投救生圈给他，他拒不接受，表示“阖舰俱尽，义不独生”。邓的随身爱犬游到他身边，衔着他的胳膊，不让他下沉，也被他推开。爱犬不忍离去，又衔住他的辫发。最后邓世昌“望海浩叹，扼犬竟逝”，沉入海底。
三曰：邓世昌虽被侍从刘忠用浮水艇救起，被他拒绝，后又被别舰将士奋力救起。但他看到全舰官兵身葬大海，“义不独生”，复沉大海，壮烈牺牲。
但在龙须岛的居民中流传着这样的传说：邓世昌落水后，随身爱犬衔住他的衣服，不让主人沉入海中。邓世昌看到全舰官兵壮烈牺牲，誓不一人独存，便把狗按入水中，自己也沉入海中。狗见主人溺水，不忍心让主人漂流海上，便拖着主人奋力向岸边游去。它终于把主人拖上了岸。邓世昌苏醒过来后发现自己躺在海滩上，爱犬依然守在身边，回想起发生的一切，他“义不独生”，重又投入海中，爱犬见主人复投大海，亦随之。
“邓壮节公”之死种种，尽管说法不一，但其英勇忠烈，世人共赞，万古流芳。
方伯谦被杀是否是冤案
甲午海战中北洋舰队失败，以前都把责任推到济远舰管带方伯谦身上，说他在海战开始后首先临阵脱逃，以致“牵乱阵势”，导致海战的失败。战后，李鸿章和丁汝昌以方伯谦“临阵脱逃”罪奏报朝廷，依旨正法。在之后很长的时间内，方伯谦“临阵脱逃”成为定论，虽早有人提出疑问，但并没有引起足够的重视。80年代以来，方伯谦案是否冤枉一时成为近代史的一个热点。维持原说者有之（正方），翻案者有之（反方）。后来，有关这个问题的论文竟然结集出版，这在出版史上是少有的。下面我们先来看看正方是怎么论证的：
正方阐述这样一个基本史实：海战中济远舰累中敌炮，首先挂起表示本舰受重伤不能再战的白旗，后来看见邓世昌的致远舰被击沉后，管带方伯谦产生畏惧心理，首先率舰逃出阵外，驶回旅顺基地。广甲舰见济远舰逃跑，也尾随其后撤回，慌乱中触礁搁浅。济远与广甲舰的退出，使北洋舰队的阵势出现严重混乱，被日军各个击破，最终导致海战的失败。战后，水师提督丁汝昌向李鸿章报告海战情形，以“济远首先退避，将队伍牵乱，广甲随逃。若不严行参办，将来无以儆效尤而期振作。”李鸿章根据丁汝昌的报告上报军机处，请将济远舰管带方伯谦即行正法。军机处依报同意。随即，方伯谦在旅顺被斩首。广甲舰管带吴敬荣则只受到“撤职留营”的处分。
正方的这个论点长期以来被认为是符合历史真实的，并且被写进了历史教科书。虽然在当时就有人为方伯谦喊冤，但只是被当成野史而姑存一说。1980年，季平子先生在《历史研究》上发表文章，对方伯谦案提出了疑义，率先引发了争论。次年，主张前说的戚其章先生进行了辩解，坚持认为方伯谦是罪有应得。季先生不服，隔年又写文章反驳。一时正反两方争论得难解难分。后来，随着新的史料的发现，又有更多的人加入了辩论的行列。
反方根据尚未发表过的卢毓英手稿《卢氏甲午前后杂记》，论证方伯谦案确系冤案。卢氏是广甲舰上的管轮，亲自参加了甲午海战。广甲舰触礁搁浅后，他搭乘济远舰回到旅顺。因是作者亲临现场，所记史事应该是最为可靠的。从他的杂记和其他史料里可以清楚地了解到以下的史实：
首先，甲午海战中我方阵势的混乱是由于战术上的轻敌和提督丁汝昌指挥不力造成的，并不是因为济远舰的撤出才将船伍牵乱的。是丁汝昌未等舰队列队完毕，就轻率地发出进攻的命令，以致使我方阵势出现混乱状态，被日舰各个击破。
其次，真正首先逃跑的是广甲舰而不是济远舰。广甲舰在致远舰的后面，一看到致远舰被击沉，顿时“全军胆落，心愈慌乱”，在“未受一炮”的情况下就仓皇逃离战场，慌乱中触礁搁浅。而济远舰是因为“当敌之冲迎击既久，炮多炸裂倾倒，无从应敌”，才被迫撤出战场的。从先后来说，广甲舰远比济远舰逃离战场早；从性质来说，广甲舰是畏敌逃命，而济远舰是因为受到重伤不能再战才撤出战列的。
第三，丁汝昌和方伯谦平日结下仇怨，丁乘机报复，制造了方伯谦冤案。方、丁二人曾在刘公岛争地造屋，结果方触犯了丁的私利，丁一直怀恨在心。另外，方、丁二人“在沪同溺一妓，俱欲以金屋贮之。妓以丁年老貌劣，不及方之壮伟，誓愿嫁方。”因此，丁汝昌深恨方伯谦“夺其所好”。
第四，甲午海战的失败在很大程度上是因为丁汝昌指挥不力造成的。丁为了推卸责任，就把方伯谦当成替罪羊推上了断头台。同时，海战中真正畏敌逃跑的广甲舰管带吴敬荣，是丁汝昌的同乡心腹，丁汝昌之害死方伯谦，正可遮掩吴敬荣的罪行。
但是正方对以上说法不以为然，他们提出了以下理由：
第一，方伯谦在战斗正在进行的时候就离开战场是不可否认的事实，根据北洋海军的有关章程，显然应该“临阵逃亡，斩立决”，即使不存在将队伍牵乱的问题，被正法也是不冤枉的。
第二，“卢氏杂记”本身就露出破绽，作了济远舰先逃的佐证：卢氏在广甲舰里亲眼见到并记录了经远舰沉没的情形，而方伯谦在他的报告中对经远舰沉没这一重大事件却只字未提。可见，经远舰沉没的时候，方伯谦已经逃离了现场，而广甲舰是在经远舰沉没后才离开战场的。
第三，济远舰是否因受重伤不能再战才退出战斗的问题？正方指出，日本海军方面的材料对和定远、镇远、来远、靖远、经远、致远等中方舰只的交战情况描写非常详细，偏偏没有对济远舰有所描述，说济远受伤如此严重值得怀疑。而且，济远舰处于队列的左翼，而海战的焦点却是在右翼。卢氏对济远舰的伤情则是夸大其词的，因为，如果济远受重伤，那么，它为什么能够按正常的速度驶回旅顺？
如上所述，正反双方各执一词，使“方伯谦案”像近代史上的其他谜一样，仍然处于悬而未决的状态。
刘步蟾是懦夫还是勇士
刘步蟾（1852—1895）是清末海军将领。字子香，福建侯官（今闽侯）人。毕业于福州船政学堂，光绪元年（1875年）赴欧洲学习枪炮、水雷诸技，回国后于北洋海军任职。十一年赴德国购定远舰，次年任该舰管带。十四年迁副将，擢北洋海军右翼总兵。北洋舰队编成，“规制多出其手”。光绪二十年八月十八日（1894年9月17日），参加黄海海战。战后加强战备，准备抗击日军侵犯。次年初日军进犯威海卫（今山东威海）时，移舰抗击，后见败局已定，遂沉舰自杀。刘步蟾在战斗中的表现如何？史学界有截然不同的两种说法。
有研究者认为，刘步蟾在黄海之战中畏缩怯懦，造成北洋舰队陷于不利，其主要依据有：刘步蟾在海战中，为保全自己，让弱舰充其屏障，擅自改变队形，不利作战；他不听泰莱建议，竭力使定远舰不与敌舰接触；他于战斗中见敌丧胆，惊慌失措，东躲西藏，影响整个北洋舰队士气。总之，刘步蟾是个“胆小怕死、临阵退却的懦夫”。
也有不少学者认为，刘步蟾在黄海海战中机智勇敢，战功卓著，是一位爱国将领。当北洋舰队与日本舰队接仗时，是以人字形阵（一说犄角雁行阵）冲击的，刘步蟾所在的旗舰定远号，位于人字形的尖端上，“当先迎敌”，突入敌阵。故说刘步蟾“临阵退却”，是不实的。十二时五十分，定远舰打响海战第一炮，随即一炮击中日舰吉野，炮弹透过铁板在甲板炸开，杀伤吉野舰官兵十一人，并引起大火。定远号在刘步蟾指挥下，战绩赫赫。它发炮“将比睿右舷之舰长空打穿，又打进士官室，在后墙爆炸”。死敌十七名，伤二十二名。它多次击中日本赤城舰。赤城舰官兵死伤数十人，击坏舰上机械、炮具，弹片还“打穿正在观看海图之坂元舰长头部，鲜血及脑浆溅在海图台上，染红了罗盘针”。定远舰所发炮弹还击中日舰西京丸，炮弹“在机械室后部和中间爆炸”，“并打穿上甲板，破坏通舵机之蒸汽管，使蒸汽舵机顿时失效”。
当时在西京丸上的日本海军将校“皆以为‘我事已毕’，相对默默”。当战局陷于不利时，惟刘步蟾定远舰与林泰曾镇远舰坚持战斗，以寡击众，苦战“一时许”，从而稳住了阵脚，战斗中，定远舰还发炮击中日本旗舰松岛号，引起其甲板上火药爆炸，松岛号全舰瘫痪，死者枕藉，伤者无数，失去战斗力。日本舰队南逃时，定远、镇元两舰尾随追击。可见，在这场中日海军大搏杀中，如果没有刘步蟾坚强而巧妙的指挥，要想与占优势的日本舰队对抗两个多小时，简直是不可想象的。定远号水手称：“刘船主有本事，也有胆量，全船没有一个
孬种！”（《定远舰水手陈敬永口述》，1958年）因此，说刘步蟾畏敌避战、是懦夫显然是不妥的。
袁世凯告密是在政变发生前还是后
百日维新失败之后，传统的史学观点认为，是袁世凯的告密导致了慈禧太后发动政变。