张居正的改革，是先由军事、政治着手，逐渐向经济方面推广。
明中叶以来，随着土地兼并的发展和吏治的腐败，豪强地主与衙门吏胥相勾结，大量隐瞒土地，逃避税粮，无名征求，多如牛毛，致使民力殚竭，不得安生。私家日富，公室日贫，到了非革弊整治的时候了。
大学士张四维和吕调阳纷纷向张居正提出建议，要求立即改革赋役，兴利除弊，并推荐了“一条鞭法”。
所谓一条鞭法，早在嘉靖年间就由部分有识之士在福建、江西等地开始实行了。最初由福建巡抚庞尚鹏提出。他主张把国赋、徭役及其他名目繁多的杂税、杂征、杂差统统合为一体，按照各家各户的具体境况重新核实编定，将有丁无粮的编为下户，有丁有粮的编为中户，粮多丁少和丁粮俱多的编为上户。在总数确定后，按照丁、粮比例，将所有赋役派到丁、粮里面，随同完纳。此即“一条鞭法”。但是，自那时起到现在50年来，朝中对此争论不休，各陈利弊，以致政令屡行屡止，从来未成统一之策。
对“一条鞭法”，张居正不是发明者。但他清楚地看到此法于小民有利，且能稳妥地确保国库收入。在他入阁之后，也曾几次支持过福建、江西一带的推行。但这一条鞭法是否就是改革赋役的最好办法呢？对此，他一则未考虑成熟，二则户部又无得力之人。他一向认为事在人为，再好的措施办法，没人去执行，亦是空话。就在前不久，他看到户部奏请万历下诏，要追征田赋积欠，每年带征三成。尽管他知道此法有些不妥，但想到一些殷实之户，确有爱拖欠赋税的顽习，拖久了也就不了了之，倒是穷家小户势单力薄，不敢违命。久拖久欠，不光国库收入不稳，且也是一笔糊涂帐。所以他不得不“准奏”。此诏一下，各地巡按便纷纷有疏，都说百姓负担太重，朝廷催科太急……由此他更坚定了从根本上改变赋役制度的决心，也从中看出了户部不力，缺乏一个明智有办法的领导。于是他对张四维和吕调阳说：“诸位提及条鞭之法使我颇受启发。变革赋役，居正只是痛感必要，心如火焚。至于具体做法，尚未成熟。不过，当务之急是尽快加强户部力量。”
三人如此议论一番，认为户部总管天下钱粮，干系重大，须选一持重精明且善理财的人来管理户部。议来议去，张居正觉得还是辽东巡抚张学颜比较合适。因为张学颜前不久曾上书，揭发辽东御史刘台贪污受贿，巧取豪夺，并以非法所得在家乡放贷买田，逃避赋税，鱼肉乡民。其文列论地方赋役诸多弊端，言简意赅，一针见血，是个难得的户部尚书的料。于是张居正开始写请予任命张学颜为户部尚书的奏疏。
上任后的户部尚书张学颜马不停蹄，深入各地调查研究，掌握了许多科派如毛、万民哀号的情况，回京后一一向张居正作了汇报。他感叹道：“赋役之弊，确乎到了非变不可的地步了，学颜在辽东任上，虽也曾在力所能及的范围里抑豪强，查田地，清溢额，减科派，但也只是杯水车薪，无济根本。想宛平仅一县之地，每年杂差乱征数之不尽，天下一千一百多县，又当何论？”
张居正默默地看着张学颜英姿勃发的神态，心中暗暗高兴。他庆幸选他做户部尚书实在是选对了。看他上任才十几天，便将户部情况了然于心，每日勤勉视事，且极善体察下情，必能成为自己得力的臂膀。于是他想再试试张学颜的能力如何，遂问道：“目前赋役之变，当以何者为要？”
“这……”张学颜停了片刻，见张居正对自己充满信任，也不推辞，便直截了当地说：“为今之计，只有诏令天下行一条鞭法！”
又是一个主张一条鞭法的。张居正暗暗喝彩，却又故意问道：“条鞭之法，有极言其不便者，有极言其便者。毁誉不一，众说纷纭。但不知你是如何看法？”
张学颜慨然应答：“我以为行条鞭法有四大好处。”
“哪四大好处？”
“其一，简化名目，把国赋、徭役及其他杂税杂征合为一条，下帖于民，备载一岁中应纳之数，除此再无其他科赋了；其二，公平合理，田多赋多，田少赋少，丁粮差重者派银亦重，差轻者派银亦轻，轻重均派于众，未尝独利独累于一人，使惯于欺隐规避者无所用其计，巧于营为者无所施其术；其三，扶正抑恶，将里甲办征改为官收官解，使官吏难于贿赂之门，里胥惧行索骗之计，世风一清；其四，以银代役，可使小民闭户而卧，无复追役之扰而尽力其田亩，于稼穑之计有百利无一害。”
“好！辨析明了，切中要害！”张居正竟忘情地拍案叫绝起来。那长髯被他口中气息吹扑得微微哆嗦。他顿了顿，望着张学颜，不禁感慨地说：“政以人举矣！若得天下为官之人都似足下这般清醒，朝政何愁不能中兴？”
张学颜谦虚地笑了笑说：“既然首辅看法一致，那我明日即修疏奏请，尽快施行一条鞭法。”
要推行一条鞭法，首先就得将天下田亩清丈清楚，这样才好合理分配。张居正及时提出先在全国范围内丈地亩、清浮粮，并请朝中大臣就此各献良策。户部尚书张学颜首先发表意见：“清丈一事，实百年旷举。首辅有此创议，乃社稷之幸。只不知首辅于此事有多大决心，是一清到底呢？还是试试而行？”
“此话怎讲？”张居正感兴趣地问。
“清丈事，在小民实被其惠，而于官宦之家，则殊多未便。据我所知，别的不说，单北京、山东、河南三处地带的田地，十之七八尽入勋戚权贵之家。一旦清丈起来，意见不同，碍于情面，摇于众论，畏首顾尾，患得患失，则良法终不可行，于社稷无补，倒徒增事端，又如之奈何？”
张学颜的一番议论深邃明达，促使在场的人进一步考虑到问题的严重性。张居正听了大为高兴，他从心底赞叹张学颜精明，几句话就说出了要害。张居正当着众大臣之面，清楚地表明了他的态度：“既为大政，就得令行禁止，不得含糊。定出具体条件，一经颁告，管他权贵官豪，一并受此约束。无论如何，除钦赐公田外，但有余数，尽数报官，按条鞭之规，该纳粮纳粮，该当差当差，不在优免之列。惟此，才说得上精核，说得上一清到底。”
张居正责成户部尚书张学颜亲自主持清丈。凡庄田、民田、职田、荡地、牧地，通行丈量，限三年完成。所丈土地，除皇上赐田外，一律按地办纳粮差，不准优免。
户部随后颁布了统一的《清丈条例》，规定了各级官员的职责及其完成期限。嘉靖以来，不断有人提出的清丈天下田亩的倡议，在张居正的努力下终于付诸实施了，这是当时震撼朝野的一件大事。
由于清丈田亩触犯了官僚、贵族、豪强地主的利益，所以遭到了他们的抵制和反对，有些地方官对清丈田亩很不认真、很不得力，有的甚至公开袒护豪强，迟迟打不开清丈局面。张居正知难而进，坚定不移，他表示“只要对国家有利，不怕个人安危”。他运用考成法，严厉督查各级官员认真清丈，对阻挠清丈的宗室、豪强，严加惩治。他下令：“但有执违阻挠，不分宗室、宦官、军、民，据法奏来重处。”他告诫百官，“清丈之事，实为百年旷举”，不应“草草了事”、必须“详审精核”，“务为一了百当”。这样清丈田亩工作终于冲破重重阻力，在全国范围内推广开来。
万历九年（1581）九月，山东清丈完毕，增地36万余顷，吏部对有功官员进行了嘉奖；同年十二月，江西清丈完毕，增地6万余顷，巡抚、巡按等官12人受到嘉奖；同时，松江知府闰邦宁、池州知府郭四维、安庆知府叶梦雄、徽州掌印同知李好问，都因清丈田亩不得力、不认真，受到停俸戴罪管事处分。此后，各省陆续清丈完毕，有关官员都根据在清丈中的功罪，分别给予嘉奖和降处。
这次清丈达到了预期的成功。仅据北京、山东、河南统计，清出隐占田亩就达50余万顷。至清丈完毕统计，全国田亩总数达到7013900余顷。由于扩大了摊派税粮的负担面，初步做到“粮不增加，而轻重适均。”
清丈田亩的告成为全面改革赋役制度创造了条件，户部尚书张学颜亲自起草的一条鞭法终于到了可以全面推行的时候了。万历九年（1581年），张居正下令在全国推行一条鞭法。这个一条鞭法正如张学颜所说的，有许多好处，其主要特点是：
第一，赋役合并，化繁为简。其办法是通计各省、府、州、县田赋和徭役的总量以及土贡、方物等项征派，归之一总，统一征收。
第二，差役合并、役归于地。明代的差役征派有三种：按户征派的叫做里甲，按丁征派的叫做均徭，临时征派的叫做杂泛。从征派形式来说，又有役差（即直接服役）和银差（即输银代役）的区分。一条鞭法规定，所有的徭役（包括里甲、均摇、杂泛）全部折成银两缴纳，取消了扰民极大的役差征派；一条鞭法还规定，将银差摊入地亩，按亩征收。如有的“丁六粮四”（即将银差的十分之四推入地亩征收），有的“丁四粮六”，有的“丁粮各半”等。
第三，田赋征银、官收官解。田赋征派，除漕粮交纳实物外，其余部分一概征银。规定必须缴纳实物的漕粮，亦由民收民解（即押送），改为官收官解。明初实行粮长制，以纳万石田赋为一粮区，推其纳粮最多者为粮长，负责田赋的催征、经收和解运，称为民收民解。其后弊端丛生，遂改为官收官解。
一条鞭法的推行是与张居正创行考成法，整顿吏治、抑制豪强、清丈田亩密切配合的，没有这些条件，一条鞭法就难以推行。可以说一条鞭法的推行是张居正改革最主要的归宿。张居正推行一条鞭法的直接目的是为了整顿赋役、克服财政危机、稳定明朝的统治，但它所产生的积极作用和重大影响，却远远超越了张居正的主观愿望。
一条鞭法将一部分户丁银摊入地亩征收，减轻户丁征派，加重土地负担，是有利于社会经济发展的。在地主制经济高度发展的明代，土地绝大部分在地主手里，户丁绝大多数在农民一边。把户丁银转入土地摊派，也就由农民一边转移到了地主方面。当然，这种转移并没有改变剥削的实质。它只不过是由对劳动力的直接榨取转化为对地租的再分配罢了。国家加重对土地的征派，豪强地主千方百计地逃避这种征派，正是国家与地主之间瓜分地租再分配的斗争。但是，国家放松对于劳动力的直接控制，则为工商业的发展提供了方便条件。再加上一般工商业者并不占有土地或很少占有土地，从而也就摆脱了繁重的征派。一条鞭法推行以后，商业资本向土地投资的现象大大减少，即或有余资亦不置田产。一条鞭法关于赋役折银缴纳的规定，既是商品经济发展的反映，反过来又进一步促进了商品经济的发展，同时它还正式肯定了白银在赋役征收中的法定地位。所有这些，都是有助于资本主义萌芽和社会进步的。
一条鞭法从明中叶酝酿至万历年间通行全国，历时一个半世纪，几经周折，时行时停，最后定为国策，不能不归功于张居正顺应历史潮流、因势利导的努力。