“郑锦（经）已死去，贼人必乱了阵脚，宜乘机规定澎湖、台湾。总督姚启圣，巡抚吴兴祚，提督诺迈、万正色等，其与将军喇哈达、侍郎吴努春，同心合力，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机。”这是康熙帝发出的进兵收复台湾的命令。
康熙决定进攻台湾，引起了朝臣们的不同反应。水师提督万正色上奏：“台湾断不可取。”朝廷高级官员讨论“进剿方略”时，“成谓海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全”。闽海前线最高军事长官，镶黄旗满洲都统宁海将军喇哈达对进攻台湾也表示反对。支持以武力进剿台湾的，有内阁学士李光地、福建总督姚启圣、福建巡抚吴兴祚等人。李光地，福建安溪人。他深知不收复台湾，东南永无宁日，不用武力，平定无期。他们支持武力征剿台湾郑氏，反映了闽浙地主阶级、知识分子渴望消灭战乱，在沿海地区恢复和平与安定的社会秩序的愿望。
在康熙任命万正色担任福建水师提督前后，姚启圣曾一再上疏举荐施琅担任此职。但施琅因有长子施齐（化名王世泽）、族侄施亥（明良）都在郑氏集团供职，所以朝廷对他不甚信任，迟迟未予任用。后来姚启圣查实施齐、施亥因谋“擒郑逆献厦门以报本朝”，于十九年（1680年）二月事泄被杀，两人满门灭口。此事使清廷解除怀疑，恢复了对施琅的信任。康熙二十年（1681年）七月，李光地也推荐施琅：“他是海上世仇，其心可保，又熟悉海上情形。其人还有谋略，为海上所畏。”此时，万正色对康熙进取台湾的策略依然表示反对，但是康熙帝毅然采纳李光地的建议，任命施琅为福建水师提督，代替怯懦的万正色。他于七月二十八日向议政王大臣等宣布：
“今诸路逆贼俱已歼除，应以现在舟师破灭海贼。原任右都督施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地利、海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子少保，前往福建。到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌统领舟师进取澎湖、台湾。其万正色改为陆路提督，诺迈还京候补。”
对于起用施琅，那些不同意进攻台湾的朝臣们坚决反对，“以为不可遣，去必叛”。康熙则坚信：施琅不去，“台湾断不能定”。于是排除一切阻力，作出正确抉择，表现了超人的胆略和见识。
严密部署，武力征讨台湾
三藩之乱后期，康熙帝在稳操胜券的情况下，把注意力转向了台湾。康熙十九年（1680年）八月，在台湾问题上，他同意大学士明珠所奏，“闽疆新定，逋逃残寇应静等它消亡，再若梗化，进剿未晚”。但君臣这一问答，已提出了用武力统一台湾问题。
康熙二十年（1681年）六月，姚启圣向康熙帝奏报郑经已死，台湾出现内乱的情况，康熙帝认定时机成熟，谕督抚提商讨平定台湾一事，毋误事机。七月，他决策进攻台湾，迅速调整人事，根据学士李光地、总督姚启圣的推荐，他任命施琅为福建水师提督加太子少保，与将军督抚商议克期进取台、澎，原水师提督万正色改任陆路提督以配合水师收复台湾的工作。
当时，收复台湾问题引起了大臣们的争论，当康熙帝决定武力征讨后，“重臣宿将，至于道路之口，言海可平者百无一焉”。当康熙问及剿取方略时，廷臣就都推说海波难测，没有可以制胜的办法。陆路提督万正色是其中代表人物之一。他认为“台湾难攻，且不必攻”。比较起来，总督姚启圣对于进攻台湾最为支持。但他对清朝自己的水师信心不足，因而信奉“吾但以贼攻贼，贼亡无日矣”。在此情况下，他没有把精力放在训练水师之上，而是主张引荷兰殖民者参战，甚至提出派间谍、刺客去台湾的建议。大臣们的退缩不前，极不利于收复台湾的工作。
康熙作为最高决策者，他以坚定的决心与必胜的信心推动着整个事情向前顺利发展。
施琅自受命出任福建水师提督后，于康熙二十年（1681年）十月抵厦门视事，对于攻台一事，他采取了如下措施：
第一，整顿水师。选拔将领、训练水兵、修造海船、准备甲仗。施琅所挑选的将领有侍卫吴启爵、同安总兵吴英、兴化总兵林承、金门总兵陈龙、平阳总兵朱天贵、海坛总兵林贤等人。这项工作，施琅花了一年的时间才完成。
第二，再三申明进征台湾的必要性和取胜的必然性。康熙二十一年（1682年）夏，给事中孙蕙、坐塘笔帖式谭木哈图连续上疏，反对进攻台湾。七月，施琅上《决计进剿疏》，指出郑氏绝不会投降，内应又因无法得到及时的支援而不敢公然发难，只有进兵台湾才是唯一的破敌之法。
第三，要求清廷给以专征台湾的兵权。施琅作为加衔提督主持攻台事宜，仍要受督抚的节制，一旦双方意见出现分歧，便有可能被掣肘。当时福建督抚都决意进兵，平台建功，但施琅对此仍然有顾虑。从上任伊始，他就连续上疏，提出独任征剿的问题。这里反映出他与姚启圣等的矛盾。因他与总督意见不合，原定于二十年（1681年）五月的出兵计划落空了。事实证明，事权归一才能避免扯皮，能更加顺利地开展征剿工作。施琅在《决计进剿疏》中重申要求独任，而令督抚为他提供物质供应，攻台不要有出兵的时间限制，只要顺风，他将出师台湾，如果不能收复台湾就治他的罪。他终于得到议政王大臣会议、明珠、李光地的有力支持，康熙看出问题症结，同意由“施琅相机自行进剿”，施琅终于可以大展拳脚了。
第四，制定作战方案。清军水师经过近一年整顿，已有精兵二万余人、战船三百艘，与郑军在数量上不相上下，作战本领也大有提高，而且士气正旺，但海战经验不如郑军丰富，而且郑军是以逸待劳。因此，施琅提出南风盛发的五、六月出兵，首先攻取澎湖的作战方案：“夫南风之信，风轻浪平，将士无晕眩之患，且居上风上流，势如破竹，岂不一鼓而收全胜！”在澎湖决战，一举歼灭郑军主力，可知明郑虚实，直取台湾，或“暂屯澎湖，扼其吭，拊其背，逼近巢穴，使其不战自溃，内谋自应”。总之，占据了澎湖就进可攻退可守，事半功倍。
准备过程每一步都异常地艰辛。总督姚启圣反对施琅的作战方案。姚启圣坚持乘九、十月北风起时两路出击，或先打台湾，后攻澎湖。在此方案被否定后，他又重弹“剿抚并用”老调，并派人渡过台湾海峡，对台湾进行招抚。施琅反对，抚局失败。
施琅全力准备征进。康熙二十二年（1683年）四月，他向姚启圣要求调捐膳船兵。姚启圣顾全大局，抛弃前嫌，分拨平阳总兵朱天贵统捐膳兵1100名、船61艘随同施琅出征，兴化总兵吴英统捐膳兵和陆师驾船43艘出海策应。
在姚启圣的全力支持下，六月十四日，施琅在铜山港誓师，统水师3万余人、战船300余艘进攻澎湖。
历尽艰难，成功收复台湾
当时澎湖、鸡笼都有郑军重兵把守。康熙二十年（1681年）冬，武平侯刘国轩出任总督守澎湖，左武卫何佑任北路总督守鸡笼，在那里修筑城池炮台，开沟浚濠，架设火炮，加强防御。澎湖是防守重点。刘国轩在此集中了官兵2万余人、战船200余艘，但与清军相比，澎湖守军在数量上处于明显劣势，而且粮饷不足，形势对郑军不利。但是郑军毕竟是一支久经战争考验的部队，其士兵英勇善战。右武卫林升、左武卫江胜、宣毅左镇丘辉、戎旗二镇吴潜等都表示要死守。因此，清军能否攻下澎湖是关系到整个战争的关键。
施琅水师于十五日出发，直驶澎湖。刘国轩闻讯戒备，但他慑于清军兵威，放弃了主动进攻，只作死守，幻想康熙四年（1665年）施琅征台历史重演，等候台风起，以逸待劳，不战而胜，他由此而丧失了战机。刘国轩命令陆上和各岛要口、战船都严密警戒。丘辉建议先发制人，乘清军战船停泊未定之际，发起攻击，被刘国轩拒绝。当日傍晚，清军从容进泊郑军防守力量薄弱的八罩岛、猫屿、花屿。丘辉再次请战，提出乘晚上潮落时奇袭清军，又遭拒绝。刘国轩期望夜半风起，会把清军扫荡无遗。刘国轩最终失望了。
第二天清晨，清军水师开始进攻澎湖。刘国轩赶忙指挥各部迎战。清军因战船密集，互相挤靠在一起，不得施展。在船尾指挥作战的施琅被流炮击中，他为稳定军心，站起来继续指挥。蓝理见提督坐船被困，直冲过来，连续击沉几艘敌船，总算解围。激战中，蓝理中炮，血流不止，仍高喊督战，后又被炸伤左腿，施琅见攻击不利，便下令全军暂时退出战斗。
丘辉此时又提出要夜袭清军，刘国轩仍坚持扼险守隘，坐等风起。十八日，清军进取虎井、桶盘两屿，向郑军主力逼近。施琅亲自视察岛屿形势，准备与郑军决一死战。
二十二日，澎湖决战爆发。清军吸取了上次作战的教训，改变战术，主力分路进击：战船50艘从东路攻鸡笼屿，派50艘战舰从西路入牛心澳，以牵制敌人；56艘均为八股，各作三叠，施琅领一股居中调度，总兵、游击等官分领其余七股直扑郑军大营，余船分股后援。刘国轩指挥迎战，一场血战开始了。清朱天贵喊话招降，中炮阵亡。林贤的战舰遭丘辉、江胜等的包围，林贤四面应战，身负重伤。清兵援舰到达，与林贤内外夹攻。炮火矢石交攻如雨，烟焰张天。清军东、西两路奋勇夹击。双方都奋不顾身，自辰至申，持续激战。清军8条船围攻丘辉，丘辉左足断右足伤，但他坚持督战，直到自己被炸牺牲。施琅在组织和使用力量方面，充分发挥数量上的长处，集中优势兵力，将郑军战船一只一只地消灭。他命令实行“五梅花”，即“遇贼船一只，即会数只合攻”，“以五船结一队，攻彼一只”。这一战术十分有效，基本歼灭了郑军的有生力量。郑军被击沉、焚毁战船百余艘，征北将军曾瑞、水师副都督左虎卫江钦等将领阵亡，江胜、吴潜等自杀，1.2万名士兵阵亡，将军果毅中镇杨德等将领165人率余部4800余人投降。刘国轩仅带30只船逃回台湾。
澎湖大战以清军的胜利宣告结束，随后澎湖三十六岛皆降。清军官兵战死329人，伤1800人。几天来，施琅一面出告示安民，一面向总督姚启圣和康熙帝奏报澎湖大捷。
澎湖大战的胜利，基本上消灭了郑军的有生力量，无论和、战，台湾都已经是清军的囊中之物。
澎湖激战，郑军主力尽灭，为和平解决台湾问题奠定了基础。
清军取得海战的胜利有其必然性。清军在政治上以统一对割据，在军事上、经济上处于优势地位，这决定了其将取得最后的胜利。交战双方在战争指导思想和战术运用上，施琅的正确、刘国轩的错误导致了郑军的失败。这之间也有偶然性，施琅不可能拥有科学的气候预测手段，“稽古以来，六月时序，澎湖无五日和风，即骤起飓台，怒涛山高，变幻莫测，三军命悬，悉听于天”，在这点上他又有些冒险，他此次“抵澎旬余日，海不扬波”，刘国轩期待的台风竟没有到来，是偶然性帮助清军成功。
澎湖失守后，冯锡范令台湾各港严加防备。但北路总督何韦占等却秘密向清军通谋纳款，并将淡水港的守军撤走。明郑内部发生了严重分裂。闰六月初，当郑克塽集议战守时，冯锡范等主张南走，而刘国轩力主投降。
施琅大军仍驻澎湖，一面因台湾港道深浅莫辨，到北风起时再进军，就有更大的把握。在这段时间里，施琅乘机做进军台湾的准备，一面派刘国轩旧部曾蜚乘胜去台招抚。郑克塽、刘国轩上表请降。七月，台湾兵民剃发投降。
到此，台湾成功收复，江山统一。
台湾收复后，清廷内部又发生了对于台湾的弃留之争。有人认为台湾孤悬于海外，没有多大的占领价值。而施琅则坚决反对放弃台湾的主张。他认为：台湾是浙闽粤四省之屏蔽，倘若放弃台湾必为红毛（荷兰）复占，“乃种祸后来，沿海诸省，断难晏然无虞”。“弃之必酿大祸，留之诚永固边圉。”康熙赞同施琅的意见，于康熙二十三年（1684年），清廷始设台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，在台澎分别驻兵一万人，设官治理、筑城戍守，台湾宝岛得以统一于清朝政府之下。
名家回眸
台湾自古就是中国的领土，是大陆不可分割的一部分，台湾在古代与大陆本属一块陆地，由于地壳的运动，海水内灌，从此大陆与台湾隔海相望，但是无论从板块上，还是地质结构上，两者实为一体，因此大陆与台湾本是同根生，理应统一。
着名史学家柏杨先生曾把台湾与海南岛比作两只拳头，保卫着中国的海疆。从这点看台湾又是一个重要的战略位置。台湾问题的解决，关键在于康熙的知人善任，他既没有御驾亲征，也没有具体的作战方略做出指示，而是选用了几名得力的官员。姚启圣、万正色、施琅三人，就其出生而论，是三种不同类型的人才。康熙把他们从众官将中选拔出来，大胆使用，且用而不疑。他们得到了皇上的支持，都为收复台湾立下了汗马功劳。所以说如果平定“三藩”之乱，显示了康熙的坚决、果断与智慧，那么在这场收复台湾的战争中，则充分显示了康熙的知人善用、用人不疑的宽大胸襟和用人策略。所以柏杨赞美道：康熙是中国历史上最英明的君主之一，年轻气壮，有刘邦豁达大度的胸襟和李世民知人善用的智慧。
清史研究家王钟翰在《王钟翰说清史》一书中指出，近来国内史学界很多人把收复台湾之功全归于施琅而不予姚启圣。而着名历史学家戴逸主编的《简明清史》中，则以收复台湾一役，姚、施相提并论，似无抑扬其间者矣。平心而论，对于台湾一役，施琅与姚启圣的功与过，仁者见仁，智者见者，古今的评价本来就不应该强求一致。
草原豺狼的进攻——康熙三征噶尔丹
上天似乎对康熙“情有独钟”，刚刚平定了三藩内乱，就来了俄罗斯侵边；刚解决完东北，西北又杀来了噶尔丹。真是杀完了狗，对付完了熊，紧接着狼又来了，内忧外患一件接着一件。
噶尔丹是漠西厄鲁特蒙古准噶尔部的首领。康熙九年（1670年），准噶尔部内部出现争权斗争，噶尔丹乘机从西藏回到该部，杀死侄儿，囚禁其叔，消灭竞争对手，夺取该部领导权。康熙十六年，噶尔丹出兵攻灭和硕特部，自称博硕克图汗，胁迫各部听其驱从，成为厄鲁特各蒙古的盟主。康熙十七年（1678年），噶尔丹将天山南路叶尔羌等回部各城攻灭，势力日渐强大。此时喀尔喀蒙古内部出现了不和，噶尔丹想利用此机会，一统众蒙古，称霸北部，与清王朝一较长短。
漠北喀尔喀蒙古是元太祖成吉思汗十五世孙达延汗的后裔。达延汗死后，诸子大都内迁，只有幼子留居故地，将其部众分为七旗，号喀尔喀。到明末，喀尔喀又分成土谢图汗、札萨克图汗和车臣汗三大部。崇德三年（1638年），三部分别向清政府上表称臣，献“九白之贡”，从此确立了三部与清王朝的隶属关系。