转基因，是指运用科学手段从某种生物中提取所需要的基因，将其转入另一种生物中，使与另一种生物的基因进行重组，从而产生特定的具有变异遗传性状的物质。利用转基因技术可以改变动植物性状，培育新品种。它的危害性一直存在。
有一个小故事：一位果农买来了昂贵的良种种子，但在第二年，却把这些种子免费分发给邻居，他妻子不解，这位农夫回答说，采我们花蜜的蜜蜂也会去采他们的花蜜，如果品种不一样，最终也会带坏我们的果实。归根到底，我们都在同一片田野上。
转基因，是指运用科学手段从某种生物中提取所需要的基因，将其转入另一种生物中，使与另一种生物的基因进行重组，从而产生特定的具有变异遗传性状的物质。利用转基因技术可以改变动植物性状，培育新品种。
上世纪90年代初的美国，美国超市中出现了一种保鲜番茄，这是世界上第一个出现在市场上的转基因食品。自1998年起，陆续发生了“英国普斯塔事件”、“美洲斑蝶死亡”、“加拿大超级杂草事件”、“欧洲转基因玉米对哺乳动物健康影响”、“中国抗虫棉破坏生态”等事件。
1998年，英国科学家普斯塔个人在电视台公布了他的实验结果，表明转基因的马铃薯饲喂大鼠可以破坏免疫系统。英国皇家学会立即反驳说，这份实验结果不可信。这就是“英国普斯塔事件”，是第一个与转基因生物安全有关的事件。此后关于转基因食品的安全始终争论不休。美国著名学着杰夫雷·史密斯也曾撰写了最畅销书《诡计的种子：揭露转基因产业与政府对你食用的转基因食品的谎言》，书中揭露了转基因作物、转基因食品对全球人类的危害。
欧盟、日本以及绿色环保组织等都是转基因农作物的坚决反对者，他们认为转基因食品存在三大不确定性：一，转基因食品的安全性尚未确定；二，农产品的分离和管理体系混乱，无法防止转基因食品混入其中；三，转基因农作物对自然生态的风险无法确定。
目前，对转基因食品的安全性没有一个世界公认的确认，美国认为没有证据表明转基因食品存在安全问题，欧洲和日本则都质疑，直至现在，双方都拿不出有力的证据。
1999年，美国康奈尔大学的一个研究小组在《Nature》杂志上发表文章，认为带有转基因抗虫玉米花粉的马利筋（一种杂草）叶片饲喂美国大斑蝶，结果导致44%的幼虫死亡。但转基因的支持者认为，这一实验是在实验室中完成的，也没有提供足够多的花粉数据；而且，自2000年开始，美国就有3个州进行了田间试验，证明这种玉米花粉对斑蝶没有威胁。但是，北美斑蝶数量的确在明显减少，支持者把这归结为农药和大斑蝶越冬地的墨西哥生态环境遭到破坏。
2001年，德国黑森州北部的农民克劳纳先正达公司的Bt-176转基因玉米喂养奶牛，但不明原因死去了5头；2002年2月，他决定停止给奶牛喂食这种玉米，但到10月，又陆续死去7头。2002年4月，柏林的罗伯特科赫研究所（RKI）对这一事件进行了调查。他们发现，克劳纳所使用的饲料主要为转基因玉米、草料和高浓缩补剂。调查认为，玉米饲料和高浓缩补剂中存在一些霉菌毒素，饲料比例也存在缺陷，奶牛产犊前后矿物质补充数量不足，热量和蛋白质却超标，前者超过25%，后者超过42%，两只死亡的奶牛体内发现了肉毒杆菌（Clostridium botulinum），另外五只存活的奶牛中也发现了感染。所以，结论是奶牛死亡与转基因玉米没有关系。2003年12月，德国联邦消费者保护与食品安全办公室再次进行调查时，接受了罗伯特科赫研究所的判断。
bt转基因玉米在德国上市前曾于1999年在德国的联邦农业研究中心（FAL）就做过转基因玉米和传统玉米喂养牲畜的长期实验。实验期为246天，中间没有出现任何问题。西班牙也从1998年起种植了22000公顷这种玉米，也未发现任何问题。
但是，这种玉米还是被欧盟禁止在欧洲种植，因为它带有抗氨苄青霉素的基因，依据欧盟2001年的新规定，凡是含有对人类医疗中重要抗生素的抗性基因的转基因作物应逐渐退出市场。Bt-176转基因玉米最大的优点是能抗欧洲玉米螟，也就是因为含有抗氨苄青霉素的基因。这一案例虽然得到了德国联邦消费者保护与食品安全办公室的最终确认，但似乎无法消除人们的疑虑。
转基因不仅本身存在疑问，而且更重要的是，它还会大面积“污染”生物的基因环境，这是因为基因在生物中存在“漂流”现象。这方面已经有明显的例子：加拿大曾出现了“超级杂草”事件。
加拿大一农场曾经通过商业化种植了转基因油菜，在随后的几年里，发现了有些油菜植株可以抗1-3种除草剂，这被称为“超级杂草”。“超级杂草”是指“转基因植物（主要是转抗除草剂基因）本身变成杂草，或者通过花粉传播以及受精导致某些外源基因漂入野生近缘种或近缘杂草，从而形成耐多种除草剂具抗性的野草化杂草。”如今，这种杂草化的油菜在加拿大已经遍地开花、随处可见。这种油菜实际上已经是不再是农作物，而是令人讨厌的“坏蛋”，它能抵御多种农药，而且其可以通过交叉授粉等方式污染同类物种，结果使得物种变得杂乱，食用价值和经济价值都大为降低。2001年，英国政府环境顾问机构“英国自然”在一份报告中特意提到了加拿大“超级杂草”对物种的污染。
关于转基因出问题的事例并不罕见，很多国家也的确在作相关的研究，很多动物试验也表明转基因食品的确存在安全隐患，比如对动物脏器产生损害、血液中存在毒素、对免疫系统产生危害等等，其中，还有对生殖系统的危害，通常试验数据表明试验鼠等生育能力下降。另外，一些转基因玉米等也会直接伤害试验鼠以及家畜的睾丸、精子等。这些科研机构多为美国、英国、加拿大、俄罗斯、法国、澳大利亚等国，试验数据也较为可信。这也正是欧盟禁止转基因农作物的原因。不过，转基因支持者认为，也许有些证据是可信的，但转基因食品已经上市几十年，至今为止还没有非常明确的对人的损害。
这也许就是转基因食品继续大行于世的原因，但是，转基因的危害不是在短时间内能体现出来的，往往需要很长时间，而且，其危害产生的机理尚不清楚，现在的研究都还处在很初级的阶段，究竟有没有危害、危害有多大，谁也无法给出充足的证据，但既然双方都没有足够的证据，那么这么不确定性的物质是否应该急于商业化呢？