一是从监管体制看，过于依赖行政监管的局面已经明显不能适应股票市场发展的要求。由于中国股票市场仍然处于新兴加转轨的阶段，市场的一些体制性问题仍然存在，需要随着法律法规的完善加以解决。同时，由于缺乏应有的灵活性，监管队伍的整体素质和监管工作的效率尚不能完全适应市场发展的需求。监管协调机制、执法有效性都有待进一步完善。行政监管机构一方面“大权独揽”，但同时也“责任全包”，权力的高度集中其实是降低了执法的效率，提高了执法的成本，弱化了执法的效果。
二是自律管理机制和职能的发挥没有真正到位。我国股票市场经过十余年发展，已初步建立了自律管理体系，证券交易所和证券业协会的自律管理职能得到了重视，自律管理作用也得到了一定的发挥。但我国《证券法》所规定的证券市场监管基本上是行政监管为主，而未对自律监管作系统性表述。这主要是因为我国处于转轨时期，市场发展主要是由政府主导和推动，市场的监管也主要依靠行政权力，监管体系缺乏层次性。自律管理机制和职能的发挥没有真正到位，在法律上股票市场自律管理也就缺乏相应的地位。由于历史原因和特殊的国情，现阶段，我国证券交易所和证券业协会都带有一定的行政色彩，还缺乏应有的独立性，不是真正意义上的自律组织，通常被看做准政府机构。证券交易所、证券业协会实行的自律管理，也常常被认为是政府监管的延伸。自律管理与政府监管的权力边界不够清晰，职责分工和监管机制还没有理顺，有的地方存在交叉或重叠，有的地方出现了缺位或越位。
三是如何有效打击并购重组中的内幕交易和市场操纵问题。随着上市公司股份全流通，证券市场上的并购重组将更加容易，数量会不断增加。同时，与并购重组相联系的内幕交易、股价操纵、虚假信息等证券违法违规现象屡有发生。随着对外开放程度不断扩大，外资并购也趋于活跃，如何保证兼并收购过程的公平、公正、透明，有效打击内幕交易和市场操纵，推动市场化并购机制的完善，如何妥善解决跨国并购中遇到的各种法律和政策问题？这些都给监管部门带来了新的挑战。
四是对违法违规行为重处罚、轻补救，重事后处理、轻事先预防。对证券违法违规行为进行事后处罚，虽然可以较好地体现监管权的惩罚性功能，起到威吓、震慑作用，但不能补救或补偿违法行为给市场或投资者带来的损害和损失。同时，由于这些措施都是事后处理，对那些监管机关发现的将要发生或已经发生、尚未造成后果的违法违规行为，监管机关缺少权限来采取适当措施及时予以制止或预防。还有查办违规应有效率，同时不应有禁区。事实上，一些股票非法操纵案件在庄家“功成身退”之后才开始查办，最后由中小投资者埋单；一些违规事件的调查一拖再拖，最后不了了之，未能给广大中小投资者一个明确的交代。
五是证券违法行为的民事赔偿制度的建立和完善始终面临着很大的困难。迄今为止，对市场操纵和内幕交易提起的民事诉讼仍不在法院的受理范围之内，即使是虚假陈述赔偿案件，法院的受理还需以证监会的行政处罚决定或刑事判决为前置条件；在诉讼程序方面，对受案法院的限制以及集团诉讼的禁止严重影响了投资者通过司法诉讼寻求损害赔偿的可能性。
六是对监管机构的监管能力和人员素质提出了更高的要求。随着中国证券市场的快速发展和对外开放程度的不断提高，创新产品的推出节奏不断加快，创新产品之间以及创新产品与现存产品之间的关联度不断增加，跨行业交叉产品不断涌现。这种趋势使各监管机构的监管范围不断扩大，监管难度不断增加，对监管机构的协调监管能力和人员素质提出了更高的要求。此外，随着中国证券市场的快速发展，国际地位的不断提升，对外开放的扩大和深化，对监管人员的国际化要求也在不断提高。如何适应国际化的要求，对监管机构和监管人员来说，又是一个要面对的挑战。