与此同时，沙俄也强化了他们在东西伯利亚的大小城堡的力量。侵略军以尼布楚和雅克萨为据点，继续向我国的领土扩张，一路向东南精奇里江及其各支流推进；一路向南，进到额尔古纳河一带。对于俄国人对我国的侵略扩张，康熙帝极为关注，他曾于二十年（1681年）与俄方交涉，宣称：“尔等速撤回尔国人”“如不徙，则边境起争，我以众力，必驱尔徙，彼时悔无及矣”。但俄方对中国的严正警告置之不理，除继续盘踞尼布楚、雅克萨及精奇里江、额尔古纳河流域之外，又向黑龙江下游疯狂扩张。康熙二十一年（1682年），俄军竟渡过朱满（布列亚河）、恒滚（阿姆贡河），窜到黑龙江下游赫哲、飞牙喀猎人的活动地四处烧杀抢劫。到同年底，从黑龙江下游直到海边的中国领土上，遍布着沙俄侵略者的军事据点。中国对俄和平交涉不见成效，反侵略战争势不可免。但采取何种战略方针？清廷发生了激烈的争论。
确立方针
顺治朝，俄军侵略黑龙江流域时，清政府在进行抗俄战争中由于路途遥远、粮饷难以供应等原由，最后中途停止。后消灭俄国斯捷潘诺夫匪帮，肃清黑龙江下游全境，取得了反侵略战争的巨大胜利，但没有派兵戍守边境。很快，俄军又重占了清军收复了的土地。康熙深深汲取了这一教训，事先做了充分准备，决心长期驻守边境地带。康熙二十一年（1682年）九月，他命副都统郎谈、公彭春率人以捕鹿为名，到雅克萨刺探敌情，并对沿途水路交通做勘察。年底，郎谈等返回北京报告：“罗刹久踞雅克萨，恃有木城。若发兵三千携红衣炮二十具，即可攻取。陆行，自兴安岭以往，林木丛杂，冬雪坚冰，夏雨泥淖，惟轻装可行。水行，自雅克还至爱滹（瑷珲）城，于黑龙江顺流行船，仅需半月，逆流行船，约需三月，倍于陆行，但对于运粮饷、军器、辎重极为便利。”并建议等到明春天气转暖解冻之时，水陆克期齐发，攻取雅克萨。然而，康熙认为现在攻取雅克萨的条件还不成熟，应再做准备。同时他有更深远的考虑，主张调兵永戍黑龙江，乘合适时机进取雅克萨。他对议政王大臣们说：“第兵非善事，宜暂停攻取。调乌喇、宁古塔兵一千五百，并置造船舰，发红衣炮、鸟枪及演习的人，于黑龙江（旧瑷珲，今爱辉之南、江之东岸）、呼马尔（今呼玛县湖通镇）二处，建立木城，与之对垒，相机举行。”行军打仗必须解决军需供应问题，所以康熙指示：
从科尔沁十旗、席北、乌喇等地的官屯等处取军粮一万二千石，可支三年。军队到达后立即实行屯田，军粮接续当不成问题。另外，在黑龙江城（旧瑷珲）与索伦村之间设一驿站。部队将至精奇里乌喇（结雅河）时，由索伦人供给牛羊。
“如此，则罗刹不得纳我逋逃，而彼之逋逃者，且络绎来归，自不能久存矣。其命宁古塔将军巴海、副都统萨布素，统兵往驻黑龙江、呼马尔”。这是最初的戍守黑龙江的方案，实行中作过局部修改。
“永戍”不同于郎谈等建议的“攻取”。首先，康熙的目的在于建立军事基地，驻兵屯田，为战争做好准备。一旦时机成熟，必须开战，不必全部由内地运兵、输饷，黑龙江即能提供大量的兵源及给养，免蹈前朝因准备不周而致“粮饷不继”、半途而废的覆辙。其次，稳步推进，步步为营，防止贸然进攻。第一步是制止沙俄在我国领土上的进一步扩张，然后逐步将已侵入国土之敌驱逐出去。再次，攻克之后，不再是放弃不守，而是长期戍守，将反侵略战争与巩固边防结合，避免“我进则彼退，我退则彼进，用兵不已，边民不安”的历史重演，把反侵略战争的胜利永远地巩固下来，永除边患。在当时，这是一项英明的战略决策，但它却招致了强烈的反对。清政府部分高级官员养尊处优，已失去了先辈纵横驰骋的英雄气概，既慑于俄国强大，又畏惧黑龙江的路遥天寒，对“征罗刹之举，诸臣成谓地势最远，输饷最难，故皆不愿”。但康熙认为：征剿罗刹之役，“所关最巨”，故“不徇众见，决意命将出师，深入挞伐”。同样出于畏难情绪，有人主张速战速决，并反对驻守边境。前线统帅宁古塔将军巴海以“驻兵两地则势分道阻，难于防御”为由，反对在呼马尔驻军；又担心俄方听到消息后会大力支援雅克萨，使雅克萨更难攻取，因此主张：“宜乘其积储未备，速行征剿。俟船造毕，度七月初旬能抵雅克萨，即亲统大兵直薄城下，宣谕招抚。”
许多大臣对巴海的主张竟大加赞赏，而不管它只是个一时的短识之举。康熙于二十二年（1683年）四月初八降谕斥责说：“所议进征罗刹军务，殊为疏略。”
并以“将军巴海及副都统官兵又彼此不合”为由，令巴海留守乌喇，另任萨布素、瓦礼祜为副都统，带兵前往黑龙江戍守。议政王大臣等见康熙皇帝主意已定，才不得不表示赞同。但康熙也采纳了一部分合理的意见，部分修改了戍守黑龙江的方案。有人建议不驻呼马尔，而驻额苏里。他们说：“勘得黑龙江、呼马尔之间额苏里地方可以藏船，且有田垄旧迹。即令大兵建立木城，于此驻扎。”
康熙接受了这一建议。
与此相配合，康熙又与沙俄举行外交谈判，向俄方宣告大清帝国不惜一切代价收复国土的决心。二十二年（1683年）七月二十九日，经康熙批准，理藩院照会俄方：“前遣孟额德等曾与尔约，各毋收纳逋逃，并以先年逸去根特木儿归我。乃背前约，入我边地，扰害打虎儿、索伦，焚劫飞牙喀、奇勒尔。今故命将出师，永驻额苏里。”
永戍边疆
康熙二十二年（1683年），副都统萨布素率乌喇宁古塔兵1000人进驻额苏里。瑷珲、额苏里两地按原计划共驻军1500名，其中1000名去额苏里后，宁古塔就仅剩五六百人能去瑷珲了。康熙令增派打虎儿兵四五百，使派驻瑷珲的兵力亦达千人。这些士卒在第二年带着家眷出发了。两地共驻兵2000人，成为永戍黑龙江的主力。
康熙永戍黑龙江的具体部署是：“其在黑龙江（瑷珲）建城永戍，预备炮具船舰。在呼马尔设斥堠。自黑龙江至乌喇置十驿，驿夫五十人，遇有紧急，乘蒙古马疾驰。由水路陆续运粮，积贮黑龙江。”如果沙俄船只沿黑龙江进犯，“我舟师尾击甚易”。况黑龙江地势辽阔，照内地设立10个驿站，又易于安置家口。
这样，“则罗刹自穷蹙归诚矣”。这一年十月二十六日，清政府正式设黑龙江将军。康熙任命萨布素为首任黑龙江将军，礼部侍郎溢岱、工部给事中雅齐纳为副都统，下设协领、佐领等。黑龙江将军的设立对抗击沙俄侵略者、加强边防有极大的军事上的意义，而且它还对东北一地的开发建设有深远的意义。它与盛京将军、宁古塔将军（后改称吉林将军）为后来东三省的建置奠定了基础。
萨布素等到黑龙江后最主要任务是建设瑷珲城。瑷珲，因瑷珲河（今芒嘎河）而得名，旧城原在江东，在明代瑷珲称胡里平寨。顺治九年（1652年），俄军焚毁该地。康熙十三年（1674年），清廷派人在此建木城，由吉林水师总管暂行戍守。但那时该城规模很小，必须扩建才能满足长期戍守的需要。萨布素请求增派筑城兵丁。康熙二十三年（1684年）初，康熙令副都统穆泰率盛京兵600人，去瑷珲协助建城。扩建后的瑷珲城为方形，周长九百四十步，合四千七百尺，有五座城门。因该城地处江东，与内地联系很不方便，同年，又决定迁至下游右岸，在托尔加城旧址另建瑷珲新城。新城在规模上超过旧城，其内城与齐齐哈尔同，“排木为重垣，实以土，具雉堞之观，四门皆有楼橹。方一千三百步，高丈八尺”；为与地形相适应，新城与齐齐哈尔有别，“西南北三面，排木为外廓。方十里，南一门，西、北各二，东临江”。瑷珲建成后，清廷在那里驻兵屯粮，成为抗俄斗争的重要基地。
出兵东北，粮草供应极为关键，康熙为将大批粮草、军火和其他军需物资运往黑龙江，经过反复廷议，从康熙二十二年（1683年）三月起，建起了一条纵贯东三省的水陆联合运输线。它自南到北，共分四段：第一段，造船百艘，从巨流河渡口，溯辽河上游的等色屯（今吉林榆树县邓子村），在此二地修建大型粮仓，由奉天将军、大臣等监理，由盛京兵卫送。第二段，从等色屯至伊屯门（今吉林伊通县），此一段由蒙古族人负责，由他们用车运输粮食，并派兵护送。第三段，造船百艘，从伊屯门经伊屯河（今伊通河），沿松花江至与黑龙江交会处。留镇乌喇的副都统负责有关修建粮仓储粮以及运送粮食事宜。第四段，造船八十艘，溯黑龙江而上至瑷珲。疆界议定之后，康熙特派人从瀛台、通州间载米试运，又分别派人勘探辽河、伊通河，直到得到最确切的情报，认为可以运粮，才同意去制造运输船只，分别发运。其运粮水手的待遇非常优厚，第一段水手全来自民间征派，每人月给银一两，皇帝还特批“运米时，着将地丁钱粮悉行蠲免”。第三、四段水手，由乌喇、宁古塔兵丁、多余的壮丁、流放犯人和“八家猎户”充当，有运粮任务的猎户，允其“停猎”。这条运输线全长四五千里，成为沟通东北三省直抵瑷珲的运输大动脉。清军沿运输线路驻防，建造粮仓，黑龙江驻防部队的军需供应得到了充足的保证。
除了从全国各地征调粮食、购买牲畜供黑龙江戍守军队之需外，在康熙“我兵一至，即行耕种”的指示下，瑷珲、额苏里的驻军还大力实行屯田。清政府派侍郎萨海前往监督耕种，后又派马喇“督理家务”。屯田士兵中有许多不长于从事农业的少数民族，“索伦、达呼尔（达斡尔）不谙农事。康熙间，特遣部员，指挥其耕种，尝以郎中博奇课耕有法，禾稼大收，奉旨褒美”。
康熙二十二年（1683年），清廷开始在东北地区建立驿站。康熙派户部郎中包奇、兵部郎中能特、理藩院郎中额尔塞等前往。出发前康熙叮嘱他们：“此乃创立驿站之地，关系紧要。尔等会同彼处将军、副都统，询明熟识地方之人，详加确议安设。凡住驿人役及马匹牲畜需用之物并所食粮米，今岁耕种不及，须计及明年，多为储备。”康熙担心如果从雅克萨经额苏里再经黑龙江，一路传递情报恐怕会绕道而耽搁时间，令理藩院侍郎明爱率蒙古兵与索伦兵“酌自墨尔根（嫩江）至雅克萨设驿奏报军机，以免贻误”。后经反复勘测，确定情报传递路线为：从瑷珲西南翻越小兴安岭至墨尔根，由墨尔根沿嫩江到达齐齐哈尔再送至松花江北岸之茂兴。
从茂兴过江即是吉林至京之驿站。一碰到紧急军情，可从茂兴出发，由蒙古驿马飞马入喜峰口送往北京。八月十三日，包奇等奏：“自吉林乌喇城至黑龙江城，以五尺细丈，共一千三百四十里，应设十九驿。”康熙命令包奇等照此设驿站，并作了具体安排：“每驿设壮丁并拨什库三十名，马二十匹，牛三十头。壮丁自盛京、宁古塔所辖各驿、柳条边派出，马牛令盛京户部照数采买送往。”
为了保证东北戍守军队军需的供应，康熙帝采取了灵活多样的方式。康熙二十二年（1683年）六月，他令理藩院官员于户部支银四千两，购买大量的储备物质，把它们运送到戍守的城池，与当地居民交换他们的牛羊粮食。这种用商品交换筹集军需的办法，方便了边区人民的生活，一举两得。康熙还令靠近黑龙江的内蒙科尔沁十旗将进贡给北京的牛羊等物品都转送给黑龙江的戍军，仍按数“照进贡例赏赉”。同时驻守部队还通过打猎活动，为自己提供了大量的肉食。
第一次雅克萨战役之前，黑龙江驻兵缺乏肉类食品，恰逢数万只鹿下山觅食，“骑者驰射，步者攒击，及驾舟伐于江中，截获者计五千有余”，康熙闻讯十分高兴，认为是祥瑞的征兆。
永戍黑龙江，制止了驻雅克萨俄国侵略军向黑龙江中下游的扩张，为雅克萨等地区的收复奠定了基础。七月，由索伦族颦官博克率领的清军先头部队刚到额苏里，就包围了一支沿江而下前来侵略的俄国船队，俄军部分人跳水逃脱，清军俘获了36名侵略者及6只战船。附近的俄国侵略军听说清军部队到达的消息，便纷纷从他们的据点逃回到雅克萨等地。与此同时，黑龙江流域各族人民配合清军，纷纷袭击俄国侵略军。到二十三年（1684年）初，整个黑龙江中下游及其各条支流上的俄国侵略军据点都已被铲除。此时，康熙把目光投注到仍被俄国人侵占着的黑龙江上游的雅克萨和尼布楚。
名家回眸
康熙抗击沙俄的胜利，是中国人民在反击外来侵略者的斗争中获得的重大胜利，它有效地遏制了沙俄向我国继续侵略的步伐，保证了中国东北边疆领土的完整与安宁，保护了边境各民族的和平发展。
我国着名史学家王钟翰先生在评价康熙时说：论其武功，略可分为三个时期：初期（1670-1683），平定三藩，统一台湾，完成了长期以来人心所向的祖国统一大业；中期（1684-1707），遣兵驱逐了沙俄武装殖民者于黑龙江流域之外，三征准噶尔汗噶尔丹，扞卫了从东北横跨北部中国的辽阔边疆；末期（1708-1722），分军进驻青海、新疆，改立六世达赖喇嘛。上述所有的战役，对巩固东南海隅和北部边疆，维护祖国的统一有巨大的历史意义。