1993～1999年这个阶段，统一监管体系初步确立，中国股票市场从早期的区域性市场迅速走向全国性统一市场；随后，在监管部门的推动下，一系列相关的法律法规和规章制度出台，股票市场得到了较为快速的发展；同时，体制和机制缺陷带来的问题也在逐步积累，迫切需要进一步规范发展。1999年7月1日起实施的《证券法》是中国第一部规范证券发行与交易行为的法律，并由此确认了股票市场的法律地位。
（一）成立国务院证券管理委员会和中国证券监督管理委员会
1992年10月12日，国务院决定成立国务院证券管理委员会和中国证券监督管理委员会（以下简称“国务院证券委”和“中国证监会”），统一监管全国证券市场。我国股票市场开始纳入全国统一监管框架。同时，将发行股票的试点由上海、深圳等少数地方推广到全国。当时“国务院证券委”是我国证券管理的权力机关，主任委员由国务院副总理兼任，委员由国家体改委、中国人民银行、财政部、工商行政管理局等14个部门的领导组成。“国务院证券委”对全国证券市场进行统一的宏观管理，证监会是“国务院证券委”的办事机构，根据“国务院证券委”的授权，依法对证券市场进行监督管理。中国证监会成立之后，没有地方分支机构。当时相继成立的地方证券监管部门，属于地方政府，他们是代表地方政府管理本地证券市场，集政府利益、国有企业利益和投资者利益于一身。
1998年4月，国务院证券委撤销，中国证监会成为全国证券、期货市场的监管部门，建立了集中统一的证券、期货市场监管体制。为适应市场发展的需要，证券期货监管体制不断完善，实施了“属地监管、职责明确、责任到人、相互配合”的辖区监管责任制，并初步建立了与地方政府协作的综合监管体系。（二）规范股票发行和交易的一系列规则和办法出台
“国务院证券委”和“中国证监会”自1992年10月成立后，推动了《股票发行与交易管理暂行条例》、《公开发行股票公司信息披露实施细则》、《禁止证券欺诈行为暂行办法》、《关于严禁操纵证券市场行为的通知》等一系列证券市场法规和规章的建立，股票市场法规体系初步形成，使股票市场的发展走上规范化轨道，为相关制度的进一步完善奠定了基础。
1992年10月30日，上交所和深交所发出《关于申请上市推荐人资格的通知》及《关于上市推荐人工作内容和收费标准（试行）问题的通知》，建立上市推荐人制度。1992年年底，国务院颁布《国务院关于进一步加强证券市场宏观管理的通知》，这是深化改革，完善证券管理体制的一项重要决策。
1993年，国务院证券委员会发布《证券交易所管理暂行办法》。1995年1月1日，沪深交易所开始实行T＋1交易制度。1996年12月13日，沪深交易所决定自16日起对股票和基金类证券的交易价格实行10%的涨跌幅限制。
1997年3月4日，证监会发布《市场禁入规定》。1997年5月22日，严禁国有企业上市公司炒作股票，规定要求：上市公司不得动用银行信贷资金买卖股票，不得用股票发行募集资金炒作股票，也不得提供资金给其他机构炒作股票。国有企业和上市公司为长期投资而持有已上市流通股票（国务院主管部门规定的期限以上），应向证券交易所报告。1997年6月6日，中国人民银行发出通知：禁止银行资金违规流入股票市场。
1997年11月，《证券投资基金管理暂行办法》颁布，规范证券投资基金的发展。1999年，国务院批准实施《中国证券监督管理委员会股票发行审核委员会条例》；证监会对上市公司财务披露中计提损失准备、关联交易、会计政策和会计估价等方面的财务信息披露工作提出了新要求；《基金从业人员资格管理暂行规定》发布实施；中国证监会发布《关于进一步做好证券投资基金配售新股工作的补充通知》，基金配售新股政策放宽；中国证监会印发了《公开发行股票公司信息披露的内容与格式准则第二号（年度报告的内容与格式）》（1999年修订稿）。
（三）《中华人民共和国证券法》的颁布和实施
《中华人民共和国证券法》（以下简称《证券法》）于1998年12月29日九届人大第六次会议通过，1999年7月1日起实施。《证券法》是中国第一部规范证券发行与交易行为的法律，并由此确认了股票市场的法律地位。
《证券法》是新中国成立以来第一部按国际惯例、由国家最高立法机构组织而非由政府某个部门组织起草的经济法。《证券法》起草工作始于1992年。促成《证券法》出台的重要原因之一，是1998年亚洲“金融危机”的爆发。如何吸取东南亚金融危机教训，在健全金融体制的制度建设方面，从制度和立法上防范金融风险成为当时《证券法》立法考虑的一个主要方面。因此，防范风险成为《证券法》主导性立法思想，在《证券法》中规定了一些限制性条款，如“分业经营和管理”，只允许“现货交易”，禁止“国企炒股”，禁止“融资融券”和禁止“银行违规资金进入股市”等条款。从历史唯物主义的角度看，当时规定这些条款是当时条件所必需的，但经过几年实践看，这些条款的内容由于其他法律已经有所规定，有些则已经不适应资本市场发展的需要，需要对这些条款进行修订。
（四）股票市场产品不断增加、规模逐步扩大
随着市场的发展，上市公司数量、总市值和流通市值、股票发行筹资额、投资者开户数、交易量等都进入一个较快发展的阶段。沪、深交易所交易品种逐步增加，由单纯的股票陆续增加了国债、权证、企业债、可转债、封闭式基金等。
伴随着全国性市场的形成和扩大，证券中介机构也随之增加。据证监会信息，到1998年年底，全国有证券公司90家，证券营业部2412家。从1991年开始，出现了一批投资于证券、期货、房地产等市场的基金（统称为“老基金”）。截至1996年年底，我国共设立各类投资基金78只，募集资金总规模为76亿元人民币，在上海深圳挂牌（联网）交易的基金共27只。
（五）“两网”市场和场外柜台交易市场相继受到清理
1990年10月，中国人民银行还建立了全国证券交易所自动报价系统（STAQS），该系统中心设在北京，通过计算机网络连接国内证券交易比较活跃的大中城市，为会员提供有价证券的买卖价格信息以及报价、交易、交割和结算等方面的服务。该系统1991年4月开始并网运行，至1994年，已有分布在全国的42个城市的189家会员公司。1992年7月，国家体改委批准全国证券交易自动报价系统STAQ为指定的法人股流通市场。
1993年2月，经中国人民银行批准，又一家证券交易网“中国证券交易系统有限公司”（NET）宣布成立。该系统1993年4月28日正式开业，至1994年，该系统卫星通讯网络覆盖了全国100多个城市，入网证券商达几十家。
到1998年，我国证券交易市场一度形成了以“两所两网”为主体、集中与分散相结合的层次化特征。当时的场外市场除了北京的STAQ和NET系统，其余大都是地方政府为搞活本地经济、促进股权流动而自行设立的区域性的产权交易市场。它们主要定位于解决当地法人股、内部职工股和基金证券等的交易流通，而且规则各不相同，机构与管理混乱，一些上市公司质量低下，极易引发金融风险和社会问题。尽管这些市场对于当地企业的改制和融资确实起了比较好的作用。但是，由于国家一直未制定统一的政策法规对柜台交易市场进行有效的规范和管理，致使柜台交易存在不少问题。东南亚金融危机之后，出于防范金融风险、整顿金融秩序的部署，地方交易中心和法人股市场相继受到清理，各种形式的股票场外交易被《证券法》所明令禁止。从1998年开始，中国证监会逐步对场外交易场所进行了全面清理，截至1999年上半年，共关闭了41个场外股票交易场所，场外股票交易清理整顿基本完成。至此，曾经在我国股票市场的起步中扮演了重要角色的柜台交易市场退出了历史舞台。