俗话说强扭的瓜不甜，虽然顺治册封了皇后，但是他与皇后似乎从来不曾和睦过。按顺治的说法，是皇后生性嫉妒憎恶貌美的女子，而且还生活奢靡。更令人难以接受的是，她总是对顺治的举动处处猜疑，心怀醋意，一怒之下，顺治就与皇后分开居住了。
当然，皇后也对顺治对待自己的态度很不满，常常跑到姑妈那里告状，于是她与顺治的关系越来越难以调和。
大婚后的第三年，顺治与皇后不断发生矛盾，最后终于闹到了要分道扬镳的地步。顺治十年（1653年）八月二十四日，顺治突然命内院查阅历代废除皇后的事例向他汇报。这一惊世骇俗之举立即在内院引起了轩然大波，大学士们纷纷奏请皇上三思而后行。但是皇上大发脾气，说皇后之位非比寻常，必须要废掉无能之人。众卿身为大臣，不考虑政事，想靠这些事情来沽名钓誉，该当何罪。此话一出，大臣们一下子不敢吱声了。两天后，顺治又下旨给礼部，要降皇后为静妃，改居侧官。孝庄当然极力反对，因为这桩婚姻是她竭力促成的，皇后又是自己的亲侄女。一旦皇后被废，很有可能动摇国家根本，于是孝庄对废后之事百般的阻止。
但是，顺治与皇后积怨已深，对皇后早已无法容忍，摆出了一副九头牛都拉不回的样子。很多的明朝遗老遗少以及汉官们也都觉得，感情不和和无能是无论如何也不能作为废后的理由的。在他们的观念里，只有发生了皇后弑杀夫君、淫乱宫廷，乃至通敌等大罪时，皇帝才能休妻废后。
很多耿直的大臣因此冒死觐见，这让顺治大为恼火，想要治这些谏臣的罪。大臣们不得已想出了一个折中的办法，他们建议顺治仍然让皇后作为正位中官，但是要再立东西两宫。然而，即便是这样的折中方案，顺治都不愿意接受。孝庄见儿子为此郁郁不乐，整日愤懑成疾，看在眼里，疼在心里。她担心这样下去，皇上的身体就要保不住了，怎么谈得上治理国家呢。作为皇帝的母亲，虽然心里有一百个不赞同废后的理由，但是为了儿子的健康，孝庄只能做出了让步，告诉顺治可以自己处理此事，实际上就是默许了他的要求。
在向儿子表明态度后，孝庄又秘密地接见了一些重要的王公大臣，还设法安抚蒙古吴克善王爷。在她的幕后主持下，大臣们也就不再存有异议了。终于，顺治因为志趣不合的原因，将自己的第一任皇后废掉了。
从此以后，这个可怜的静妃就只能永远地居住在冷官之中，再也没有出头之日了。不过孝庄从整个大局来考虑，在顺治废除了皇后之后，又给他找了一个蒙古女子做皇后，以此来推行满蒙联姻的国策。顺治皇帝在极其不情愿的情况下，第二次走进了不和谐的婚姻。这些事情看起来都是小事，却一步步地造成他与孝庄之间的裂隙，两人之间的意见存在着很大的分歧。顺治虽然没有再次违背母后的意愿，但是却对第二个皇后孝惠百般挑剔。孝惠皇后依然是孝庄的娘家人，是孝庄经过百般挑选最终选中的。她就是科尔沁蒙古镇国公的女儿博尔济吉特氏。于是顺治十一年（1654年）六月十八日，顺治帝在太和殿再次举行了盛大的婚礼。孝庄本以为，新的婚姻能让儿子满意，能赶走儿子心中因上次婚姻留下的阴霾。但是她没想到，这种想法只是自己一厢情愿的希望，顺治并不领情。这位孝惠皇后没有猜忌心和淳朴善良的优点在顺治眼里却变成了没有才能的缺点。新婚妻子在顺治的眼中不过是一个没有才气、缺乏特长的平庸女子，很快就被他抛到脑后，而且处处压制她。
孝庄看到自己费尽心机为儿子找的媳妇再次被冷落，非常伤心。她多次开导劝诫儿子，都没有起到什么效果。之后，孝庄又先后接皇后的亲妹妹入宫，封淑妃，但是淑妃入宫后不久就病死了，追封为悼妃。至此，孝庄所有的努力都白费了，只是白白地制造了更多一些悲剧罢了。