在稳定了政权之后，慈禧的权力欲望并没有减弱。
十月五日（11月7日），慈禧通过奕下令，取消八个赞襄政务大臣在咸丰皇帝死后为新皇帝拟定的“祺祥”年号，而代之以“同治”年号，以第二年为同治元年。十月九日（11月11日），新皇帝同治在太和殿举行登基大典。同时，给皇太后上尊号。钮祜禄氏被尊称为慈安皇太后，那拉氏被尊称为慈禧皇太后。新皇帝还发布圣旨，规定各省和各路军营的奏折都必须首先送呈两宫皇太后过目，然后交给议政王和军机大臣详议，提出处理办法，之后报请两宫皇太后批准，由军机处按照两宫皇太后的意见草拟圣旨，最后经两宫皇太后审定颁发。这样一来，两宫皇太后对朝政便有了最后裁决权，而议政王奕则具有了行政权。这也就等于宣布了两宫皇太后主政。顺理成章，水到渠成，之后就是要垂帘听政了。十一月初一日（12月2日），两宫举行垂帘听政大典。两宫垂帘之后，第一件事就是重组中央领导核心，授予了奕许多要职。咸丰十一年十月一日（1861年11月3日），就是发动政变的第二天，破清代先例，独授奕一人为议政王，在军机处行走。同一天，又发第二道谕旨，奕又被补授为宗人府宗令。宗人府宗令掌管皇族事务，位居内阁六部之上。十月二日（11月4日），又发两道上谕，补授总管内务府大臣，并管理宗人府银库。加之总理各国事务衙门大臣的原职，此时的奕已经集军、政、外交、皇室事务大权于一身了。不过在他之上，有垂帘听政的两宫皇太后，没有她们的同意，奕其实什么事也干不成。
慈禧在给予奕重大行政权力之后又命他组阁军机处。根据奕的建议，两宫太后在咸丰十一年十月一日（1861年11月3日）发布上谕，任命大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝望在军机大臣上行走。鸿胪寺少卿曹毓英，在军机大臣上学习行走。原军机处人员，只有户部左侍郎文祥，着仍在军机大臣上行走。清政府对内实行统治的核心机构是军机处，对外则是总理各国事务衙门，这是在英法等国的强烈要求下，奕等在咸丰十一年（1861年）奏请设立的一个清政府办理外交的机构。这样，中国历史上第一个专门处理外事的外交机构便正式成立了。在这之前，中国没有近代意义的外交机构。而总理衙门的成立，使中国的外交制度开始向近代化迈进。
慈禧还重用汉族地主官僚。慈禧重用信任曾国藩及一批汉臣，对挽救摇摇欲坠的封建地主阶级统治起了关键性的作用。《清鉴》说：“听政之初，军事方亟。两宫仍师用肃顺等专任汉人策。内则以文祥、倭仁、沈桂芬等为相，外则以曾国藩、左宗棠、李鸿章等为将。自军政吏治，黜陟赏罚，无不咨询。故卒能削平大乱，开一代中兴之局。”这个评价是有一定道理的。
另据《慈禧外记》记载：“曾国藩之名，妇孺皆知而称之，然其所以能成此事业者，实慈禧知人善任，明于赏罚而有拔识之。当无事之时，盈廷济济，而独赏鉴于言行之表，尤非具卓识者不能。曾国藩之才能及其忠诚，太后信任极深，故卒能成其功也。除荣禄外，中外大官，无若曾国藩得圣眷之隆者。”这段评价也是比较中肯的。在这种情况下，慈禧在垂帘听政的位置上越坐越稳，对清朝权力的掌控也越来越紧。慈禧采取的这一系列措施，对于挽救清朝的统治确实起到了巨大的作用。
不过，当大清朝刚刚渡过统治危机，慈禧与奕等人之间的矛盾便开始凸显出来。为了最高权力，慈禧罢免议政王，逼死同治帝，毒死东太后，控制光绪帝，改组军机处，最终确立了唯我独尊的政治地位。同治四年（1865年），清廷发生了一场以争权为中心的斗争，这场斗争的双方，就是四年前为打倒赞襄政务八大臣而联盟的盟友，如今则一方为垂帘听政的皇太后——慈禧，另一方为主持军机处的议政王——奕。在奕看来，北京是他的天下，是他苦心经营的势力范围。况且，是他精心策划，并依靠他的强大的势力打败了肃顺，如今大功告成，就应该执掌大权。所以一边是慈禧上谕屡下，一边是议政王我行我素，气势熏天，也全然忘记了功高震主的忌讳。他小看了慈禧，在两宫和皇上面前慢慢地就少了一份尊敬。慢慢地，慈禧越来越不能容忍奕的傲慢气焰，她决心甩开奕，结束两人在对等地位上互相监视的历史，要让文武百官包括奕在内，明白她才是这个王朝的最高主宰。她亲自动笔写了一道上谕，不交由奕控制的军机处，而是直接交内阁明发，宣布罢免奕。慈禧与奕在事发之后，各有所虑。慈禧见到许多大臣为奕请命，且洋人也露出干涉之意，知道奕确实是个不好惹的人物，也恐怕这样下去，于己不利。慈禧屡次三番地召见大臣，说明她很想得到大臣们的支持，然而，满朝文武，上至亲王，下至御史台谏却众口一词，要求奕复职，是完全出乎慈禧意料之外的。慈禧感到罢黜奕的时机尚不成熟，有些骑虎难下了。恭亲王奕起初以为慈禧不能把他怎么样，待见上谕明发天下，他这才真正认识了这位太后的铁腕，况且皇帝在她手里，万一事情闹大说不定更糟，于是他决定对慈禧让步。当他通过其他大臣转达了这个意思后，正好给了慈禧一个台阶。于是，四月十四日（5月8日），慈禧传旨召奕晋见，面加训诫。这一次奕已悉弃傲气，进门之后，双膝跪地，痛哭谢罪。慈禧也许动了恻隐之心，也许打击奕的目的已经达到，也许军机处确实还需要奕这样的人选，于是，慈安、慈禧又对奕作重新处理：“今恭亲王既能领悟此意，改过自新，朝廷于内外臣工用舍进退，本皆廓然大公，毫无成见，况恭亲王为亲信重臣，才堪佐理朝廷，相待岂肯初终易辙，转令其耽安逸耶！恭亲王著仍在军机大臣上行走，毋庸复议政名目，以示裁抑！”在这场斗争中，慈禧找了一个借口，轻而易举地罢免了奕的议政王的头衔，使其名位和权力较前都大为削弱，从此，奕不能同慈禧再处于“准平等”的地位，亲王辅政与太后听政的制约机制一去不复返了。不过，慈禧此时对权力的争夺已不是为了清朝的统治，而是为了满足自己的权力欲望了。
为了完全掌控权力，慈禧对自己的儿子也绝不宽待。
在为同治皇帝选择皇后的问题上，慈禧认为应该立凤秀之女，理由是凤秀之女年轻貌美，聪慧超群。慈安则认为崇绮女雍容端雅、习规知礼，应为皇后。结果，同治皇帝竟然拂慈禧之意将崇绮女阿鲁特氏立为皇后，封号嘉顺；凤秀之女立为慧妃。对于不从命的人，慈禧从来都是愤恨和不留情的，即使亲生儿子也是如此。同治皇帝婚后与阿鲁特氏感情很好。慈禧虽然容忍了慈安和同治帝的选择，可肚子里总是窝着一股火，她就把气撒在皇后身上，经常给她难堪。看到同治帝与皇后恩爱有加时，更是嫉恨阿鲁特皇后，对同治帝冷落慧妃也是一肚子不高兴。她曾把同治皇帝叫到跟前，板着面孔教训他：你身为一国之君，不思祖宗的基业，成天一味地在后宫厮混，成何体统？再者说，慧妃论模样儿，论人品，哪一点差？你怎么能冷落她呢？皇后年纪轻轻的，不懂礼法，往后皇帝不要动不动地就到皇后宫里去，那样是会妨碍处理朝政的。同治皇帝听了慈禧这番不通情理且自相矛盾的教训，敢怒而不敢言，口里只得连连称是。
从此，慈禧经常派太监暗中监视同治皇帝是否不听她的话仍与皇后亲近。在这种情况下，同治皇帝不敢违背慈禧的旨意，就很少再到皇后的宫中去了。他以为慈禧训斥自己，是由于慧妃妒忌皇后，搬弄是非的结果，为此，他记恨慧妃，也不到慧妃的宫中住宿，宁可长年在乾清宫独宿，从而为其“冶游”以至早死埋下了祸根。同治皇帝毕竟年轻，血气方刚，受不了寂寞，就经常夜里化装出宫游荡。因名妓聚集的八大胡同是朝臣们经常出没的地方，担心被朝臣们认出，所以同治皇帝在心腹太监的带领下，只能到城南的下等妓院去，久而久之，染上了性病也不足为奇。同治皇帝得了性病，碍于皇帝的威严，慈禧不能如实说出病情，而御医们虽然诊断出皇帝患了梅毒，可谁敢说真话呢！一旦说了实话，难免不以欺君之罪祸灭九族，所以只能按照慈禧的意思按天花来下药。同治皇帝患了梅毒非但不能及时治疗，反而竟吃错药。这样一来，同治皇帝的结局也就可想而知了。他于同治十二年十一月（1873年12月16日）卧病在床，到同治十三年十二月初五日（1874年1月12日）夜里驾崩，这期间，慈禧虽然数次亲问病药情况，但是，对同治皇帝的病毫无作用，她眼睁睁看着自己的独生儿子浑身流脓淌血气绝身亡。
同治之死对晚清政局产生了重大的影响。
由于同治皇帝之死，造成了慈禧弄权的好机会。早在同治皇帝病危之时，慈禧就开始考虑由谁继承皇位的问题了。同治皇帝没有儿子，按常规，只能从宗室挑选一个人，过继给同治皇帝当嗣子继承皇位。但如果这样的话，同治皇帝有了继承人，阿鲁特氏就成了太后，慈禧便成了太皇太后；过继的儿子若是年龄大，能够处理朝政，慈禧从此就失去了最高的权力；若是年龄小，需要太后垂帘听政，那也是阿鲁特氏的事情，慈禧作为太皇太后只能退居深宫旷养天年了。而视权力如生命的慈禧，当然不可能在此皇位交替的重要时刻无所作为。所以，慈禧太后挑选醇亲王奕□4岁的儿子载湉为帝，实行第二次垂帘听政。慈禧在宣布载湉继位当皇帝后，即连夜派人到醇王府去迎接载湉入宫。当夜，4岁的载湉就继承了皇位，改元为光绪。光绪元年十二月初七日（1875年1月14日），即载湉入宫的第三天，两宫向全国臣民下达旨意：“垂帘之举，本属一时权宜。惟念嗣皇帝此时尚在童龄，且时事多艰，王大臣等不能无所秉承，不得已姑如所请，一俟嗣皇帝典学有成，即行归政，钦此。”
慈禧费尽心机，终于实现了第二次垂帘听政，牢牢握住大清国的最高权力不放。
罢免了奕的议政王封号，实现了二次垂帘听政，能与慈禧在权力道路上平分秋色的人就只剩下慈安东太后了。一般人认为，慈安生性懦弱，无权力欲，“才不足以御政”，虽贵为正宫太后，但并未给慈禧揽权造成障碍。事实上恰恰相反，这一名分反倒成了慈禧发号施令的重要阻力。就慈安来说，因为她在咸丰二年（1852年）便立为皇后，备位中宫，而慈禧不过是咸丰帝的一位贵妃。咸丰帝死后，其子载淳继承帝位，因母以子贵，才封为皇太后的。慈安、慈禧两人名分上的这种差距，在等级森严的封建社会里，它本身就成为慈安的一个巨大政治资本，一个足以压制慈禧，使其地位永远低于自己的无穷的政治力量。而慈安与慈禧之间的矛盾，最初就是从这里产生的。于是，在慈禧大病一场，刚刚痊愈之后，光绪七年三月初十日（1881年4月8日），慈安太后却暴病身亡。慈安太后是怎么死的？传说不一，有说是慈禧害死的，有说是暴病而死的。但不管怎么说，从慈禧与慈安长期的矛盾发展及其争斗的蛛丝马迹来看，慈安之死慈禧难脱干系。
由此一事之后，慈禧开始建立完全听命于自己的政府班子。
光绪十年三月十三日（1884年4月8日），慈禧没有像往常一样召见军机大臣，而只单独召见领班军机章京，按她的意思，御前拟旨，下发全国。谕旨将奕开去一切差使，并撤去恩加双俸，家居养疾。宝望著原品休致。协办大学士、吏部尚书李鸿藻、兵部尚书景廉均获开去一切差使，降二级调用。工部尚书翁同解革职留任，退出军机处，仍在毓庆宫行走。一道懿旨，将军机处全班人马全部罢斥。罪名是“委蛇保荣”“因循日甚”“谬执成见”“昧于知人”，等等。同一天，慈禧又颁发上谕：“礼亲王世铎著在军机大臣上行走，毋庸学习御前大臣，并毋庸带领豹尾枪。户部尚书额勒和布、阎敬铭，刑部尚书张之万均著在军机大臣上行走。工部侍郎孙毓汶在军机大臣上学习行走。”这就组成了以礼亲王世铎为首的新的军机处。三月十四日（4月9日），慈禧又发一道懿旨：军机处遇有紧要事件，著合同醇亲王奕□商办，俟皇帝亲政后再降懿旨。这就是说醇亲王奕□成了幕后首席军机大臣。军机处的改组完成后，慈禧又对部院大臣、总理衙门、八旗都统做了重大的变更与调整。礼部尚书徐桐接任李鸿藻的吏部尚书一职，左都御史毕道远接任礼部尚书。理藩院尚书乌拉喜崇阿接任景廉的兵部尚书一职，左都御史延煦接任理藩院尚书，吏部左侍郎昆冈、祁世长接任左都御史。总理各国事务衙门由奕劻管理，内阁学士周德润、军机大臣阎敬铭、许庚身后也在总理衙门行走。慈禧在不到半个月的时间内，大规模改组政府，完成了清廷最高领导层的重大人事变动。因为这次变动发生在甲申年，史称“甲申易枢”或“甲申朝局之变”。
甲申易枢后，慈禧有了不受任何制约的至高无上的权力，唯我独尊的政治地位至此完全确立，从此开始了慈禧对中华大地的绝对统治。不过此时的慈禧，放在励精图治上的精力已不如用于享受权力乐趣的多了。
尽管她后来主持了清朝的第一次自强运动，改革同文馆为近代中国培养了一大批翻译人才、外交人才和科技人才；派遣首批留美学生学习西方的先进科技文化，打击了当时弥漫全国的顽固守旧的风气，促进了西学在中国的传播，开创了中国近代选派留学生的先河；发展近代交通、电报事业；兴办近代军事工业，建立新式海陆军拉开了我国国防近代化的序幕，如此种种，似乎都显示了慈禧改革图强的努力，但她软弱的外交却彻底地葬送了中国的颜面和利益。她痛恨列强，同时又惧怕列强。对入侵者，她始终在战与和之间徘徊。在对待列强发动的一系列侵略战争上，作为虚弱的大清国的主人，慈禧持着求和的心态，采取了委屈的外交政策，始终游移在战和之间，以战求和，息事宁人。每一次实力悬殊的较量，她都以失败而告终，一败再败的经历，彻底吞噬了慈禧对列强再战的信心。最终，为了能够维持自己苟延残喘的统治，慈禧只好去“量中华之物力，结与国之欢心”了。
光绪三十四年十月二十二日（1908年11月15日）下午，统治中国近代历史几达半个世纪的慈禧，终于在中南海仪鸾殿永远合上了她的双眼。