“是从天而降耶！”于是传令众人，放弃庐帐器械全军撤去。
康熙抵达克鲁伦，对各队领军大臣说：“噶尔丹若据克鲁伦河，我兵夺河交战犹稍费力，今观其不于此拒战，而竞逃窜，是自开门户以与我也。审其情形，肯定是连夜逃跑而去，当轻骑急追。”自五月初八至十二日，康熙以“疾驰莫惮追奔力，须使穷禽入网罗”的决心，率领清军将士追赶了五天，经克勒河溯流到拖讷阿林（拖讷山）。此刻，由于进军太快，军粮不继，康熙不得已决定，改由全部前锋军、满洲火器营兵及亲随护军组成一支精悍部队，每人带足二十日口粮，由刚授平北大将军的内大臣马思喀率领，继续追讨噶尔丹。康熙自出师以来，“不怀安逸，不恃尊崇，与军士同其菲食，日惟一餐，恒饮浊水，甘受劳苦”，一直挥军前进，有时因驻跸处条件不好，臣下们打算退几步重新设置皇帝的行幄，康熙也不答应。这次只因“西路兵及两路饷皆未如约而至”，他不得不安排轻骑前进，自率大队回军迎粮。他料定噶尔丹此次难以逃脱，“捷音数日内即到”。中、西两路大军距敌主力越来越近，清军已形成了对噶尔丹的夹击之势。
西路两支军队一路克服了粮饷难继、马匹倒毙等无数的困难，为加快行军速度，不得不中途汰除羸弱疲病兵卒，集中精锐兵士和粮食日夜行进。当两支队伍会师翁金后，清军将士得知康熙帝也在前线时，更加快了行程。五月初四兵抵土拉河（今乌兰巴托西南）。当全军刚刚行抵昭莫多，他们便遭遇了噶尔丹的先头部队。费扬古来不及布阵，立即命令将士各据险要，一万四千余清军在昭莫多布下擒寇的网罗。
昭莫多，蒙古语大树林之义。此地依水临山，森林丛集，地理位置重要，是克鲁伦河至土拉河的必经之地。当噶尔丹在窜逃途中听说清军两路兵马正全力赶赴昭莫多地时，噶尔丹异常担心会被阻击在昭莫多一带，那将是灾难性的。于是他催促他的部卒拼命前进，以抢占昭莫多一地，据险以遏清军。但他还是迟了一步，清军正在昭莫多等着他的到来。
清军刚进入阵地，噶尔丹军队便蜂拥而至，犹如一波狂涛袭来。想逃命的叛军一次又一次地向清军阵地发起冲击，小山岗前人喊马嘶，山林摇动。清军凭借有利地势，枪炮齐发，噶尔丹的叛军被毙伤无数。双方枪铳互射，昭莫多被笼罩在浓浓的烟雾之中。夕阳西沉，双方仍在拼杀。噶尔丹的亲信将领中有不少人已丧身于清军的炮火之下，而清军也有不少伤亡，双方胜负未分。
噶尔丹眼见与清军激战一个下午，也无法突破清军的阵地，便想利用黑夜的掩护，偷偷溜掉。但他的行动被清军发现了。清军宁夏总兵殷化行向主帅费扬古建议，偷袭噶尔丹后路。于是，费扬古便派出一支精锐部队绕过阵前，突然间向噶尔丹的背部发动猛攻。噶尔丹部顿时陷入混乱当中，在清军的两面夹击下，腹背受敌的噶尔丹全线崩溃。噶尔丹的妻子阿奴在混战中被杀，部众被清军击毙无数。噶尔丹见此情景，心知大势已去，便在心腹的保护下，夺路逃命而去。清军大获全胜。
昭莫多战后，噶尔丹已无路可逃，流窜于塔米尔河流域。为了彻底消灭噶尔丹反叛势力，康熙采取收抚降众、遏绝噶尔丹外援的策略，彻底地孤立了噶尔丹。噶尔丹之侄策妄阿拉布坦此时也遣使入朝，接受清朝的册封，噶尔丹已处于四面楚歌的境地，但他顽固不化，拒不接受清廷招抚。
康熙三征噶尔丹
康熙在第二次亲自征伐噶尔丹还没结束时，就已经开始准备第三次征伐的工作。诸如：派户部尚书兼属理藩院事马齐到陕甘一带，通往宁夏，于“并阅大兵所行之路”设立驿站；派副统领阿南达调查从宁夏及嘉峪关西路出兵，至噶尔丹盘踞的萨克萨特呼里克的道里远近。康熙三十六年（1697年）正月，大臣以及一些官员有些轻敌，劝说皇帝停止亲征。康熙觉察到形势的发展对自己有利，并且到处存在轻敌思想，所以，他多次说明亲征宁夏的原因和益处。他对大学士说：“览周士皇所奏，虽臣子之情当然，但周士皇未知其中之故”，正因噶尔丹“今穷困已极，故乘此机会，亲临塞外，酌量调度”。以前吴三桂的背叛，对之重视不够，没有迅速派遣充足的大兵，所以“吴三桂煽惑人心，遂至滋蔓”，后来“朕日夜绸缪，调遣大兵，几费心力，方得扑灭”。由此可见，如果不在噶尔丹处于不利形势之下及时征伐，以后必然会花费更多的物力、兵力，会有更多的困难。
康熙三十六年（1697年）二月初六，康熙第三次亲自率兵征伐噶尔丹，从京城出发，通过了山西大同，陕北的府谷、神木、榆林等地，由边外前行，三月二十六日抵达宁夏。
这在西北蒙古诸部中引起巨大震动。那些立场不坚定的台吉们觉察到自己已无力抗争，于是纷纷上疏请罪，愿意归顺朝廷，更有甚者还愿意与朝廷共剿噶尔丹，这正合康熙之意。与此同时，康熙帝调派两路大军进剿。一路由大将军费扬古率兵三千出归化，由昭武将军马斯喀率兵二千出宁夏，在郭多哩处会合（今蒙古人民共和国达兰扎达加德附近），然后北进；另一路由孙思克、博霁率西安、甘肃兵二千前往肃州，再由阿南达率领出嘉峪关，取道哈密北进。在一个月之内，康熙皇帝安排好运粮和调遣各路大军的事务。闰三月十五日从宁夏北上，半个月后，到达了狼山的南面，亲自送行宁夏一路兵。四月初七，在河套一带离岸登舟，沿黄河顺流而下。
康熙帝踏上归途，可他的心惦念着在无水无草的沙碛中前进的将士。他坚信这一次必胜，不会再有像克鲁伦河回撤的那种担心。他知道噶尔丹已是死期将至，数日内当有佳音传来。四月十四日夜，有消息传来说噶尔丹已死。康熙皇帝不敢相信，十分激动，迅速上岸，连夜亲自迎接送信的使者。十五日早晨，一小船自上游急驶而来。散秩大臣布克韬登岸跪呈大将军费扬古奏章，上面清清楚楚地写着：闰三月十三日，噶尔丹在阿察阿穆塔台地方“清晨得病，其晚即死，不知何症”。丹济拉等“携噶尔丹尸骸及噶尔丹之女钟齐海，共率三百户来归”。
康熙帝拿着奏疏，心情久久不能平静。近20年来，西北、北部边疆动荡难安，人民流离失所，时刻威胁着内地的稳定，引起沙俄对领土的觊觎蚕食，噶尔丹之罪是死有余辜。而八年平叛，无数将士饱经风霜雨雪，忍受着酷暑严寒的折磨，饥渴难耐，尝够了艰辛，甚至葬身沙海和战场。康熙帝自己也没有贪图安逸享受，三次亲自率兵征伐，每日分兵派将，“筹划储备兵马钱粮，无晷刻之闲。
在路也，晨则蒙雾露，昼则冒尘沙，口疲于诫诲，手胼于鞭辔，行数千里之外，以至于斯者，亦只以此孑遗之噶尔丹之故也”。心患已除掉，西北地区从此就稳定下来，“今紧要喜庆之大事，无有过于此者”，他当即给在京主政的皇太子胤礽写信，让天下所有的人都知道这一喜讯，与他共同分享胜利的喜悦。他激动万分，以至于出现“持笔不能成文”的现象。
康熙帝在黄河岸边对天叩拜，随后全体文武官员及兵士举行了庆贺礼。他下令命费扬古率兵到丹济拉处，让那些出征的部队马上撤回，把投降的人押回来。
马上的康熙帝，按辔缓行，对身边的太监说：“噶尔丹已死，各部皆已归顺，大事已毕。朕两岁之间三出沙漠，栉风沐雨，并日而餐，不毛不水之地，黄沙无人之境，可谓苦而不言苦，人皆避而朕不避，千辛万苦之中立此大功。朕之一生，可谓乐矣，可谓至矣，可谓尽矣。”五月十六日，康熙帝胜利归京。
名家回眸
对噶尔丹的征讨，在历史上意义深远。它扫除了漠北、西北地区一大不安定因素，社会秩序有所稳定，在不同程度上加强了清政府对喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古的统一管辖。不仅如此，其对加强边防、禁止他国入侵也作出了卓越的贡献。沙俄对我国蒙古族居住地区的侵略，寄希望于噶尔丹的配合。康熙平定噶尔丹叛乱，使沙俄失去了依靠力量，且团结众蒙古部落，使之成为抵御沙俄侵略的屏障。
我国着名史学家陈寅恪先生在评论这段历史时说：蒙古这个历史难题是从秦汉时的匈奴到明朝两千年来没有解决的问题，康熙把这个问题解决了，这是一个很大的历史贡献。
“前门进狼，后门进虎”——征战沙俄
沙俄犯境
沙俄在16世纪以前还是个欧洲国家，与中国并不接壤。16世纪下半叶，俄国人开始越过乌拉尔山向东疯狂扩张，于明万历四十七年（1619年），在叶尼塞河中游建立叶尼塞斯克；接着一路征服，于明崇祯五年（1632年）侵入勒拿河流域，建立雅库次克城。从此，俄国才与中国接壤。叶尼塞斯克、雅库次克也成为沙俄后来侵略我国黑龙江流域的两个主要据点。崇祯十六年（1643年），雅库次克督军戈洛文派遣波雅科夫等人，沿勒拿河支流阿尔丹河，进入我国领土之内，吞食我黑龙江流域的土地，中俄边界由此产生纠纷。
黑龙江流域自古就是中国的神圣领土。满族人的祖先肃慎、挹娄、勿吉、靺鞨、女真就一直在这片土地上生活。早在公元前11世纪，肃慎即向西周贡“楛矢石磐”，与中原发生了政治联系。汉朝时，肃慎又名挹娄，臣属于汉属国夫余，他们广泛地分布于黑龙江中下游、乌苏里江流域，以至太平洋海岸，他们活动的地区，都是汉朝的疆域。北魏时，肃慎改称为勿吉，据《魏书》记载，从471年到550年，勿吉年年向北魏、东魏朝贡。到了隋朝，勿吉被称为靺鞨，其着名首领度地稽率领部族移居柳城（今辽宁省朝阳），被隋炀帝封为金紫光禄大夫、辽西太守。唐朝时，中央政府开始在黑龙江及乌苏里江流域建立行政管辖机构。当时靺鞨分为黑水、粟末两大部，唐朝政府即在黑水部设立黑水都督府，在粟末部设立渤海都督府。以后，辽、金、元等朝对东北地区都行使管辖权，中国对其拥有主权。明朝兴起后，进一步加强了对东北地区的管理。从1403年到1409年，明朝政府继续统治松花江、嫩江、鄂嫩江、黑龙江、精奇里江、格林河、京海河、乌弟河和乌苏里江流域，并在那里设置了130多个卫所。明政府因奴儿干位置重要，故在其地设置奴儿干都司，以康旺为都指挥同知，王肇舟为都指挥检事，指挥机构设在特林，距黑龙江的入海口不远。明朝中央政府还先后十次派人视察该地，并在永宁寺竖立永乐、宣德两座石碑，石碑及其碑文明确显示了中国对这一地区拥有着无可辩驳的主权。
明朝末年，后金、清政权崛起于东北，经过努尔哈赤与皇太极的不断征战，黑龙江、乌苏里江流域各族先后归附，并向后金、清朝缴纳贡赋。索伦、萨哈尔察、虎尔哈、使鹿部、使犬部等，每年都要缴纳貂、狐、猞猁、海豹、水獭等的毛皮，其中貂皮是最重要的进贡物品。后金及清政权将黑龙江、乌苏里江的居民有的编入八旗，平时生产，战时出战，或者以村屯或氏族为单位将他们编入户籍，分户管辖。顺治元年（1644年），清军入关夺取全国政权后，设盛京总管管辖整个东北地区，包括外兴安岭一带。顺治三年（1646年），改总管为昂邦章京。顺治十年（1653年），清政府把盛京昂邦章京所辖的松花江、黑龙江、乌苏里江流域，包括库页岛和尼布楚等地，设置为单独的行政区，在原设的宁古塔副都统之上，增设宁古塔昂邦章京，以加强对这一地区的管辖。
明崇祯末年，沙俄派遣波雅科夫等人侵入我国黑龙江流域，我国东北的达斡尔族人民英勇地打击了入侵者，使他们的阴谋未能得逞。但沙俄殖民者并不死心，继波雅科夫之后，顺治七年（1650年），又以哈巴罗夫、斯捷潘诺夫为首，再次侵入我国黑龙江流域。这年年初，沙俄哈巴罗夫匪帮侵入鄂尔河口达斡尔族首领拉夫凯管辖区，但他们由于兵少力单，不敢前进，于四月返回雅库次克。六月沙俄侵略者得到增援后，再次侵入达斡尔族居住区。秋天，侵略者攻占达斡尔族首领阿尔巴札住地雅克萨。顺治八年，继续在黑龙江流域侵扰，六、七月间侵占瑷珲，屠杀达斡尔族人民多人。顺治九年（1652年）哈巴罗夫部沿黑龙江窜入朱舍里族和赫哲族居住地，大肆烧杀抢掠。赫哲人和朱舍里人奋起反抗，并向清朝驻宁古塔军队求援。四月三日，清宁古塔章京海色率600名清军在当地居民的配合下与沙俄入侵者在乌扎拉村激战，由于指挥失误，清军最后失败。但哈巴罗夫部也受到严重打击，向黑龙江上游撤退。
顺治十一年（1654年）初，沙俄叶尼塞斯克督军巴什科夫派兵侵入我贝加尔湖以东地区，占领尼布楚，由于当地蒙古族人、索伦人的奋起反击，被迫撤离，窜往黑龙江中游，与斯捷潘诺夫会合，在我黑龙江流域大肆烧杀。顺治十二年（1655年），清固山额真明安达礼率军与斯捷潘诺夫匪帮在黑龙江流域的呼玛城堡展开了激战，清军多次击败沙俄侵略者，但后来由于粮饷供应不上被迫撤退。顺治十五年（1658年），斯捷潘诺夫再率500人沿松花江而上，宁古塔昂邦章京沙尔虎达分乘船47艘，于松花江和牡丹江合流处包围俄军，击毙斯捷潘诺夫。同年，沙俄侵略者重占尼布楚。黑龙江流域各族人民和清朝驻军英勇奋战，于顺治十七年（1660年）全歼斯捷潘诺夫残部，肃清了黑龙江中下游地区的沙俄侵略者，但上游尼布楚仍被俄军侵占。康熙继位之后，俄国侵略军骚扰我边境。
康熙四年（1665年），俄国向中国发起了新的侵略扩张活动。他们一股军队南下占领了喀尔喀蒙古管辖的楚库柏兴，另一股东犯雅克萨。而且，俄国侵略军逐渐改变了入侵方式。17世纪50年代，俄军在黑龙江上采取的是骚扰政策。然而这一次，俄侵略军为避免孤军深入，采取了建立侵略据点、逐渐推进的方式。除尼布楚、雅克萨、楚库柏兴三个最重要的据点外，他们建立的小的侵略据点遍布于黑龙江中下游地区。他们修筑工事，建起堡垒；从据点派兵四处推进，不断建立新据点。他们以据点为掩护，四处骚扰我国索伦、赫哲、费牙喀、奇勒尔等各族人民，“构乱不休”“子女参貂，抢据殆尽”。虽然中国军民拼力抗击，但无法阻止俄军的侵略活动。这样，17世纪60年代以后，俄侵略军从贝加尔湖到黑龙江流域，在中国的广大土地上建立了殖民统治。
康熙亲政后，正面临着这一严重的边患。他深深地意识到，这是一大祸患。
此患不除，祖宗发祥地不安，而且侵略强盗得寸进尺，如不加制止，边疆将永无宁日，后果不堪设想。东北地区是清朝的发祥地，向来关内有事，从关外调兵，若不清除沙俄侵略者的威胁，这一机动作用恐怕将再也发挥不出来。因此，康熙把抗击俄国列为本朝大事。
康熙制策