同年赛因诺颜部也遣使通贡，喀尔喀蒙古全部臣属于中央政府。清世祖顺治十二年（1655年），喀尔喀蒙古三汗及赛因诺颜部首领奉表派遣子弟向清王朝朝贡，清廷在其地设八札萨克，分左右翼。左翼有土谢图汗部、车臣汗部及赛音诺颜部，札萨克图汗部独成右翼。康熙元年（1662年）右翼札萨克图汗部发生内乱，札萨克图汗在乱中被杀死，其部属大都投向左翼土谢图汗，从此，左右两翼因属民问题长期不和。噶尔丹为达到控制喀尔喀蒙古三部的目的，企图利用喀尔喀蒙古左、右翼的矛盾。康熙为避免喀尔喀蒙古分裂和自相残杀，建议双方在库伦会盟，谕旨两翼和睦相处。噶尔丹借口喀尔喀蒙古宗教领袖哲布尊丹巴在会盟时对达赖喇嘛的使者礼数不敬，于康熙二十七年（1688年）悍然出兵入侵喀尔喀。沙俄侵略者也乘机从乌丁斯克出兵攻击土谢图汗部，与噶尔丹相呼应。在噶尔丹和沙俄侵略者的两面夹击下，喀尔喀蒙古处境极其危险。当时土谢图汗正率主力部队在北方与俄军作战。在噶尔丹的突然袭击下，土谢图汗部顿时乱了阵脚，哲布尊丹巴遂要求南迁，内附清王朝。九月，土谢图汗与哲布尊丹巴率部众进入清王朝境内，请求清廷保护，以后又有车臣汗和札萨克图汗所属来归，清廷一律大加优待，将喀尔喀部众分别安置在苏尼特、乌珠穆沁、乌喇特牧地游牧。
康熙二十九年（1690年）五月，噶尔丹发动了新的进攻。他借口讨伐喀尔喀蒙古，率军二万余人，沿索约尔济河南下，攻入内蒙古乌珠穆沁境内，“剥下守汛界者衣服，出言不逊”。六月十四日，进至乌尔会河东乌兰之地，在该地大肆烧杀抢劫，受害者“遍及四佐领之人”。
针对噶尔丹的进攻，康熙帝派理藩院尚书阿喇尼、兵部尚书纪尔他布领六千余各部蒙古兵驻守洮儿河上游，跟踪其后，侦察、奏报，待镶蓝旗满洲都统额赫纳军队、科尔沁达尔汉亲王班第军队、盛京乌喇满洲军队到达，再“同时击之”。可是，阿喇尼对噶尔丹的杀掠行径极为愤慨，竟违抗旨令贸然出战，于六月二十一日偷袭噶尔丹兵营于乌尔会河地方，结果失利，退驻鄂尔折伊图，“以俟诸军”。
噶尔丹气焰嚣张，进一步向内地深入。康熙帝对此极为恼怒，因为这不仅挫伤了清军的锐气，使噶尔丹更加嚣张，还使康熙帝担心因此打草惊蛇，使噶尔丹感到清政府准备大举讨伐他，而乘势溜掉。因此，康熙帝命大臣就此事商议。清廷中一些勋贵大臣认为蛮夷荒服，唯有驱逐防守而已，如果派出军队进行讨伐，未必能消灭噶尔丹。康熙认为，噶尔丹借机无端生事，举兵大举进犯，他的野心不小，如果不狠狠地打击他，恐怕后患无穷，且喀尔喀也不能长期借地游牧，于是决定御驾亲征。以裕亲王福全为抚远大将军，皇长子允褆副之，出古北口；以恭亲王常宁为安北大将军，简亲王喇布、信郡王鄂札副之，出喜峰口；内大臣舅佟国纲、佟国维，内大臣索额图、明珠、阿密达，都统苏努、喇克达、彭春、阿席坦等参赞军务。七月初六，清军主力在福全的率领下从北京出发，准备阻击南下噶尔丹军。七月十四日，康熙帝也离开北京，巡行边塞，打算亲临前线指挥，不料突患感冒，不得已只得取消亲征噶尔丹的计划，前线各路兵马听大将军调用。
噶尔丹气焰嚣张，于七月十五日向清廷宣战，大举进犯，屯于西巴尔台（今内蒙古克什克腾旗土河），此后逐步南下，于二十七日占据乌兰布通，仅距京师七百里。利用有利地形，噶尔丹布阵于山岗，在骆驼背上加上箱垛，并蒙上湿毡子，让它们环卧于大军阵前，士卒备钩钜，躲在骆驼后面，伺机放箭发炮，号曰“驼城”。八月初一，清军向乌兰布通推进，向噶尔丹大军发起猛攻。在清军攻击下，噶尔丹“驼城”被攻破，清军乘胜进击，大败叛军，噶尔丹乘夜遁去。
乌兰布通之战虽然未能消灭噶尔丹的力量，但却沉重地打击了他的嚣张气焰，使其实力大大削弱。噶尔丹的军队在战斗中损失惨重，而且“归路遭罹瘟疫，得还科布多者，不过数千人耳”。其侄策妄阿拉布坦，在噶尔丹尚未进入漠北以前，即率5000人逃回伊犁河流域，这次乘其南侵之机，偷袭了噶尔丹的后方基地科布多，“尽收噶尔丹之妻子人民而去”。乌兰布通一役使噶尔丹认识到了清王朝强大的军事实力。因而此战之后，噶尔丹改变了他的傲慢态度，不仅不再坚持索要土谢图汗及哲布尊丹巴，而且还发誓称“自此不敢犯喀尔喀”。康熙遂于八月十八日遣人敕谕噶尔丹，历数其“率兵入我边汛，行劫乌珠穆素”之罪，并严正声明：“尔今率尔兵出界而居，不得擅犯我属下部喀尔喀一人一畜，亦不得有一人与众部落往来通使”；“若再违背誓言，发动攻击与劫掠之事，朕厉兵秣马，必务穷讨，断不中止”。这就不仅进一步肯定喀尔喀与清朝的臣属地位，为多伦会盟打下基础，而且警告了噶尔丹，如果噶尔丹胆敢再侵犯喀尔喀，清廷就必将大举征讨。
多伦会盟
我国的蒙古族在清初分裂为三大部：外藩蒙古、喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古。
清太宗天聪年间（1627～1636年），清基本统一了内蒙古。崇德三年（1638年），喀尔喀向清王朝俯首称臣，献“九白之贡”。崇德二年（1637年），固始汗派使者向清纳贡，“阅岁乃至”，厄鲁特蒙古自此建立了与清王朝的臣属关系。
喀尔喀蒙古是元太祖成吉思汗十五世孙达延汗的后裔。达延汗死后，他的儿子大多数迁入内蒙古，按蒙古习惯，得由小儿子札赍尔浑台吉留守在原地，他统领的部被称为喀尔喀，所领万余人分为七旗，由札赍尔浑台吉的7个儿子分别统领。明朝末年，喀尔喀蒙古分裂为土谢图汗、札萨克图汗及车臣汗三大部，大致在东达额尔古纳河和呼伦贝尔，西抵阿尔泰山，南邻内蒙古，北面包括贝加尔湖直到石勒喀河的广大游牧地区。
清太宗崇德元年（1636年）清政府统一内蒙古之后，采取了“因其教不易其俗”的策略，得到蒙古各部的支持与拥护。崇德三年（1638年），喀尔喀汗也向清朝投表称臣，献“九白之贡”。
顺治三年（1646年），清军入关，没有更多精力兼顾北疆。车臣汗乘这个机会，诱使内蒙古苏尼特部腾机思等叛清。清王朝封多铎为扬威大将军，与承泽郡王硕塞一起率兵镇压叛乱。顺治五年（1648年），腾机思向清朝投降，车臣汗等亦上表请罪，叛乱平息，喀尔喀蒙古又派使者恢复与清王朝的朝贡关系。顺治十二年（1655年），喀尔喀蒙古汗及赛因诺颜部各遣子弟来朝，清廷在其地设八札萨克，将喀尔喀蒙古各部分为左右两翼。土谢图汗、车臣汗、赛因诺颜部属左翼，札萨克图汗单独组成右翼。喀尔喀蒙古与清朝政府的关系更加密切。
康熙元年（1662年），右翼札萨克图汗部发生自相残杀，札萨克图汗与罗布藏台吉额琳沁互相攻杀，札萨克图汗被杀。其兄绰墨尔根自立为汗，因未得到清王朝的同意，部众不服，大多投向左翼土谢图汗。康熙九年（1670年），清政府下诏废掉绰墨尔根，另立札萨克图汗的弟弟成衮继承汗位。成衮死后，子沙喇继位，与左翼土谢图汗矛盾日深。西北地区的准噶尔部逐渐强大起来，准噶尔部是厄鲁特蒙古之一部，游牧于巴尔喀什湖以东、以南的广大地区。康熙九年，准噶尔部发生争权夺利的内乱，首领僧格被杀。僧格之同母弟噶尔丹在西藏当喇嘛，闻讯赶回，他以达赖喇嘛的名义提出要为僧格报仇。他驱逐了僧格的敌人车臣台吉，杀掉僧格的儿子索诺木阿拉布坦，并把叔父楚虑尔乌巴什囚禁起来，这样他便消灭了所有竞争的对手，控制了准噶尔部。康熙十六年，噶尔丹出兵攻灭已移居青海的和硕特部，杀其部长——自己的岳祖父鄂齐尔图车臣汗。噶尔丹灭和硕特之后，“自称博硕克图汗，威胁厄鲁特蒙古其他部奉他命令行事，成为厄鲁特蒙古各部的霸主”。康熙十七年（1678年），噶尔丹乘维吾尔族地区内部教派之争，攻取天山南路叶尔羌诸部，西侵哈萨克、布鲁特等地，“尽执元裔诸汗”，迁居天山以北。噶尔丹还侵占哈密和吐鲁番，占据了河西走廊的西部，并对喀尔喀蒙古诸部的内部事务指手画脚。噶尔丹势力及其野心的增长，对清王朝的统一和边境安宁构成了极大的危害。
对准噶尔内部的事务，康熙并不干涉，他同意了噶尔丹的请求，允许他如其兄僧格旧例，“照常遣使进贡”，承认了噶尔丹在准噶尔部的领导地位。
但对于噶尔丹的吞并与攻略行动，康熙表示了反对。他主张各部之间和睦相处，不要发生争端；若发生矛盾应向上禀报，由朝廷“遣使评其曲直，以免生民于涂炭”。
噶尔丹野心勃勃，欲一统蒙古各部。遂利用喀尔喀蒙古左右翼间矛盾，企图引诱喀尔喀蒙古右翼归降他。同时他还勾结沙俄侵略者，欲图消灭左翼，从而实现侵占喀尔喀蒙古的野心。战争已近在眼前了。为避免喀尔喀蒙古分裂和自相残杀，康熙曾多方调解，最后建议双方会盟。康熙二十五年（1686年）康熙帝派理藩院尚书阿喇尼等，并邀达赖喇嘛使臣噶尔直西勒图，到喀尔喀主持会盟事宜。同年八月十六日，阿喇尼召集喀尔喀蒙古互相对立的左、右两翼的汗、济农、台吉等，在库伦的伯勒奇尔举行会盟。阿喇尼向与会众蒙古首领宣示了康熙帝谕旨：“尔等以兄弟之亲互相吞并，异日必致交恶生乱，朕心恻焉……尔汗、济农、台吉等，当仰体朕意及达赖喇嘛之心，尽释前怨，将兄弟人民各归本扎萨克，令其和协，照旧安居。”对康熙帝的谕旨，喀尔喀众蒙古首领等一致表示遵从，并一起在噶尔直西勒图及喀尔喀宗教领袖哲布尊丹巴胡土克图面前立下誓言。阿喇尼等又令两翼将互相侵占的台吉人民各归本主；济农、台吉等亦立誓，今后永远和睦相处。在这次会盟中将原设八旗析为十四旗。
噶尔丹为达到自己的目的，蓄意破坏会盟。康熙二十六年（1687年），噶尔丹借口会盟中，哲布尊丹巴对使者不恭，率3万大军控制札萨克图汗部，唆使沙喇进攻土谢图汗，并命其弟多尔济札卜领兵掠夺右翼人畜。土谢图汗在愤怒之中，贸然出兵击杀沙喇和多尔济札卜。噶尔丹以此为口实，于康熙二十七年（1688年），大举进攻喀尔喀左翼，在特木尔大败土谢图汗，直逼库伦。与此同时，沙俄也与噶尔丹相呼应，从乌丁斯克出兵。
噶尔丹发动兼并喀尔喀蒙古的战争，是与沙俄对中国的侵略相呼应的。沙俄在17世纪60年代占领了我国喀尔喀蒙古地区贝加尔湖至石勒喀河的大片领土，并妄图侵入喀尔喀腹地。对众蒙古王公贵族，沙俄极力拉拢他们，妄图把他们变成俄国的臣民，把其属下的居民变成向俄国提供实物税的属民，吞并他们居住的土地。噶尔丹成为准噶尔的首脑后，沙俄企图利用他作为侵略工具，把势力伸入喀尔喀蒙古及漠西蒙古等地。噶尔丹为了实现其吞并众蒙古的野心，不惜勾结沙俄，引狼入室。从17世纪70年代起，噶尔丹几乎每年都遣使赴俄。当噶尔丹发动对喀尔喀蒙古的战争时，沙俄侵略军也从乌丁斯克出动。噶尔丹侵入克鲁伦河地色楞额的英格特布哈等地的根敦戴青亦率“所属七百余户、四台吉及千余弓箭手，共三千余口”归附，康熙在接见他时“加恩授为扎萨克多罗贝勒”。清廷的政策吸引了失散在国内各地的喀尔喀蒙古人，同时也对流亡国外的喀尔喀蒙古部落产生了强大的吸引力。有些过去流入俄国的蒙古族，陆续回归祖国。三十年（1691年）车臣汗部车卜登属下千余户从俄国回归祖国，三十二年（1693年），土谢图汗部车陵扎卜等八台吉率领部下六百余丁，摆脱沙俄控制，迁入克鲁伦河畔的巴颜乌兰草原，与西卜退哈滩巴图尔一起游牧，康熙授车陵扎卜为扎萨克一等台吉，把他的部众编为四佐领。由于喀尔喀重新统一，并加强了内部团结，其实力进一步发展，在巩固边疆及抗击外敌的斗争中地位日益重要。
康熙二度亲征
噶尔丹逃回科布多后，一面收集残余力量，发展势力，图谋东山再起，一面派人去莫斯科，向沙俄乞求支援。噶尔丹于康熙三十年（1691年）起，多次派使者去沙俄活动。他给沙皇写信说：“我等与陛下一向是具有同一事业的兄弟，蒙古乃陛下我等之敌人，为了你我双方事业的成功，敬请陛下就兵员、火药、铅弹和大炮等一切作战之所需，给予至善的谕旨。”这一请求对沙俄来说求之不得，此后沙俄多次遣使会见噶尔丹，在沙皇俄国的支持下，噶尔丹的野心又迅速膨胀起来。与此同时，他给喀尔喀蒙古和内蒙古一些首领写信，大力煽动叛乱，挑拨各部与清朝的关系。为积蓄力量，恢复元气，噶尔丹在大草原上带兵到处抢劫，掠夺他部的牲畜及其他财产。他还杀害清王朝的官员，噶尔丹的行为与野心使大草原再次笼罩在战争的血腥气氛之中。
康熙三十一年（1692年）八月，噶尔丹派人在哈密附近杀害了前往策妄阿拉布坦的清使马迪等官员。不久噶尔丹又重新提出索要土谢图汗和哲布尊丹巴，并要求康熙帝把喀尔喀蒙古各部内迁牧民送还故地。并密派使者在内蒙古到处散发书信，煽动当地人民叛乱。康熙三十四年（1695年），噶尔丹率骑兵3万，沿克鲁伦而下，向漠南发起大举进攻，又燃叛乱战火。
康熙三十五年（1696年），面对噶尔丹的疯狂进犯，康熙帝决定再次御驾亲征。他命黑龙江将军萨布素率盛京兵两千，宁古塔兵一千，科尔沁兵四千，沿克鲁伦河进击，这是东路兵；西路，由费扬古统率蒙古兵从归化出发进击噶尔丹，以切断他的退路；康熙帝则统率大军出中路，从独石口迎击噶尔丹大军。五月，康熙率军到达拖陵布喇克。他派人到噶尔丹军中宣布皇帝敕谕，向噶尔丹指出清廷三路大军已到，但皇上因不忍见生灵涂炭，故希望与噶尔丹会面，以划界分治。噶尔丹对此置之不理。五月初七，清军侦探到噶尔丹的位置，康熙立即率兵从枯库车尔地方迎击噶尔丹。他亲率前锋兵在前，诸军依次前进，“兵威之盛弥山遍野，不见边际，整齐严密，肃然无声”。是日，清军在西巴尔台驻下，噶尔丹“乞暂缓师”，康熙清楚他另有图谋，便以“此地乏水”为由，拒绝了噶尔丹。次日，直趋克鲁伦河。克鲁伦乃兵家必争之地，康熙亲“率数人登高执圆镜远望”，观察地形，然后部署兵力。他派遣科尔沁土谢图亲王沙津、达尔汉亲王班第、喀尔喀车臣汗等率军“往据西方巴尔代哈山麓高处，佯作全军从此经行之状”，以引诱敌人。同时康熙帝亲率大军“争先据河”。噶尔丹对康熙帝御驾亲征之事并不相信，说：“康熙皇帝不在中国安居逸乐，过此无水瀚海之地，宁能飞渡乎？”后从康熙放回的厄鲁特人口中得知皇帝确实亲自率军作战，他又到北方孟纳尔山遥望清军大兵队伍行列规模“不似乌兰布通时”，方大惊失色说：