在平叛过程中，康熙帝进行了正确的指挥。为了及时了解前方情况，康熙帝特别命令兵部于原有的驿站之外，特设笔帖式驰报军情，每四百里设笔帖式一员，拔什库一名，担任汇报军情工作，有了笔帖式，清廷的前线战况及皇帝的谕旨均可在一昼夜里送达千里以外的地方，发挥了使用畜力交通的最高效能。另外，为平叛，康熙帝还提高了绿营兵的地位，提拔重用汉族将领。如果没有汉兵参加，平定三藩是不可能的。相反，吴三桂虽然打着反清复明的旗号，但由于他与其他藩王对境内人民残酷剥削和压迫遭到人民反对。吴三桂迎清兵入关、追杀永历帝，早已遭到汉族人的唾弃，之后又出尔反尔，所以根本得不到任何同情，加上内部矛盾重重，军纪败坏，失败是不可避免的。
康熙平定三藩之乱，是清朝前期的重大事件。三藩平定，康熙将官吏选任大权收归中央，划一军队编制，原来各自独立的吴、耿、尚、孔等部队，除吴部调往边境驻防外，其他均编入八旗，同时于荆州、福州、广州增设八旗驻防，广西、云南派驻绿营兵。清朝中央统治的权力得以集中和加强，清王朝进一步实现了国家的统一。另外，将三藩财产没收归官，充作军饷，清除滇、粤、闽等地方积弊，为清朝整顿边区，巩固疆域创造了有利条件，并为社会经济的恢复奠定了基础。
吴三桂最终失败是历史必然结果，对此柏杨先生在评价这段历史时指出：一是吴三桂的汉奸招牌太过于响亮，不能发出明确的政治号召和建立坚强的领导中心，他既引导满族鞭挞入关，又杀掉了朱由榔全家，使他不能利用明朝的惯性影响力。二是吴三桂老了，有老年人最容易有的过度小心保守的心理，不敢采取冒险行动。他要求绝对的安全，但世界上根本就没有绝对安全的革命和叛变。此外还有另一个重要因素是，吴三桂的对手是康熙大帝，中国历史上最英明的君主之一。
小岛屿大问题——施琅收复台湾
纵观中国历史，对于战争素来重视陆战，无论是庞大的步兵，还是勇猛的骑兵，都适合在陆地上作战，对于水军则不够重视，虽然历代都有建制，但都是在内江内湖作战，无论是三国赤壁，还是东晋淝水。别的不说，大宋王朝被几个水泊梁山好汉搅得天翻地覆，大明朝更是被非正规军的倭寇骚扰得手忙脚乱。唯一的一次大规模海战，与朝鲜抗击日本，虽然取胜但也是胜得很艰难，连明军统帅都不幸战死。而当清初之际，海战又一次进入人们的视野。而这次海战却与前不同，因为它涉及国家的统一问题，那就是收复台湾。
康熙帝即位同年——顺治十八年（1661年）的二月至十二月，郑成功命其子郑经留守金门、厦门等地，他亲自指挥大军进攻台湾，赶走了荷兰殖民者，收复了台湾，是位中国在历史上立下不朽功勋的人。但由于郑氏政权坚持抗清立场，遂成为清王朝的心腹大患。康熙继位以来，一直以收复台湾为己任，为此，他采取了种种措施。其策略总的来说是剿抚并用，但前后期有所不同：康熙二十年（1681年）六月以前，以抚为主；以后则以剿为主。
清对郑氏采取以抚为主策略，是由多种因素决定。首先从清朝自身看，陆军强大而水师薄弱。到顺治十八年（1661年）底，清廷依靠强悍的八旗兵和为数众多的绿营兵，统一了大陆，平定了中原，但对盘踞于海岛的郑氏则一直无能为力。顺治年间，连年征战，军费支出浩大，国家财政极为困难。大陆初步实现统一之后，迫切需要休养生息，发展水师一时还提不上日程；并且清廷不信任那些脱离郑氏集团而向清廷投诚者，所以也无意充分发挥他们的作用。清廷对郑氏的战略基点不是主动进击，而是消极防御。
顺治十七年（1660年）九月，顺治帝采纳福建总督李玄泰建议，开始了迁海政策。次年六月，海澄公黄梧又献消灭郑氏集团的五条策略。其中第一、二两条即是迁界、禁海，议将“山东、江、浙、闽、粤沿海居民尽徙入内地，设立边界，布置防守”，以防沿海百姓与郑氏集团接触勾结；“将所有沿海船只悉行烧毁，寸板不许下。凡溪河，竖桩栅。货物不许越界，时刻了望，违者死无赦。如此半载，海贼船只无可修葺，自然朽烂，贼人马众多，如果没有充足的粮草供应，其势力自然会瓦解。此所谓不用战而坐看其死也”。清廷立即采纳，从七、八月开始，清廷在江、浙、闽、粤等省进行了大规模的迁界与禁海，分别下令将各省沿海居民内迁三五十里，设界防守，不许人民越界下海。
迁界和禁海，目的在于割断郑氏与大陆之联系，使其失去接济，出现暂时的困难，但它除了使一部分人产生动摇而投降清朝外，并无太大作用，并未如黄梧所料，半年之内即可置敌人于死地。而清廷因迁界、禁海也蒙受了巨大的损失：沿海各省大片良田荒芜，国家税收减少。对外贸易停顿，百姓背井离乡。将沿海岛屿迁空，正好使郑氏船只自由出没，买通守边士兵后，他们照样可以得到所需的物资。
因此，迁界禁海是清廷在不得已情况下采取的防御措施，而且未达到预期目的。
稍后，郑氏内部出现矛盾，为清廷推行剿抚策略提供了有利的机会。康熙元年（1662年）五月初八日，郑成功于台湾病逝。台湾事务暂由其弟郑世袭管理，郑世袭因受人挑拨，想掌握整个郑氏集团。而郑成功死后，其子郑经即在厦门继承父位，从此叔侄二人势同水火，诸将互相猜疑，人心动摇。清福建总督李率泰、靖南王耿继茂乘机于七、八月间遣效用总兵林忠等前往厦门，致书郑经，对其进行招抚，这是清廷对郑经的第一次招抚。郑经本无和谈诚意，只因其退路台湾已被其叔占据，如果断然拒绝清朝和议，“则指日加兵，内外受困，岂不危哉？不如暂借招抚为由，苟延岁月，俟余整旅东平，再作区处”。于是他假意与清谈判，并上缴明朝敕命、公伯爵印及所缴获的清朝各州县印和海上军民土地清册，以换取清朝信任。次年五月，在内部矛盾平息后，郑经“请如琉球、朝鲜例，不登岸、不剃发易衣冠”，拒绝招抚，和谈因而失败。康熙二年（1663年）十月，清军攻克厦门、金门，郑经退守铜山。清廷于是又派人去招抚郑经，郑经仍要求按照朝鲜藩国待遇，甚至表示：“若欲削发登岸，虽死不允。”
清廷并未因郑经对招抚的拒绝而动摇其政策。康熙二年（1663年）六月，郑经用计杀害支持郑世袭的郑泰，郑泰之弟建平侯郑鸣骏于是带领郑泰子永胜伯郑绪昌及大小文武官四百余员、船三百余号、众万余人，从金门驶入泉州港投降清朝。
十月，清兵三路攻厦门、金门，开始时郑军获胜，但很快被击败。尽管泉州一路击杀了清军提督马得功，但因郑经派去防守高崎陆路的将领陈昇秘密降清，使清海澄公黄梧、水师提督施琅得以从海澄顺利攻占厦门，郑经只得退守铜山。铜山郑军在清廷的招抚政策下土崩瓦解了，“各镇纷纷离叛，日报无宁晷”。康熙三年（1664年）三月初六，清兵进攻铜山之前，有“伪威远将军翁求多率兵民六万余人纳款”。在三月十四日，又有“伪永安侯黄廷、伪都督余宽等，率伪官兵并家属人等三万二千四百余名出降”，郑经仅率数十只战船，乘风逃到台湾，他安排断后的大将周敛武也向清廷投降了。至此，郑氏沿海据点被清廷一一拔除。据管理福建安辑投诚事务户部郎中贲岱于康熙三年（1664年）七月疏报：“自康熙元年至三年（1662至1664年）止，合计投诚文武官三千九百八十五员，食粮兵四万九百六十二名，归农官弁兵民六万四千二百三十名口，眷属人役六万三千余名口，大小船九百余只。”此后，从台湾、澎湖两地逃奔大陆的不计其数。如：康熙三年（1664年）十月，台湾商人兰英“带货物投诚”；康熙四年（1665年）十月，台湾伪左都督朱英自澎湖率众投诚；康熙五年（1666年）七月，台湾“伪都督李顺自澎湖来到浙江洋面，率伪官兵船进关投诚”。
对台湾投诚来的官兵，清廷给他们作了适当的安置，同来其余大小文武官亦分别授职。封周全斌承恩伯，黄廷慕恩伯，朱英被任命左都督；授其下属都督佥事翁贵等四人、总兵陈琦等三人并为都督佥事，其副将、参将、游击等，均仍任原职，“并给全俸，赏赉有差”。有的降者仍在前线领兵作战。如康熙五年（1666年）十一月，向清廷投降的杨富被任命为浙江水师右路总兵官。投诚武官中有人适合并愿为文职，康熙应允兵部题请，并令地方督抚察明之后具体斟酌使用。郑氏亲族来降者，予以优待。郑成功亲弟左都督郑世袭降后，不仅授予精奇尼哈番世职，给全俸，而且还将郑芝龙已被没收的田产发还给他。
对于台湾问题，由于荷兰殖民者的贪婪与野心，清王朝决定自己去解决它。
荷兰人自被郑成功从台湾驱逐后，并不甘心失败，欲借郑成功逝世、郑氏内部混乱之际与清廷联合夺取台湾，并取得与中国“自由贸易”特权。为达到此目的，在康熙元年、二年（1662、1663年），荷兰殖民者一再派遣舰队，打着“支援大清国”的旗帜，抵达福建沿海。恰值清、郑第一次和谈破裂，清廷便想借助荷兰海军的力量，消灭郑氏沿海据点，于康熙二年（1663年）十月清、荷组成联军，进攻厦门、金门。金、厦战后，清、荷双方产生严重分歧。清廷招抚铜山，同时也准备武力攻取，“邀荷兰船助剿”；荷兰人拒绝助剿铜山，主张立即进取台湾，企图将台湾据为己有，荷兰殖民者的狼子野心此时暴露了出来。靖南王耿继茂在奏疏中提醒说：“外夷禀性贪利，察其来意，一则欲取台湾，二则以图通商。”因此，清廷赏赐给荷兰人缎匹、银两，并准其定期来华贸易，以此作为对其助攻金、厦的回报。但是，康熙对荷兰时刻保持警惕，当其推托不前时，便断然下令：规取厦门、金门，迅速扫平海寇，“不必专候荷兰舟师”。荷兰人见目的难以达到，便丧失了联合攻台的兴趣。从此，清、荷双方未再进行合作。
康熙三年（1664年）七月，清廷收复铜山，欲乘胜一举收复台湾，于是任命福建提督水师总兵官施琅为靖海将军，以承恩伯周全斌、太子少师左都督杨富为副将，以左都督林顺、何义等为佐，命他们“统领水师，前往征剿”，并告诫部下说：“凡事会议酌行，勿谓自知，罔听众言。”施琅，福建晋江人，原为明总兵郑芝龙部下左冲锋，顺治三年（1646年）十一月，随芝龙降清，参与平定广东之役。因他拒绝抗清，其父大宣，弟显及子一、侄一皆被郑成功戕害。康熙元年（1662年），施琅升任福建水师提督。他自幼生长海上，深悉水性及郑氏情形，一贯主张以武力消灭郑氏，攻取台湾。这次清廷第一次出兵台湾，主要将领均由郑氏集团投诚的人充任，并无荷兰人参加，这是一个突破。康熙三年（1664年）十一月、四年（1665年）三月和四月，施琅、周全斌等三次进攻，都因遭台风袭击而被迫中途返回。据档案记载，当时经过多方核实，确实遭遇台风。但实际上这次进兵受挫，主要并非由于天灾，而在人事。因为这些将领都有着丰富的海上经验，如果他们之间以及他们与清政府之间确实能精诚合作，台风是完全可以避开的。后来施琅提到这次征台失败原因时，主要强调“人谋亦未允臧”。因为“投诚官兵，眷口多在彼处”，所以，他投石忌器，不敢太过认真；并由于他们临时凑在一起，未经选拔和训练，各部“参差不一”，号令不一；且将领无决策之权，“奉有成命，勉应击楫”。可见这几次出兵，准备是很不充分的。在武力攻取条件不成熟情况下，或求助荷兰人，允许他们占有台湾，或与郑经对话，以求和平解决，二者必居其一。对于前者康熙帝断然拒绝予以考虑，选择后者，则体现了与民休息和排除外国干涉、独立处理国事的思想。
清廷招降，失败告终
康熙六年（1667年）五月，清廷派遣福建招抚总兵官孔元章，携带郑经舅父亲笔书到达台湾，对郑经进行招抚，提出沿海地方与台湾通商，郑氏称臣纳贡，并遣子入京为质等三项要求。郑经厚待元章，但对招抚一事却严加拒绝。
孔元章于八月二十六日至十月二十五日再次赴台和谈，双方各执己见，仍未达成任何协议。
郑经的冥顽不化引起了福建水师提督施琅的不满。他于十一月二十四日上疏，建议“乘便进取，以杜后患”，并就选练士兵、筹集船饷、前线指挥、攻战机宜等重大问题提出看法和主张。翌年正月初十日，康熙降旨：“渡海进剿台湾逆贼，关系重大，不便遥定。着提督施琅作速来京，面行奏明自己的意见，以便定夺。”四月，施琅进京陛见，再上《尽陈所见疏》，对用武力统一台湾的必要性与可能性作了详细论述。后来历史证明，施琅这些意见都很正确，但因当时条件尚未成熟，暂时无法实行。主要是清、郑对峙以来，五省迁界，大量驻军，连年征战，东南地区生产完全遭到破坏，人民陷入水深火热之中。因此，自郑经东渡，大规模战事基本停止，广大人民迫切要求废除禁海令，裁去驻军，以减轻人民负担。对于撤军问题，清廷已在考虑，只是等待有利时机。早在康熙五年（1666年）正月，福建总督李率泰即在遗奏中说：“闽海余氛，远窜台湾，奉旨撤兵，与民休息，洵为至计。惟是将众兵繁，若撤之太骤，不无惊惶；太迟，又恐贻患。”并且，朝廷仍寄很大希望于和平统一台湾，为防止干扰，促其早日实现，而宁愿将武力解决这一途径暂行搁置，以进一步推行以抚为主的方针。于是，清廷否定施琅建议，裁撤福建水师提督员缺，将水师战船全部焚毁，次第催拨海上投诚官兵到外省垦荒，授施琅为内大臣，编入汉军镶黄旗，留于京师。同时“严戍守界，不复以台湾为意”。
康熙八年（1669年）六月，在铲除了鳌拜集团后，康熙帝命刑部尚书明珠、兵部侍郎蔡毓荣到福建，与靖南王耿继茂、总督祖泽沛齐集泉州府，商议招抚台湾办法，旋派太常寺卿慕天颜、都督佥事李俭，带着康熙诏书及明珠信件，往台湾招抚郑经。七月初六日，慕天颜等人到达台湾，郑经虽礼待二使，但不肯接诏。他表示：“苟能照朝鲜事例，不削发，称臣纳贡，尊事大之意，则可矣。”
住十余日，双方仍未能达成一致。郑经派礼官叶亨、刑官柯平随慕天颜往泉州，继续谈判，试探“免剃发不登岸”“照朝鲜例入贡”的可能性。对郑经的态度，康熙帝于八月敕谕明珠、蔡毓荣等：“若郑经留恋台湾，不忍抛弃，亦可任从其便；至于，‘比朝鲜，不剃发，愿进贡投诚’之说，不便允从。朝鲜系从来未为中国所有的外国，郑经乃中国之人，若因住居台湾不行剃发，则其归顺的诚意何在？今命内弘文院学士多诺前往。尔等会同靖南王耿继茂及总督、巡抚、提督等，传谕郑经来使，再差官同往彼地宣示：果遵制剃发归顺，高爵厚禄朕不惜封赏，即台湾之地亦从彼意，允其居住。”至此，为实现台湾的和平统一，康熙帝作出了重大让步，表示了最大的诚意。
慕天颜等奉命再往台湾，指出称臣而不剃发于情理不通，劝郑经遵制削发。
明珠等在信中写道：“夫称臣纳贡，既已遵国制，定君臣之义，就同父子一般。