绍兴五年（1135年）春，高宗再次召见岳飞，赐岳飞银两千两、帛两千匹，封其母姚氏为福国太夫人，妻李氏为福国夫人。这既是赏岳飞援淮西之功，也是为了不久改任岳飞为荆湖南北襄阳府路制置使，封其为武昌郡开国侯，并命其前去湖南镇压洞庭湖起义军。
洞庭湖钟相、杨幺领导的农民起义，虽然盘踞的地方不大，实力有限，但是波及湖南、湖北两路，起义群众多达二十万人，达六年之久，是宋代三大农民起义之一，在当时具有深远的影响。
洞庭湖起义军最初的领导是钟相，钟相是鼎州武陵（今湖南常德）人。早在北宋末年，他利用治病、宗教在民间进行革命活动，宣传“法分贵贱贫富，非善法也。我行法，当等贵贱、均贫富”（《会编》卷一三七，建炎四年二月十七日条）的思想，日积月累才建立起一个组织。当他准备起义的时候，金军展开了进攻南宋的侵略，宋金战争爆发了。基于民族大义，钟相高举爱国抗金的旗帜，把指向赵宋王朝的矛头转向金军。京师被围困的消息传来的时候，钟相毅然地派儿子钟子昂率领三百民兵去东京“勤王”，但是没有想到的是，徽、钦二帝宁愿割地求和，也不敢主动出击攻打金人，钟子昂所率的勤王兵和各地的勤王兵一样，被遣散回籍。
钟相的一腔爱国热情被浇灭，于是逐渐沦为寇贼。这时候南宋王朝开始建立，但是高宗赵构和他的哥哥赵桓一样是一个胆小怕事之辈，因此当金人的铁蹄踏入南宋的时候，高宗一再采取求和的策略，致使金人步步进逼，越过了长江，闯进了两湖、江西。金军的破坏已惨不堪言，接着李成、曹成等游寇以及征讨游寇的宋军的轮番骚扰，加上地方官府横征暴敛，把整个广大的荆湖地区，洗劫得“郡邑凋残”、“田畴荒芜”、“十室九空”，游寇“无物可寻”，甚至“以人为粮”。
建炎四年，金军在潭州大肆烧杀略抢的时候，游寇孔彦舟跟在金军的屁股后，闯进澧州（今湖南澧县）打家劫舍。这时候当地农民终于忍无可忍地爆发了，在钟相的领导之下，以打孔彦舟为名，高举义旗。数日之间，得到鼎、澧、潭、峡、岳、辰六州和荆南府所属的十九个县群众的揭竿响应，建立了楚国，推钟相为楚王，以“均平”号令起义地区，保护“执耒之夫”（胡寅《斐然集》卷十七《致张德远书》）。他们烧官府、杀官吏、打爷儿（游寇）、斩土豪，与南宋政权进行斗争。
孔彦舟派人刺杀了钟相、钟子昂之后，起义军首领杨幺（本名杨太）就担负起了楚国军政领导的重要职责。绍兴三年，他自号“大圣天王”，立钟相少子钟子仪为太子，建立起洞庭湖根据地。今天的南至长沙、北达江陵、东至岳阳、西到常德的大片地区，都成了农民起义军的活动范围。杨幺军自知实力有限，因此他们对付官兵的围剿有着一定的策略，即“陆耕水战”。起义军依凭洞庭湖险要的水势，春天和夏天雨水较多，尤其是夏季雨水比较旺盛，阻拦了官兵的去路，使得官兵无法出兵，乘这两季耕种田地，待到秋冬水落，官军发动攻势，则收藏粮食，然后出战。杨幺军主要的策略是以自己的长处，攻敌人的短处，避免陆战，力争水战。这种“陆耕水战”的体制，有力地保护了起义地区人民的生产和生活。
高宗知道杨幺独自建立一个小朝廷之后，寝食难安，杨幺成为高宗心中的一个刺。高宗向金人退让，但是对于杨幺却采取各种方法，坚决要除掉。
由于洞庭湖易守难攻，因此高宗刚开始采取的是安抚政策。鼎州太守程昌寓、参知政事兼荆湖宣抚使孟庾、湖广宣抚使李纲、荆南镇抚使解潜等朝廷大员和地方守臣，派出一批又一批的人去招安，妄图用高官厚禄瓦解起义军。但是最终的结果是，去招安的人，杨幺都将他们一一杀害。这惹恼了高宗，于是高宗才下定决心，剿之。
高宗命程昌寓任鼎澧镇抚使率兵镇压起义军。没有料到程昌寓刚一进入义军活动区的鼎州，便遭到农民起义军的“拦截”，“官军不能措手，痛遭杀害”。程昌寓逃得快，保住了一条小命，但是军队却覆灭了。之后朝廷又派刘安抚、孟执政、李宣抚前去镇压，但统统不是起义军的对手。
高宗还是不死心，一心要除掉杨幺。绍兴三年六月，高宗再次下诏派神武前军统制王王燮为制置使，率兵征讨杨幺，又派了御前忠锐第一将崔增、水军统制吴全率领水军作为援助，水陆共计六万兵马前往洞庭湖围剿。结果又被起义军打得溃不成军。王王燮灰溜溜地逃回鄂州。朝廷因王王燮丧师，罢免他的军职。
朝廷的军队再三的出动，但是没有一支能胜利的归来，这时候的高宗已经丧失了理智，岳家军威猛的战斗力让金人如雷贯耳，于是高宗想到了岳飞，于是他立马下诏让岳飞前去扫平杨幺，并让宰相张浚亲自出马监军。
岳飞受命之后，制订了一个详细的作战计划，他决定以攻心为主、武力为辅的原则。之后他派出一些士兵扮作商人，混进杨幺的起义军当中，诱捕了数百人。岳飞对这些人没有杀害，而是诚心地劝说他们归降，并给他们每个人都发了赏钱，又让他们回去劝说别的义军也放弃抵抗。这数百人回营之后，自发地宣传岳飞的仁德，这时候杨幺的军心就有所动摇了。
杨幺军依然遵循以往的作战风格，三十多个水寨各自为守，各自为战，不能最大限度地集中兵力，集中指挥。此外，荆湖路一带恰好逢大旱之年，湖水浅涸，严重地影响了吃水甚深的船只的行驶。在官军的包围和封锁之下，杨幺叛军的处境显得越发地困难。
岳飞数万大军屯于鼎州城外，置寨列舰，严密封锁消息。然后，派使臣打进水寨去劝降杨幺军。那些被派遣的使臣，想到以往去招安者的下场，吓得面色铁青，浑身颤抖，纷纷跪在地上向岳飞叩头，请求免去这个差使。岳飞十分自信地说：“这次是我派遣你们前去的，你们只管放心前去，他们不会杀你们的，这些使臣只好将信将疑地去了。他们刚望到起义军水寨，就大声呼叫：岳节使遣我来！”
果然不出岳飞所料。有些营寨把岳飞使者接了进去。起义军的重要首领之一黄佐读了岳飞的招抚榜之后十分害怕，他与部下商议，说岳飞“号令如山”，“若与之战，万无生全理，不如速往就降”等等。于是黄佐投降了岳飞。黄佐投降之后，岳飞立即上报朝廷，给黄佐升了官，不久之后又有起义战士三百余人来降，岳飞照例赏赐了一番。为了安抚刚刚归降的义军，岳飞还放任他们的活动，这期间也有义军回归洞庭湖，岳飞也不加追究。义军见岳飞如此大义，隔了一段时间，有一批前来归降。
参政席益对岳飞的做法产生了严重怀疑，他对张浚说：“岳侯得无有他意，故玩此寇？”张浚是了解岳飞的用心的，能招安尽量招安，这样可以避免战斗，保留军事实力。于是笑着回答说：岳飞是一个忠义之人，我又如何不知岳飞的用意，他这样做是为了减少流血啊！
但起义军中动摇投降的毕竟是少数。六月初，岳飞决心用兵镇压了。正在这时，朝廷急诏张浚回朝，以筹划防御金兵秋天南下之计。张浚环绕洞庭湖一周，窥看了起义军森严的布防，感到进攻时机尚未到来。他召岳飞回长沙，商议暂时撤兵。但岳飞却向张浚汇报了具体的进攻部署，竟说八天之内全部破寨。
对岳飞的军事才干，张浚是毫不怀疑的，但岳飞说八天破寨，时间如此之短，张浚还是觉得不可能，于是，张浚严肃地对岳飞说：“你以为这容易吗！王四厢（王燮）攻打了两年都没有成功，这又岂是一朝一夕可以攻破的？”岳飞微笑着回答道：“王四厢以王师攻水寇则难，飞以水寇攻水寇则易。湖寇之巢艰险莫测，舟师水战我短彼长，入其巢而无向导，以所短而犯所长，此成功所以难也！若因敌人之兵夺其手足之助，离其腹心之援，使桀黠孤立，而后以王师乘之，覆亡犹反手耳！”
张俊听了这话之后，觉得岳飞说得有道理，决定暂缓回朝。岳飞回到鼎州，立即召见将军任士安。任士安原是王王燮的部下，头一年去征讨杨幺时，他不听王王燮指挥，自行其是；王王燮兵败，他有着一定的责任。现在岳飞往事重提，命令军卒抽打他一百鞭子，杀杀他的傲气，然后命他率领本部人马在三天之内攻下水寨，不然的话，提头来见！
任士安曾是杨幺的手下败将，岳飞首派他去迎战杨幺，这使岳飞的部下都十分不解，任士安本人更是心惊胆战的。当他率领士卒接近起义军兵寨时，就命士卒大声呼喊：“岳节使二十万至矣！”
起义军发觉任士安大呼大叫不过是虚张声势，以掩盖其胆怯，实际上并无岳飞大军在后，于是合兵与任士安军大战。任士安知道岳飞军令森严，不得不拼命死战。到第三天，正感难以抵挡，突然，四下里喊声大起，岳飞亲率大军包围过来了，经过激战，攻下了起义军的永安寨。岳飞带兵乘舟拥入水寨。这时，经黄佐劝降，起义军的将领杨钦也来投降。岳飞十分高兴，认为起义军的“腹心溃矣”。张浚立即授予杨钦武略大夫的官职。杨钦一军有三千多人，舟船四百多艘，这一投降，使起义军受到了重大损失。岳飞把杨钦部下的强壮兵编入军中，放走老弱，拨给土地耕种，安置就业，试图以此动摇起义军军心。
黄佐归降之后，也受命率部下攻破义军的营寨，杀死了不少义军，夺取了不少的粮食、船只等，将整个水寨焚毁无遗。不久之后，又有一批头领投降，杨幺义军的实力大为削弱，但杨幺本人仍企图凭借地利，抵抗到最后。这时候又有人向岳飞献计，说大船非一丈深的湖水不可通行，应开闸放水，并可用千万束青草撒在湖面上，以阻遏船的行驶。岳飞立即采纳，下令用巨筏堵塞鼎州附近湖面的各个港汊，选择水浅之处，派官军用小船挑战，大骂杨幺军，引诱义军出来应战。
起义军领袖杨幺坚守总部营寨。杨幺不愧为智勇双全的农民英雄。他曾运用车船战击败了官军一次又一次的进攻，使起义军在南宋王朝的腹心坚持战斗达六年之久。起义军的车船，最大的有三层楼那样高，可载千余人，船身两边装置着车轮，用脚踏车，“以轮激水，疾驶如飞”。船上还装置着撞竿，长十余丈，一头挂巨石，一头系在辘轳上。这些战船一遇到官军又小又矮的战船，就放撞竿，一击便把官军战船击碎。起义军还有一种叫木老鸦的武器，二尺来长，两头削尖，也用来居高临下地打击敌人，威力很大。但车船水战，以湖水越满越好；湖水干涸，则车船行动不利。不幸，这一年夏天大旱，岳飞军又决堤放水，洞庭湖的水位更浅了，遂使起义军高大的车楼船行动困难，发挥不了原有的威力。
岳飞统领牛皋、傅选、王刚几员部将，亲率帐下精兵向龙阳县江北起义军总部水寨进发。协同作战的还有鄂州水军一部。这一回，由于岳飞以优势的兵力临阵，杨幺终因兵力太少，孤立无援而战败。杨幺被擒后，壮烈就义。
岳飞从长沙回鼎州进攻起义军，到攻破起义军最后一座堡垒，前后正好八天。
岳飞镇压了杨幺农民起义军，俘获近二十万人。鲁莽的牛皋主张“略行洗荡，使后人知所怕惧”。岳飞坚决不同意，他说：“杨幺之徒，本是村民，先被钟相以妖怪诳惑，次又缘程吏部（昌寓）怀鼎江劫掳之辱不复存恤，须要杀尽以雪前耻，致养得贼势张大。其实只是苟全性命，聚众逃生。今既诸寨出降，又渠魁杨幺已被显诛，其余徒党，并是国家赤子。杀之，岂不伤恩？有何利益？况不战屈人之兵，而全军为上，自是兵家所贵。若屠戮斩馘，不是好官。但得大事已了，仰副朝廷好生之意，上宽圣君贤相之忧，则自家门不负重责于职事，亦自无惭也！”岳飞说罢，连声喊道：“不得杀！不得杀！”（《金佗续编》卷二十六《杨幺事迹》）牛皋听了，心悦诚服。
岳飞挑选了好几万精壮的起义军战士编入军队中，大大增强了部队的战斗力，加强了抗金的力量。十几万老弱，按照他们自己的意愿，“给米粮”，归田就业。然后把三十余所营寨焚烧。
洞庭湖的农民起义军，其主力终为岳飞所收编。岳飞所以能做到这一点，这是因为钟相、杨幺起义军本来就是抗金的，岳飞又是爱国抗金将领，此外，在封建社会里，岳飞算得上一个清官、好官，能采取一些妥协让步措施，使阶级斗争有所缓和。
必须指出，作为封建王朝的高级将帅的岳飞，忠实地执行了君王的命令，镇压了声势浩大的钟相、杨幺农民起义，杀了不少起义军将士，其主要罪责，纵然不能由岳飞背负，但岳飞也回避不了应负的责任。
杨幺起义军是因为官府的丑恶腐败而自发组织的起来的义军，实际上是一场正义的农民起义。但是为了维护朝廷利益，岳飞最终还是选择了镇压。岳家军平定杨幺义军后，荆湖路一带就再也没有出现类似杨幺军的大规模的起义。经过一段时间的调整和恢复，社会的矛盾有所缓和，农民也恢复自我的生产，高宗的心腹大患总算是肃清了，岳家军也算有了一个安定的后方。
§§第五章 抗金复国