孝庄早就选好了自己的侄女做未来的皇后，但是顺治并不满意这桩婚姻，母子之间的关系势同水火，甚至闹到废后的地步。当顺治遇到自己的弟弟博穆博果尔的妻子董鄂氏之后，两人之间产生了感情。在博穆博果尔去世后，顺治将董鄂氏接入宫中，两人生下一个孩子。但是没多久这孩子就死了，董鄂妃也病故了。最终，一代皇帝顺治患天花而逝。
在皇上大婚的问题上，孝庄恪守自努尔哈赤以来的传统，希望能继续通过联姻来达到满蒙联盟的目的。顺治的新皇后是在多尔衮生前就已经定下的，多尔衮特地挑选了蒙古王公的女儿作为顺治皇帝的妻子，她就是孝庄皇太后的亲侄女、顺治的表姐，科尔沁卓礼克图亲王吴克善的女儿博尔济吉特氏。
孝庄太后认为这样一来，不但加强了满蒙联姻，更使得两家亲上加亲，自己家族的地位也提高了。顺治当时因为多尔衮的悖乱强势，根本不敢对新皇后的人选表现出任何的不满，虽然顺治与新皇后的结合会有很多好处，也得到了孝庄皇太后的支持。可是，顺治出于对多尔衮的不满，对这门婚事一开始就充满了成见。他与他的表姐并没有任何的感情基础，况且顺治从小性格就有一些偏激，这些因素都会影响顺治的婚姻，影响着顺治与孝庄的关系，甚至影响着大清朝的命运。
顺治八年（1651年）正月十七，孝庄的兄长吴克善护送着女儿前往北京与顺治成婚。此次大婚是清朝入主中原之后，皇帝的第一次大婚。因此，规格之高，礼节之完备，都不是前任皇帝可以媲美的。
当时，宗室亲王等都建议在二月就为皇帝举行大婚典礼，然而却遭到了顺治的拒绝。他认为皇后是睿亲王在自己年轻时为自己选定的，而不是自己选择的，所以，不合心意不想接纳。其实，当时顺治对于多尔衮极度憎恨，以至于任何与多尔衮沾边的东西他都非常排斥。
新皇后只好委屈地暂时住在她的姑妈孝庄皇太后的宫中。虽然顺治非常反感这门亲事，但在自己亲政之初，国家社稷大事都是孝庄太后在背后协调帮助他，顺治不可能一开始就违背母亲的意见。
为了不伤母亲的心，为从江山社稷着想，顺治最终还是妥协、承认了这门婚事。在半年后的八月十三，整整被晾了八个月的准皇后才得到了册封。这天之前，朝廷便祭告了天地、太庙。这天早上天刚亮，在太和门外阶下依次排列的官员们，捧着册宝由中道进入大殿，将册宝放在殿中的黄案上。
顺治皇帝身穿朝服，看完宝典，传给使臣，然后由使臣捧出。与此同时，孝庄皇太后移位位育官。皇后率诸王妃朝见皇太后，行完三跪九叩礼。皇上来到太和殿，赐给诸王以及蒙古王宫、贝勒、文武群臣国宴。
最高规格的盛宴结束后，皇太后返回自己宫中，这一天的繁文缛节才算是结束。这次大婚之后，就标志着顺治已经成人了，整个王朝都将在他的带领下走向新的征程。
皇后虽然长得很漂亮，而且也很聪慧，但是她从小娇生惯养，非常喜欢奢华的生活，吃饭要求器具全部都是金器，服装用品全都要珠玉绮绣。顺治一直都崇尚节俭，自然看不惯她的行为。而且这个皇后性格嫉妒刻薄，生性心胸狭窄，总是猜疑顺治的行为举动，并且只要见到貌美年轻的嫔妃和宫女，就心生憎恨，恨不得除之后快。
由于两个人在文化上的差距很大，性格上又互不相容，即使走到了一起，也无法融洽地相处，这就为以后的悲剧埋下了伏笔。