蒋介石此时已经觉得难以在大陆继续自己的统治，开始寻找一个另外的巢穴。他记起抗战时期在重庆的时候，一次到峨眉游历，在庙里遇到一算命和尚，随即抽签卜卦，那和尚在解释卦辞时，跟蒋介石说了八个字：胜不离川，败不离湾。
当时的蒋介石只是一笑置之。于是抗战刚刚结束，蒋介石就急于还都南京，结果不到两年时间，局势急剧恶化，到1948年居然兵败如山倒。现在看来那个和尚的话不信不行。于是他立即经营台湾，预做退路。
蒋介石从1947年下半年开始，就开始重点经营台湾，以作为大溃败之后的藏身之所。他之所以看中台湾，是因为台湾自古以来就有非常重要的战略地位。甲午战争后，台湾被清廷割给了日本长达50余年，1945年8月15日，日本天皇“圣断”停战，第二次世界大战终于在亚洲散尽硝烟，同祖国分离多日的台湾亦回归祖国。日本刚宣布投降，蒋介石即着手安排台湾接收事宜。
台湾四面环海、易守难攻，作为军事据点，海军优势可以发挥，且台湾地处东亚交通要道，可以很方便地从日本、南洋、美国得到外援。如此重要的地位使它成为蒋介石在失败之后的必然选择。
人是政治活动的关键。既然把台湾当成是自己最后的退身之地，便不能将其由外人治理。蒋介石最亲近的人当然是自己的儿子，但蒋经国资历还不能承担治理台湾的大任，况且局势艰难，非儿子在身边不可收拾。人事决定一切。蒋介石着手安排心腹之人控制台湾。他在1948年底下令，由陈诚接替魏明道任台湾省主席。
而在军事上，蒋介石同样做了部署，使靠近台湾的几省驻扎重兵，企图迟缓解放军对台湾的攻击。从1949年1月19日到21日，连续发布五道命令，任命其亲信方天、朱绍良、薛岳、余汉谋为江西、福建、广东、广西省主要长官，任命汤恩伯为京（南京）沪杭警备总司令，将屏障台湾的各省掌握在其亲信手中。
经济上，蒋介石在大陆强制推行金圆券，但对台湾却网开一面，禁止金圆券和台币挂钩，一方面可以缓解台湾人对国民党中央政府的疑惧和痛恨，另外一方面也可保证台湾经济稳定，况且金圆券搜刮来的钱还是要送到台湾的。台湾社会稳定，民心安顿，也给蒋介石日后兵败退台奠定了经济基础。
军事上，蒋介石主要考虑两个问题，一是台湾本身的安全问题，他决心依靠占优势的海空军“保卫”台湾，苦撑待变，依赖国际形势变化。二是为了有充分时间退守台湾，尽量延长在大陆时间，特别是对台湾相邻各省，更是以亲信把守，防止成为进攻台湾的跳板。
蒋介石确定：立足台湾、闽粤，控制两广，开辟川滇，以舟山、马祖、金门、澎湖一线为前哨，使之成为“反攻复国”之桥梁，确定今后以台湾防务为第一。10月和11月，解放军进攻金门和登步岛相继失利。解放军暂时停止了对台湾的攻击。蒋介石至此已基本上从政治、军事、政治上做好了“中央政府搬迁台湾”的准备。
而毛人凤的保密局，也已经将全部财物、机要、档案、人事及指挥机构等，均移往台北。但是为了应付李宗仁代总统，毛人凤还特意向国防部辞去局长职务，由徐志道继任，专门负责跟李、白新桂系的“中央”打交道，这个“徐记保密局”编制为92人，机构只有业务、总务两个处。
毛人凤从公开转入地下后，率保密局的大批人马前往上海，他住进毛森公馆，另外在南京路145号设立了上海办事处，由郭旭当主任，继续指挥保密局各公开单位，尤其是监视着徐记假保密局的工作。
作为国民党内最大的地方势力，桂系一直是蒋介石所要打击和排挤的对象。这就注定了军统、中统在历史上与桂系仇隙颇深。在国民党内历次斗争中，桂系也一贯把蒋的特务系统当作攻击的对象。军统改组为保密局后，毛人凤出任局长，为改变戴笠时期树敌过多的路线，他曾一度有意与桂系三巨头李宗仁、白崇禧、黄绍竑等缓和关系，但桂系并不领情，所以保密局与桂系的关系仍处于紧张状态。桂系掌握大权后，毛人凤忧心保密局的日子以后不会好过。而使他更为担心的是，由保密局不久前策划暗杀李宗仁的阴谋万一曝了光，恐怕就连他的性命也难以保住。
这次毛人凤让同桂系交好的副局长徐志道去同李宗仁、白崇禧打交道，却又害怕徐志道拾级而上，越过他，倚靠桂系的势力有所发展，这就得不偿失了。
所以在正式宣布辞职之前，毛人凤首先通过亲信对保密局各地方组织发布命令，在任何情况下，保密局人员只能服从他的命令。接着，他召来了副局长徐志道和福建站站长林超，向他们通告自己准备辞职的消息，并决定由他们分别接任正副局长。他交给徐志道一份事先准备好的名单，说明是保密局应李宗仁提出的局本部南迁广州的要求赴广州之人员名册。
徐志道突遭升迁，正在琢磨其中的内涵，看了这份名单后便恍然大悟。原来，那份名单上所列的92个人，全是局内的一般文职人员，并无一个外勤人员和组织，是用来装点门面糊弄李宗仁的。不仅如此，即使对这个假保密局，毛人凤也还保留了一手。为牵制徐、林二人，他委任自己的亲信涂寿眉担任新的局本部主任秘书，下面只设业务、总务两个处。总务处长由徐志道的亲戚钮殿臣担任，业务处则由毛人凤的旧将黄逸公出掌。一切仍在毛的控制之中。
设置好假保密局的伪装，毛人凤又着手处理由他控制的真保密局的善后工作。他首先命令亲信、局长办公室主任潘其武将重要档案和文件封存好，派专人送往台湾。同时，着手将保密局本部大部人员及机构分批由南京撤往上海，并在上海成立一个办事处，以此名义继续指挥各地保密局外勤组织的活动。上海办事处实际上成为真正的保密局指挥中枢。等到上海办事处布置完成，毛人凤才正式向李宗仁辞职，并由徐志道接任局长。
为防止李宗仁追查保密局档案资料的下落，毛人凤又一手策划了焚烧南京洪公祠1号局本部大楼的计划，这座抗战胜利后新建的保密局大楼便在一场烈火中化为灰烬，同时保密局所有的档案就此“失踪”。李代总统得到的只是新局长徐志道交来的他所辖下的保密局名册。
毛人凤辞职后便赶赴上海，为了避人耳目，他把手下原来的八大处机构全部降格为组。
蒋介石又向他发来指示：如李宗仁以势相追，强令解散上海办事处，则可酌情缩小编制，并更名为“中国革命青年同志会”，使之成为一个短小精悍的团体，继续进行活动。
毛氏保密局和徐氏保密局，一真一假，本来是蒋介石耍的一个手腕，孰料却由此引发了一场真假保密局大战。
李宗仁担任代总统后，立即发出了第一号令：即日起着手释放张学良、杨虎城和一切在押的政治犯。广播播出，李代总统声称，为了表达对国共两党和谈的诚意，他将派专机前往张、杨二人的囚禁地，迎接二人共商国是。
这个消息让蒋介石大为恼火，他命令毛人凤提高警惕，不许让李宗仁代他去做这个好人，更不能让李宗仁和共产党有更加亲密的接触。
毛人凤在上海接到从台北转发过来的徐远举的电报，做出指示：“适当释放少许中共在押人员，以缓各方舆情。杨虎城没有总裁指示，不得释放，可由周养浩移送贵州暂避风声……”
接下来，便有各报记者登门采访重庆市长杨森，问他何时放人？杨森声称自己没有接到命令，就是接到命令，他也不知道去哪里放人。于是，舆论大哗，声称代总统的命令，犹如一纸空文。李宗仁要维护权威，打电报责问杨森。杨森回电说，关人的事，归保密局管，该找保密局要人。李宗仁立即把徐志道召去。徐志道装傻说：“我也不清楚，毛局长当初只把局本部交给我，没把监狱移交给我。”
李宗仁问：“那么毛人凤现在哪里？”
徐志道更干脆地说：“不知道。可能在台湾吧。”
李宗仁没辙了，气得直骂“荒唐”。而杨虎城和张学良也已经在毛人凤的秘密押送下，被送往贵州等地。
李宗仁找不到毛人凤。毛人凤却以“总裁办公室”要员、“毛记保密局”首脑的双重身份跑到重庆，一是为蒋介石退守西南的反攻战略做准备；二是针对特工组织突然出现的混乱状况，亲自站出来明确立场，统一思想，排除干扰，协调一致。
保密局站组负责人会议计划于3月17日召开，参加的有云、贵、川、康、陕、甘、宁、青、新（疆）、粤、桂、湘、鄂等10多个省区。毛人凤为了准备得充分些，提前半个多月来到重庆，着重对西南特区的工作进行调查，却发现徐记保密局近来的活动，已经严重干扰了整个外勤站组的“正常”工作。
徐志道也非安于听命之人。当他得到局长的名衔后，认为既是名正言顺，又有桂系依靠，不妨与毛人凤斗一斗，或可真正取而代之。张学良虽然被押到了贵州，但李宗仁释放政治犯的命令压力仍然很大，徐志道又态度积极，怂恿鼓励大家跟李代总统走。许多站组头头纷纷向毛人凤“诉苦”，让他在心里把徐志道恨得牙痒。
原来虽然徐志道的保密局只是个空架子，不执行任何秘密任务，但由于它属正宗，同国民党国防部的日常交道和领取经费等工作，都由其负责，故有财权和方便的活动余地。在开始阶段，徐志道不得不听命于毛人凤，将所领到的经费基本汇到上海办事处，供毛使用。可当徐氏保密局随国防部南下广州后，他便凭借手中掌握的保密局印信，领取经费后不再交给毛人凤，而是自己截留下来，用于成立自己的外勤组织，同毛记保密局相抗衡。
徐志道计划首先派人潜往广西十万大山一带，收编那里的地方土匪武装，作为自己的外勤人员，然后分派到各地。同时，又以广州为中心，向其他地方派出人员，组建自己的情报小组，作为情报搜集来源。徐志道假戏真做准备大干一番了。
毛人凤预料，徐志道等人竟然有这么大的胆子，看来是得到了李宗仁的撑腰。
的确，自从释放张学良受阻后，李宗仁便萌生了拉拢徐志道，拆散毛、徐双簧搭档的念头。1949年2月5日，行政院长孙科宣布行政院南迁。国防部属行政院，保密局自然要跟着去广州，李宗仁认定，这是个好机会，便把徐志道召来，对他说：“徐局长，希望你能当一个真正有职有权的保密局长，我全力支持你！”
听着李宗仁充满蛊惑力的话音，徐志道怦然心动，半个月来的傀儡局长，已使他暗生不满，但自忖在保密局的影响，还构不成与毛人凤分庭抗礼的气候。他一时语塞，不知是答应李代总统好，还是拒绝好。
李宗仁何等精细，一见徐志道的模样，便知堡垒有了从内部攻破的可能。不久，保密局迁到广州，不知事先有人鼓劲，还是南方的气候激人躁动，一班麇集在羊城的老军统局广东派人士，纷纷前来煽风点火，怂恿徐志道摆脱毛人凤的羁绊，并且拍着胸脯表态：“大印在你手里，你就是正牌的保密局局长，我们都支持你！”
徐志道经不起撩拨，心旌摇动，先去找舅老爷，现任的总务处处长钮殿臣商量。钮一听有自立门户的好事，当然持赞成态度。徐志道不再犹豫了，第二个月领来经费，全部扣下，用来招兵买马，真的摆开了分庭抗礼的架势。
这时，徐记保密局的主任秘书涂寿眉和业务处长黄逸公，本是毛人凤安插的亲信，目睹腋下生变，颇为踌躇。跟着徐志道干吧，怕将来被毛人凤整；不跟着他干吧，万一李代总统立稳脚跟，不就跟着完蛋了吗？
涂寿眉灵机一动，索性做个两面人，既不跟老徐闹翻，暗里又向毛人凤透些风声，黄逸公不擅玲珑，为了一把处长交椅，终于“附台”，替徐志道摇起了鹅毛扇。让徐拿着国防部给的经费，去十万大山收编地方匪霸武装，重新成立保密局的外勤组织，就是他给徐志道出的主意。
毛人凤拿不到经费，又惊闻广州那边传来的消息，十分生气。为了维持上海办事处的运作，毛人凤决定依靠自身力量筹措经费。他指示手下干将邓葆光、刘文雄一起组织套汇走私机关，从事黑市交易赚钱自用。与此同时，他又主动派人去徐志道处说项，试图说服徐志道回头。
1949年3月，毛人凤的亲信、重庆兵工署稽查处处长廖宗泽赶到广州。廖宗泽同徐志道颇有私交。此行是奉毛人凤之命前来做说客。徐志道对此产生了犹豫。考虑到不可能一下子达成目的，也想给自己留条后路。但他又不想向毛人凤全面让步，故最后勉强同意，将他所领经费交给毛人凤小半部分，自己截留大半。
毛人凤同徐志道的这场争斗，最终以徐志道的妥协而告结束。
不久，国防部被迫由广州迁重庆，徐志道带着他那个假保密局亦随同去了重庆，而那些初建和正在组建的外勤组织就只好丢弃不管了。
这期间，国防部一再裁减人员。徐志道无力招架。到1949年11月，当徐的保密局逃到成都时，就只剩下徐志道、黄逸公等几个人了。
在这种情况下，黄逸公又重新向毛人凤示好，企图随保密局本部一同撤往台湾。毛人凤痛恨黄逸公背叛自己，命令其继续留在大陆工作，而这无异于送死。后来，黄逸公被迫逃往西昌。
在成都解放前夕，徐志道当完了最后几天光杆局长，即逃往台湾。两周后转任“国防部参议”，不久被令退出现役。而此时，毛记保密局早已在台湾“复业”了。
内政部调查局的崩溃和毛人凤保密局在台湾“复业”，标志着国民党特务组织全面退出大陆。在中国现代史和国民党历史上的“中统”与“军统”两大特务组织，就此结束了他们在中国大陆活动的历史。