董卓的暴行引起了全国官民的一致愤慨，天下群雄并起，讨伐董卓。董卓认为只要弘农王刘辩还活着，就给天下人留下一线希望。于是，董卓把刘辩安置在内宫阁中，派郎中令李儒给他送去毒酒。18岁的刘辩万般无奈，只得与夫人唐姬以及宫女们洒泪诀别，大放悲歌道：天道易兮我何艰！弃万乘兮退守藩。逆臣见迫兮命不延，逝将去汝兮适幽玄。遂悲愤地饮下毒酒。
董卓多行不义，积怨甚多，许多人都在寻找机会除掉他。他自己也深知不得人心，时刻警惕防范，加上他的义子吕布武力超群，经常跟随在他的身边护卫，所以人们对他很难下手。
司徒王允平时曲意取容，凡事多告知董卓才施行，董卓对他没有嫌疑。其实王允是让董卓不加提防，暗地里却在设法除去董卓。也是碍于吕布，一时难以接近，王允遂决定先从吕布打开缺口。
公元192年，司徒王允用离间计，挑拨吕布与董卓的关系，借吕布之手除掉了董卓。
董卓和吕布的反目成仇，是董卓被杀的关键因素，据史料和《三国演义》记载，这里有一个关键人物起到了决定性的作用，她就是历史上有名的四大美人之一——貂蝉。
貂蝉是东汉末年洛阳的一名歌妓，她长得明眸皓齿、玉骨冰肌、秀外慧中，堪称人间的绝色。传说她的容颜月亮都羞与比拟，只要貂蝉出来，月亮就会躲到云彩的后面不敢与她争辉。“闭月羞花”的“闭月”即指此意。后来，貂蝉流落到司徒王允的府中，王允对她十分照顾，像自己的亲生女儿一样看待。
为了帮助王允为国除奸，她自愿献出身体，通过自己的姿色周旋在各派政治人物之间，倾倒了众多英雄豪杰。参与了许多重大的政治斗争，是一个举足轻重的角色。她用“连环计”离间董卓和吕布，致使吕布父子反目。最后借吕布之手，诛了董卓。
据说，董卓临死的前一天夜里有十几个小孩子，在城东唱歌：“千里草，何青青？十日卜，不得生！”这是个字谜，其意是“董卓十日必死”。有人传报董卓，董卓不以为意。
第二天清晨，甲士毕集，吕布也全身甲胄，手持画戟，守候在门前。骑都尉李肃入内请命，吕布与李肃打了一个照面，以目示意，李肃会意，匆匆径入。原来吕布与李肃要同谋诛董卓。
又过了一会儿，董卓内穿铁甲，外罩朝服，缓步出来，两旁的护卫兵士夹道如墙。吕布跨上赤兔马，紧紧相随。忽然前面有一个道人，手执长竿，竿上缚着一块布，布两边各写一个“口”字，嘴里不停说：“布！布！”董卓虽觉诧异，但以为陈兵夹护，自府中直至阙下，防卫周密，谅无他虞。将至北掖门前，马忽然停住，昂首长嘶，董卓至此也不禁怀疑，打算折回。吕布说：“已至阙前，势难再返，倘有意外，有儿在此，还怕什么？”说着便下马扶车，直入北掖门。卫兵多在门外站住，只有吕布驱车急进，忽见李肃突出门旁，持戟直搠董卓，董卓重甲在身，戟刺不进；李肃移刺董卓的颈项，董卓用手臂一遮，腕上受伤，仰倒在车上。他大呼李肃因何对自己痛下杀手。吕布在身后厉声说：“有诏讨贼！”董卓怒骂：“庸狗也敢如此！”话未说完，吕布一戟刺入董卓咽喉，枭取了首级。吕布从怀中取出诏书，向众宣读说董卓大逆诛夷，余皆不问。于是董卓吏士的骚动渐渐平息。司徒王允使吕布回抄董卓家，又令御史皇甫嵩率兵往屠郿坞。吕布跨马急去，驰入董卓府内，所有董氏的姬妾，一概杀死，只留下一个貂蝉，载回私第。
董卓死讯传出，人心大快，士卒皆呼万岁，大街小巷，黎民百姓载歌载舞，长安城中士女欢呼雀跃，置酒相庆。董卓尸体放在街上示众，后被烧成灰烬。董卓死后，皇甫嵩攻郿坞，杀董曼，从郿坞中搜出藏金二三万斤，银八九万斤，锦绮奇玩珍宝堆积如山。
李傕、郭汜的“战利品”
董卓的死，给献帝登上政治舞台提供了一次绝好的机会。刘协命王允录尚书事，晋升吕布为奋威将军，二人共同主持朝政。
应该说，王允是个正直忠义、疾恶如仇的人，但他缺乏政治经验，缺少对现实政治合理的思考与判断。诛除了董卓，他理应分化董卓余部，瓦解敌军，稳定民心，但他却不断打击，一味株连。董卓被诛杀后，其部下将士散在关东一带的人数还很多，他们大都是凉州人。王允开始想悉予赦免，后来又犹疑不决，于是谣言四起，说朝廷要尽杀凉州人。这就使形势发生了变化。董卓的部将李傕、郭汜等都是凉州人，他们曾派人到长安请求朝廷赦免，王允都没有同意。迫不得已，他们向长安进发，一路上收拾残兵，共达十余万人。他们号召将士造反，声称要为董太师报仇，从关东杀入关中，沿途凉州兵纷纷参加。王允等人并无兵力，只靠吕布。
公元192年5月，李傕、郭汜所率凉州兵攻入长安，聚众至十余万，吕布率兵扼守，彼此相持8天不下。后来吕布部下发生兵变，李傕等攻入城内。李傕、郭汜杀掉太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀及兵民死者万余人。吕布率残部出武关，投奔袁术。王允被杀。
献帝又被车骑校尉李傕、后将军郭汜和樊稠劫持，三人共同秉政，张济将兵镇弘农。公元194年，献帝行冠礼，改年号为兴平。不久秉政三人发生冲突，先是李傕杀了樊稠，再在长安城内与郭汜兵刃相向，互相攻击。一连打了几个月。
这一年，天大旱。真是天灾人祸，百姓涂炭。长安城内谷一斛值钱30万，人相食。献帝令侍御史侯汶开仓济民，饿死者如旧。献帝怀疑侯汶作弊，于是亲自检验，用米、豆各5升于殿熬粥，竟有两大盆之多，和平时大不相同，轻而易举地弄清了侯汶的假公济私。结果是侯汶被当众杖责五十，很多饥民得到了及时赈济。
李傕在与郭汜的争斗中暂时取得了主动，他先派侄子李暹率数千人马胁迫汉献帝出宫，然后纵兵入宫，大肆抢劫。之后又放了一把火，把宫阙焚烧殆尽。献帝派太尉杨彪等几位大臣到郭营中调和，郭汜反而扣留了几位大臣。杨彪愤怒地说：“君臣共斗，一人劫天子，一人质公卿！”这反映了社会的动乱，也可见献帝的遭遇，他不过是李、郭争斗的一种工具而已。
后来，杨定、杨奉、董承等护卫着献帝逃离李傕、郭汜的围追堵截，其间段煨、张洛还曾想方设法劫走献帝。杨奉、董承护驾边战边走，在弘农、陕城间得河北将士和南匈奴右贤王的援助，献帝经过千辛万苦，历时近半年，才逃到安邑，这已是兴平二年（公元195年）十二月。
第二年七月，献帝才在董承、杨奉、张杨、韩暹等人的保护下回到了洛阳。这时的洛阳城，经董卓的毁灭性破坏，宫室烧尽，一片瓦砾，满目荆棘，人丁无多，一片荒凉。在洛阳的几个月里，汉王朝的宫廷只能在城西残留的、原大太监赵忠那座勉强有四壁的、破落院子里临时办公。刘协拜张杨为大司马、杨奉为车骑将军、韩暹为大将军，让他们跟董承、杨彪共同执掌朝政。这样，汉献帝和他的小朝廷总算暂时安定下来了。汉献帝下诏向各地征调粮食，各地的军阀都忙着打仗，对诏令置之不理。张杨从河内调来一批粮食，数量太少，也无济于事。因此，公卿大臣自尚书郎以下，都必须自己去城外采摘野菜充饥。他们与饥民、乱兵一样，你争我夺。但是，刘协非常喜欢这样的生活。因为只有在残破的洛阳，他才是真正的皇帝，可以独立自主地发号施令。这样的感觉是刘协梦寐以求的，尽管他的命令只在小小的洛阳城内部有效。为此，刘协正式改年号为“建安”。
曹操的“工具”
随着军阀混战的愈演愈烈，汉献帝的政治作用似乎越来越大了。建安元年（公元196年），袁绍谋臣沮授曾劝说他，如果能“西迎大驾，挟天子而令诸侯”，就会收到没有谁“能御之”的功效。
而曹操更是早有此识。公元191年，曹操做东郡太守不久，皇室刘邈在献帝面前称赞曹操忠诚，曹操为此十分感激。初平三年（公元192年），治中从事毛珓向他建议：“今天下分崩，乘舆播荡，生民流亡。公家无经岁之储，百姓无安固之志，难以持久。夫兵义者胜，守位以财，宜奉天子以令不臣，修耕植以蓄军资，如此则霸王之业可成也。”
此言深得曹操之意。
曹操的很多幕僚们也认为，应该迎接困居在洛阳的皇帝，拯救形势危如累卵的朝廷。当然，也有人反对说，为什么要搭理那个只能算作是洛阳县令的倒霉小皇帝？曹操明智地决定，迎接皇帝，挟天子以令诸侯。一个“挟”字，决定了刘协后半生的命运。
这时，在洛阳的董承因韩暹自恃有功，专横跋扈，内心十分不满，但又无力对付，于是暗中召曹操进京。曹操得到这样的机会，自然十分高兴，于是立即亲率部队赶到洛阳，朝见献帝。曹操上表请治韩暹、张杨的罪，韩暹自料敌不过曹操，急忙单骑逃出洛阳，到梁县投奔杨奉。献帝因韩暹、张杨在东迁途中“护驾”有功，下令不再追究。