自1986年9月26日，上海工行信托投资公司静安证券营业部在我国开办了第一家股票柜台交易后，到1989年年底，全国有34家证券公司开设了柜台交易业务。20世纪 90年代初，还设立了全国证券交易自动报价系统（STAQ）、全国电子交易系统（NET）和二十多家地方证券交易中心等柜台交易市场。
（一）STAQ、NET系统
STAQ系统是一个基于计算机网络进行有价证券交易的综合性场外交易市场。1990年12月5日，全国证券交易自动报价系统（STAQ系统）正式开始运行。系统中心设在北京，连接国内证券交易比较活跃的37个大中城市，为108个会员公司提供有价证券（主要是国债转让为主）的买卖价格信息以及结算等方面的服务，使分布在各地的证券机构能高效、安全地开展业务。在当时，STAQ系统的建立，推动了全国证券市场的发展，便于异地证券机构间的沟通。STAQ系统在交易机制上普遍采用了做市商制度，在市场组织上采取了严格自律性管理方法。1992年7月，国家体改委批准全国证券交易自动报价系统STAQ为指定的法人股流通市场。到1993年年底，STAQ系统共有上市公司10家。
NET系统是由中国证券交易系统有限公司（简称中证交）开发设计，并于1993年4月28日投入试运行的。该市场是央行联合五家银行、人保公司以及华夏、国泰、南方三大证券公司共同出资组建的。该系统中心设在北京，利用覆盖全国100多个城市的卫星数据通讯网络连接起来的计算机网络系统，为证券市场提供证券的集中交易及报价、清算、交割、登记、托管、咨询等服务。NET系统由交易系统、清算交割系统和证券商业务系统这三个子系统组成。当时，在NET系统进行交易的只有中兴实业、东方实业、建北集团、广州电力、湛江供销、广东广建和南海发展等7只股票，市场规模较小。按有关规定，凡具备法人资格且能出具有效证明的境内企业、事业单位以及民政部门批准成立的社会团体，均可用其依法可支配的资金，通过一个NET系统证券商的代理，参与法人股交易。
由此在全国形成了上海、深圳两个证券交易所和STAQ、NET两个计算机网络构成的“两所两网”的证券交易市场格局。但由于多方面的原因，STAQ和NET两个交易系统日益萎缩，上市公司效益也不尽人意。后来，随着市场活跃程度降低，法人股转让的功能逐渐丧失，STAQ及NET两个系统在1999年9月9日停止运行。2001年5月26日，《广州日报》电子版显示，两个系统还只剩下11家公司共11.28亿股法人股，其中STAQ法人股6家共计5.09亿股，NET法人股5家共计6.19亿股。它们分别是东方实业、中兴实业、建北集团、湛江供销、广东广建和沈阳长白、海国实、华凯股份、恒通置业、五星三环、杭州大自然。
在1997年亚洲金融危机后，为防范金融风险，中央政府对各地方设立的交易所场外股票市场和柜台交易中心进行清理，并对证券经营机构、证券投资基金和期货市场中的违规行为进行整顿，化解了潜在的风险。截至1999年上半年，共关闭了41个场外股票交易场所，场外股票交易清理整顿基本完成。至此，曾经在我国证券市场的起步中扮演了重要角色的柜台交易市场退出了历史舞台。1998年年底颁布的《证券法》规定“经依法核准的上市交易的股票、公司债券及其他证券，应当在证券交易所挂牌交易”，排除了场外证券交易的合法性。
（二）证券公司代办股份转让系统的建立和发展
2001年6月29日，中国证券业协会发布《证券公司代办股份转让服务业务试点办法》，指定申银万国等6家证券公司代办原STAQ和NET系统挂牌公司的股份转让业务。2001年7月16日，代办股份转让系统正式开办。2001年12月10日，退市的首家上市公司PT水仙在三板市场挂牌，随后又有多家退市公司在该市场进行交易。三板又开始承担完善中国退市机制的历史重任。证券公司代办股份转让系统，是目前除上海、深圳证券交易所之外唯一可办理股份转让的柜台交易系统。
建立股份代办转让系统，一是为解决原NET、STAQ系统挂牌公司流通股份等历史遗留问题提供的有效流通渠道。原NET、STAQ挂牌公司按照中国证监会的既定政策，在达到股票上市条件后，经股票发行审核委员会审核批准，可在证券交易所上市；在此之前，应进行股份代办转让。在股份转让期间，公司仍可继续努力，通过资产重组，加强管理，达到上市标准，到交易所上市。二是为解决主板市场退市公司股份转让问题。中国证券业协会又进一步完善了退市公司进入证券公司代办股份转让系统的工作。为了不断完善市场退出机制，证监会先后出台了《亏损上市公司暂停上市和终止上市实施办法》以及对此实施办法的修订、对修订的补充规定等一系列规章制度，并建立了警示存在终止上市风险的“特别处理制度”（即*ST）。但是，由于我国尚未全面实施破产制度，缺乏相关保护危机公司债权人和股东权益的法律规定，产生了如何监管退市公司、如何进行对其管理层失职的责任追究和公司退市后公众投资者如何转让股份等问题。截至2003年年底，沪、深两市累计有14家上市公司因连续3年亏损而退市。2004年2月16日，中国证监会发出《关于做好股份有限公司终止上市后续工作的指导意见》（以下简称《指导意见》）。《指导意见》中有一条与三板密切相关，那就是强制性地促使已终止上市公司在短时间内（45个工作日）直接到“代办股份转让系统”挂牌交易。
退市公司为什么不愿进入代办转让系统？业内人士分析，到代办股份转让系统挂牌，主要是方便原流通股股东进行交易，对于公司利益影响不大；而且挂牌每年需支付各种中介费用，还要进行信息披露；许多退市公司在净资产亏损后已经人去楼空……种种原因导致退市公司从退市到进入代办股份转让系统的时间越拖越长。针对这些情况，中国证监会规定了退市平移机制，强制上市公司退市以后必须进入代办系统。
《指导意见》规定，股份有限公司在终止上市前，应当依法确定一家代办机构，为公司在终止上市后提供股份转让代办服务，否则将由证券交易所指定临时代办机构；除有省级政府特例批准允许不挂牌外，所有在主板市场退市的公司必须于终止上市后的45个工作日，将其可流通股份在代办股份转让系统挂牌交易。以前，上市公司退市后是否进入代办股份转让系统，自主权在公司手中；现在出台“平移”机制，就意味着退市公司已经失去了是否进入代办转让系统的选择权，所有在主板市场上市的公司如果退市（省级政府特批允许不挂牌除外），都必须转入代办股份转让系统。
自强制“平移”开始到2006年年底，进入代办系统挂牌的退市公司从最初的4家增加至36家，新增32家；进入代办系统挂牌的退市公司股票从7只增加至40只，新增33只。“平移”机制的出台有利于从根本上改变部分退市公司从主板退出后股份转让停滞的局面，无论是对于保护投资者利益还是活跃代办股份转让系统，都是十分有益的。而《指导意见》中有关退市公司股票重新上市的规定也有利于代办转让系统与主板市场双向流动的形成。
（三）“新三板”的形成和发展
2006年1月16日，科技部、证监会以及中关村科技园区管委会，共同启动“中关村科技园区非上市股份有限公司进入证券公司代办股份转让系统进行股份报价转让试点”，即“新三板”。2006年1月23日，世纪瑞尔和中科软在“新三板”首批挂牌。中关村科技园区高科技公司进入代办股份转让系统挂牌，进行股份报价转让试点，标志着代办股份转让系统步入一个新的发展阶段。《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006～2020年）》及其配套政策的制定、发布和实施，加快了代办股份转让系统的发展步伐。纲要配套政策明确提出，“启动中关村科技园区未上市高新技术企业进入证券公司代办系统进行股份转让试点工作。在总结经验的基础上，逐步允许具备条件的国家高新技术产业开发区内未上市高新技术企业进入代办系统进行股份转让。”以园区公司进入代办系统挂牌为契机，代办系统步入一个新的发展阶段：第一次赋予了代办系统主动选择优质公司进行挂牌转让的机会，第一次赋予了代办系统融资功能。
“新三板”的推出，吸引了众多科技型中小企业的上市，改变了原三板市场只向垃圾股扩容的不利局面。“新三板”是多层次资本市场的重要组成部分，未来主板、创业板和“新三板”之间有望形成便利的转板机制。“新三板”将起到孵化器的作用，为创业板提供优质的上市公司。自2006年1月中关村股份报价转让试点以来，截至2008年年底，“新三板”共有41家挂牌企业。
中关村科技园区试点工作启动实施以后，进展良好。根据有关规定，中关村股份报价转让系统只为在中关村科技园区非上市公司提供转让报价服务，为科技含量高、自主创新能力强的园区中小企业利用。据了解，2 0 0人以下的股份公司在“新三板”挂牌采取备案制，且门槛不高，为解决中小企业融资和创业投资退出打开了渠道。一般的IPO，实行审核制，由证监会受理企业上市申请，发审委审核批准。发审委作为最后的审核部门，对市场负责。而企业在“新三板”上市，不发行新股，只是原有存量股份的挂牌交易。“新三板”实行备案制，券商做完材料后，经券商内核小组审核后，向中国证券业协会备案。在此过程中，券商的内核意见将直接对市场负责，较IPO审核制时承担更大的责任。“新三板”挂牌上市，不存在保荐人，对应的角色是券商的推荐挂牌项目小组。据中国证券网2008年10月30日报道，截至目前，有69家企业参与试点“新三板”，其中已挂牌企业达到36家，正在备案企业7家。此外，目前有近500家已经按照“新三板”上市要求完成改制或者正在改制，这些企业将为进一步扩大试点规模准备充足的后备资源。
（四）建设统一监管下的全国性场外交易市场
目前在三板市场交易的公司股票分为两类：中关村科技园区非上市股份公司，从2006年1月开始进入代办转让系统进行股份报价转让，称为“新三板”；2001年以来“两网”公司和退市企业股权代办转让系统，即“老三板”。代办股份转让系统除了承接退市公司、“两网”公司，其最主要的发展方向是高科技企业。根据监管部门的思路，积极推进三板市场建设，旨在建立、完善创业资本的退出机制，满足多元化的投融资需求，推动高新技术企业的发展。同时，通过规范运作，促进三板公司尽快达到在中小板和主板上市的要求，成为科技型上市公司的孵化器。
在2007年1月召开的全国证券期货监管工作会议上，中国证监会提出，要进一步发展代办股份转让系统，构建统一监管下的全国场外交易市场，积极研究探索适应多层次市场建设需要的交易制度创新，研究建立不同市场层次间的转板机制。在确立了将代办股份转让系统构建成统一监管下的全国性场外交易市场这一目标后，过于局限的试点范围已经开始妨碍代办股份系统的进一步发展，扩大试点范围变得更为紧迫，也是首先要迈出的一步。实际上，除已纳入试点范围的中关村科技园区外，“新三板”有望扩大到其他地区，包括上海、宁波、武汉、西安和成都等高新园区。如果“新三板”扩容成功，有望形成一个全国性的场外交易市场。
随着报价转让试点工作向其他高新园区的推广和多层次资本市场建设的推进，代办股份转让系统功能将继续拓展，挂牌品种将更加丰富，市场规模也将不断发展壮大，在完善资本市场体系、满足特定投融资需求、拓宽证券公司业务范围等方面将发挥更为积极重要的作用。代办系统发展的路径已经非常清晰，从接纳退市公司的容器，到北京中关村科技园区非上市公众公司进入系统试点，再到今后全国性的非上市的“两高”（高成长和高科技）公众公司股份报价转让平台。由此一步步地将代办系统建成一个统一监管下的全国性场外交易市场。