纳税人独立经济利益的存在，是税收产生和存在的内因。税收作为国家从纳税人所占的社会产品或价值中无偿地强制地取得，与纳税人的利益密切相关。纳税人除履行法定纳税义务外，其他的合法权利如财产所有权、生产经营权、受益权等，都应该受到保护，不容侵犯。所以，只有保护纳税人的权利，激发纳税人的积极性，创造出更多的社会物质财富，才能实现税收的职能。同时，在税收法律关系中，税务机关作为行政机关具有行政优先权，纳税人在客观上处于比较弱的地位。所以，保护纳税人的权力就显得尤为重要。可是，长期以来，由于税收观念上的偏差，我国在税收立法和执法中，过于强调纳税人的义务，对纳税人的权利考虑的不多，这实际上是税收法制不健全的一种体现。改革开放以来，我国在保护纳税人的权利方面有了根本性的进展。2001年5月1日新修订颁布的《中华人民共和国税收征收管理法》较多的体现了对纳税人权利的保护，进一步用法律条款将纳税人应有的合法权利加以确认，使税务征收机关不至于因产生歧义而损害纳税人的权利。这必将有利于重新建立社会主义市场经济条件下的新型征纳关系。
1.税务行政复议
税务行政复议是指纳税人、扣缴义务人、纳税担保人及其他当事人不服税务机关的具体行政行为，依法向税务行政复议机关提出重新处理的申请。税务行政复议机关根据申请人的申请，对原处理决定重新审议，并依法根据不同情况做出维持、变更或撤销裁决的法律制度。它是及时、正确解决税务纠纷的一种有效手段。对于保护纳税人、扣缴义务人及其他当事人的合法权益，维护和监督税务机关依法行使职权，具有重要意义。《税收征管法》第八十八条第一款规定，纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，在依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保后，可以依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉。第二款规定，当事人对税务机关的处罚决定、强制执行措施或者税收保全措施不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院起诉。
2.税务行政诉讼
税务行政诉讼是指公民、法人和其他组织认为税务机关及其工作人员的税务具体行政违法或者不当，侵犯了其合法权益，依法向人民法院提起行政诉讼，由人民法院对税务具体行政行为的合法性和适当性进行审理并做出裁判的司法活动。其目的是保证人民法院正确、及时审理税务行政案件，保护纳税人、扣缴义务人等税务当事人及其他行政相对人的合法权利，维护和监督税务机关依法行使行政职权。《税收征管法》第八十八条第一款规定，纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，在依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金或者提供相应的担保后，可以依法申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉。第二款规定，当事人对税务机关的处罚决定、强制执行措施或者税收保全措施不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院起诉。
3.税务行政赔偿
税务行政赔偿是指国家税务机关作为履行国家赔偿义务的机关，对本机关及其工作人员的职务违法行为给有关当事人的合法权益造成损害的，应代表国家予以赔偿的制度。在《税收征管法》及其实施细则中，有多处关于国家赔偿的规定。比如，《税收征管法》第八条规定，纳税人、扣缴义务人依法享有申请行政复议、提起行政诉讼、请求国家赔偿等权利；第三十九条规定，纳税人在期限内已经缴纳税款，税务机关未立即解除税收保全措施，使纳税人的合法利益遭受损失的，税务机关应当承担赔偿责任；第四十三条规定，税务机关滥用职权违法采取税收保全措施、强制执行措施，或者采取税收保全措施、强制执行措施不当，使纳税人、扣缴义务人或者纳税担保人的合法权益遭受损失的，应当依法承担赔偿责任。
4.在法定时效内主张权力
在实际生活中，人们经常会碰到诸如“请于某年某月某日……”、“必须在×天内……”之类的时效提示，若不在规定的期限内完成规定的某项行为，那么其所拥有的相关权力将“作废”。作为纳税人，如果不清楚那些权力受何种法定时效的制约，那么其受国家强制力保护的权利也同样会“过期作废”。我国的《税收征管法》、《行政复议法》、《行政处罚法》以及《国家赔偿法》等都规定了有关法定时效，纳税人必须在这些时效内行使权力。
首先，听证。个人纳税人被税务机关处以2000元以上（含2000元）、法人或者其他单位组织被处以一万元以上（含一万元）的罚款，在收到《税务行政处罚事项告知书》后必须在三日内向税务机关书面提出听证，逾期不提则视为放弃听证。当事人由于不可抗力或其他特殊情况而耽误的，在障碍消除后五日内可以申请延长期限，是否允许，由组织听证的税务机关决定。
其次，复议。纳税人、扣缴义务人、纳税担保人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关的纳税决定缴纳或者解缴税款及滞纳金，然后可以在收到税务机关填发的缴款凭证之日起六十天内向上一级税务机关申请复议。逾期不提出申请则视为放弃复议。
再次，诉讼。纳税人对税务机关的复议决定不服的，可以在收到上级税务机关复议决定之日起十五日内向人民法院起诉；对税务机关的处罚决定、强制措施或税收保全措施不服的，可以在接到处罚通知之日起或者税务机关采取强制执行措施、税收保全措施之日起三个月内，直接向人民法院起诉。但纳税人由于不可抗力或者其他特殊情况而耽误申请复议或者提起诉讼期限的，在障碍消除后十日内可以申请延长期限，是否允许，由复议机关或人民法院决定。
最后，赔偿。纳税人的财产受到税务机关及其工作人员侵犯，且属于国家赔偿法规定赔偿的范围的，受害的纳税人有取得赔偿的权利，但赔偿请求人必须自税务机关及其工作人员行使职权时的行为被确认为违法之日起两年内提出。因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期继续计算。
5.遭纳税罚款时的权益保护
中小企业在日常生产经营中由于各种原因的影响遭受纳税罚款是在所难免的。为了保护纳税人自身的权益不受影响，当纳税人在受到税务机关处罚时，要注意以下几个问题。
首先，搞清楚罚款的依据。目前，税务机关行政处罚适用合法有效的法律、法规依据只有《税收征管法》、《行政处罚法》中的规定，国务院制定的《税收征管法实施细则》中的处罚规定，国家税务总局制定的处罚规定，以及各省、自治区、直辖市人民政府制定的处罚规定。除此而外，任何其他行政部门制定的行政处罚规定都不能适用。假如当你的企业遭到纳税罚款时，就要首先留神罚款的依据是否适用。
其次，明白罚款的事实和理由。纳税罚款的事实是税务行政相对人过去或者现在正在实施的违反税务行政管理秩序的行为，即干了什么；罚款的理由是当事人触犯了哪个有明文规定的文件，即为什么罚款。税务机关在处罚决定作出之前，必须将查明的违法事实、证据、处罚根据、拟将给予的处罚意见和当事人的权利告知当事人，不告知当事人的行政处罚无效。
再次，分辨执罚主体。中小企业要搞清楚执罚的是不是行政机关，《行政处罚法》规定的行政处罚机关为：具有行政处罚权的行政机关，法律授权的组织、行政机关委托的组织。比如：税务事务所就不能行使处罚权。其次要搞清楚罚款是不是执罚人职权范围的事，不同的行政机关、部门应各司其职，超越法律权限实施的行政处罚无效。如基层税务所罚款数额不能超过2000元，税务部门聘用的征税人员无权行使处罚权限等。再次执法人员在行使职权时需要出示执法身份证件。
最后，掌握执法程序和罚款标准。按照规定，行政处罚有简易、一般和听证三个程序。简易程序主要适用于违法事实确凿并有法定依据，对公民罚款在50元以下，对法人罚款在1000元以下的轻微处罚，并当场实施处罚。一般程序是罚款超过简易程序数额，执罚机关需全面客观、公正的调查、收集有关证据，决定给于处罚的应制作处罚决定书并送达当事人。听证程序是行政机关为了合理、有效的做出行政处罚决定，公开举行由全部利害关系人参加的听证会时应当遵守的程序。听证程序一般罚款数额较高，当事人提出听证要求，行政机关在制定非本案调查人员主持听证，除涉及隐私外听证会应公开举行。双方可就违法事实，证据和行政处罚建议进行申辩、质证，然后再作出处罚决定书，纳税人不服的可以申请复议或提起税务行政诉讼。当事人要求听政的，税务机关不组织听政的行政处罚无效。
中小企业纳税人在缴纳罚款时，还要注意做出处罚决定的执法机关应与收缴罚款的机关分离，罚款应当由当事人在收到罚款决定书后15日内缴纳到指定的银行。
6.税务行政许可规定
十届全国人大常委会四次会议于2003年8月27日审议通过的《行政许可法》，已于2004年7月1日起实施。这一法律的颁布实施，对重塑政府职能，限制行政权力，规范行政行为，无疑将产生革命性影响。对政府部门而言，它是一部重要的限制法；对企业和老百姓来说，它是一部重要的赋权法和维权法。为了规范税务行政许可行为，保护纳税人合法权益，国家税务总局根据行政许可法及有关法律规定制定发布了《关于实施税务行政许可若干问题的通知》，明确的规定了税务行政许可的范围、实施的机关及实施的程序等。中小企业纳税人要与税务机关交往就要搞清楚这些规定。
首先，税务行政许可的范围。经国务院确认，国家税务总局文件明确规定了税务行政许可范围是：指定企业印制发票；对发票使用和管理的审批；对发票领购资格的审核；对增值税防伪税控系统最高开票限额的审批；建立收支凭证粘贴簿、进销货登记簿或者使用税控装置的审批；印花税票代售许可。其他非行政许可项目，在国家出台新的法律、法规之前，暂按现行办法执行。
其次，税务行政许可的实施机关。税务行政许可由具有行政许可权的税务机关在法定权限内实施，各级税务机关下属的事业单位一律不得实施行政许可。税务机关是指各级税务局、税务分局、税务所以及省以下税务局的稽查局。各级税务机关应当指定一个内设机关或者设置固定窗口，统一负责受理税务行政许可申请、送达行政许可决定。
再次，税务行政许可的实施程序。税务机关进行公示许可事项，应将有关行政许可的事项、依据、条件、数量、程序、期限以及需要提交的全部材料的目录和申请书示范文本等在办税服务厅或其他办公场所公示。
接着提出申请。公民、法人或者其他组织需要取得税务行政许可，应当：一是向主管税务机关提出申请并提交税务行政许可申请书；二是在法律、法规或税务机关按照法律、法规确定的期限内提出申请；三是按照税务机关的要求提交全部申请材料。
随之税务机关受理申请。对申请人提出的申请，税务机关应分别作出以下处理：一是不受理。如果申请事项属于税务机关管辖范围，但不需要取得税务行政许可，应当即时告知申请人不受理，同时告知其解决的途径。二是不予受理。申请事项依法不属于本机关职权范围的，应当当场书面作出不予受理的决定，并告知申请人向有关行政机关申请。三是要求补正材料。申请人申请材料存在可以当场更正错误的，应当告知并允许申请人当场更正；申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当当场或者在五日内依次告知申请人需要补正的全部内容，逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理。四是受理。申请事项属于本机关职权范围，申请材料齐全、符合法定形式，或者申请人按照本行政机关的要求提交全部补正申请材料的，应当受理行政许可申请。
最后税务机关以书面的形式进行审查并做出决定。税务机关审查税务行政许可申请，以书面审查为原则；依法或者根据实际情况需要对申请材料的实质内容进行实地核实的，应当指派两名以上税务机关工作人员进行核查。税务机关对申请人材料进行审查后，当场或在法定期限内以书面形式作出许可决定。作出准予许可的决定，颁发加盖本机关印章（或许可专用章）的许可证件或准予许可决定书，并在办税服务厅或其他办公场所公开许可决定，有条件的地方在网站上同时公开。
作出不予许可的决定，是税务机关出具加盖本机关印章（或许可专用章）的不予许可决定书，并应当说明理由，告知申请人享有申请行政复议或提起行政诉讼的权利。