2000～2004年这一阶段，是多层次股票市场初步形成、股票发行和投资制度加大改革开放力度的阶段。这一阶段，股票发行审批制改为核准制及发审委制度改革，实施了证券发行上市保荐制度和询价制度，开放式基金诞生，引入QFII制度，集中力量查办了一批大案要案，国务院《关于推进资本市场改革开放和稳定发展的若干意见》出台。从2001年开始，股票市场步入持续四年的调整阶段：股票指数大幅下挫；新股发行和上市公司再融资难度加大、周期变长；证券公司遇到了重大的经营困难，到2005年全行业连续四年总体亏损。
（一）建立多层次股票市场体系
2000年中央决策，开始定位上海证券交易所为蓝筹股市场，深圳证券交易所为创业板市场，这时我国股票市场分层的序幕开始拉开。
2001年7月16日，为解决原STAQ、NET系统历史遗留的数家公司法人股的股票交易问题，又开办了代办股份转让系统。2001年年底，代办股份转让系统又开始承担完善中国退市机制的历史重任，有沪深股市退市的公司摘牌到这里进行股票交易。
2004年5月17日，中国证监会同意深圳证券交易所设立中小企业板块，并核准了中小企业板块实施方案。
（二）股票发行审批制改为核准制及改革发审委制度
2000年3月16日，中国证监会发布了《关于发布〈中国证监会股票发行核准程序〉通知》，在借鉴国际证券市场有益经验的基础上，明确规定将股票发行审批制改为核准制。2001年3月17日，我国股票发行核准制正式启动。
2003年12月11日，中国证监会发布了《中国证监会股票发行审核委员会暂行办法》和《工作细则》，对股票发行审核委员会的运行机制进行了重大改革。发审委制度的改革是证监会推进股票发行体制改革的一个重要组成部分，改革的目的是通过制度安排，建立一个公开透明、廉洁公正、权责明晰、专业高效的发审委，把好上市公司准入关。
自2002年6月1日起，经中国证监会批准，中国证券登记结算有限责任公司发布的《中国证券登记结算有限责任公司证券账户管理规则》正式实施。其中第一章第7条规定：“投资者开立证券账户必须提交有效身份证明文件及复印件，申请开户时注册的证券账户持有人名称必须与身份证明文件中记载的名称一致。”这可以看做是我国在股票发行方式问题上做出的重大改革中的非常重要的一步。该规则的出台，表明股票实名制已经启动。
（三）实施证券发行上市保荐制度和询价制度
2003年12月29日，证监会正式出台了《证券发行上市保荐制度暂行办法》，并于2004年2月1日起正式施行。保荐制度的出台是从审批制转变为核准制以来，我国股票市场发行体制的第二次飞跃，对国内证券业务将产生根本性影响，券商的体制、运作模式、人才都将发生革命性变化。为了使保荐制度顺利实施，我国首次保荐人胜任能力考试于2004年3月20日在北京、上海、深圳三地同时举行，首批保荐人也在2004年诞生。
2004年12月10日，证监会公布了《关于首次公开发行股票试行询价制度若干问题的通知》及配套文件《股票发行审核标准备忘录第18号———对首次公开发行股票询价对象条件和行为的监管要求》，对新股IPO定价制度进行改革，改变了过去监管部门审批发行定价的形式，采用国际上的通用做法———询价制度，建立了IPO市场化定价机制。
（四）开放式基金的诞生和发展，实施《证券投资基金法》
2000年10月8日中国证监会发布了《开放式证券投资基金试点办法》。2001年9月，我国第一只开放式基金—“华安创新”诞生。标志着我国基金业实现了从封闭式基金到开放式基金的跨越，进入了开放式基金的发展阶段。
随着基金业快速发展，法律滞后的现象开始显现。2004年6月1日实施的《证券投资基金法》，确立了基金行业运作的法律框架，对基金运作的基本法律关系、基本运作方式、当事人的权利义务、监管制度安排等做了明确规定。
（五）引入QFII制度
QFII制度，是指允许经核准的合格境外机构投资者（Qualified Foreign In-stitutional Investor），在一定规定和限制下汇入一定额度的外汇资金，并转换为当地货币，通过严格监管的专门账户投资当地证券市场，其资本利息、股息等经审核后可转为外汇汇出的一种市场开放制度。这是一种有限度地引进外资、开放资本市场的过渡性制度。在一些国家和地区，特别是新兴市场经济的国家和地区，由于货币没有完全自由兑换，资本项目尚未开放，外资直接流入有可能对其证券市场带来较大的负面冲击，而通过QFII制度，监管层可以对外资进入进行必要的限制和引导，使之与本国的经济发展和证券市场发展相适应，控制外来资本对本国经济独立性的影响，抑制境外投机性游资对本国经济的冲击，促进资本市场健康发展。
2002年11月，中国证监会和中国人民银行联合发布了《合格境外机构投资者境内证券投资管理暂行办法》。于2003年5月，中国证监会批准瑞士银行和野村证券株式会社成为首批 QFII机构，标志着中国资本市场正式引入了QFII制度。QFII的投资范围包括：在证券交易所挂牌交易的A股股票、国债、可转换债券、企业债券及中国证监会批准的其他金融工具。QFII机制的运作要涉及三个核心问题：其一是合格机构的资格认定问题。包括注册资本数量、财务状况、经营期限、是否有违规违纪记录等考核标准。其二是对合格机构汇出汇入资金的监控问题。其三是合格机构的投资范围和额度限制问题。引进QFII制度是我国对外开放战略在资本市场的重大举措，是股票市场国际化的又一表现。
（六）国有股减持政策被“叫停”
2001年6月，国务院发布《减持国有股筹集社会保障基金暂行办法》，国有股减持试点拉开序幕。但仅4个月后，2001年10月22日，中国证监会就宣布停止执行《减持国有股筹集社会保障资金管理暂行办法》第五条规定，并表示将公开征集国有股减持方案、研究制定具体操作办法，稳步推进这项工作。
2002年6月23日，国务院决定，除企业海外发行上市外，对国内上市公司停止执行《减持国有股筹集社会保障资金管理暂行办法》中关于利用证券市场减持国有股的规定，并不再出台具体实施办法。国有股减持政策正式“叫停”。
（七）集中力量查办了一批大案要案
执法体系逐步完善。中国证监会在各证监局设立了稽查分支机构，2002年增设了专司操纵市场和内幕交易查处的机构。在这个阶段，中国证监会不断加强稽查执法的基础性工作，严格依法履行监管职责，集中力量查办了“银广夏”、“中科创业”、“德隆”、“科龙”、“南方证券”、“闽发证券”等一批大案要案，坚决打击股票市场各类违法违规行为，切实保护了广大投资者的合法权益，维护了“公平、公正、公开”的市场秩序。
（八）国务院《关于推进资本市场改革开放和稳定发展的若干意见》出台
为了积极推进股票市场改革开放和稳定发展，国务院于2004年1月31日发布《关于推进资本市场改革开放和稳定发展的若干意见》（以下称《若干意见》），将发展中国资本市场提升到国家战略任务的高度，提出了九个方面的纲领性意见，为资本市场的进一步改革与发展指明了方向。《若干意见》是中国政府就发展资本市场的作用、指导思想和任务首次进行全面明确的阐述，对发展资本市场的政策措施进行整体部署，是中国股市极具里程碑意义的文献之一。它将大力发展资本市场提升到前所未有的战略高度，对中国资本市场的改革与发展具有重要的现实意义和深远的历史影响。