孙武最看重的不是荣华富贵，不是丰厚的待遇，更不是高官荣誉，而是他的兵法。他爱兵法，喜欢兵法，把兵法看作是自己的生命。当他取得一定的成绩后，在实践中把自己《兵法》中提出的一些军事韬略、战略计谋加以验证，又有了许多新的体会。他希望抽出时间来继续丰富《兵法十三篇》，结合自己在吴国的军事实践，加以修改、充实，以便为后代留下一份珍贵的遗产。孙武心中不由得滋长起了退隐归野的念头。
明代文学家冯梦龙在他撰著的《东周列国志》中，对孙武的隐退写了下面这段话：阖闾论破楚之功，以孙武为首。孙武不愿居官，固请还山。王使伍子胥留之。武私谓员日：子知天道乎？暑往则寒来，春还则秋至。王恃其强盛，四境无虞，骄乐必生。夫功成不退，将有后患。吾非徒自全，并欲全子。员不谓然，武遂飘然而去。赠以金帛数车，俱沿路散于百姓之贫者，后不知其所终。
自从吴王胜利以后，被胜利冲昏了头脑，生活堕落，官员腐败，轻信谗言，亲小人，远贤臣，几件小事奠定了孙武隐退的基础：
首先是吴王“大筑官室，民疲士苦”。起先吴王阖闾，在认为霸业在握时，就忘记了百姓的痛苦，只图自己享乐，不顾百姓死活，征调人力，大筑宫室。《吴越春秋》一书中这样记述：（阖闾）自治官室，立榭台于安里，华池于平昌，南城官在长乐，阖闾出入游卧，秋冬治于城中，春夏治于城外，走犬长洲（苏城西北有一地，叫走狗圹，相传为阖闾田猎之地）。通过这些记载，完全可以想象后期阖闾生活的奢侈腐化。还有吴王夫差，也犯有同父亲一样的错误。在北宋《太平广记》记述：“吴王夫差筑姑苏台，三年乃成。周环诘屈，横亘五里，祟饰土木，殚耗人力，宫妓千人。又别立青宵馆，为长夜饮，造千石酒盅，又作大池，池中造青龙舟，陈妓乐，日与西施为水嬉。又于宫中作灵馆、馆娃阁，铜铺玉槛。官之栏楹，皆珠玉饰之。”通过这一记载，可以看出夫差奢侈的程度，远远超过了父亲。孙武看到自己的两朝君王都是这样，总是逃不过骄傲自大、奢侈享乐的心理，心中就开始忧患，为自己，为国家，也为人民。
第二件事情就是：重用谗臣，错杀忠良。孙武所跟随的两个吴王，在重用他以及伍子胥的同时，也重用了伯噽。这个人善于阿谀奉承，喜欢拨弄是非，心眼极小，记恨如仇，贪得无厌。他凭借花言巧语得到了阖闾重用，能够与孙武、伍子胥同时得到阖闾的信任。但他的地位一直不如伍子胥和孙武，于是就开始挑拨三人之间的关系。到了夫差时，伯噽凭借阿谀奉承的本领，独获信任，最后导致伍子胥被赐死。这给孙武太大的打击，也再一次坚定了他归隐山林的决心。
一场惊天动地的吴楚战争，一场象征和平的吴齐婚姻，确实让孙武对自己的追求有了一些怀疑。他认为，无论是军事奇才，还是兵法战略，都会跟战争结缘，而战争却是百姓痛苦的根源。同样是治理国家，孔子的主张就比孙子的兵法更加和谐，更加温和。以前孙武总是以为孔子的和平共存是不切实际的理想主义，等到经历了这些之后，他才真正明白这些简单的和平共存中蕴藏着许多深刻的道理，要想让国家富强昌盛、生活和谐、民乐国安，单单凭他研究的那些兵法是远远不够的。这时，孙武也发现自己确实有必要认真的研究研究该怎样把自己的兵法更好地运用到治理国家、富国强兵上面，让它发挥积极的作用。
孙武发现，孔子的思想不仅仅是表面的理想化，每一句、每一个字后面都蕴藏着深刻的道理，只要肯好好学习，认真研究，就一定能够发现许多道理，懂得许多从来不会发现的治国方略。
而当时吴国的情况，跟孔子提倡的仁爱主张正好相反。由于吴王夫差贪图霸业，加上生活奢侈，所以加重了对百姓的压榨和掠夺，造成国内民不聊生、民怨四起。这足以说明，军事上的胜利不能带来国泰民安的结果。怎样才能达到这种理想结果呢，孙武认为自己有必要加以研究。
之后，孙武对所有事情几乎都没有兴趣，也不过问，而是一心研究孔子的思想，也在研究自己，试图把孔子的思想与自己的兵法相结合，让这些军事智谋更好地治理国家，不再产生血雨腥风，不再造成四处哀歌、民怨沸腾。
孙武已经不问世事接近半年时间，整天除了研究孔子的思想和自己的兵法韬略之外，唯一可以让其牵挂的就是故乡的亲人。有一天，孙武正在太湖垂钓，这时，只见从远处传来了隐约的马蹄声，接着一匹快马飞一般地向孙武垂钓的地方驰来。片刻功夫，只见快马已经到了孙武的面前，滚鞍下马，竟是家臣阎刚自齐而来。
孙武看到老家的亲人，就如见到父母一般，激动万分，泪流满面，两人紧紧地拥抱在一起。这时，阎刚从怀中拿出了父亲的家书，信中主要陈述了父子久别缱绻之忱，以及病危中的母亲思念儿子心碎欲裂之情。看完之后，孙武不由得清泪纵横，哽咽抽泣。孙武一直都有隐退的想法，可是一直没有名正言顺的理由来告知吴王夫差，这次意外接到家书，给他正是退隐一个正当的理由。
一切都安排好之后，孙武来到大殿，向吴王夫差请辞。他先将家书给吴王夫差过目，然后诚心地说：“自从我跟随吴王以来，承蒙垂爱，而今吴国威势已定，国内人才济济，我之去留，无关紧要。今日又有家父来书，言慈母病危，所以奏请大王准臣回乡探望，薄尽人子之孝。”
孙武说完，垂泪不止。吴王见孙武言词恳切，理由充分，也没有拒绝的理由。但是一个跟随自己出生入死、征战沙场地老元帅就这样回乡，他仍然感到不舍。于是就说：“元帅佐我，功盖群臣，本打算赐卿厚禄，安享太平之世。元帅既然思母心切，为人子者，当母亲病危弥留之际，不能守在身边，实在是不孝。寡人虽不愿元帅离去，但不能因私爱而陷元帅于不孝。望元帅还乡后，一如既往地效忠吴国。”
孙武去意已决，无论吴王说什么对他来说已经毫无意义。吴王本赠予孙武一些金银珠宝，可都被孙武沿途分给贫苦的百姓，因为孙武觉得这些都是身外之物。
孙武独自一人，牵着一匹跟随自己已经很久的马，径直出宫门，然后跨上马，双脚踹蹬，挥鞭策马，急驰而去。
孙武归隐山林以后，整日与吴地的青山碧水相伴，同家人在一起悠闲自在，享尽天伦之乐。次子孙明、三子孙敌都已成人，孙武既是父亲，又是老师，悉心传授孩子们军事理论和谋略思想。
在尽享幽静环境、休闲的日子里，孙武取出从前写的《兵法十三篇》简册，让两个孩子和他一起系统地进行修改和完善。孙武首次晋见吴王阖闾时呈献的《兵法十三篇》，是在全面总结前人关于战争经验的基础上，结合自己的考察体会写成的。其内容侧重于迎合吴王“西破强楚、争霸诸侯”的强烈愿望，针对楚、越、齐、晋等周边邻国的情况，提出战而能胜的战略战术思想。
孙武经过长达十几年跟随吴王阖闾、夫差和好友伍子胥征战南北实践检验，其基本理论是正确的，但也有些内容需要作进一步修改明和发挥。孙武根据自己长期从事军事战争的实践经验，以及吴国终被越国灭亡的教训，对原来的《兵法十三篇》进行了增补和修改。使这部兵书更加完善，逐渐成为兵学思想的宝库、兵家理论的经之作。
孙武生前把《兵法十三篇》悉心传授给了两个儿子。其中次子孙明最聪明伶俐，领悟力最强，所以深得孙武喜爱。孙明在兵学方面的造诣最深，其后立有战功，被越王勾践封赐世袭富春采地。孙明的后裔孙膑，成为战国时期杰出的军事家，著有《孙膑兵法》传世。
孙武归隐后的最后去向，由于史上并无明载，已成为一个永远难以化解之谜。一般人的推测是，他依旧留在吴国，隐居乡间修订其兵法著作，直到默默去世，死后也葬于吴都郊外。
孙武的归宿或许也可能是另外一种情况，即他因怀念故土而辗转返回齐国隐居。因为孙武的后人孙膑就生在齐国，所以这种可能性不是不存在的。
无论是什么样的结果，都只是一种推测，这些后话对于我们后人来说也没有什么重要的意义，更没有必要刨根问底。重要的是，一代兵圣否定了他所从事的战争，其中原因，对于后人来说更有启示意义。