但面对蒙古大兵入境的现实，群臣又难以提出对策。这时，高丽西北面元帅赵冲和兵马使金就砺则认为：“国之利害正在今日，若违彼意，后悔何及？”赵冲即发米千石，命中军判官金良镜率一千精兵护送到蒙古军中，同时，赵冲与金就砺各率本部人马助攻江东城。
1219年，蒙古、东真和高丽合兵攻陷江东城，契丹首领喊舍自缢死，其余官兵眷属五万余众皆降。蒙古元帅哈真将少量契丹遗众分配给高丽，其余则遣送回辽东仍归耶律留哥辖制。蒙古军队降服契丹之后，便与赵冲、金就砺按约盟誓：
“两国永为兄弟，万世子孙无忘今日。”其后便开始撤军。高丽朝廷见蒙古军队如约行事，高丽立即派尹公就、崔逸为使送上两国结和的牒文，由哈真转呈成吉思汗。而以蒲里带完等十人组成的第一个蒙古使团，亦奉成吉思汗诏令前去见高丽王。
由于蒲里带完等人戎装披挂去见高丽王，并表现出十分的傲慢，这使高丽群臣对所谓的“兄弟”关系有了清楚的认识。因此，蒙古军队撤走后，高丽朝廷即派出谍者侦察蒙古的动向。同时派人分巡北界边域，检阅兵器，积储军资，加强了边界的防御，以备蒙古复来。
正当高丽准备抵抗蒙古军队再次入侵的时候，蒙古却因西域杀死蒙古使者而发动了大规模的西征。成吉思汗把征服华北和继续对金作战的重任交给了国王木华黎，他自己则亲率大军出征西域。当时，蒙古对高丽的政策，就是要求称臣纳贡。正如成吉思汗对高丽的谕令所示：“尔等如输纳赋役于我，才能守住此疆彼土。”成吉思汗出征西域后，马上就有蒙古、东真的小部队屯镇高丽边城外，督纳岁贡。其后，蒙古使臣分别奉皇太弟铁木哥斡赤斤、国王木华黎、东征元帅哈真和扎剌等人的书信，不断入使高丽索取贡物。其入使之频繁，索要量之庞大，是十分罕见的。仅铁木哥斡赤斤本人，一次就索要水獭皮一万领，细绸三千匹，细纣两千匹，棉花一万斤，以及龙团墨、颜料、漆料、桐油等杂物若干。蒙古这种日甚一日的追逼贡赋，使高丽朝廷应接不暇，更难于如数支付。在这种情况下，接替崔忠献在朝中权臣地位的崔怡，主张对接踵而至的蒙古使臣予以回绝，并利用手中的兵权，发南道州郡精勇、保胜军，在宜州、和州、铁关等要害之处筑城，防备蒙古的入侵，高丽朝廷中主战的气氛日渐浓厚。
当时成吉思汗西征已四年之久，仍无回师之意，经略华北的木华黎虽已基本上完成了对金的战略进攻，但他亦于1223年三月去世。这使蒙古对辽东地区的控制，出现了放松的趋势。蒲鲜万奴的东真国，则趁此机会开始脱离蒙古阵营的活动。1223年五月，东真国的使臣第一次单独入使高丽，并受到高丽的接待。次年正月，东真国又遣使赴高丽送上两道牒文。其一曰：“蒙古成吉思汗师老绝域，不知所存，讹赤斤贪暴不仁，已绝旧好。”其二曰：“本国于青州，贵国于定州各置榷场，依前买卖。”这就是说，东真国已经和蒙古断绝了关系，同时要求高丽恢复原金王朝的边境贸易。东真国的这一举动，表明了蒲鲜万奴企图背靠高丽，西拒蒙古，独霸辽东的目的。对高丽来说，从蒙古阵营中分化出东真，这对抵御蒙古的入侵无疑是十分有利的。当然，高丽虽然开始与东真直接交往，但还不敢公开对抗蒙古，对蒙古使臣仍按过去的礼仪接待。
东真国既然与蒙古绝好，也就下定决心要单独控制高丽，从而得到高丽的资助。因此，它必须彻底中断蒙古与高丽的关系。1225年正月，多次出使高丽的蒙古使臣着古与等人，在从高丽返回蒙古的途中被截杀。这无疑是东真有意制造的事件。
蒙古使臣被杀一事，的确引起高丽朝廷的惊慌，深恐蒙古会兴兵来侵。然而，这种不安，很快随着蒙古方面的无声无息而消除了。当时，蒙古虽然派出使臣前往高丽调查这一事件，但又被东真人假扮高丽军队射阻于途。蒙古虽由此认定高丽背约反叛，但却一时无力征讨。成吉思汗继西征之后，又踏上了征西夏的道路，并在这场战争中去世。从蒙古使臣被杀以后，蒙古与高丽之间七年未通音信。
高丽与蒙古的关系中断后，由于没有受到蒙古的报复，反而增强了抗御外来侵略的信念。东真本想通过嫁祸于高丽的手段使高丽屈从，但高丽却对东真采取了强硬态度。东真的计谋落空，只好动用武力威胁高丽，而高丽则出兵抗御，毫不让步。双方打打停停，战事不断。
1231年八月，窝阔台命令元帅撒礼塔出兵高丽，以报高丽杀使背约之仇。当时，高丽对蒙古大规模的征讨，是缺乏精神准备的，特别是往年东真人时常假扮蒙古军队掳掠边城、威吓高丽，高丽边城军民对“假蒙古兵”已司空见惯，不以为然。所以对蒙古军队的进攻，仍像对待东真“假蒙古兵”一样全力抵抗，按照当时蒙古征服战争的习惯，攻城不降则要屠城。蒙古军队最初攻击的几个城池，都因守城军民的顽强抵抗而未能免于屠城。其后，蒙古军队了解高丽军民的抵抗中还包含“假蒙古兵”这一因素后，便令降俘的高丽将领向其他被攻击的城池呼喊：“真蒙古兵来矣，可速出降。”尽管如此，高丽很多城池仍坚守不降。其中最突出者，是龟州城。蒙古军队在攻击该城时，用尽了各种攻城办法，但都遭到龟州守城军民的有力反抗。直到高丽朝廷被迫投降后，龟州仍在坚守。龟州的顽强抵抗不仅反映了高丽军民在抗击外来侵略方面所表现出的坚定信念和无畏勇气，同时也使蒙古军队大为震动。待龟州奉高丽王旨出降后，一位年逾七十，身经百战的蒙古将领，看着龟州残破的城垒感叹说：“吾结发从军，历观天下城池攻战之状，未尝见被攻如此而终不降者。”
高丽王决定向蒙古投降后，蒙古除送上责高丽王书以及索取大量财宝和童男童女的诏书外，撒礼塔又于高丽京、府、县内设置七十二个达鲁花赤，对高丽实行监临统治。蒙古军队虽然撤出了高丽，但所设置的达鲁花赤却凌驾于高丽府道州郡的衙门之上，握有生杀予夺之权，这对高丽朝野是一个前所未有的压力。在这种丧失主权的形势下，高丽朝廷感到前途渺茫，难以对付蒙古的盘剥和压迫，过去曾以主战派自居的权臣崔怡，看到这种朝不保夕的局面，出于保全他私人利益的需要，提出了“徙都避乱”的主张，并于1232年七月挟制高丽王及百官迁都江华岛。
高丽朝廷迁都海岛，这对高丽来说是一种消极抗战的行动，对蒙古来说则无疑是一种公开的反叛。高丽王既然被迫迁都海岛，也就决定公开对抗蒙古，首先派人往北界诸城收缴蒙古达鲁花赤的武器，派去的人虽然被杀，但这一行动却鼓舞了在陆的高丽军民。其后不久，高丽西京宣抚使、大将军闵曦等人便尽杀蒙古所设达鲁花赤，消除了高丽国内的蒙古统治势力。当然，这一行动必将遭到蒙古的报复，所以在陆的很多高丽臣民纷纷迁居海岛避难。
蒙古得知高丽国内的这一变化后，窝阔台复令撒礼塔率军征伐高丽。蒙古大军入境，一边遣使投书高丽，责其降而复叛，迁都海岛，杀死达鲁花赤之罪；另一方面则猛攻高丽重镇。高丽朝廷迁于海岛，可免遭兵灾及被俘之辱，但在陆臣民则难逃蹂躏之苦。所以，高丽朝廷不断修书答复蒙古，极力解释两国间的误会和东真从中作祟之奸，乞求蒙古罢兵。正当此时蒙古元帅撒礼塔在指挥攻打水州属邑处仁城时，被一避兵灾于城中的僧人射中身亡。蒙古军队主帅一死，军心大乱，副帅帖哥遂率军回师。蒙古第三次征服高丽的战争就这样失败了。
撒礼塔几次率兵征服高丽，号称权皇帝，高丽朝野对其多有畏惧。然而高丽僧人金允候将其一箭射杀，蒙古军队亦因此败退，这对高丽臣民产生了极大的鼓舞。高丽王一方面修书东真以求联合，另一方面开始安定国内消除隐患。在蒙古侵略高丽的过程中，一些高丽将领曾迎降于蒙古军队，并充为向导，往来于高丽朝廷与蒙古军队之间。如赵叔昌、洪福源等，因其投降了蒙古并受到蒙古的重用，在两国交兵期间高丽朝廷不但不敢责罪他们，反而委以高官，让他们为高丽的安危在蒙古方面进行斡旋。高丽打败蒙古的进攻后，随着国内抗御蒙古入侵的士气振奋，这些有反叛行为的将领便成为众矢之的。在高丽惩治内奸的行动中，洪福源只身逃到蒙古，赵叔昌被处决，甚至连代替高丽王出降蒙古的淮安公王侹亦莫名其妙地死去。
蒙古在高丽受挫之后，没有立刻派兵报复。但为了防止高丽与东真的联合，窝阔台派皇子贵由和诸王按赤带将右翼军进讨东真，同时诏发高丽，督令迁出海岛，令高丽王赴蒙古朝觐。蒙古平定东真擒杀蒲鲜万奴之后，正值对金的战略进攻接近尾声，其注意力放在了对金的最后攻击上，对高丽国内清除叛党、积极备战的情况，没有作出什么实质性的反应。
1235年春，窝阔台又发动了一次大规模的远征，除征西域和伐南宋的两支重兵外，以唐古为元帅，洪福源辅佐的第三支军队，又踏上第四次征服高丽的道路。是年闰七月，蒙古兵踏境的消息传到江华岛。高丽王即令前后左右四军沿江设防御敌，同时令百官臣僚每天自辰时至午时拜日襄兵。高丽朝野知蒙古此来，决不会善罢甘休，所以也下决心进行举国抵抗。这场战争进行了近四年之久。
1238年，蒙古军队已经攻占高丽北边数十城，其前锋已入高丽腹地。高丽王为免遭灭国之灾，是年十二月派将军金宝鼎、御史宋彦琦奉降表再次赴蒙古求和。蒙古方面则必以高丽朝廷返陆，高丽王赴蒙古朝觐方能休兵。双方互使不断，蒙古催逼责难，高丽推诿拖延，其间蒙古军队仍驻镇高丽，小规模的战事时常发生。这样的形势一直延续了两年多。在这场旷日持久的战争中，高丽的社会生产受到了极大的破坏，百姓流落海岛，土地荒芜，国力已消耗殆尽。1241年，经朝中集议，高丽王决定用族子永宁公称为太子，率衣冠子弟十人入蒙古为人质，从而才结束了这场战争。高丽仍依前例，不断向蒙古交纳贡赋。同年十一月，窝阔台去世。其后，蒙古统治阶级集团内部争夺汗位的斗争又持续了五年之久，在这五年之间，蒙古对高丽的控制日益松弛，两国往来渐疏，高丽也停止了纳贡。
1246年七月，窝阔台的儿子贵由在与拔都的斗争中捷足登上了蒙古大汗的宝座。次年七月，贵由先派元帅阿母罕将兵、洪福源辅佐再次东征高丽，蒙古统治者再次发兵的目的，就是要迫使高丽王出陆，否则高丽就不会真正臣服。高丽王对蒙古加兵的意图也很清楚，因而十分重视对海岛的保卫。在抵抗了蒙古的前期进攻后，高丽王遂命北界兵马使卢演尽迁北界诸城人民入保海岛。正当高丽准备死守海岛之际，贵由去世。蒙古统治阶级集团内部的权力斗争再次拉开帷幕，而高丽却又一次得到了休养生息的机会。在此之后的几年间，蒙古虽不断遣使去高丽督令出陆，但毫无成效。高丽对蒙古使臣尽力款待，百般周旋，以致有的使臣对高丽王说：“你们国家的北部已经残破不堪，正如房屋没有了藩篱，怎么可以复都旧京？应当据海岛自守，我可以回去上奏皇后，不要再来侵扰。”
1251年六月，拖雷之子蒙哥登上了蒙古汗位。次年十月，蒙哥命诸王也古征高丽。其后又以剌儿带为东征元帅，以洪福源辅佐，连年不断地用兵高丽。这场战争延续了近八年。蒙哥这次对高丽用兵，旨在彻底解决高丽问题。因此，高丽朝廷虽多次表示臣服，不断施贿于蒙古将帅，尽力犒劳蒙古军队，但蒙古军队不断攻占高丽城池，掳掠高丽人民，必欲以高丽王出陆迎降才可罢兵。这种局面的形成，是高丽王在权臣崔怡一门挟制下，以保全朝廷及个人安危为宗旨，而置整个国家和人民的命运于不顾的必然结果。对高丽王来说，只要朝廷尚存，就能延续高丽王氏王朝。所以，当大多数朝臣都主张高丽王出陆迎降，或“遣太子以活民命”之时，高丽王仍虑蒙古会执其亲子于城下相挟，逼己出城。在崔怡父子相继去世后，高丽朝政摆脱了权臣的控制。百官臣僚再次恳请高丽王出太子于蒙古，救国活民，高丽王认可了这一办法，但提出了蒙古必须先撤兵的要求。
高丽应允以太子入质蒙古，满足了蒙古统治者的要求。蒙哥也同意了高丽的请求，蒙古军队开始陆续撤退。1259年年初，高丽王始令各州县守令率避乱民众出陆耕种，恢复家园。四月，高丽如约遣太子王供奉表到蒙古。因当时高丽国库枯竭，高丽王令“文武四品以上各出白金一斤，五品以下出布有差，以充其费”。与此同时，蒙古派使者去江华岛监督毁城之事。高丽朝廷移都抗战的二十多年历史，随着江华岛内外都城的拆毁而告结束。是年六月，高丽王去世。七月，蒙哥亦去世。在此之后，无论蒙古或高丽，还是蒙古与高丽之间的关系，都进入了一个新的发展阶段。
中统元年（1260）王供死，忽必烈送王供回国，嗣为高丽国王，并宣布不追究以前举兵反抗者。同时，为了进一步笼络高丽王室，忽必烈将女儿嫁给王倎之子王椹。至元十一年王憔袭位。至元十七年（1280），元朝在高丽开始设置驿站。元贞元年（1295），王椹之子王源也娶元朝公主为妃。有元一代，高丽名义上臣属于元朝，在一段时期，元朝曾派达鲁花赤驻在王京，但不直接管理或干预高丽政事，只负责监视，有事则向朝廷报告。为了利用高丽的地理条件和人力、物力去攻打日本，至元年间元朝政府还在高丽设置了征东行省。但征东行省与国内的行省不同，行省丞相由高丽国王担任，且得自辟官属，高丽原有的政权机构和各项制度都不变。所以，尽管元朝统治者不时粗暴地干涉高丽内政，甚至应高丽国王之邀派兵前去镇压高丽人民的起义，但总的说来高丽基本上保持了独立的地位。从忽必烈开始，高丽和中国传统的经济上和文化上的交往逐渐恢复，并得到进一步发展。
名家回眸
918年，高丽王朝逐步实现了朝鲜半岛的统一。13世纪初，成吉思汗建立了大蒙古国。蒙古政权在对金战争中节节胜利，辽东地区很快便落入它的控制之下。从1218年成吉思汗派兵入高丽讨伐契丹开始，到1259年高丽以太子出降蒙古的四十余年中，蒙古为了征服高丽，发动了一次又一次的侵略战争。在这次旷日持久的征服战争中，高丽王国虽然遭到了空前的洗劫和蹂躏，但高丽军民在抗击蒙古的侵略战争中所表现出来的顽强意志和取得的胜利，却在世界历史的画卷中留下了为人瞩目的一页。
一代天骄的临终遗言
铁马奔驰，鼓声阵阵，就在成吉思汗大举西征的时候，发生了两件大事，迫使成吉思汗立即踏上了东归的道路。