“三藩”是指平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠三个藩王。他们本来都是明朝辽东边将，后来降清，或开关迎接清军进入山海关，或为清廷南征北战，镇压各族人民的反抗。
清朝在北京建立中央政权之后，便封他们为王，给予高官厚禄。派吴三桂驻防云南，兼辖贵州，尚可喜驻防广东，耿精忠驻防福建，作为清朝控制南方边远地区的藩篱。
“三藩”握有重兵，其中吴三桂势力最大。尚可喜、耿精忠的势力也很大。“三藩”凭借手中的武装力量割据一方，专横跋扈。他们的权势日重，成为朝廷的心腹之患。
康熙帝深感“三藩”危害的严重性，一直想撤掉“三藩”，又怕弄不好，局面不可收拾，只好等待时机再作打算。
公元1673年，平南王尚可喜上疏康熙帝，说自己老了，想告老还乡，要求将王爵传给儿子尚可信，继续镇守广东。康熙帝认为这正是削弱三藩实力的好时机，就批准尚可喜告老还乡，但不允许他儿子继承爵位，还命令撤销靖南府。
康熙帝这一举动，使吴三桂与耿精忠大为震动。他们为了试探朝廷的态度，也上疏请求撤藩。康熙帝看过奏章，立即召集大臣商议，许多大臣不主张撤藩，怕引起叛乱，有的大臣坚决同意撤藩，意见不能统一。康熙帝说：“三藩早有谋反之意，撤也是反，不撤也是反，不如先发制人，免得拖久了，后患无穷。”
于是，下诏将三藩撤掉，派官员前往滇、粤、闽三省料理搬迁事宜。吴三桂没有想到康熙帝真的同意撤藩，决定起兵造反。公元1673年农历十一月，吴三桂杀了云南巡抚朱国治，发布讨伐清廷的檄文，自称“总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”，分兵两路进攻湖南和川陕。
三藩叛乱，朝廷内一片混乱。那些不主张撤藩的大臣，极力叫嚷要向三藩求和。康熙帝撤藩的决心坚定，他一面停止执行耿精忠、尚可喜两藩的撤藩命令，孤立吴三桂；一面调动八旗军阻挡吴三桂的进攻。
吴三桂听说耿精忠与尚可喜都被清朝廷降服，十分恼怒。他孤立无援，军队内部人心涣散。康熙帝令八旗军奋勇作战，双方在西北、西南、华南相持了五年。公元1678年，吴三桂78岁，他急急忙忙在湖南衡阳登基称帝，建元昭武，国号大周，企图用这种办法鼓舞士气。可是，这一切都来不及了，清军进攻越来越猛烈，吴军节节败退。
吴三桂自知大势已去，心中一急，突然中风昏厥，没过多久，就病死了。吴三桂死后，吴三桂的孙子吴世璠继位，改元洪代。吴世璠护送吴三桂的棺柩，从湖南撤离，退回云南昆明，仍然与清朝廷对抗。清军大举进攻昆明，吴世璠自杀了。
从此，历时9年的三藩之乱终于平定了。“三藩”之乱平定以后，清朝把“三藩”藩兵改编，归入上三旗，对各地汉族军阀，严加控制，加强了中央集权的统治。