2005年以后这一阶段，围绕深入贯彻《国务院关于推进资本市场改革开放和稳定发展的若干意见》，推进股票市场改革发展的力度进一步加大，加强市场基础性制度建设成为股票市场发展的主线。启动股权分置改革，以股权分置改革为代表的一系列基础性制度建设使股票市场的运行更加符合市场化规律；2006年修订后的《证券法》和《公司法》开始实施，使中国股票市场在法制化的轨道上走得更加坚实有力；全面提升上市公司质量，实施证券公司综合治理，推进股票发行体制改革，推动基金业市场化改革和机构投资者发展；等等。我国的股票市场已发展到转折性的新阶段，其主要特点是进入了市场化、规范化、国际化加快发展的进程。
（一）实施《公司法》和《证券法》，基本形成与“两法”配套的规章体系
2005年10月全国人大修订了《公司法》和《证券法》（简称“两法”），并于2006年1月1日开始实施。规范与发展是新《公司法》和《证券法》确立的主旋律，两法以规范公司运作、明确市场规则以及尊重公司自治的方式来促进市场的健康发展。
与“两法”的修订相适应，中国证监会陆续颁布了《冻结、查封实施办法》、《上市公司治理准则》、《上市公司股东大会规则》、《上市公司章程指引（2006年修订）》、《上市公司非公开发行股票实施细则》、《证券公司董事、监事和高级管理人员任职资格监管办法》、《证券结算风险基金管理办法》等一批规章和规范性文件，基本形成了与“两法”配套的规章体系。
（二）基本完成股权分置改革
2005年4月29日，中国证监会发布《关于上市公司股权分置改革试点有关问题的通知》（以下简称《试点通知》），正式启动股权分置改革试点工作。在国务院的正确领导和有关部门、地方人民政府的大力支持下，股权分置改革试点工作顺利完成，改革的操作原则和基本做法得到了市场认同，改革的政策预期和市场预期逐渐趋于稳定，总体上具备了转入积极稳妥推进的基础和条件。2005年8月24日，中国证监会、国务院国资委等五部委联合下发了《关于上市公司股权分置改革的指导意见》（以下简称《指导意见》）。《指导意见》就下一步上市公司股权分置改革，围绕正确认识股权分置改革，股权分置改革的指导思想，股权分置改革的总体要求，严格规范股权分置改革秩序，调动多种积极因素、促进资本市场稳定发展等五个方面提出指导意见。股权分置改革，不仅要实现上市公司股份的全流通，而且要实现依法治市，最终实现《公司法》、《证券法》等法律明文规定的“三公四同”原则：“公平公正公开，同股同权同价同利”，建成一个国际化、正规化、法制化、市场化的标准资本市场，有力地巩固和完善社会主义市场经济制度和体系。
2008年6月23日证券日报报道，截至2007年年底，沪深两市共1298家上市公司完成或者已进入股改程序，占应股改公司的98%；未进入股改程序的上市公司仅33家，股权分置改革在两年的时间里基本完成。
（三）妥善解决“大小非”问题
2008年股票市场由于“大小非”大规模解禁而出现大幅波动，“大小非”的减持扰乱了市场价格体系，并对市场信心造成严重打击。鉴于这种情况，2008年4月21日，证监会发布《上市公司解除限售存量股份转让指导意见》（以下简称《指导意见》）。《指导意见》规定“大小非股东在未来一个月内抛售解禁股份数量超过公司股份总数百分之一，应当通过证券交易所大宗交易系统转让”。按照相关规定，大宗交易面向的多是机构投资者，交易时间在每日收盘后的15点至15点30分，当日的大宗交易不计入指数，对当日股价没有影响。《指导意见》根据国际市场惯例，设置大宗交易市场，既兑现了股改承诺，又减少了对股市的冲击，有利于维护市场的稳定。
从2008年7月起，中国证券登记结算公司开始逐月披露“大小非”减持情况，加强“大小非”减持的信息披露透明度。沪深交易所及时出台业务操作指引或者相关细则，进一步明确了政策口径，对违规减持行为采取了公开谴责、限制交易、限时购回等处罚措施。
2008年8月管理层提出，将不断完善相关制度安排，引导解除限售存量股份有序转让。这次新提出的两个手段，一是通过券商中介引入二次发售机制，增加流通环节，将“大小非”减持过程拉长；二是通过债市来解决“大小非”在股市大宗交易无对手盘的问题，从而减轻限售股解禁带来的抛售压力。2008年10月19日，中国证监会正式发布《上市公司股东发行可交换公司债券试行规定》（以下简称《试行规定》），规定符合条件的上市公司股东即日起可以用无限售条件的股票质押进行融资，以缓解“大小非”股东资金困境，减少其抛售股票的动力。
新华社北京2009年1月15日报道，国资委和证监会正在加紧建立国有股实时监测系统，有望在两三个月内建成使用。国有股实时监测系统将自上而下实现国资委对国有股流转情况的实时掌握，规范“大小非”减持行为和信息披露，对国资委所属上市公司“大小非”减持有巨大威慑力，有利于股票市场的稳定和发展。
（四）加强上市公司治理，提高上市公司质量
2005年11月，国务院批转证监会《关于提高上市公司质量意见》中明确提出，“严禁侵占上市公司资金”和“规范上市公司控股股东或实际控制人的行为”，并强调对已经侵占的资金，控股股东尤其是国有控股股东或实际控制人要针对不同情况，采取现金清偿、红利抵债、以股抵债、以资抵债等方式，加快偿还，务必在2006年年底前清偿完毕。与此同时，证监会也出台了相应的法规制度，采取了一系列措施予以严厉整治。
从2006年3月起，中国证监会开展了旨在进一步促进上市公司规范运作、加强上市公司治理、提高上市公司质量的专项活动。2006年3月21日，证监会发布新版《上市公司章程指引》为了规范上市公司证券发行行为，保护投资者的合法权益和社会公共利益，2006年5月8日起施行《上市公司证券发行管理办法》。2006年5月17日，中国证监会发布了《首次公开发行股票并上市管理办法》。对首次公开发行股票并上市公司的发行条件、发行程序、信息披露、监管和处罚等做了详细明确的规定。接着，修订版《发行审核委员会办法》公布，沪深证交所发布新交易规则，证监会发布《证券市场禁入规定》、《上市公司收购管理办法》、《上市公司信息披露管理办法》等等一系列法律法规。
随着股权分置改革的完成，股票市场进入了新的发展阶段。与此同时，全体股东利益与公司股价的直接联系，也使得上市公司的信息披露行为出现新变化。违规、虚假信息披露的动机更加复杂，手段更加隐蔽，与利益输送、内幕交易和操纵市场结合的倾向性也更加突出。为此，在中国证监会的统一部署协调下，沪深交易所对现行股票上市规则进行了相应修订。2008年9月5日，沪深交易所分别发布《上海证券交易所股票上市规则（2008年修订）》和《深圳证券交易所股票上市规则（2008年修订稿）》，并于10月1日起施行。
为进一步健全上市公司持续回报股东机制，2008年10月9日，中国证监会公布的《关于修改上市公司现金分红若干规定的决定》，将上市公司再融资需满足的条件，即最近三年以现金方式累计分配的利润不少于最近三年实现的年均可分配利润的比例提高到30%。现金分红比例是机构投资者能否长期持股的重要依据，如果社保、保险等机构预计到未来相当长时间内的回报率，则更愿意长期持有股票，而不愿意博取市场差价。
同时发布的《关于上市公司以集中竞价交易方式回购股份的补充规定》，也本着鼓励上市公司现金分红的导向，对上市公司回购股份期间实施现金分红不做强制性限制，代之以通过加强信息披露和监管制度的办法达到防范内幕交易的目标。《规定》要求交易所制定相关业务规则，加强对上市公司回购股份的信息披露和债权人合法权益程序保障的合规性监管，对回购股份交易实行实时监察，防范内幕交易以及其他不公平交易行为的发生。
（五）券商综合治理结束，监管进入常规阶段
始于2003年，自2004年8月正式全面启动的券商综合治理工作，历经3年，于2007年7月结束，对券商的监管进入常规阶段。据中国证券业协会公布，截至2007年7月末，50家披露半年报的证券公司总计在2007年上半年实现净利润418亿元，而在2004年，全部券商税后利润总额是亏损206亿元。券商综合治理全面结束，证券行业逐渐进入了一个新的常规监管阶段。2007年7月，证监会下发《证券公司分类监管工作指引（试行）》，券商分类监管演进为5类11级。同月，“分批指导证券公司设立合规总监、建立合规管理制度”试点工作推进，6家券商被确定首批试点。
综合治理的意义主要在于以下两个方面：首先，综合治理完善了证券公司的管理体制，清理了历史遗留问题，规范了高风险业务，行业的规范程度得到根本性提升，风险得到有效控制，夯实了行业未来的规范发展的基础；其次，对券商实施分类管理，鼓励优质券商进行创新，并处置了一大批高风险券商，优化了行业竞争环境，券商尤其是优质券商面临良好机遇。
中国证券业协会公布，2008年107家证券公司累计实现净利润482亿元。其中，95家公司实现盈利，占89%。这表明证券公司经过几年的综合治理，经营理念趋于稳健。截至2008年12月31日，107家证券公司报表总资产为1.2万亿元、净资产为3585亿元、净资本为2887亿元，受托管理资金本金总额为919亿元。2008年市场大幅下跌，证券公司还能实现盈利，说明证券公司更准确地把自己定位为服务行业企业，自营规模大大降低，合规管理水平在提升，风险控制能力在加强。
（六）证券公司全面实现客户资金的第三方存管
2008年8月25日，据深圳新闻网报道，证券公司已全面实现客户资金的第三方存管。据市场最新统计的数据，4985万参与交易的合格资金账户及1.2万亿资金已转入第三方存管系统；规范银证通账户233万户；规范清理不合格资金账户1270万户；对1194万户资金账户实施了休眠。与此同时，21家银行、103家证券公司建立了独立的第三方存管技术系统，稳定性显著增强，经受住了2007年证券市场交易量创历史新高、今年南方冰雪灾害和汶川地震等重大考验，较好地承担了客户资金划转、存取、查询等业务功能，保障了证券市场的平稳运行。第三方存管制度的全面实施，增强了投资者信心，在促进证券公司增强合规经营意识，提升经营管理、风险控制和客户服务水平方面产生了积极效应。
（七）推动证券投资基金稳步发展
2005年股改之后，QFII试点逐步扩大。据2008年10月10日搜狐财经网报道，截至2007年年底，有52家境外机构获得QFII资格，有13家银行（包括5家外资银行）获准开展QFII托管业务。2008年共新增24家QFII机构，QFII总数达到76家。目前QFII投资总额度为300亿美元。
2006年5月，实施允许批准的QDII制度，包括允许基金管理公司、证券公司等为境内居民提供境外理财服务，产生南方、华夏、嘉实和上投摩根等多种QDII基金产品。截至2007年年底，有15家证券投资基金管理公司和5家证券公司获得QDII资格，总额度245亿美元。
2007年以来，证监会还出台多项举措，增加投资品种，证券投资基金规模稳步增长。据中国证券投资基金2008年行业统计报告显示，截至2008年6月30日，共有415只证券投资基金正式运作，资产净值合计20867.00亿元，份额规模合计22853.27亿份。其中33只封闭式基金资产净值合计850.62亿元，占全部基金资产净值的4.08%，份额规模合计769.17亿份，占全部基金份额规模的3.37%。其中382只开放式基金资产净值有20016.38亿元，占全部基金资产净值的95.92%，份额规模有22084.10亿份，占全部基金份额规模的96.63%。
（八）证券执法体制进行重大改革
2007年，适应市场发展的需要，证券执法体制又进行了重大改革，建立了集中统一指挥的稽查体制。一是建立集中统一的稽查体制，组建稽查总队。二是完善行政处罚工作机制和程序，建立健全了查审分离、调查与处罚相互制约的证券期货执法新体制。三是建立和完善了快速反应机制，形成了证监会、交易所、派出机构三位一体的稽查快速联动机制，实现及时发现、及时制止、及时查处。四是密切与公安、司法机关的执法协作，及时依法移交司法机关追究法律责任。这一改革方案，是在总结十几年执法经验的基础上，按照科学发展观的要求，立足我国证券市场的实际而提出来的，初步形成了具有中国特色的证券执法体制。
（九）严打非法证券活动
2006年以来，非法证券活动花样不断翻新，手段更加隐蔽，情况更加复杂，形势更加严峻，在一些地区呈蔓延之势。从掌握的情况来看，远比2001年“兰州证券黑市”的情况严重得多。如不及时加以打击，众多投资者上当受骗，严重扰乱金融市场秩序，破坏社会和谐稳定。对此，证监会领导高度重视，采取多种措施，加大打击力度，加强舆论宣传，在前期工作的基础上，一批社会影响恶劣、涉嫌犯罪的案件已经移送公安机关立案侦查。
针对“死灰复燃”的非法证券活动，打击工作在2007年上半年取得了明显成效。从中国证监会获悉，证券系统共收到各类投诉1638件，对524起涉嫌从事非法证券活动的公司进行了调查。其中，涉嫌非法发行股票的公司有164家，涉嫌非法从事证券业务的中介机构有320家，对涉嫌构成犯罪的244家公司已及时移送公安机关。
而对于利用互联网非法经营证券业务的新情况，中国证监会对包括“带头大哥777”在内的11起利用互联网非法经营证券业务案调查总结，已做出取缔这些非法业务的决定，对相关当事人做出行政处罚决定告知书，并将6起涉嫌犯罪的案件和2起犯罪线索移交公安机关。通过保持高压打击态势，清除害群之马，切实维护好“公开、公平、公正”的市场秩序，保障证券市场的健康稳定发展。据介绍，2008年，整治非法证券活动协调小组各成员单位和各地政府主动出击，共同推动了打击非法证券活动的深入开展，基本遏制住了全国范围内的非法发行股票等涉众型违法犯罪活动的蔓延势头。