从秦孝公十二年（前350年）开始，商鞅又实行第二次变法，这次变法是上次变法的深化，直接触及所有制形式。
其中一条是“废井田，开阡陌”。所谓废井田，是指废除从西周开始实行的井田制度。
关于井田制，孟子曾经做过细致的描述。他说，井田制就是把一大块地分为九份，八户人家一家一份，余下的一份为公家的。耕种原则是，八户人家先把公家的那一份干好，然后再种自己的那份。最初，井田制度的效果很好，农夫们耕作积极性很高。但是，到了西周晚期，情况变了，农夫们不愿意去公田干活了。井田制已徒有虚名。
由于变法的成功，秦国在对外战争中不断取得胜利，秦孝公十年（前352年），商鞅由左庶长升为大良造，相当于中原国家中的相国。
这几年间，秦国兵精粮足，将士英勇善战，两次打败魏国，占领了魏国的河西地区，斩杀魏军七千人，围攻魏都安邑，逼得魏国迁都大梁。秦军的崛起，让东方各国大为震惊。
在一次朝会上，商鞅向孝公建议，把国都迁到咸阳。因为咸阳地处渭河平原，土地平坦，肥沃千里，物产丰富，又接近东方各国。把国都迁到咸阳，既有利于指挥作战，又有利于外交往来。
商鞅说完，有两个官员表示支持。
白胡子的菌改激动地发言：“你们说咸阳千个好，万个好，我还是反对迁都！”他流着眼泪，伤心地说：“大王呀，我们祖宗的宗庙和坟墓都在这里啊！你舍得抛弃祖宗的宗庙和坟墓吗？”
菌改一带头，贵族们一个接一个发言反对迁都。贵族祝欢是国王的表弟，他的封地就在都城的郊外。他常常到王宫里来，和国王很亲近。这时，他满面含笑，对孝公说：“大王呀，照我看，国都的位置虽然有点偏，可偏一点没有什么坏处。再说，还有点好处，可以避免大国的进攻嘛。这里城池宫殿样样齐全，何必到咸阳另起炉灶？我说，一动不如一静，不必迁都吧。”
孝公皱着眉头，闷声不响地听着。他想：“这些贵族对我的变法措施，没有一项是赞成的……祝欢平时对我那么亲热，现在也唱反调……就为了摆脱这些人的胡闹，我也应该迁都！”
这时，公子虔说话了：“我说，我们祖宗的法制早已经变掉了，为什么祖宗的宗庙坟墓就不能离开呢？我们的祖宗襄公、德公在雍城一带建都的时候，不是也离开了他们祖宗的宗庙坟墓吗？所以我觉得，迁都是可以的。祖宗的宗庙和坟墓，可以派人看守祭扫嘛。”
他的发言，使全场都感到意外。菌改向他瞪了一眼，心里骂道：“你也跟着商鞅跑了吗？谁不知道你在暗地里反对变法？”祝欢想：“这家伙倒装得像个革新派人物！啊，是了，他的封地就在咸阳附近，难怪他主张迁都！”
孝公听了公子虔的话，也吃一惊。他眉开眼笑地望着公子虔，心想：“谁说贵族都反对变法呢？不是也有拥护的吗？”
孝公严肃地扫视全场，说：“公子虔的话很有道理。为了秦国的富强，我决定两年内迁都到咸阳。贵族们愿意去的可以一同迁去，不愿迁的可以留在这里看守宗庙坟墓。从现在起，集中力量建设咸阳城，由商鞅和公子虔负责办理。”
公子虔装得积极起来了。他帮助商鞅征集民工，采办木材、石料，指挥官府里的工奴，在咸阳建筑宫殿。他早就听说，鲁国和卫国的宫殿规模宏大，特地派人到鲁、卫两国描绘图样，然后照样建筑起来。在宫殿前面，还仿效鲁、卫用石头筑了一对高高的门楼，称为“冀阙”，更显出庄严肃穆的气象。
商鞅不反对把宫殿宏造得大一些，这可以显出国王的威严；而且让东方各国的人来看看，也显得秦国是个富饶而强大的国家。他说：“公子虔呀，宫殿的事你多管管吧，让我多注意城池、街市的事。”
商鞅把咸阳旧城扩大，新建了高耸的、坚固的城墙，城外墙下有又深又宽的水沟。四面有城门出入，城里有整齐的街道，还造了坚实的粮仓和钱库。
在咸阳城内还修建了宽广的市场，由官员指挥官府的工商奴隶经营手工业和商业。商鞅的法令是打击商人的，但是他并不反对商业。因为他知道，农民增加了生产，就会把多余的粮食、麻布、丝绸和各种副业产品卖出来，还要买进牲畜、农具和各种生活必需品。农业增产会使商业发达，而商业发达又会促进农业增产。至于贵族，也要把奴隶们给他生产的农产品和手工业品卖出去，换取一些奢侈享乐的生活用品，如金饰、玉器和刺绣、狐裘之类。还有齐、楚、赵、魏等国的商人会运来一些秦国所缺乏的东西，来换取秦国的土特产。为了进行这些商业活动，当然需要一个象样的市场。
在修建过程中，咸阳的人口增加了，街市越来越热闹。公元前350年，秦孝公带领家属、一些贵族和官员，从栎阳迁到咸阳。秦孝公命令一部分贵族留在旧都。他到咸阳以后，增设了一些政府机构，又提拔了一些忠实能干的平民来担任官职。
有一天，秦孝公接见了公子虔，对他说：“在贵族里面，算你最为博学了。这次你拥护迁都，营建新都，很有功劳。我想把太予交给你教育，望你尽心竭力把他教好。”
秦孝公的太子名驷，这时只有七岁。孝公早已替他选定一个教师公孙贾，教他识字、学习礼节。现在再挑选一个学问“渊博”的教师来教他读书。
孝公叫公孙贾来和公子虔相见，还叫太子驷出来拜见老师。孝公对两位老师说：“我把太子交给你们，也就是把秦国将来的命运交给你们。你们知道，太子将来要做国王的。你们的责任可不轻啊！不要辜负我的期望啊！”
满心欢喜的公子虔答道：“决不辜负大王的期望！”公孙贾也连声说：“遵命！遵命！”