郑成功以热堡在一鲲身北端，北隔大港口以控制北汕尾岛；南接浅水有大小沙堆七座，以与本岛之喜树半岛相连；东濒汪洋浩瀚之台江；西临风涛汹涌之外海，地势既踞险制高，堡之四角又装有巨炮可资严守。必于东南北三面夹击之，更逼近以困之，方可克之。于是即于四月初七日乘潮水低退时下令水陆联合夹攻。
初七日拂晓，各军同时攻击，甲板船及战舰首遭攻击，荷兰战舰欲战无力，欲逃不得，对战不久，即焚者沉者各一艘，其余舰上军官兵幸得堡上炮火掩护，乘划遁入堡中。其不及逃者，非死于铳火，即为北汕尾船队所掳。荷兰在台之船舰至此悉为郑军所得。
成功之陆军自七鲲身北击六鲲身。荷兰守军不敌，逐岛北还至一鲲身，藉热堡炮火掩护，向郑军逆袭，郑军将士冒炮火突击，与荷兰兵肉搏，荷兰兵不敌，弃甲曳兵逃奔堡内，郑军追至堡下，乃于各要隘立寨堆土建垒，环栅挖壕以困之。一日之间，各岛屿皆入郑军之手，仅余热堡未下。
郑成功既围困该堡，以庶政急在抚民，乃遣人四出慰问华人及各土番。另方面命诸军在一鲲身筑土围长堤，以围热堡。四月二十四日（阳历五月二十三日）土垣围成，分装巨炮二十八门，一齐开炮向热堡轰击，更以四千官兵掘壕近迫堡下，因热堡坚，火力虽炽盛，一时不能下，乃继续围困之。
十月初，荷军以两巨舰夹小艇数只，自热堡北争夺北汕尾岛，用炮火掩护步兵二百余登陆。郑军水陆夹击之，大破其人员及船只。荷兰人遭此惨败，便采取消极防御，于堡周海岸构植木栅以防郑军。
5.台湾荷兰人投降。
荷兰台湾太守揆一坐守孤堡，弹尽援绝，堡内人人具有降意。有将军马笃尔德，不忍侨民遭受苦难，乃率之越城垣诣郑军降，备述堡中实况，请速攻之，以解倒悬。郑成功乃令宣毅前镇陈宣、右虎卫左协陈冲，以小船数十只，内装磺药及引火诸物，以推进焚烧敌夹板船。命黄信督水师攻热堡之东；刘国轩督陆军攻热堡之南，水陆各架巨炮二十尊以轰击堡垣之一点。于正月二十五日拂晓开始攻击，须臾堡垣破裂，碉堡亦坏，郑军乘势进攻，荷军抵挡不住，遂冲人堡中。荷兰人欲逃奔舰上，见各舰船已为郑军所烧，不得已乃聚守堡之西北角顽抗。
郑成功见荷兰人窘势，乃遣通事李仲往谕之曰：“此地非尔荷兰人所有，乃前太师（指郑芝龙）练兵之所。今藩主前来，是复其故土。此处离尔国家极遥远，尔等安能久乎？藩主动柔远之念，不忍加害，开尔一面。凡仓库不许动擅，其余尔等珍宝珠银等私积，悉听载归。如执迷不悟，明日环山海悉用油薪硫磺积垒齐攻，船破城毁人尽，悔之莫及矣。”
荷兰官兵自知不敌，遂请停战五日，至期出降，成功许之。荷兰人遂降服而退出台湾。
（四）战略评论
1.郑成功东征战略。
郑成功自进攻南京失败后，以金门、厦门地狭逼处，不足以为反清复明基地，乃策定东征台湾，开辟新基地，其眼光远大，目标正确，堪称雄略独到。如果天假之年，当可收复吕宋，混一南洋，以海上势力与满清长期周旋。
台湾本为中国故土，明中叶后为防海盗，始迁台民而墟其地，视为荒岛而弃之。郑芝龙等自日本逃来，遂据台湾以组织其水师。后受明室招抚，为明守御海疆，防制荷兰人、西班牙人侵寇，为闽浙沿海的唯一海防军。荷兰人乘明清作战之际，进占台湾视之为殖民地。郑成功如于北伐中取得南京，当以全力恢复明朝，亦将无暇于收复台湾失地。明朝失地，郑成功为明朝恢复之，以用为复明基地，其在台湾之明朝子民，向祖国报告红毛贼掠台湾及凌辱危害中国人实况，乃理所当然事。故郑成功之力排众议，主持东征，在战略上见先机，亦因系完全中国人对外寇作战有其必胜信念也，非比其与清作战，汉奸遍地，多存改朝换代的传统观念。
郑成功对台湾实行海禁，为其东征之先声。以现代语言之，可谓之日经济封锁战。在台荷人所图者为海上贸易。今以海禁扼绝海上交通，使台湾生产物资不能运出，所需物资不能运入，则台湾成为死地。使在台荷人不得不递国书，贡方物，求开海禁，是成功政略的第一步成功。何斌鉴于郭怀一武力对抗荷人的失败，乃竭力运用郑成功恢复台湾，救民自救，是其用智强于用力处。彼知郑军所缺者惟钱与粮，特以台湾多钱多粮为词，以引动郑军必来东征。然后更为之准备进军道路及军用地志，俾能顺利得手，是台湾的光复，多出于何斌善为运用之力。成功览其图而有：东方扶余”的兴趣；诸将见其模型而能进退出入如指掌，此作战的必胜准备。荷兰人闻怒潮而疑为千军万马；见炮垒阴暗，而不禁呻吟叹息，众情疑惧，此作战的必败现象。终于民间谣言四起，迫使荷兰太守向巴达维亚无故请援。及援军既到，久无作战迹象，又遣使至郑军探其虚实，情怯多疑，徘徊不定，致令援军撤走，束手无策，此必败之象。皆是孙子所谓：“兵者诡道也，故能示之不能，用示之不用，近而示之远，远而示之近，利而诱之，乱而取之，实而备之，强而避之，怒而挠之，卑而骄之，佚而劳之，亲而离之，攻其无备，出其不意。”因此，郑军东至澎湖，即能迎风而东直抵鹿耳门外，待潮升至丈，得以从容进入台江，一战而破其海军舰队，再战而攻取普罗文查城，遂即进围其基地热兰遮堡，取得台湾全部地面。
2.决策东进，战略正确。
郑成功转变战略，收复台湾的决策，在当时并非多数人所能理解，实施的阻力很大。不仅其部属中有人“颇有难色”，就是他的至友张煌言等也竭力反对。张煌言认为当时情况已转化为对郑军有利，不应东进攻荷，而应北进攻清。甚至批评郑成功收复台湾“生既非智，死亦非忠”，“纵偷安一时，必贻笑千古”。张煌言坚持抗清，最后被俘不屈而死，是一位很有气节的抗清人物，值得尊敬。他急于恢复明朝统治的心情也可以理解，但他对当时形势的分析和对郑成功的批评，则不符合客观实际，也不够公平。
首先，郑成功收复台湾，决不是违背初志，为了偷生而逃走，仍然是抗清复明的继续。他在澎湖时向部下的庄严声明可以作证。他宣告说：“本藩矢志恢复，念切中兴。前者出师北讨，恨尺土之未得；既而舳舻南还，恐孤岛之难居。故冒波涛，欲辟不服之区，暂寄军旅，养晦待时；非为贪恋海外，苟延安乐。”（《台湾外记》第158页）
其次，根据当时的战略形势，郑成功不仅无力再度北进，即欲仍以金厦为根据地也难以持久。战争是敌对双方的生死斗争，各自发挥自己的主观能动作用，力图使局势变得有利于己。但决定战争胜负的各种因素不断消长变化，当时西南战场上，永历帝已逃入缅甸，李定国军仅少数残部处于中缅边境一隅，已无所作为；原在川、陕、鄂交界处的夔东十三家军，两攻重庆均告失败，此时也失去了主动出击的能力。郑军孤军北伐，成功的可能性就很渺茫了。至于清统治集团内部的矛盾，不过是集权过程中的一种表现，并不影响大局，更非当时的主要矛盾。就以漳泉地区来说，因连年作战，已十室九空，失去了战略资源地的作用。加以郑军经过南京战役，兵力、物力都损耗极大，如不东取台湾，建立新的根据地，清军若调集兵力再度来攻，则近海的金厦二岛，也难持久。
再从经济、政治情况上看，当时与郑成功起兵之初的紊乱情况已大不相同。战争性质开始变化，抗清复明的旗帜，对人民已没有多大的号召作用。清朝统治集团接受了明朝复灭和农民军及各地人民英勇抗清的教训，开始改变初人关时的民族高压政策，采取了一些缓和民族矛盾、阶级矛盾和发展生产的措施，从顺治元年（1644年）七月，开始根据不同情况减免部分田赋；实行召徕流亡、开垦荒田的政策；遭到战争严重破坏的社会经济，随着战争逐渐减少而慢慢恢复；广大人民希望能安定地进行生产、生活，他们对战争已经厌倦。各地起义抗清的斗争，均已转入低潮。
郑成功掌握局部政权和指挥作战已历多年，对当时的政治、经济、军事形态当然有深刻的理解。他力排众议，坚决东进的决策是正确的。何况从历史角度、从客观效果看，郑成功收复台湾，保障了中国的领土完整，促进了台湾的开发和发展，使我国沿海地区免受西方殖民者的侵扰，对清初社会经济的恢复和发展起了积极作用，也为尔后玄烨统一台湾创造了有利条件；并为亚洲人民反殖民斗争取得了第一次大胜利，鼓舞了东南亚各地人民的反殖民斗争，在一定程度上阻止了西方殖民势力的东进，具有深远的历史意义。
3.登陆作战指导正确。
荷兰是当时最强大的殖民国家，在武器装备上较郑成功的部队占很大的优势，又是以逸待劳、依托城堡进行防御作战。郑军能否获得登陆作战的胜利，对于完成整个战略计划有很大影响。郑成功在战役开始前作了充分的准备：掌握了敌情、地形，了解了风信潮汛，征集了向导，布置了内应，并以“用而示之不用”的手段写信麻痹敌人。然后选择有利的作战时机，有利的进军航路，有利的登陆地点，“攻其无备，出其不意”，“批亢捣虚”（《孙子兵法》），“违害就利”，以突然袭击一举登陆，并立即切断荷军联系，完全掌握了战场主动权。应当说郑成功的战，殳指导是相当高明的。
郑军登陆后迅即占领赤嵌市区和热兰遮市区，控制了粮食仓库，解决了当时最迫切的军粮问题，这对尔后的作战，影响甚大。“用兵制胜，以粮为先”，荷军司令考乌曾说：“国姓爷如果没有从该地获得如此大量粮食，其军队就会因饥饿而崩溃，或者不得不被迫撤退。”
4.围城待降，失之消极。
郑成功强攻热兰遮城受挫后，立即改变为围困的决心是正确的。但也有不正确的一面。首先是又重复了南京战役的错误，“围而不严，封而不死”，没有切断城内荷军与海上的联系。荷援军八月到台时，竞可毫无阻碍地给城中补充军需、运出伤员，并联合进行反击。其次，在战役上采用了单纯的围困，没有组织积极的进攻战斗与之配合。如果早日实施后来荷军投诚军曹的建议，“充分利用围城内普遍存在的惊慌情绪和疲弱状态，不仅封锁，而且要用连续的攻击来彻底疲惫敌人，使其完全绝望”，则胜利可能来得更快一些。
二、康熙统一台湾
郑成功收复台湾的政治目的，是建立新的抗清根据地，待机反攻大陆，恢复明朝，统一中国。但他于收复台湾的第二年就抱恨死去，没有达到他的政治目的。郑成功收复台湾之时，正是清朝第二代统治者爱新觉罗·玄烨登基之年。康熙皇帝是一位具有雄才大略的政治家，自幼雄心勃勃，力图有所作为。为了巩固清王朝的封建统治，他认为“天下大权，当统于一”（《清圣祖实录》卷二七五），非常重视国家的统一和领土的完整。康熙二十三年（1684年），终于统一了台湾。玄烨即位到统一台湾，经过了漫长的二十二年，其间随着形势的变化，清统治集团对台湾郑氏政权的战略重点，曾数度变化，军事进攻与政治招抚交互使用。在军事进攻方面，迟疑犹豫，决心不强，直到平定“三藩之乱”后，玄烨才下定决心，排除干扰，采用军事进攻与政治招抚同时并用，而以军事进攻为主的战略决策，胜利地完成了统一台湾的大业。
一、三藩之乱前清朝对郑氏政权的战略
（一）“因剿寓抚”的方针和攻取金厦
清军进攻金、厦被郑成功在海上击败之后，自度舟楫非己之长，不肯再以八旗部队渡海作战。在战略上由军事进攻改为经济封锁。将八旗主力尽撤回京，而以耿继茂所部和福建绿营兵防守沿海港口，用郑军投诚人员房星烨之策，命户部尚书苏纳海至闽迁海，迁居民之内地，离海三十里，村社田宅，悉皆焚弃”，筑短墙，立界碑，拨兵防守，出界者处死。这种消极的单纯封锁，除了使人民受灾而外，对郑军来说，不仅未能奏效，在当时条件下，反而为郑军增加了劳力资源和后备兵源，因迁界而失去家园的闽、浙居民附舟师来归，烟火相接，大批逃往台湾。
郑成功死后，郑军内部矛盾加剧，“人心解散，镇营多叛”，福建清军认为有机可乘，多主张变消极封锁为积极进攻。例如原郑军投诚将领黄梧上疏说：“郑经有伪总兵四十，断不宜招抚。彼众贼心未定，又未纠合完备，当应趁其慌乱犹豫之际，神速进兵剿灭之，如待其羽翼丰满，声势肆张之时，则又一郑成功矣。”（明安礼达等《题复海澄公黄梧密陈进攻厦门机宜事本》）
又如原郑军投诚将领施琅上疏说：“海贼情形，今非昔比，郑成功已死，而郑经乃一顽童，难于成事……伪官兵各怀二心，未必顺从。自严敕边民内迁立界以来，其与贼私通接济者日少。……力竭穷蹙，每闻风声，慌乱不堪……若不趁此良机而取之，致失机缘，必将贻误谋略非浅。”（同上）
当时西南李定国部已被消灭，夔东十三家军也正在巫山、巴东一带被清军围攻，接近被歼，清廷认为有可能将战略重点移向东南，同意黄梧、施琅等的判断和建议，决心采用“因剿寓抚”的战略方针，命令福建清军“审度形势，详筹机宜，相机进剿”。康熙二年九月间，荷兰远征舰队司令波特率战舰十六艘，士兵二千六百余人，侵入泉州港，清靖南王耿继茂与福建总督李率泰等议定，竟联合荷兰殖民军协同进攻郑军。荷兰殖民军企图消灭郑军后再度侵占台湾，当然愿意插手于我国内战。十月二十日，清军发起进攻，其部署是：陆路提督马得功率郑军投诚部队郑鸣骏、杨富等部及荷舰队一部出泉州港；水师提督施琅与黄梧率各该部出海澄港；耿继茂所部与荷兰舰队主力出同安港；同时向厦门进攻。郑经率周全斌、黄廷等部出海迎战，两军在金门海上激战一日，郑军船多损坏，遂放弃金、厦，退守铜山（今福建东山岛）。
（二）“寓剿于抚”的方针使郑军瓦解
清军攻占金、厦后，乘郑军士气低落、众心离散之际，改用“寓剿于抚”的方针，开展大规模的政治攻势。兵部、户部均派满、汉郎中各一员长驻江、浙、闽、粤四省，对郑军进行招抚。规定武将率部投诚，按原衔、原职授官；个人单独投诚，降四级任用，有立功表现者则只降两级；并规定武将可改任文官，以利于安置；士兵来归者，愿留军中补缺给饷，愿归农者则交地方安插。当时郑军中不少人已看出清朝统一全国之势已成，继续抗清没有出路，加以军事上的失败，大批郑军向清军献岛投诚。
郑军精锐，损失殆尽。郑经被迫放弃沿海诸岛，率残部撤回台湾。