在税务代理过程中必然涉及纳税人、扣缴义务人和税务代理人及税务机关三方之间的法律关系。
1.代理人与被代理人之间关系
纳税人、扣缴义务人与税务代理人之间形成的税务代理关系，是税务代理人代为纳税人、扣缴义务人办理税务事宜的过程中形成的合同契约关系。这种关系是通过代理协议建立起来的，是具有明确的权利义务内容的契约行为，税务代理关系作为一种民事法律关系，同其他民事法律关系一样，也都是依据一定的法律事实而发生的。双方应就代理内容、收费标准、应负责等事项签订税务代理委托协议书，以确保双方的利益，避免引起不必要的纠纷。
2.代理人与税务机关之间关系
税务代理人与税务机关之间的法律关系，既有民事上的法律关系，又具有行政法律关系。一般情况下，税务代理人作为纳税人、扣缴义务人与税务机关的中介人，不是税务行政相对人，与税务机关的关系，是民事法律关系。但是在两种情况下，税务代理人是税务机关的行政相对人：一种是税务代理人在税务代理中违反了税收法律、行政法规的规定，造成了纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关有权对税务代理人进行行政处罚；另一种是对税务代理人本身应履行纳税义务，税务机关按照税收法律、行政法规的规定，进行管理，在这时，税务代理人作为纳税人，是税务行政执法的相对人，与税务机关的关系，是行政法律关系。