八月初九上午，皇城里举行隆重典礼。
李世民没有修建新的宫殿，而是选择太子东宫的显德殿作为登基之所。他知道高祖丢了帝位心里不会好受，故而不去惊动父亲的生活起居，就让父亲仍住在太极宫里，并仍然在太极殿中接受他的请示汇报。
长安大兴城里万人空巷，十几万市民都涌到大街上，等着看新皇帝加冕后大游行。那景象真是壮观极了，人们扶老携幼，满面春风，从金光门到开远门，简直挤得水泄不通。朱雀门前净街，景风门一侧是五品以上朝官家眷，还有那些外国来的使节，只能派代表进宫志贺，余下的都挤在百姓当中，鸭子一样提着脖子观望。
皇城高墙壁立，墙下五尺之内都有军士列队守着。日上三竿时分，但听得皇城里礼炮轰鸣，鼓乐齐奏，街上百姓便纷纷叫道：“太子登基啦！太子登基啦！”都知道新皇帝是个英明圣主，当初进城时秋毫无犯，如今墙上又新贴了安民告示。因黎明前已然大赦天下，人群中竟有许多刚出狱的囚犯。还有些平时在街上见过李世民的，对年轻皇帝的圣颜加以描绘，就更催开了人们的笑脸。
此时禁城中，百官在通乾、观象门外排好班次，文官在前，武官在后，依次前往显德殿。殿上仪仗排列整齐，李世民在羽扇屏障下贵升御座，宫娥羽扇撤至两厢。但见李世民头戴朱红花冠，身穿黄色龙文衮袍，腰间一条十三环金玉革带，足蹬乌皮六缝靴，神采奕奕，英姿焕发。御座脚下，文武百官与各国使节，以及近畿刺史县令，排列两厢。殿外是金甲武士、鼓吹、歌舞伎，服色缤纷，绚丽夺目。
三声号炮响过，十二面金鼓齐鸣，大典宣告开始。高祖命裴寂和萧瑀把皇帝玉玺和丝绶授予李世民，按部就班的文武大臣们三呼万岁。黄袍丝绶加身，新皇帝接过玉玺，乃是八个隶字：“皇天景命有德者昌。”众臣跪拜，赞者应和传承，先是各国、诸夷来使拜贺，接着是文武百官。
房玄龄等三品以上大臣，位列前班三叩九拜，随后便由司仪将新皇帝扶上龙椅。这时就听禁城里山呼海啸一般，墙外街上的百姓也跟着欢呼。
待声潮止息，有人指着皇城西门大喊：“瞧，仪仗出来啦！”众人便一齐向皇城西门涌去。果然是一队仪仗，浩浩荡荡出了顺义门，向南郊逶迤而去。这是在南郊举行祭礼的官员，以裴寂为首，旌旗猎猎，华盖纷呈，炎日下一片金碧辉煌！仪仗队伍有如一块巨大的磁铁，吸引得看热闹的百姓像潮水一样尾随而去，街面上哪里还看得见一块砖石来？沸沸扬扬地全都是人。
来到南郊社稷坛上，裴寂宣读了祭文，把新皇即位的消息仰告上天。社稷坛下又不知跪了多少人，人们在心里默默祈祷，都盼望这新皇帝能给天下带来好运，给百姓带来幸福。
与此同时，皇帝大游行也在城里开始了……
三天庆典热闹过后便是一系列封赏。高祖从此正式退位，被尊为太上皇；李建成追封息王，谥“隐”，故后世称其为隐太子。李元吉等被诛杀的皇室成员也都作了善后处理。作为新任宰相，房玄龄自然不会被李世民亏待，被晋爵为邗国公，赐实封食邑一千三百户。已故的房彦谦也是父因子贵，赠徐州都督、临淄县公，谥号定。
论功行赏之日，李世民让陈叔达在大殿台阶下唱名宣布：房玄龄与长孙无忌、杜如晦、尉迟敬德、侯君集五人论功为第一。兵部尚书杜如晦为蔡国公，吏部尚书长孙无忌为齐国公，其他文武重臣也都一一赏赐。
然后李世民问道：“我论功行赏，恐怕未必全都妥当，如有不当，可以自己提出来。”
于是诸将争功，吵吵嚷嚷。如此高的封赏，引起李世民从父、淮安王李神通的极大不满，上言道：“我在关西率部首先举义旗反隋，而房玄龄等人只会捉刀弄笔，功劳却居我之上，我实在是不服！”
李世民面带笑容解释说：“叔父您虽然首先举兵响应反隋，但这不过是自谋摆脱灾祸。及窦建德侵吞山东，叔父全军覆没；刘黑闼再度反攻时，叔父却丢兵弃甲望风而逃。房玄龄等人筹谋帷幄，决胜千里，使大唐江山得以安定，实有建国创业之功啊？论功行赏，自然在叔父之上，当居第一。汉朝的萧何，虽无战场上的汗马功劳，但能谋划大计，指踪推毂，因而功居首位，房与他是一样的。叔父是国家的至亲，诚无爱惜，但以不可缘私滥与勋臣同赏矣。”
本来将军邱师利等人也都自以为功高，对封赏有些意见，也打算上诉，现在见皇上如此说，也便自相谓曰：“陛下处事公平，封赏不因亲属而厚待，我等还有什么可说的呢？”
当初高祖李渊封赏时，三亲六故七大姑八大姨，三岁孩童以上封王授爵者，竟有数十人之多。这一回，李世民却谓群臣道：“自从两汉以来，受封的都是皇上的儿子及兄弟，立有大功的人却常常被疏远。如若皇室成员尽都封王，还要多给他们役丁，那就等于劳苦百姓来养活自己的亲属。”
于是，李世民责成房玄龄，将那些从前封了郡王的宗室成员们逐一加以考核，其中有些无功受禄的，全都降为县公。举国官吏晋爵一等；五品以上官员未封爵采邑者，封为开国男；六品以下官员各升一级。
这厢封赏既毕，房玄龄想起有个人还关在牢里，便对李世民说：“陛下若果看见一块金子埋在土中，是取它回来，还是任它埋没？”
李世民盯了他半晌，方才悟得他的意思，便说：“世人都说，我有房、杜，东宫有王、魏。建成多年来所倚重者，无非王珪和魏徵二人，此二人最为我痛恨！”言罢，领着房玄龄、尉迟敬德、秦叔宝亲往牢中。
此行路上，房玄龄想了很多。凭着他的政治敏感，他意识到魏徵、王珪、韦挺等人是牵一发而动全身的事情，处理得好可以举一反三，处理不好则影响面很大。东宫府属中很有些富有才干的人，当初他们虽与李世民作对，也不过是各为其主，并以此取得自己的荣显，与李世民并无根本的利害矛盾。如今“皮之不存，毛将焉附”？只要皇上能以国士礼待之，他们必会感激不尽。另外，这些人里面有的跟关中大姓豪族关系密切，只有利用他们，才能迅速缓和河北、山东的局势。
王珪和韦挺都是建成东宫的死党，早在杨文干叛乱之时就受牵连而流放嶲州，魏徵此时却羁押在牢中。李世民见到魏徵，想到几度为他计谋所伤，便按剑骂道：“魏徵匹夫，你知罪吗？”
魏徵举止自若，从容答道：“臣奉朝廷之命辅佐太子，因一时疏漏，未在太子身边，才酿致玄武之祸。太子如早听魏徵之言，必无今日。”
李世民见他话里带着讥诮，怒道：“你这险恶之徒，几番离间我兄弟，出谋加害本宫，今番你主子已被我剪除，看你还有什么话说？”
魏徵侃侃说道：“殿下若以辅佐太子之罪诛臣，臣实不服。昔日太子虚据储君之位，殿下却为天策上将军，掌十二卫大军，兼为中书令，秉国政，使太子有名无实，请问殿下诸属臣如房玄龄等可否服从太子？殿下设身作想，身为太子若不削藩，手中没有兵权，岂能久安其位？今殿下已为太子，假设另有一王代殿下掌管军国大权，而又不服于殿下，殿下能安然无忧吗？若殿下属臣劝殿下收回军国重权，也该治罪不成？”狱中的魏徵还不知李世民已登基，还是一口一个殿下，李世民也不予计较。
李世民闻听此话，惊愕不已，拄剑思谋半晌，方才说道：
“无论你如何狡辩，却难赦五条大罪。建成令杨文干起兵，你为之开脱，此其罪一。你抓捕张亮，诱供谋害寡人，此其罪二。你唆使建成屡次加害于我，此其罪三。夺我兵权，此其罪四。出谋赶走房、杜，此其罪五。”
魏徵仰天笑道：“殿下说魏徵该死，何须五条罪状？只是我有一句话，得留给后世臣子：倘若今后再有人谋害皇太子，东宫诸臣切莫效法魏徵殊死保主之为了，只需站在河边看水涨，择势大者而事之。如此不仅无杀身之祸，反可锦衣加身，富贵荫子，岂不乐哉？”
魏徵虽为阶下之囚，却是临危不惧，一席话说得君臣几人神情耸动。早在隋末群雄逐鹿时期，魏徵就已表现出超人才干，李建成对他最为重视，在与李世民争夺皇位继承权过程中，魏徵作为东宫头号谋主，的确出过不少令李世民头痛的主意。李世民自然是恨之入骨，却又暗自若有所思，最后还是一咬牙便命人拉出去斩了。
这时房玄龄夺过尉迟敬德的腰刀，上前削下魏徵一缕头发，呈给李世民说道：“玄龄已将他斩发为惩，留下他一颗头颅，日后为陛下所用。”
秦叔宝等人见李世民怒气稍抑，又有房玄龄出面说情，也便开口为魏徵求情。
其实李世民下令问斩也是犹犹豫豫，魏徵不独有一张铁嘴，他胸中定有谋略，不然壶里无水，嘴上如何倒得出来？这等人物如若留在自己身边，正如房玄龄所说，日后必有所用。
因了房玄龄与秦叔宝等人的保举，李世民不但未杀魏徵，还亲自上前为其松绑，歉意言道：“先生的才智胆识，果然名不虚传。不教玄龄削发代斩，寡人险些害了贤才。”
遂封魏徵为巨鹿县男，并授詹事主簿，兼谏议大夫，许以日后再以功升赏。众人拊掌称颂：“楚材晋用，求贤若渴，以仁取信天下，真德政也！”
继魏徵之后，李世民又启用了隐太子旧党王珪和韦挺，也任命为谏议大夫。这又表现出房玄龄善于用人的才华：谏议大夫是门下省官职，掌侍从规谏，却无决策权。让魏、王、韦诸人做谏议大夫，一来可以平定人心，二来可以让李世民听见来自不同立场和感情的人的意见，三来又可“以观后效”决定再度起用。
新皇初即位，诸方观望徘徊，河北、山东各州犹未安宁。一来是因为当年李密、窦建德、刘黑闼等强势都曾以此为根据地，二来“玄武门之变”后，李建成与李元吉的旧部大都逃匿到此，所以这一带从官府到民间，都潜伏着许多隐患。这还仅只是直接原因，从根本上说，山东从古至今一直是国内的一个政治焦点和重点，山东士族资历最老，势力最大，豪杰济济。房玄龄与杜如晦谋划再三，建议李世民派大将屈突通为陕东道行台左仆射，出镇洛阳。这亦是对安邦定国举足轻重的一步高棋。
行台即行台尚书省的简称，是承晋隋以来行台尚书而来的临时性地方行政机构。唐初，李世民在洛阳执任陕东道大行台尚书令，并以此控扼东都时，房玄龄便建议“诸道有事则置行台尚书省，无事则罢之”。因为陕东道曾是李世民的大本营，所以这里的官员都是原秦王府的亲信。在此之前，李世民早已引温大雅为陕东道大行台工部尚书，现在考虑到温大雅只是一介文儒，恐不足以镇服此时浮动之人心，于是让威名远扬的老将屈突通驰镇洛阳。
屈突通在隋时就以秉性刚直、智勇兼备而广受敬重，隋亡降唐以后，跟随李世民扫平东都，在这场唐朝统一全国过程中最大规模的一场战役里，他是最大的功臣。他曾两度出任陕东道行台仆射，熟悉东都形势。房玄龄协助李世民，冷静地在洛阳安下这枚棋子，实在意义非凡，对稳定河北、山东局势，起到了关键性作用。
翌年屈突通死，李世民痛惜之，赠尚书右仆射，谥号“忠”，后来又下诏在凌烟阁置放屈突通画像，位列唐初二十四功臣之一，并与房玄龄一起配享太祖庙。此乃后话。
又一日，李世民群臣议政，房玄龄谏言：“以仁德怀天下，则天下久安。臣闻屈突通将军到任后，繁忙操劳不舍昼夜，致使沿河一带日渐安稳。但恐其身单力孤，不如再遣魏大夫前往彼处招抚，一来助屈将军一臂之力，二来也为魏大夫提供一个建功机会。魏大夫生长于斯，熟悉民情地理，且与当地各派力量都曾有过旧交，倘能许以便宜行事，则必可稳定该地时局。”李世民准奏。
魏徵临行前来见房玄龄，感慨言道：“新皇仁厚，玄龄贤达，我朝有这等主臣执掌江山，实为幸事！”
房玄龄笑道：“食君之禄，报君之恩，这是古来良臣的基本准则。你我共辅朝纲，自当殚精竭虑，知无不为。”遂执手相送，行至数里方归。
魏徵巡察到了磁州，正逢当地官府押送逃亡河北的前东宫千牛备身李志安、齐王府护军李思行等人去长安受审。一队囚车逶迤而来，那李志安与李思行，只把蓬乱的头脸露在囚车上面，白日如炽，只怕不等走到长安，人已死于半途了。见了魏徵，二人连呼“魏大人救我！”
魏徵便与同行的副使李桐客说道：“我等受命出行时，皇上有旨，前东宫和齐王府的人概不问罪。此地军府却把他们送去受审，这分明背离了朝廷旨意，人们必然要怀疑朝廷赦令的真假。皇上既然以国士待我，我等就应以国士报答皇上，倘把他们释放，消息就会不胫而走，四方便要感激皇上恩德了。”
未几，二将获释的消息传到长安，李世民非常高兴，河北各州也很快稳定下来。李世民赞道：“魏徵果有经国之才，可委重任也！”
房玄龄奏言：“从前秦王府里的旧人，这次还有些未得到封官的。他们见陛下已经给原先隐太子和齐王府里的人都安排完了，自己却还没轮到，故此心生埋怨。”
太宗说：“自古以来被称作至公的君王，无非是说他们平恕无私。丹朱和商均，本是帝王之子，而尧、舜二帝却将他们废了。管叔和蔡叔是兄弟，而周公诛之。故知君人者，以天下为公，无私于物。三国时的诸葛孔明，本是小国之相，犹自知道‘吾心如称，不能为人作轻重’，何况我今天治理一个泱泱大国呢？朕与你等的衣食皆出于百姓，所以设官分职都是为了老百姓的利益，理应选拔任用那些贤明而有才干的人做官，岂能不问贤愚就先任用旧僚，而后启用新人呢？如果新人贤明，旧僚却行为不端，难道能舍弃新人而任旧僚吗？”
房玄龄十分感动，遂去做那些旧僚的工作，劝他们以国家社稷为重。“既是圣上的旧臣，理应为圣上着想，相信圣上不会亏待你们的。”然后让吏部统计这些官员的数额、品阶、业绩，并将安排意见呈太宗御批。
房玄龄又想起掖庭后宫还住着众多宫女。高祖荒淫好色，曾经几度在全国广选美女，后宫“多内宠”，美女嫔妃不下三千人，仅那些嫔妃们所生的“小王”就有二十多个，小公主也不知多少。于是房玄龄奏请说：“后宫之众，实为弊政的标志，但不知陛下肯否革除先帝旧患？”
一句话启发了太宗，太宗便命人往后宫登记造册，诏书悉数释放，并严厉斥责了这种奢淫行为。太宗说：“如今我继承了皇位，就要像父母爱护儿女一样对待百姓，克制私欲，励精图治。后宫里那些女子长久离开亲人，深受幽闭之苦，让我很伤心。从即日起，我要让她们全都回到亲人身边，任随她们婚配嫁人。”此举又得到了天下百姓的赞誉。