第二天，李隆基下令关闭宫门和长安城诸门，分遣万骑，搜捕韦氏党羽，韦温、宗楚客等皆被杀。从唐朝开国起，韦氏就是长安的名门大族，在京城南侧的杜曲韦曲（今陕西长安县）一带，尽是韦姓之人。在清查韦氏余党时，“崔日用将兵杜曲，诛诸韦略尽，绷子中婴孩亦捏杀之。诸杜滥及者非一”宅当局势稳定下来后，李隆基听从刘幽求的建议，赦免韦氏支党，以安定人心。“逆贼魁首已诛，自余支党一无所问。”在李隆基率军攻入宫中时，上官婉儿亲自拿着灯笼，带领宫中从人迎接；并把她起草的中宗遗诏的底稿拿出让刘幽求看。刘幽求替她向李隆基求情，李隆基没有答应，下令将上官婉儿在旗下斩首。
兵变成功后，刘幽求求权心切，提出“何不早定”相王为帝，李隆基制止了这一鲁莽举动，名义上仍然尊少帝李重茂为帝，采取的措施在表面上只不过是“迎相王，辅少帝”而已，但在实际上，韦氏党徒已被殄灭，相王和李隆基掌握了实权。相王一“辅政”，就册封李隆基为平王，牢牢控制了禁军。太平公主直接参与政务，其子薛崇简被封为立节王。政变的功臣钟绍京守中书侍郎，刘幽求为中书舍人，把持了发布政令的中书省。相王登基，只是一个时间上的迟早问题。
在太平公主的极力主持下，相王很快就成了名副其实的皇帝。六月二十三日，太平公主传来了少帝的旨意，请让位于相王。至于少帝是否心甘情愿地让位，那只有天知道了。李隆基的地位也同时发生了变化，任殿中监，同中书门下三品，成为堂而皇之的宰相。六月二十四日，在太极殿正式举行传位仪式，少帝坐于御座，相王立于中宗灵枢旁。公主冲着少帝问道：“皇帝欲以此位让叔父，可乎？”刘幽求等大臣跪奏拥护，公主就不耐烦了，直接把少帝从御座上提了下来，说：“天下之心已归相王，此非儿座！”。李隆基主持的政变，经太平公主之手，划上了一个完满的句号。
据正史记载，政变过程中相王并不知情，取得成功后，李隆基才去谒见相王，“谢不先启请之罪”。而相王也把全部功劳都归于儿子，说：“宗社祸难，由汝安定；神祗万姓，赖汝之力也。”“有大功于天地，定阽危于社稷。”史书把政变成功的功劳归之于李隆基，“原因与唐之建立归功于太宗相似”，“与他的祖父一样，玄宗也亲自插手干预了他这一时期的历史，以确保任何史料都不能与这种官方解释有矛盾”。但是，这种观点，由于史料证据不够充实，逻辑推论的成分远远大于史料记载的成分，所以，并没有在中国史学界得到多数支持。
认为政变主谋不是李隆基的观点，作为逻辑推理的结论，存在着一个很大的漏洞，即李隆基为什么能当上太子？另外，李隆基发动的玄武门之变和他的祖父唐太宗发动的玄武门之变，有一个很大的区别，就是李隆基的玄武门之变中诛灭的是韦后，而唐太宗的玄武门之变中诛灭的是自己的弟兄。所以，唐太宗在登基后利用修史抹杀他的兄弟在建国中的功绩，特别是李建成的功绩，具有合乎情理的动机。而李隆基在登基后，如果要抹杀他的姑母的功绩，动机上的必要性不足。更重要的问题在于，如果李隆基不是政变的实际领导人，那么，他的太子位置就元法得到，政变成功后“以功建储”的做法就没有依据。显然，不论是从大量的史料来看，还是从李隆基能够按“以功建储”的原则当上太子的事实推论，人们还是普遍认为，政变是李隆基发动与领导的。否定这一点，就无法解释李隆基为什么在政变后能成为政务的实际主持人，也无法解释嫡长子李成器在政变后对太子位置的推辞。不论怎样说，尽管太平公主对于政变的成功有着十分重要的作用，但李隆基在政变中的功绩是不容否认的。
睿宗当上皇帝后，面临的第一个问题，又是困扰了唐王朝多年的继嗣人选问题。从武则天开始，立嗣往往是政治斗争的起源之一，甚至往往是引发政变或叛乱的导火线之一。因此，睿宗对自己的继嗣人选采取了格外慎重的态度。按照古代立太子“立长不立贤”的惯例，太子当非成器莫属；而论政变复唐之功，则除隆基更无他人。对此，睿宗和皇室宗亲以及大臣们协商了三天。“时将建储贰，以成器嫡长，而玄宗有讨平韦氏之功，意久不定。”在大臣们的拥戴下，在李隆基兄弟之间的推让下，确定以平王李隆基为太子。
在商议立太子的过程中，追随李隆基发动政变的大臣们起了重要作用。特别是刘幽求，是主张立李隆基为太子最积极的一个。他直接对睿宗说：“臣闻除天下之祸者，当享天下之福。平王拯社稷之危，救君亲之难，论功莫大，语德最贤，无可疑者。”刘幽求等人的拥戴，实际上意味着李隆基的羽翼已成。作为皇帝，睿宗必须考虑这一因素。
睿宗的继嗣问题得以顺利解决，与李隆基兄弟之间的和睦相让也有一定关系。从小到大，李隆基兄弟之间的关系一直比较融洽。不论是在东都还是在西京，他们弟兄五人，号称五王，出则同行，人则同寝。后来成器死后，李隆基在奠文中回忆自己兄弟之间的关系说：“五王，同开邸第。远自童幼，泊乎长成，出则同游，学则同业，事均形影，无不相随。”因此，从一开始商议立太子起，嫡长子成器就坚决推辞，向睿宗以及大臣们“累日涕泣固让，言甚驯芏。他皖追：储副者，大之公器，时半则先嫡长，国难则归有功；若失其宜，海内失望，非社稷之福。臣今敢以死请。”在李成器的推辞下，李隆基当太子，就显得顺理成章了。而李隆基起码在表面上也持推让态度，再三表示：臣闻立嫡以长，古之制也。岂以臣有薄效，亏失彝章伏愿稽古而行，臣之愿也。李隆基的推让，不管是出于真心还是出于假意，都有助于立太子的顺利进行。
李隆基被确立为太子，奠定了他在政治上有所作为的基础。按照中国古代的一贯做法，为了保证皇帝的权威不受侵犯和干扰，太子通常不能过问政事。但是，李隆基的太子位置，不是按照中国古代的“一贯做法”得来的，而是通过罕见的“以功建储”的途径得来的，所以，太子不过问政事的惯例也就随之被打破。从被立为太子起，李隆基就积极地参与国事。
就在立太子后的不到一个月内，睿宗主持进行了一系列人事变更。而这种变更，基本上是顺着有利于李隆基的局势发展的，很有可能睿宗就是按照李隆基的主意来任免官员的。对李隆基政治生涯影响极大的两位政治家姚崇、宋璟被任命为同中书门下三品，即宰相。除姚、宋二人外，还任命了韦嗣立、萧至忠为中书令，赵彦昭为中书侍郎，崔湜为吏部侍郎，并同平章事。姚崇、宋璟二人与其他一大批拥护太子的官僚，聚集于太子的旗帜下，借助睿宗对李隆基的信任，采取各种措施，发布了一系列诏令，以拨乱反正和平反中宗时期的冤假错案为主要内容，开始了他们在国家政治上的建树。“璟与姚元之协心革中宗弊政，进忠良，退不肖，赏罚尽公，请托不行，纲纪修举，当时翕然以为复有贞观、永徽之风。”
李隆基拨乱反正的首要措施，是吸取韦后以及安乐公主等人专权的教训，改变武则天以来政治上的动荡局面，反对外戚公主干预政治，形成一个安定的政局。其次，针对诸武和诸韦的专权都是出用人不当而起的弊端，从官吏任用人手，修举朝纲，严明政纪，废止不经宰相衙门的“斜封官”。姚崇的身份，是以兵部尚书兼宰相；宋璟的身份，是检校吏部尚书、中书令兼宰相，两人一文一武，掌握了官吏任用大权。史称宋琼在官吏任用上进行了较大的改革，“瑕与侍郎李义、卢从愿等，大革前弊，取舍平允，铨综有叙”。对被韦后迫害致死的郎岌、燕钦融予以平反昭雪，追赠为谏议大夫。对遭武三思等贬谪的五王（即拥戴中宗复辟的张柬之、桓彦范、敬晖、崔玄畔、袁恕己），予以恢复名誉和官职爵位。对中宗时反对韦后和安乐公主、发起肃章门之变并杀了武三思的原中宗太子李重俊，也予以追复名号。这些举措，虽然都是以睿宗的名义实施的，但基本上是李隆基的主意。推行这些举措的大臣，特别是姚崇、宋璟二人，都属于李隆基的拥戴者。
李隆基与姚崇、宋璟等人力图扭转中宗以来“外戚与诸公主干预朝政，请托滋甚”的举措，不可避免地与太平公主在政治上的权力发生了冲突。于是，太平公主开始了废除太子的密谋活动。在李隆基和太平公主争斗的初期，由于睿宗对太平公主的袒护和支持，一度使李隆基的处境十分不利，甚至在一定程度上使他处于危险境地。
关于睿宗对太平公主的偏袒和纵容，旧史家多言睿宗昏庸儒弱，至今还有不少人持逸一观点。实际上，睿宗儒弱是实，昏庸则不然。他对国家大事和政治举措，头脑还是很清楚的，与他的前任皇帝中宗相比，二人有着天壤之别。至于睿宗即位不久，对李隆基与太平公主的冲突采取“和稀泥”态度，甚至在某种程度上支持太平公主，抑制太子，并不能说明睿宗昏庸，而只能说明睿宗精明。须知，睿宗的皇位在当时还不够稳固，还需要太平公主的大力支持，所以，他只能迁就自己的妹妹而委屈自己的儿子了。另外，睿宗毕竟经过了多年的政治风波，形成了老成持重的性格，他对权力斗争的各个方面、各种因素都能认真地权衡，而且较为谨慎小心。因之，在没有绝对把握的时候，睿宗必然会对太平公主让步。一旦时机成熟，条件变得有利，睿宗就会一改粘粘糊糊的脾气，收起自己平时儒弱的一面，毫不犹豫地采取断然措施。就在李隆基与太平公主争斗不已的关键时刻，睿宗先后采取了极为明智而且极为重大的两个措施：一是令太子监国，以明君臣关系；二是及时决定退位，让位于太子。回过头来看，这两个举措充分表现了睿宗精明能干的一面。
景云元年（710年）二月，睿宗采纳了姚崇、宋璟的建议，断然宣布，太子的兄弟成器、隆范、隆业和高宗的长孙、章怀太子李贤之子守礼，均另行安置。有可能与太子产生争夺皇位的成器和守礼，外放担任刺史；李隆基的弟弟隆范和隆业，则分别担任左右卫率。太平公主则被令离开京师，到蒲州（今山西永济）安置。接着，睿宗听取了张说的提议，宣布由太子监国。这就意味着太子李隆基的政治地位已不可动摇；睿宗已把部分朝政交给了他。李隆基监国后，开始名正言顺地处理政务。按照当时关于太子监国的规定，六品以下官吏的任免，徒罪以下的司法判决，均由太子负责。