由于历史原因，我国股市上2／3的股权不能流通，导致股市先天不足，制度存在重大缺陷，成为完善股票市场基础制度的重大障碍。股权分置问题，一度被认为是中国股市上的“头号难题”。
（一）存在同股不同价不同利的弊端
股权分置存在着同股不同价不同利的弊端，即同样的股票但是价格不一样、利益不一样。
1.股权分置对流通股东不公平。例如，公司今年盈利1亿元，要把1亿元全部分给股东，每1股可以分到1元钱，非流通股东可以分到7000万元，流通股东可以分到3000万元。非流通股成本是1元1股，分红就是1元，收益100%；而股民在二级市场购买，可能成本是5元钱（可能还会上下波动），也只分到1元，收益20%。那么问题来了，同样的股票为什么收益有区别呢？
2.股权分置的局面对非流通股东同样不公平。非流通股东持有的上市公司股本没有市场流通权，转让受限制，享受不到流动性溢价，这也是一种利益损失。国有股的产权必须按照国家有关规定进行转让，在实际操作中，这部分股份只能通过协议方式转让，而且多按照净资产价格转让，大多低于流通股的市价，也同样造成了同股不同价不同利的局面。
（二）流通股东与非流通股东价值取向背离，上市公司的治理缺乏共同的利益基础
股权分置形成了流通股东与非流通股东两个不同的权益分置和权益分割。流通股东的权益关注点是二级市场的股价增值，非流通股东的权益关注点则在于资产净值的增减。作为流通股东来说，其损益状况的衡量标准就是获得的分红收益以及股价的涨跌。但是非流通股东情况不一样，他们更关心的是通过上市公司这个“资本平台”能够实际控制的资本规模大小，在乎的是资产净值的增减。因为在股权分置的环境下，绝大多数非流通股权转让，都是通过拍卖或协议转让的，而实际发生的协议转让的标准都是参照于每股净资产值。
所以，公司股价的下跌并不能使大股东权益受到损失，在很多情况下，上市公司的分红回报率与股价表现并不是他们最关心的因素。而通过不断的高溢价再筹资，不仅可以不断地提高非流通股权的“含金量”，而且可以扩大非流通股东可控制的资本规模，提升信贷水平，进一步放大其运行财务杠杆的能力，从而形成一个单方面的“良性循环”。这就天然的造成了“上市公司再筹资冲动”。试举一例，某上市公司以每股46元的价格增发2000万股股票，由于是溢价发行，增发后每股净资产由5.07元增加到6.72元。也就是说，通过增发，该公司大股东不出一文钱就使自己的资产增值超过30%。其后该公司股价一直下跌，大股东却毫发无损。可见，正是由于股权分置，使得上市公司大股东有着“圈钱”的冲动，却不会关心公司股价的表现。
上市公司以及大股东都把股市当成了提款机。上市公司在市场上“恶意圈钱”，而大股东又来把上市公司掏空。大股东对经营上市公司的积极性不高，经理层吃里扒外的现象非常普遍。更为常见的现象是上市公司通过关联交易转移利润和隐瞒利润。所以，大股东与小股东价值取向的背离，使得公司经营业绩的提高缺乏动力机制，从而也使得公司的投资价值无从谈起，长期战略投资更是天方夜谭。
（三）严重扭曲了股票市场的定价机制
股权分置也严重扭曲了股票市场的定价机制。2／3的股份不能上市流通，这部分非流通国有股份的真实价值，无法得到市场交易的合理评价，不可能实现市场化的动态估值。公司的价值到底怎么算？是股价乘以总股本？还是股价乘以流通股本？还是加权算法？搞不清楚了。股权分置的情况下，股权除了国家股，还有法人股，然后公司又发职工股，职工股后又是转配股（职工配股），然后流通股还有增发股，那么多股权，每个成本价都不一样，怎么去计算？股票定价除公司基本面因素外，还包括2／3股份暂不上市流通的预期，股权分置扭曲了股票市场的定价机制。
在股权分置格局下，上市公司流通股本规模较小，易于受投资机构操纵，股市的投机性特别强，股价波动较大，少数大庄家蓄意炒作就能把股价捧上天也能把股价打入地。这样的股市定价活动，不可能形成对企业强化内部管理、增强资产增值能力和提高企业市场竞争素质的激励机制。
（四）不利于上市公司的购并重组，影响了资产的优化配置
由于国有股权不能实现市场化的动态估值，所以不能形成对企业强化内部管理和增强资产增值能力的激励机制，更不利于上市公司的购并重组。以国有股份为主的非流通股转让市场是一个参与者有限的协议定价市场，交易机制不透明，价格发现不充分，严重影响了国有资产的顺畅流转和估值水平。由于非流通股的转让与定价环节并非以市场公开的方式进行，就给内幕交易的监管造成了很大的困难。历史上曾经发生过不少上市公司虚假重组配合市场炒作的案例，上市公司的“壳资源价值”一度被异化。这样，在股票市场的收购、兼并、重组环节留下了太多监管困难的空间。从某种意义上说，在国有资产转让过程中，只有让市场定价才是杜绝腐败，维护国有资产不流失的最有效方式。所以，股权分置不仅影响到上市公司通过股权交易进行购并重组达到资产优化配置的目的，而且不利于深化国有资产管理体制改革，妨碍了中国经济改革的深化。
（五）股权分置还包括三层不对等、不平等
股权分置不对等、不平等还包括以下三层含义：一是权利的不对等，即股票的不同持有者享有权利的不对等，集中表现在参与经营管理决策权的不对等、不平等；二是承担义务的不对等，即不同股东（股票持有者的简称）承担的为企业发展筹措所需资金的义务和承载的义务不对等、不平等；三是不同股东获得收益和所承担的风险的不对等、不平等。股权分置使产权关系无法理顺、企业结构治理根本无法有效进行，企业管理决策更无法实现民主化、科学化，独裁和内部人控制在所难免，甚至成为对外开放、企业产权改革和经济体制改革深化的最大障碍。